1. Genska ontologija za odkritje molekularno bioloških poti in procesov, povezanih s siringomielijo in chiari podobno malformacijo pri domačem psuTjaša Pečovnik, 2022, magistrsko delo Opis: Uvod: Siringomielija (SM) in Chiari podobna malformacija (CPM)sta dve pogosti
bolezni, ki se pojavljata pri domačem psu in najpogosteje prizadeneta pse pasme
Cavalier King Charles španjel (CKCS) in bruseljski grifon (BG). Bolezni predstavljata
problem čistokrvne reje miniaturnih pasem. CKCS je pasma, pogosto podvržena
boleznim mitralne zaklopke, več kot 50% psov pasme CKCS pa naj bi trpelo za SM
Metode: S pomočjo do sedaj opravljenih raziskav, genske ontologije in
bioinformacijskih pristopov smo odkrili molekularno biološke poti, ki bi lahko v
prihodnosti prispevale k oblikovanju novih smernic za raziskave CPM in SM.CPM kot SM
smo obravnavali kot ločeni bolezni in za vsako naredili ločeno analizo genske
ontologije. Podrobneje smo si pogledali termine GO z visoko stopnjo statistične
značilnosti.
Rezultati: S CPM smo povezali 3 gene, ki so bili omenjeni v literaturi (CDX1, FBNI,
CSKD1) in 3 gene za SM (ILR6, PCDH17, ZWINT). Za konec smo preverili ali si bolezni
delita skupne termine genske ontologije, pri čemer smo dobili 6 skupnih terminov, ki
niso dovolj izčrpni, da bi jih lahko uporabili v nadaljnjih analizah.
Sklep in razprava: Potrdili smo ujemanje genov z posameznima boleznima, kar lahko
služi kot smernica za nadaljnje analize. Laboratorijske raziskave, bi lahko bile naslednji
korak, ki bi podale globlje informacije izbrane kompleksne bolezni.
Ključne besede: genska ontologija, siringomielija, Chiari podobna malformacija, domači pes.
genska ontologija, siringomielija, Chiari podobna malformacija, domači pes.
Objavljeno v DKUM: 15.02.2022; Ogledov: 413; Prenosov: 46
 Celotno besedilo (1,69 MB) |
2. Biološki procesi in napovedovanje neodzivnosti na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri Crohnovi bolezni z integracijo genomskih podatkovGregor Jezernik, 2020, doktorska disertacija Opis: Razvoj bioloških zdravil je pomembno prispeval k možnostim zdravljenja raka in imunsko pogojenih bolezni. Med najpogosteje uporabljenimi biološkimi zdravili so zaviralci dejavnika tumorske nekroze (TNF). Crohnova bolezen je pogosta imunsko pogojena bolezen prebavil, ki se zdravi z zaviralci TNF. Kljub tarčnemu delovanju zaviralcev TNF del bolnikov s Crohnovo boleznijo žal ne doseže dobrega odziva na zaviralce TNF že ob uvedbi terapije ali pa sprva dober odziv na zaviralce TNF s časom izzveni. Neodzivnost na zaviralce TNF predstavlja pomeni izgubo nadzora nad pogosto hudim bolezenskim stanjem bolnika s Crohnovo boleznijo, ki je po nepotrebnem izpostavljen potencialno hudim neželenim stranskim učinkom bioloških zdravil, in tudi precejšnje finančno breme za zdravstveno blagajno. Ti razlogi utemeljujejo potrebo po napovedovanju odziva na biološka zdravila, po možnosti še pred uvedbo zdravljenja.
V doktorski disertaciji smo celostno raziskali biološke označevalce odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin v vzorcih periferne venske krvi skupine slovenskih bolnikov s Crohnovo boleznijo, ki se je zdravila z adalimumabom. Rezultate teh analiz smo uporabili za oblikovanje novih napovednih modelov s pristopi strojnega učenja, t.i. metode podpornih vektorjev. Za namene iskanja vzročnih bioloških procesov, ki pogojujejo neodzivnost na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, smo sistematsko preučili gensko ontologijo že objavljenih bioloških označevalcev odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze v kronični vnetni črevesni bolezni. Za primerjalno analizo genske ontologije smo zbrali tudi biološke označevalce odziva v revmatoidnem artritisu. Ker je neodzivnost pogostejša med pediatričnimi bolniki, smo analizo genske ontologije razširili še na vzročne gene pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni in sindrome s klinično sliko, skladno s kronično vnetno črevesno boleznijo. Dodatno smo tudi poskusili ponoviti že objavljen napovedni model odziva na infliksimab, ki temelji na izražanju petih genov v črevesni sluznici.
Rezultati genske ontologije že objavljenih označevalcev kažejo na povezavo med krvnimi lipoproteini in odzivom na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri kronični vnetni črevesni bolezni, kot tudi pri revmatoidnem artritisu. Na osnovi rezultatov genske ontologije pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni lahko sklepamo, da so zelo zgodnje pediatrične oblike z nastopom bolezni pred šestim letom starosti ločena genetska entiteta in je neodzivnost pogojena z drugimi procesi, npr. s primarno imunsko pomanjkljivostjo.
Analiza bioloških podatkov na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin ni pokazala biološkega označevalca, ki bi dosegel statistično značilnost, kar odraža tudi analiza napovedne moči s pristopi strojnega učenja. Profili maščobnih kislin nimajo napovedne moči za določevanje odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, genomski in transkripromski podatki pa imajo le nizko napovedno moč. Napovedni model na osnovi že objavljenega modela izražanja genov v črevesni sluznici smo uspešno ponovili in prenesli na drugo učinkovino (adalimumab). Na osnovi izražanja štirih genov v vneti in nevneti črevesni sluznici je možno napovedati odziv na zaviralce dejavnika tumorske nekroze s natančnostjo do 100 %. Nato smo še analizirali diagnostično napovedno moč bioloških podatkov s vključitvijo bioloških podatkov zdravih prostovoljcev, ki so že bili na voljo. Napovedni model na osnovi dednega zapisa in profilov maščobnih kislin je z natančnostjo do 100 % ločil med zdravimi prostovoljci in bolniki s Crohnovo boleznijo.
Ključne besede: Crohnova bolezen, genomika, transkriptomika, adalimumab, izid zdravljenja, genska ontologija
Objavljeno v DKUM: 20.01.2021; Ogledov: 817; Prenosov: 97
Celotno besedilo (3,69 MB) |
3. VPLIV POLIMORFIZMOV V CELOTNEM GENOMU NA PROFILE MAŠČOBNIH KISLIN PRI BOLNIKIH S KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZNIJOGregor Jezernik, 2016, magistrsko delo Opis: V magistrskem delu smo s intenzivno bioinformacijsko analizo preučevali povezave med profili maščobnih kislin in polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP-ji), ki so bili genotipizirani na SNP mikromreži, ki obsega več kot 200.000 SNP-jev celotnega genoma. Namen tega dela je bil najti genetske regije, ki vplivajo na deleže maščobnih kislin v membranah rdečih krvnih celic bolnikov s kronično vnetno črevesno boleznijo (KVČB) in razložiti, kako s tem prispevajo k patogenezi bolezni ali njenemu poteku. Pri bioinformacijski analizi smo uporabili več programskih orodij, med njimi PLINK, R in Haploview.
Bioinformacijska analiza je pokazala močan statistično značilen signal v FADS regiji, ki vpliva na delež dihomo-γ-linolenske kisline (p = 6.84 × 10-7). Signal je del večjega haplotipskega bloka, katerega vpliv na kinetiko metabolizma maščobnih kislin in eikozanoidov je že dobro opisan. Haplotip D namreč poveča sintezo daljših maščobnih kislin. V prisotnosti moderne zahodnjaške diete bogate s krajšimi ω-6 maščobnimi kislinami vodi do proizvodnje velikih količin arahidonske kisline, katere derivati delujejo vnetno. Ta mehanizem je lahko patogen za kronično vnetno črevesno bolezen. Haplotip D v KVČB deluje negativno tudi s porabo esencialnih maščobnih kislin v času hudega vnetja in s tem vpliva na potek bolezni.
Rezultati te asociacijske študije kažejo na vlogo maščobnih kislin v poteku KVČB. Nadaljnje raziskave na tem področju bi prispevale k napovedovanju poteka bolezni in uspešnosti terapij ter odkrivanju novih terapevtskih tarč.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, profil maščobnih kislin, asociacijska študija, študija celotnega genoma
Objavljeno v DKUM: 05.09.2016; Ogledov: 1645; Prenosov: 118
Celotno besedilo (2,10 MB) |
4. |
5. PRIMERJAVA VPLIVA DNA POLIMORFIZMOV V GENIH ZA METABOLIZEM LIPIDOV NA PROFILE MAŠČOBNIH KISLIN MED BOLNIKI Z RAZLIČNIMI KOMPLEKSNIMI BOLEZNIMIGregor Jezernik, 2014, diplomsko delo Opis: V diplomskem delu smo proučevali povezavo med polimorfizmi genov, ki sodelujejo pri presnovi maščobnih kislin, in profilom maščobnih kislin bolnikov s pogostimi kompleksnimi boleznimi. Namen dela je bilo ugotoviti povezavo med genotipom posameznega polimorfizma in masnimi deleži maščobnih kislin v eritrocitih, torej da prisotnost bolezenskega alela spremeni maščobno sestavo. Po preučevanju dosedanje literature smo izbrali primerne polimorfizme na genih, ki bi lahko vplivali na maščobni profil. Nato smo vzorce DNK genotipizirali z metodo RFLP ali s HRM. Genotipizirali smo slovenske bolnike z astmo (51), kronično vnetno črevesno boleznijo (103), polipi debelega črevesa (17), miomi maternice (52) in kontrolni skupini zdravih posameznikov (82) za SNP-ja v genih LTA4H, ki kodira encim levkotrien A4 hidrolazo, in PTGS2, ki kodira encim prostaglandin-endoperoksid sintazo 2. Funkcija encima LTA4H je hidrolizirati levkotrien A4 v levkotrien B4; encim PTGS2 pa metabolizira arahindonsko kislino v PGH2. Podatke pridobljene z genotipizacijo smo statistično obdelali.
Asociacijska študija je pokazala statistično signifikantno povezavo med bolezenskim alelom za SNP rs2540487 na genu LTA4H in patogenezo miomov maternice (p = 0,031).
Rezultati kažejo več statistično signifikantnih povezav med profilom maščobnih kislin in genotipom polimorfizma rs2540487 v genu LTA4H; pri bolezenskih alelih zmanjšan delež adrenske in Osbondove kisline in povišan delež oleinske kisline. Adrenska in Osbondova kislina sta produkta arahidonske kisline pri podaljševanju omega-6 maščobnih kislin, kar bi lahko pomenilo, da se arahidonska kislina hitreje presnavlja po drugih metabolnih poteh. Razlog takšni spremembi v metabolizmu je povečano delovanje encima LTA4H, ki je povezano s SNP-jem rs2540487.
Ključne besede: profil maščobnih kislin, kompleksne bolezni, levkotrieni, arahidonska kislina, vnetni odziv
Objavljeno v DKUM: 22.09.2014; Ogledov: 1923; Prenosov: 135
Celotno besedilo (1,75 MB) |
6. Razvoj modela za ocenjevanje investicije v nakup mlekomataGregor Jezernik, 2012, diplomsko delo Opis: Namen diplomske naloge je bilo ugotoviti ekonomsko upravičenost investicije v nakup mlekomata za prodajo svežega mleka in razviti računalniški model, ki bo omogočal izračunavanje ekonomske upravičenosti investicije po predpostavljenih parametrih. Za izračunavanje upravičenosti investicije smo uporabili metodo NSV (neto sedanje vrednosti) in ISD (interno stopnjo donosnosti). Izdelali smo model v elektronski preglednici s pomočjo programa Microsoft Office EXCEL 2003, ki omogoča preračunavanje upravičenosti investicije po različnih scenarijih. Predvideli smo štiri različne scenarije. Ugotovili smo, da bi bila po prvem scenariju investicija upravičena že četrto leto. V drugem scenariju smo ugotovili, da bi bila investicija upravičena pri povprečni dnevni prodaji 40 litrov mleka in več. V tretjem scenariju smo ugotovili, da bi bila investicija upravičena pri prodajni ceni 0,8 € za liter mleka. V četrtem scenariju pa smo ugotovili, da je po vseh predpostavljenih parametrih investicija upravičena.
Ključne besede: mlekomat, NSV, ISD, upravičenost, investicija
Objavljeno v DKUM: 20.04.2012; Ogledov: 1896; Prenosov: 184
Celotno besedilo (1,16 MB) |
7. |
