SLO | ENG

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 28
Na začetekNa prejšnjo stran123Na naslednjo stranNa konec
1.
IZOLACIJA IN KARAKTERIZACIJA BAKTERIJ IZ RIZOPLANA HLADNIKIJE
Tamara Mithans, 2009, diplomsko delo

Opis: Na površini korenin, imenovani rizoplan, lahko najdemo zelo različne skupine mikroorganizmov. Ti lahko na rast rastlin vplivajo pozitivno, lahko pa s svojo prisotnostjo in delovanjem rastlini škodujejo. Cilj diplomskega dela je bil izolacija in identififikacija bakterij, ki naseljujejo rizoplan hladnikije — slovenske endemične vrste. Iz treh rastlin smo osamili 17 bakterijskih sevov. Izolirali smo bakterijsko DNA in s pomočjo verižne reakcije s polimerazo (PCR) pomnožili 16S rDNA. Glede na primerjavo pomnožene 16S rDNa z referenčnimi bazami podatkov (GenBank, Ribosomal database project) smo izolirane bakterije identificirali. Izolirane bakterije so pripadale rodovom Bacillus, Enterobacter, Pseudomonas, Erwinia in Pantoea.
Ključne besede: Hladnikija, Hladnikia pastinacifolia, 16S rDNA, PCR, verižna reakcija s polimerazo, rizosfera, rizoplan, rizobakterije
Objavljeno: 25.11.2009; Ogledov: 2237; Prenosov: 223
.pdf Polno besedilo (2,24 MB)

2.
Vpliv netoksinogenega seva bakterije Clostridium difficile s hemolitično aktivnostjo na morfologijo celic mišjih fibroblastov
Natalija Pungerl, 2011, diplomsko delo

Opis: Bakterija Clostridium difficile je normalno prisotna v naravi in prebavilih sesalcev. Je po Gramu pozitivna, anaerobna, sporogena bakterija. Spore so zelo odporne proti izsuševanju, kemikalijam ter ekstremnim temperaturam. Najpogosteje se okužijo starejši hospitalizirani ljudje, ki se jim poruši ravnovesje v črevesni flori, običajno zaradi daljšega zdravljenja z antibiotiki. Sevi, ki povzročajo bolezen, proizvajajo toksine, med katerimi sta najpomembnejša toksin A in toksin B. V diplomski nalogi smo se osredotočili na vpliv netoksinogenih sevov bakterije Clostridium difficile s hemolitično aktivnostjo na citoskelet mišjih fibroblastov. V raziskavi smo uporabili celice McCoy, ki smo jih tretirali s supernatantom, barvali aktinske filamente in jedra ter opazovali učinek na aktinskem citoskeletu s konfokalnim mikroskopom. Ugotovili smo, da je prišlo pri celicah tretiranih s supernatantom s hemolitično aktivnostjo do določenih sprememb, predvsem na aktinskem citoskeletu, medtem ko na jedrih ni bilo večjih razlik. Spremembe so bile vidne na aktinskih filamentih, ki so bili prekinjeni in združeni v skupke.
Ključne besede: Clostridium difficile, aktinski filamenti, celice McCoy, konfokalni mikroskop, supernatant, toksini
Objavljeno: 29.02.2012; Ogledov: 1780; Prenosov: 139
.pdf Polno besedilo (985,00 KB)

3.
MIKROSKOPSKE IN MAKROSKOPSKE MORFOLOŠKE ZNAČILNOSTI BAKTERIJE CLOSTRIDIUM DIFFICILE
Mateja Medved, 2012, diplomsko delo

Opis: Bakterija Clostridium difficile je najpogostejši povzročitelj bolnišničnih črevesnih infekcij. V zadnjem času v epidemiologiji okužb prihaja do sprememb, saj pogostnost in resnost bolezni narašča tudi zunaj bolnišničnega okolja. Bakterija je splošno razširjena zaradi zmožnosti tvorbe spor, kontaminacija okolja s sporami pa je ključni dejavnik za okužbo z bakterijo C. difficile (CDI; angl. Clostridium difficile infection). V diplomskem delu so nas zanimale morfološke značilnosti kolonij (oblika, velikost, barva, površina in oblika roba) ter morfološke značilnosti celic izbranih sevov bakterije Clostridium difficile. Morfologijo smo primerjali na treh trdnih gojiščih (COH, CLO, CDALT) z uporabo stereolupe in svetlobne mikroskopije. Ugotovili smo, da sta si rast in tvorba vidnih kolonij na različnih trdnih gojiščih istega seva zelo podobni, medtem ko se nekateri sevi med seboj razlikujejo. Ugotovili smo tudi, da je pri nekaterih sevih delež prostih spor večji kot delež spor, ki so še znotraj vegetativnih celic, in obratno. Namen dela je bil ugotoviti, ali je morfologija kolonij odvisna od posameznega PCR-ribotipa in ali se kolonije razlikujejo na različnih trdih gojiščih.
Ključne besede: Clostridium difficile, svetlobna mikroskopija, stereolupa, mikroskopska in makroskopska morfologija.
Objavljeno: 04.01.2013; Ogledov: 1949; Prenosov: 120
.pdf Polno besedilo (1,08 MB)

4.
NOVI MEHANIZMI TOKSIČNOSTI PRI BAKTERIJI Clostridium difficile
Mateja Zemljič, 2010, doktorska disertacija

Opis: Clostridium difficile proizvaja tri toksine. Toksin A (TcdA, enterotoksin in citotoksin) in toksin B (TcdB, močen citotoksin) sta glavna dejavnika virulence, ki povzročata simptome driske in kolitisa. Nekateri sevi pa tvorijo še binarni toksin CDT. Prav tako bi določeni sevi lahko proizvajali tudi toksine, ki jih do sedaj pri tej bakteriji še ne poznamo. Toksin A in toksin B sta enoverižna proteina, sestavljena iz štirih funkcionalnih domen: encimske domene na N-terminalnem delu, cisteinske proteazne domene, centralne hidrofobne domene in vezavne domene na C-terminalnem delu proteina. Rekombinantni protein N-terminalne encimske domene toksina B in del rekombinantne C-terminalne vezavne domene toksina A imata lastnosti enake holotoksinu (celična smrt, imunski odgovor). Podobno delovanje za C-terminalno vezavno domeno toksina B do sedaj še ni bilo opisano. V raziskavo smo vključili seve bakterije C. difficile s poznanimi in atipičnimi toksičnimi učinki na celice. Uporabili smo TcdB referenčnega seva VPI 10463 in variantnega seva 8864 in njuni rekombinantni vezavni domeni rec-TcdB3VPI in rec-TcdB38864. Za in vitro študije interakcij med črevesnimi epitelnimi celicami in bakterijskimi toksini smo uporabili celični liniji epitelnih celic črevesja HT-29 in T84. Za proučevanje virulence sevov bakterije C. difficile pa smo izbrali živalski nevretenčarski model Caenorhabditis elegans. Rekombinantni vezavni domeni toksina B tako kot holotoksina poškodujeta epitelij, povzročita razpad tesnih stikov ter nekrozo oziroma apoptozo. Z vezavo na črevesne epitelijske celice vzpodbudita celice imunskega sistema in sprožita izločanje interlevkina 8. Holotoksin B sproži še proces avtofagije v črevesnih epitelijskih celicah. Nekateri sevi bakterije C. difficile so hemolitični. Poznavanje mehanizmov njihovega delovanja je tako bistvenega pomena za razumevanje bolezenskih znakov, ki jih povzročajo. Živalski nevretenčarski model C. elegans se je izkazal kot neprimeren živalski model za preučevanje virulence, vendar je njegova uporaba šele na začetku. Prvič smo opisali toksičnost C-terminalne domene TcdB, ki je neodvisna od modifikacije majhnih GTPaz in zelo verjetno predstavlja pomemben del pri okužbi z bakterijo C. difficile. Prav tako je poznavanje mehanizma delovanja toksina B pomembno za razumevanje njegove vloge pri celični smrti. Ker C. difficile pripada rodu z veliko in zelo razširjeno skupino toksinov, je velika verjetnost, da sevi C. difficile proizvajajo tudi toksine, ki celice lizirajo (hemolizini). S poznavanjem mehanizma delovanja toksinov lahko razložimo nekatere osnovne, pa tudi na prvi pogled nejasne fiziološke procese.
Ključne besede: Clostridium difficile, vezavna domena, toksin B, citotoksičnost, patogeneza, Caenorhabditis elegans
Objavljeno: 18.02.2013; Ogledov: 1416; Prenosov: 154
.pdf Polno besedilo (4,13 MB)

5.
IZOLACIJA BAKTERIJ IZ RODU Clostridium IZ VZORCEV PRSTI
Tanja Rikanovič, 2013, diplomsko delo

Opis: Klostridiji so paličaste, obligatno anaerobne, po Gramu pozitivne bakterije, ki tvorijo izjemno odporne spore. Zaradi slednjega so klostridiji ubikvitarni, saj jih lahko najdemo v okoljih kot so prst, okoljske vode, prisotni pa so tudi v človeškem in živalskem prebavilu. Ena izmed pomembnih vrst tega rodu je bakterija Clostridium difficile, ki je trenutno v svetu eden izmed pomembnejših povzročiteljev bolnišničnih okužb. V zadnjem času pa narašča tudi število izvenbolnišničnih okužb. Bolezen povzročajo le toksigeni sevi, ki izdelujejo toksin A in/ali toksin B, ki sta glavna dejavnika virulence C. difficile. V diplomskem delu smo iz 6 različnih vrst/tipov prsti osamili več klostridijskih vrst, tudi C. difficile. Izolate smo identificirali s komercialnim sistemom MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), ki je komercialna fenotipska metoda za identifikacijo in temelji na analizi proteinov s pomočjo laserske svetlobe. Izolate C. difficile smo še karakterizirali, in sicer z dvema dobro razširjenima genotipizacijskima metodama: toksinotipizacijo in PCR ribotipizacijo. Skupno smo osamili 34 klostridijskih izolatov, ki so pripadali 7 različnim vrstam. Med njimi so prevladovale vrste Clostridium glycolicum (n=11), Clostridium bifermentans (n=5) in Clostridium mayombei (n=4). C. difficile (n=10) smo zaznali le v vzorcu sedimenta reke Drave, s selektivno gojitveno metodo. Skupno deset izolatov iz tega vzorca je bilo netoksigenih in PCR ribotipa 010. Največje število in raznolikost klostridijev smo določili v vzorcu komposta. Z raziskavo v diplomskem delu smo potrdili, da lahko v različnih okoljih pričakujemo različne predstavnike rodu Clostridium, raznolikost vrst pa je odvisna od tipa okolja nabranih vzorcev. Bakterije C. difficile sicer nismo našli v različnih vzorcih prsti, pač pa v rečnem sedimentu, kjer do sedaj v Sloveniji še ni bil opisan.
Ključne besede: klostridiji, prst, Clostridium difficile, identifikacija, toksinotipizacija, PCR ribotipizacija, raznolikost vrst
Objavljeno: 13.11.2013; Ogledov: 939; Prenosov: 131
.pdf Polno besedilo (1,29 MB)

6.
Molekularne metode za spremljanje kontaminacije bolnišničnih tekstilij
Urška Rozman, 2014, doktorska disertacija

Opis: Bolnišnično okolje predstavlja pomembno ekološko nišo in lahko služi kot rezervoar za potencialno patogene mikroorganizme. Bolnišnične tekstilije skupaj z vlago in toploto ustvarijo ustrezne pogoje za rast, širjenje in dolgotrajno preživetje številnih mikroorganizmov, zaradi česar lahko služijo kot vektor navzkrižnega prenosa bolnišničnih okužb. Bolnišnične okužbe ne predstavljajo samo zapletov pri zdravljenju bolnikov v bolnišnici, zaradi katerih letno v Evropi umre 50.000 ljudi, temveč povzročajo tudi gospodarsko škodo, saj so letne finančne izgube v Evropi samo z direktnimi stroški ocenjene na približno 7 milijard EUR. Klasične metode za vzorčenje mikroorganizmov na tekstilijah, kot je jemanje odtisov z RODAC agar ploščami, brisi in z destruktivno elucijsko metodo ter naknadna fenotipska identifikacija, so dolgotrajne, zato smo v raziskavi uvedli vzorčenje z metodo nedestruktivnega eluiranja z aparaturo Morapex A in detekcijo mikroorganizmov z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) ter kvantifikacijo z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (rtPCR). Dokazali smo, da aparatura Morapex A predstavlja ustrezen in učinkovit nadomestek za vzorčenje mikroorganizmov na tekstilijah, saj je bila učinkovitost vzorčenja večja v primerjavi z optimizirano metodo destruktivnega eluiranja oz. z metodo vzorčenja z RODAC agar ploščami. Z uporabo molekularnih metod za detekcijo izbranih vrst mikroorganizmov smo dosegli večjo občutljivost kot pri detekciji s klasičnimi gojitvenimi metodami, saj lahko mikroorganizme zaznamo pri nižjih začetnih nanesenih koncentracijah na tekstil, zaznamo pa tudi žive in mrtve mikroorganizme ter mikroorganizme v VBNC stanju in ostanke proste DNK. Za oceno celotne mikrobne populacije na tekstilijah iz realnega okolja smo uporabili metodo ločevanja celotne bakterijske 16S rDNK z visokotlačno kromatografijo v denaturizirajočih pogojih (DHPLC). Zaradi široke pestrosti mikrobne populacije na bolnišničnih tekstilijah iz realnega okolja se metoda DHPLC ni izkazala kot najbolj ustrezna, saj zaradi pojavljanja mešanih sekvenc v posamezni frakciji ni bila mogoča identifikacijo do ene same bakterijske vrste. Vzorčenje mikroorganizmov na tekstilijah z metodo nedestruktivnega eluiranja z aparaturo Morapex A in njihova detekcija z molekularnimi metodami lahko predstavlja izboljšano alternativo za potrebe kontrole higiene bolnišničnih tekstilij.
Ključne besede: bolnišnične okužbe, bolnišnične tekstilije, RODAC, Morapex A, PCR, DHPLC
Objavljeno: 24.07.2014; Ogledov: 964; Prenosov: 193
.pdf Polno besedilo (1,61 MB)

7.
Fourteen-genome comparison identifies DNA markers for severe-disease-associated strains of Clostridium difficile
Vincenzo Forgetta, Maja Rupnik, 2011, izvirni znanstveni članek

Opis: Clostridium difficile is a common cause of infectious diarrhea in hospitalizedpatients. A severe and increased incidence of C. difficile infection (CDI) is associated predominantly with the NAP1 strain; however, theexistence of other severe-disease-associated (SDA) strains and the extensive genetic diversity across C. difficile complicate reliable detection and diagnosis. Comparative genome analysis of 14 sequenced genomes, including those of a subset of NAP1 isolates, allowed the assessment of genetic diversity within and between strain types to identify DNA markers that are associated with severe disease. Comparative genome analysis of 14 isolates, including five publicly available strains, revealed that C. difficile has a core genome of 3.4 Mb, comprising 3,000 genes. Analysis of the core genome identified candidate DNA markers that were subsequently evaluated using a multistrain panel of 177 isolates, representing more than 50 pulsovars and 8 toxinotypes. A subset of 117 isolates from the panel had associated patient data that allowed assessment of an association between the DNA markers and severe CDI. We identified 20 candidate DNA markers for species-wide detection and 10,683 single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with the predominant SDA strain (NAP1). A species-wide detection candidate marker, the sspA gene, was found to be the same across 177 sequenced isolates and lacked significant similarity to those of other species. Candidate SNPs in genes CD1269 and CD1265 were found to associate more closely with disease severity than currently used diagnostic markers, as they were also present in the toxinA-negative and B-positive (A-B+) strain types. The genetic markers identified illustrate the potential of comparative genomics for the discovery of diagnostic DNA-based targets that are species specific or associated with multiple SDA strains.
Objavljeno: 05.06.2012; Ogledov: 764; Prenosov: 1
URL Polno besedilo (0,00 KB)

8.
Isolation and characterization of Clostridium difficile from shellfish and marine environments
Vincenzo Pasquale, Maja Rupnik, 2011, izvirni znanstveni članek

Opis: This pilot study was carried out to evaluate the occurrence of Clostridium difficile in marine environments and in edible shellfish. Samples of seawater,sediment, and zooplankton were collected at five sampling stations inthe Gulf of Naples. Six samples of edible shellfish, furthermore, were obtained: two from mussel farms and four from wholesalers. The isolation and the characterization of C. difficile strains were carried out using selective media and molecular techniques, respectively. C. difficile was isolated from nine of the 21 samples investigated. Shellfish and zooplankton showed the highest prevalence of positive samples. No C. difficile was detected in marinesediment. Majority of the C. difficile isolates were toxin A/B positive.Six known different PCR ribotypes (003, 005, 009, 010, 056, and 066) were identified, whereas one strain may represent a new PCR ribotype. C. difficile may be present in the marine environment in Southern Italy, including shellfish and zooplankton. This study is reporting the isolation of C. difficile from zooplankton, clams, and mussels and pointing out a new possible route to exposure to C. difficile of healthy individuals in the community.
Objavljeno: 05.06.2012; Ogledov: 638; Prenosov: 4
URL Polno besedilo (0,00 KB)

9.
Ultrastructural characteristics of Clostridium difficile colonies
Maja Rupnik, Saška Lipovšek Delakorda, Gerd Leitinger, 2012, objavljeni povzetek znanstvenega prispevka na konferenci

Ključne besede: mikrobiologija, bakterije, spore, rast bakterij
Objavljeno: 10.07.2015; Ogledov: 303; Prenosov: 2
URL Polno besedilo (0,00 KB)

10.
Diversity of spa types among MRSA isolates from Maribor University hospital
Božena Kotnik-Kevorkijan, Slavica Lorenčič Robnik, Maja Rupnik, Marija Klasinc, Živa Petrovič, 2009, izvirni znanstveni članek

Opis: Background: Typing of pathogens is an important part in control and preventionof health care-associated infections. For methilcillin-resistant S. aureus (MRSA) a new sequence-based and easily internationally comparable typing method, spa typing, was recently described. We have used this method to analyze the MRSA types present in our hospital and to compare them with types reported elsewhere. Methods: 63 MRSA strains isolated from patients in Maribor University Hospital (MUH) during the year 2006 were spa typed. Typing data were compared to the patient hospitalization data to detect possible spatial and temporal clusters. Results: Sixty-three MRSA strains were distributed into 12 spa types. Seven spa types were represented only by a single isolate. The three most prevalent types (t001, t288, t003) included 80 % of all strains. The most prevalent type, t001, was present in many differentwards and during entire year. This type is also one of the mostly isolated types worldwide. High prevalence of other two types seems to be associated with small scale transmission events. Conclusions: Most of the spa types present in MUH are well known and widespread also elsewhere in Slovenia, in other EU countries and worldwide. Typing has helped us to follow the introduction of different MRSA types to the hospital environment and to detect occasional transmissions.
Ključne besede: MRSA, typing, spa types, health care-associated infections
Objavljeno: 10.07.2015; Ogledov: 247; Prenosov: 3
.pdf Polno besedilo (156,26 KB)

Iskanje izvedeno v 0.05 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici