1. |
2. Skupne genske značilnosti bolnikov z astmo in atopijskim dermatitisom : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeAmadeja Jeraj, 2020, diplomsko delo Opis: Astma in atopijski dermatitis sta kompleksni alergijski bolezni, katerih prisotnost v današnjem razvitem svetu narašča. K razvoju obeh bolezni pripomore več različnih genov, bivalno okolje in način življenja posameznika. Namen raziskave je bil poiskati podobnosti in razlike v genetski arhitekturi astme in atopijskega dermatitisa. Na osnovi objavljenih študij smo izbrali tiste gene, ki so bili povezani z nastankom obeh boleznih ter analizirali genetske polimorfizme v izbranih genih pri slovenskih otrocih z astmo in/ali atopijskim dermatitisom.
V našo študijo smo vključili 219 bolnikov in 97 zdravih posameznikov kot kontrolno skupino. Iz brisov ustne sluznice in krvnih limfocitov bolnikov ter zdravih posameznikov smo izolirali DNA molekule, na katerih smo genotipizirali izbrane polimorfizme genov STAT5B (rs9900213), TSLP (rs1898671) in STAT6 (rs324015). Genotipizacijo smo izvedli z metodoma qPCR-HRM in PCR-RFLP. Rezultate smo statistično analizirali s programom SPSS, kjer smo primerjali genotipske in alelne frekvence bolnikov in kontrol ter iskali povezavo med polimorfizmi in boleznima.
V raziskovalni nalogi smo potrdili vpliv gena TSLP na razvoj astme. Sočasno smo ugotovili, nekoliko povišano frekvenco alela T polimorfizma rs9900213 v genu STAT5B pri astmatikih in bolnikih z atopijskim dermatitisom in pridruženo astmo, kar bi lahko povečalo tveganje za razvoj astme. Za boljše razumevanje povezave astme in atopijskega dermatitisa bi bile potrebne nadaljnje raziskave na večjem številu vzorcev. S tem bi dobili realnejšo sliko povezav med atopijskim dermatitisom in astmo, kar bi prispevalo k uspešnejšemu zdravljenju.
Pridobljeni podatki lahko v prihodnosti prispevajo k razumevanju povezav med astmo in atopijskim dermatitisom.
Ključne besede: atopijski dermatitis, astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida (SNP), kandidatni geni
Objavljeno v DKUM: 30.07.2020; Ogledov: 1433; Prenosov: 131
 Celotno besedilo (1,67 MB) |
3. Vloga genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri nastanku in poteku multiple skleroze : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeMartina Krušič, 2019, diplomsko delo Opis: Multipla skleroza (MS) je kompleksna vnetna bolezen, ki prizadane osrednji živčni sistem. Bolniki so v povpečju stari med 20 in 40 let, za boleznijo pa pogosteje zbolevajo ženske. Točen vzrok nastanka sicer ni znan, vendar ga povezujemo z genetskimi dejavniki in vplivi iz okolja. K velikemu napredku v raziskovanju genetike MS so največ doprinesle asociacijske študije celotnega genoma (GWAS, ang. genome wide association studies), ki so do danes odkrile že več kot 100 lokusov, ki jih povezujemo z MS. Eden izmed znanih in pomembnih genetskih dejavnikov je tudi dejavnik tumorske nekroze.
Pri pregledu objavljenih študij smo ugotovili močno statistično povezavo med SNP-ji rs1800693 (na genu TNFRSF1A), rs1077667 (na genu TNFSF14) in rs67297943 (na genu TNFAIP3) kot vzročnimi variantami, ki vplivajo na nastanek in potek MS. V okviru diplomske naloge smo omenjene SNP-je preiskovali na 180 slovenskih bolnikih obolelih z MS in 123 kontrolah. Za izbrane polimorfizme smo najprej načrtali začetne oligonukelotide, izvedli optimizacijo verižne reakcije s polimerazo (PCR) ter vzorce slovenskih bolnikov z MS in zdravih posameznikov genotipizirali z metodo analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM).
Rezultati za SNP rs1800693 so pokazali, da je frekvenca alela G povišana pri bolnikih z MS (0,489) v primerjavi z zdravimi kontrolami (0,418), razlika pa ni statistično signifikantna (p=0,069). Za SNP rs1077667, ki je lociran na genu TNFSF14, smo ugotovili povišano frekvenco alela A pri bolnikih z MS (0,279) v primerjavi z zdravimi posamezniki (0,215), za ta polimorfizem pa smo ugotovili tudi statistično značilne razlike v frekvenci genotipov glede na spol (p=0,042). Za SNP rs67297943 nismo odkrili statistično značilnih razlik med skupinami. Rezultati naše študije nakazujejo na vlogo genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri poteku in nastanku MS v slovenski populaciji.
Ključne besede: multipla skleroza, TNFRSF1A, TNFSF14, TNFAIP3, polimorfizmi
Objavljeno v DKUM: 10.10.2019; Ogledov: 1582; Prenosov: 162
Celotno besedilo (2,34 MB) |
4. Vloga polimorfizmov v genih matriksnih metaloproteinaz pri raku dojk : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjePetra Berlak, 2019, diplomsko delo Opis: Rak dojke je kompleksna, delno dedna bolezen, ki je v razvitem svetu še vedno najpogostejši rak pri ženskah. Medtem ko se je zunanjim dejavnikom, ki vplivajo na nastanek raka dojke mogoče do neke mere izogniti, pa se genetskim dejavnikom žal ni. Ker je genov, katerih okvara je kriva za nastanek bolezni veliko, je potrebno tudi veliko število študij in raziskav, saj je še veliko informacij neodkritih. Ključnega pomena je, da se izboljša dosedanja baza podatkov, saj to vodi k boljšemu razumevanju poteka same bolezni in posledično k bolj učinkovitemu zdravljenju, prilagojenemu samemu bolniku. Veliko vlogo pri samem poteku raka dojke imajo tudi polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP), ki so variacija zaporedja DNK, ki se pojavi, ko se en sam nukleotid v genomu razlikuje med osebki iste biološke vrste. Pri preiskovanju teh polimorfizmov je zelo uspešna metoda asociacijske študije. V diplomski nalogi smo se osredotočili na polimorfizme SNP v genih matriksnih metaloproteinaz, ki so se izkazale kot pomembne pri raku dojk. Naš cilj je bil najti in razumeti vpliv polimorfizmov na nastanek same bolezni in njihovo vlogo v celotnem procesu zdravljenja.
V študijo je bilo vključenih 77 slovenskih bolnic z rakom dojke in 123 zdravih posameznikov kot kontrolna skupina. Iz krvnih limfocitov bolnic z rakom dojke ter iz kontrol smo izolirali DNK na katerih smo genotipizirali izbrane polimorfizme na genih MMP1 (rs1799750 ter rs498186), MMP2 (rs243865), MMP3 (rs650108), MMP7 (rs11568818) ter MMP9 (rs3918242 ter rs17577). Genotipizacijo izbranih polimorfizmov smo izvedli z metodama PCR-RFLP ter qPCR-HRM. Nadalje smo izvedli statistično analizo podatkov s programom SPSS, kjer smo iskali povezavo med polimorfizmi in boleznijo s primerjavo frekvence genotipov in alelov bolnic in zdravih kontrolnih posameznikov.
Ugotovili smo, da sta pri slovenskih bolnicah z rakom dojk povezana polimorfizma na genih MMP1 in MMP9. V primeru SNP-ja rs1799750 na genu MMP1 smo iz rezultatov ugotovili, da je delecija alela C pri tem polimorfizmu povezana z boleznijo, v primeru SNP-ja rs17577 na genu MMP9 pa smo ugotovili, da je bolezenski alel A.
Ključne besede: rak dojke, SNP, genotipizacija, asociacijska študija
Objavljeno v DKUM: 10.10.2019; Ogledov: 1495; Prenosov: 159
Celotno besedilo (1,80 MB) |
5. Genetska in farmakogenetska analiza genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri revmatoidnem artritisu : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeDanijela Cole, 2019, diplomsko delo Opis: Revmatoidni artritis (v nadaljevanju RA) je avtoimunska bolezen, ki jo povzročajo različni dejavniki. Prizadene približno 1% odraslih v Sloveniji in po svetu, najpogostejše med njimi so ženske. Gre za heterogeno, kronično vnetno bolezen, katera napade sklepe oz. sinovinalno tkivo. Bolezen je posledica delovanja tako okoljskih kot genetskih dejavnikov. Za zdravljenje so najbolj učinkovita biološka zdravila, večina deluje na principu zaviranja dejavnika tumorske nekroze (TNF).
Namen naše diplomske naloge je bil poiskati povezave med izbranimi polimorfizmi v genih iz družine TNF in nastankom RA ter odgovor na terapijo pri RA. V nalogi smo se osredotočili na slovensko populacijo, na voljo smo imeli 276 vzorcev bolnikov z RA ter 123 zdravih posameznikov, na katerih smo z metodo verižne reakcije s polimerazo, ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR-RFLP), ter analizo taljenja visoke ločljivosti (HRM) genotipizirali izbrane polimorfizme posameznega nukleotida (SNP-je) v genu TRAF1 (rs3761847) ter v regiji gena TNFAIP3 (rs6920220). Nadalje smo primerjali alelne in genotipske frekvence analiziranih SNP-jev med bolniki z RA ter zdravimi posamezniki ter glede na klinične podatke.
V okviru diplomske naloge smo potrdili statistično značilno povezavo SNP-ja rs6920220 z nastankom RA ter povezavo tega SNP-ja z odgovorom na terapijo, pri čemer je alel A tisti, ki je povišan v skupini bolnikov v primerjavi z zdravimi posamezniki ter je povezan s slabšim odgovorom. Prav tako smo nakazali na morebitno vlogo SNP-ja rs3761847 v genu TRAF1 pri nastanku RA. Tako smo v okviru dela potrdili povezavo genov iz družine dejavnika tumorske nekroze z nastankom in potekom RA v slovenski populaciji ter s tem prispevali nov potencialni biooznačevalec nastanka in poteka RA v slovenski populaciji.
Ključne besede: Revmatoidni artritis, faktor tumorske nekroze, genetika RA, farmakogenetska analiza, SNP
Objavljeno v DKUM: 10.10.2019; Ogledov: 1243; Prenosov: 97
Celotno besedilo (2,37 MB) |
6. Analiza bioloških poti povezanih z odgovorom na biološko terapijo pri bolnikih z multiplo sklerozo z uporabo orodij genske ontologije : magistrsko deloSuzana Stokić, 2019, magistrsko delo Opis: Multipla skleroza (MS) je najbolj pogosta kronična avtoimuna bolezen centralnega živčnega sistema. Epidemiološki podatki kažejo, da tako genetski kot tudi okoljski dejavniki prispevajo k tveganju za razvoj MS. Zdravljenje se navadno začne z biološkimi zdravili interferoni beta (INF-beta) in glatiramer acetat (GA). Iz literature je razvidno, da 30-50 % bolnikov ne odgovarja na terapijo prvega reda, na kar vplivajo tudi razlike v genetski variabilnosti med posamezniki. Zato je zelo pomembno identificirati biooznačevalce, s katerimi bi lahko napovedali odziv na terapijo še pred zdravljenjem ter s tem zmanjšali stranske učinke in dosegli maksimalno učinkovitost in varnost v zgodnji fazi bolezni. V tem magistrskem delu smo želeli s pomočjo spletnih podatkovnih zbirk ter z ustreznimi bioinformatskimi orodji in orodji genske ontologije raziskati farmakogenomiko MS, na podlagi pridobljenih podatkov predpostaviti molekularno biološko pot odziva na farmakološko zdravljenje ter poiskati skupne biološke mehanizme, ki napovedujejo najboljši odziv na zdravljenje MS.
Pri zdravljenju z INF-beta so se pokazale kot pomembne biološke poti signalna pot interferona tipa 1, celični odgovor na interferon tipa 1 ter odgovor na interferon tipa 1, kar je smiselno glede na samo zdravilo, vendar smo opazili, da te poti vključujejo le malo genov, ki bi lahko sodelovali pri odzivu. Pri zdravljenju z GA pa so ključne biološke poti imunski odziv, proces imunskega sistema ter citokine signalne poti. Gene povezane z odzivom na zdravljenje smo povezali v mrežo, s katero smo dobili vpogled v proteinsko povezavo med posameznimi geni. Iz mrež je razvidno veliko več povezav kot smo pričakovali, kar pomeni, da imajo proteini več interakcij sami med seboj kot bi to pričakovali od naključnega seta. Poleg tega so geni, povezani z odzivom na zdravljene z določenim biološkim zdravilom, prav tako vključeni še v druge biološke poti povezane s sami imunskim sistemom in njegovo kompleksnostjo.
Ključne besede: multipla skleroza, zdravljenje MS, biološka zdravila, INF-beta, GA, humana monoklona protitelesa, genska ontologija, GWA študije
Objavljeno v DKUM: 04.09.2019; Ogledov: 1817; Prenosov: 124
Celotno besedilo (2,22 MB) |
7. Optimizacija izolacije DNK iz tkivnih vzorcev ter analiza somatskih mutacij pri bolnicah z rakom dojk : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeJanina Gea Cvikl, 2018, diplomsko delo Opis: Rak dojk je biološko in molekularno heterogena bolezen, zato je identifikacija podtipa ključna za pravilno izbiro zdravljenja. Pri tem nam pomagajo tudi somatske mutacije, to so mutacije DNK v somatskih celicah, ki lahko vodijo v razvoj tumorja. Analiza somatskih mutacij v tkivnih vzorcih predstavlja velik izziv. Zato je bil cilj diplomske naloge optimizirati postopek izolacije iz različnih tipov tkivnih vzorcev ter analizirati izbrane somatske mutacije v genih, najpogosteje povezanih z nastankom raka dojk.
V prvem delu diplomske naloge smo se osredotočili na izolacijo DNK iz treh različnih tipov vzorcev in sicer iz krvnih limfocitov s fenol-kloroformno ekstrakcijo, iz sveže zamrznjenih tkiv, shranjenih v raztopini RNAlater s predhodno homogenizacijo tkiva ter nadaljno fenol-kloroformno ekstrakcijo, ter iz tkivnih vzorcev vpetih v parafin z uporabo komercialno dostopnega kompleta reagentov. Pri evalvaciji metod smo upoštevali parametre, kot so koncentracija, izkoristek, čistost in integriteta DNK, metode izolacije pa smo ovrednotili tudi stroškovno in časovno, ter primerjali intenziteto dela. Za določanje koncentracije, izkoristka in čistosti izolirane DNK smo uporabili spektrofotometrične meritve, za določevanje integritete DNK pa metodo gelske elektroforeze. Nadalje smo želeli optimizirati genotipizacijo vzorcev za izbrane somatske mutacije na genih BRCA1 (rs55770810), TP53 (rs587778720) in BRCA2 (rs8035971). Pri genotipizaciji smo uporabljali metodi PCR-RFLP in qPCR-HRM.
V okviru diplomske naloge smo uspešno izolirali DNK iz vseh treh tipov vzorcev, pri čemer smo najvišji izkupiček in integriteto DNK pričakovano dosegli pri DNK, izolirani iz krvnih limfocitov, vendar je bila čistost izolirane DNK najnižja. Stroškovna in časovna analiza je pokazala, da je postopek izolacije DNK iz tkiva vpetega v parafin najdražji, vendar najhitrejši in najmanj zahteven postopek, predvsem v primerjavi z izolacijo DNK iz svežih tkiv. Pri analizi izbranih somatskih mutacij smo za SNP rs587778720 potrdili večjo frekvenco patogenega alela v somatskih celicah kot v DNK, izolirani iz krvnih vzorcev. Genotipizacija SNP-jev rs55770810 in rs8035971 je bila neuspešna. Oba SNP-ja se nahajata na delu DNK, kjer zaradi velike variabilnosti regije prihaja do številnih drugih variacij, ki interferirajo z genotipizacijo izbranega SNP-ja.
Ključne besede: rak dojk, SNP, genotipizacija, izolacija DNK, somatske mutacije
Objavljeno v DKUM: 12.07.2019; Ogledov: 1900; Prenosov: 127
Celotno besedilo (3,12 MB) |
8. Povezava med polimorfizmi in geni oksidativnega stresa pri bolnikih s pogostimi kompleksnimi boleznimiMatic Broz, 2017, diplomsko delo Opis: Avtoimune kompleksne bolezni, kot so kronična vnetna črevesna bolezen, multipla skleroza in astma, nastanejo kot posledica delovanja genetskih in okoljskih dejavnikov. Pomembno vlogo pri nastanku teh bolezni ima oksidativni stres, saj poveča vnetje, sproži apoptozo celic ter zniža imunsko odpornost. Diplomsko delo prikazuje vpliv sprememb v genih oksidativnega stresa na razvoj astme, multiple skleroze in kronične vnetne črevesne bolezni v slovenski populaciji.
V diplomskem delu smo pri slovenskih bolnikih z astmo, multiplo sklerozo in kronično vnetno črevesno bolezenijo ter pri kontrolni skupini zdravih posameznikov s tehniko talilne krivulje visoke ločljivosti genotipizirali polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) v genih oksidativnega stresa, in sicer SNP rs4880 na genu SOD2 in SNP rs2107538 na genu CCL5.
Ugotovili smo statistično značilno povezavo med polimorfizmom SNP rs4880 na genu SOD2 in multiplo sklerozo. Pri bolnikih z multiplo sklerozo je bila frekvenca alela C višja (0,559) v primerjavi s kontrolno skupino (0,471, p=0,019). To pripišemo izgubi funkcije MnSOD, do katere pride zaradi zamenjave timina s citozinom na 47. mestu. Povezave med rs2107538 na genu CCL5 in analizirami boleznimi nismo potrdili.
Ugotovili smo, da SNP rs4880 na genu oksidativnega stresa SOD2 prispeva k patogenezi multiple skleroze in prav tako nakazuje na povezavo z razvojem astme. Rezultati diplomskega dela nakazujejo na vlogo genov oksidativnega stresa pri nastanku kompleksnih bolezni.
Ključne besede: oksidativni stres, multipla skleroza, astma, kronična vnetna črevesna bolezen, HRM
Objavljeno v DKUM: 14.09.2017; Ogledov: 2185; Prenosov: 219
Celotno besedilo (1,61 MB) |
9. Analiza bioloških poti z uporabo orodij genske ontologije za gene povezane z astmoMarina Koren, 2017, diplomsko delo Opis: Povzetek
Astma je kronična bolezen, pri kateri ima bolnik stalno prisotno vnetje dihalnih poti. To vnetje je povezano predvsem s preobčutljivostjo in preodzivnostjo dihal na različne dražljaje ali sprožilce v okolju, k nastanku bolezni pa prispeva tudi genetski zapis posameznika. Bolezen je vse pogostejša v razvitem svetu. Kljub temu da obstoječa terapija zagotavja uspešen nadzor nad boleznijo, delež bolnikov, ki se na zdravila ne odzivajo, ostaja razmeroma velik. Zato je nujen nadaljnji razvoj v smeri odkrivanja novih načinov zdravljenja. Velik napredek na področju genetike astme so prinesle asociacijske študije na celotnem genomu (GWAs, ang. za genome wide association studies), saj so odkrile več novih potencialnih genov, ki vplivajo na pojav astme.
V diplomskem delu smo naredili obsežen pregled literature, s pomočjo katere smo iz GWA študij izpisali potencialne gene in polimorfizme posameznega nukleotida (SNP, ang. za single nucleotide polymorphism), ki so pokazali povezavo z razvojem astme. Nato smo z orodji genske ontologije prišli do ožjega izbora SNP-jev, iz katerega smo izbrali najprimernejši SNP za analizo pri slovenskih bolnikih z astmo in zdravih posameznikih. Pri eksperimentalnem delu smo uporabili metodo PCR-HRM, s katero smo genotipizirali izbran SNP.
Na podlagi asociacijske študije smo ugotovili, da izbran SNP na genu IL33 ni povezan z astmo pri slovenskih otrocih. Glede na te rezultate bi bilo smiselno, da se seznam genov, ki smo ga po uporabi orodij genske ontologije dobili, uporabili za nadaljnje analize v tej smeri tako, da se analizira tudi druge gene in njihove SNP-je. Tako bi dobili širšo sliko o tem, kako se razvije astma in kakšni dejavniki na to najbolj vplivajo. Glede na ta spoznanja bi lahko nadgradili in razvili nova zdravila in načine zdravljenja, ki bi vse več bolnikom omogočili boljše in kvalitetnejše življenje kljub obolelosti za astmo.
Ključne besede: astma, GWA študije, HRM metoda, IL33, orodja genske ontologije
Objavljeno v DKUM: 26.07.2017; Ogledov: 2601; Prenosov: 108
Celotno besedilo (3,39 MB) |
10. Single nucleotide polymorphisms as prognostic and predictive factors of adjuvant chemotherapy in colorectal cancer of stages I and IIMatej Horvat, Uroš Potočnik, Katja Repnik, Rajko Kavalar, Borut Štabuc, 2016, pregledni znanstveni članek Opis: Colorectal cancer (CRC) is a highly heterogeneous disease regarding the stage at time of diagnosis and there is special attention regarding adjuvant chemotherapy in unselected patients with stage I and stage II. The clinicohistologically based TNM staging system with emphasis on histological evaluation of primary tumor and resected regional lymph nodes remains the standard of staging, but it has restricted sensitivity resulting in false downward stage migration. Molecular characteristics might predispose tumors to a worse prognosis and identification of those enables identifying patients with high risk of disease recurrence. Suitable predictive markers also enable choosing the most appropriate therapy. The current challenge facing adjuvant chemotherapy in stages I and II CRC is choosing patients with the highest risk of disease recurrence who are going to derive most benefit without facing unnecessary adverse effects. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are one of the potential molecular markers that might help us identify patients with unfavorable prognostic factors regarding disease initiation and recurrence and could determine selection of an appropriate chemotherapy regimen in the adjuvant and metastatic setting. In this paper, we discuss SNPs of genes involved in the multistep processes of cancerogenesis, metastasis, and the metabolism of chemotherapy that might prove clinically significant.
Ključne besede: single nucleotide polymorphism, colorectal cancer, adjuvant chemotherapy
Objavljeno v DKUM: 14.06.2017; Ogledov: 1434; Prenosov: 374
Celotno besedilo (1,27 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
