| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 3 / 3
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
Computing quadratic entropy in evolutionary trees
Drago Bokal, Matt DeVos, Sandi Klavžar, Aki Mimoto, Arne Ø. Mooers, 2011

Opis: We note here that quadratic entropy, a measure of biological diversity introduced by Rao, is a variant of the weighted Wiener index, a graph invariant intensively studied in mathematical chemistry. This fact allows us to deduce some efficient algorithms for computing the quadratic entropy in the case of given tip weights, which may be useful for community biodiversity measures. Furthermore, on ultrametric phylogenetic trees, the maximum of quadratic entropy is a measure of pairwise evolutionary distinctness in conservation biology, introduced by Pavoine. We present an algorithm that maximizes this quantity in linear time, offering a significant improvement over the currently used quadratic programming approaches.
Ključne besede: teorija grafov, evolucijsko drevo, filogenetsko drevo, Wienerjev indeks, graph theory, evolutionary tree, phylogenetic tree, quadratic entropy, originality, distinctness, Wiener index
Objavljeno: 10.07.2015; Ogledov: 385; Prenosov: 50
URL Povezava na celotno besedilo

2.
Evolutionarily distinctive species often capture more phylogenetic diversity than expected
David W. Redding, Klass Hartmann, Aki Mimoto, Drago Bokal, Matt DeVos, Arne Ø. Mooers, 2008, izvirni znanstveni članek

Opis: Evolucijska posebnost meri, koliko se določena vrsta evolucijsko razlikuje v svoji filogenetski veji. Nedavno so bile za določanje prioritet pri ohranjanju biotske raznolikosti predlagane mere, ki so eksplicitno vključujejo časovno komponento. Vendar ugotavljamo, da se takšne mere kakovostno razlikujejo glede na to, kako dobro zaobjamejo skupno evolucijo (poimenovano kot filogenetsko raznolikost), ki jo predstavlja izbrana množica vrst. S pomočjo simulacij in preproste teorije grafov smo raziskali ta odnos glede na obliko filogenetskega drevesa. Pokazali smo, da mere posebnosti zaobjamejo več filogenetske raznolikosti na neuravnoteženih drevesih in na drevesih z veliko cepitvami blizu sedanjosti. Vrstni red glede na mero posebnosti je bil robusten neodvisno od oblike dreves, pri čemer so se proporcionalne mere obnašale bolje od mer, osnovanih na vozlišcih dreves. Enak vzorec se je izkazal na primeru 50 ultrametričnih dreves iz literature. Tako lahko zaključimo, da so mere posebnosti lahko koristen dodatni indikator pri določanju prioritet ohranjanja vrst. Najenostavnejša mera, starost vrste, se v tem kontekstu izkaže presenetljivo dobro, kar nakazuje da nove mere, ki se osredotočijo na obliko drevesa pri konicah, lahko zagotovijo transparentno alternativo za bolj zapletene pristope, ki obravnavajo polna drevesa.
Ključne besede: filogenetska raznolikost, evolucija, mera posebnosti, filogenetsko drevo, filogenetic diversity, evolution, distinctness measure, filogenetic tree
Objavljeno: 10.07.2015; Ogledov: 353; Prenosov: 49
URL Povezava na celotno besedilo

3.
Computing quadratic entropy in evolutionary trees
Drago Bokal, Matt DeVos, Sandi Klavžar, Aki Mimoto, Arne Ø. Mooers, 2011, izvirni znanstveni članek

Opis: Kvadratična entropija, ki jo je vpeljal Rao, je mera za biološko raznolikost. V članku opazimo, da je kvadratična entropija inačica uteženega Wienerjevega indeksa, ki je po drugi strani intenzivno raziskovana grafovska invarianta v matematični kemiji. To dejstvo omogoča izpeljavo nekaj učinkovitih algoritmov za izračunavanje kvadratične entropije v primeru danih listnih uteži. Na ultrametričnih drevesih je Pavoine vpeljal maksimum kvadratičnih entropij kot mero za paroma evolucijsko različnost v ohranitveni biologiji. Predstavljamo algoritem, ki maksimizira to količino v linearnem času, kar je pomembna izboljšava glede na obstoječe kvadratične programske pristope.
Ključne besede: teorija grafov, evolucijsko drevo, filogenetsko drevo, kvadratična entropija, različnost, Wienerjev indeks, graph theory, evolutionary tree, phylogenetic tree, quadratic entropy, originality, distinctness, Wiener index
Objavljeno: 10.07.2015; Ogledov: 331; Prenosov: 55
URL Povezava na celotno besedilo

Iskanje izvedeno v 0.1 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici