1. Študij vezave peptidov na Fc regije protiteles : magistrsko deloŽan Smrekar, 2023, magistrsko delo Opis: Z uporabo računalniških pristopov in simulacij lahko uspešno modeliramo interakcije, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Tekom razvoja se pojavljajo novi razredi peptidnih zdravil. Peptidi so sestavljeni iz verig aminokislinskih preostankov in zajemajo prednosti tako majhnih molekul kot tudi tarčno specifičnost večjih struktur, kot so proteini. Za načrtovanje novih potencialnih struktur peptidov smo tako uporabili računalniške in bioinformacijske pristope, kot je molekulsko sidranje. V magistrski nalogi smo se osredotočili na Fc regijo protiteles kot receptor. Načrtovali in identificirali smo potencialne tetrapeptide s strukturo, ki je podobna eksperimentalnim podatkom.
Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezni receptor smo pridobili na prosto dostopnem spletnem mestu https://www.rcsb.org/ (PDB ID: 5U52), za pripravo knjižnice struktur tetrapeptidov in analizo rezultatov smo uporabili analitično platformo KNIME, za molekulsko sidranje smo uporabili programsko opremo CmDock in za grafični vpogled ciljnih struktur računalniški program PyMol.
Ključne besede: peptidi, Fc regija, molekulsko sidranje, KNIME Analytics Platform, PyMol, peptidno sidranje
Objavljeno v DKUM: 25.05.2023; Ogledov: 642; Prenosov: 101
 Celotno besedilo (2,74 MB) |
2. Pravna ureditev izvršbe v praksi : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa VarstvoslovjeŽan Smrekar, 2020, diplomsko delo Opis: Z diplomsko nalogo sem raziskal Zakon o izvršbi in zavarovanju ter Pravilnik o opravljanju službe izvršitelja in ostalo strokovno literaturo, ki ureja izvršilni postopek v Sloveniji. Živimo v času, kjer je zadolževanje skoraj neizbežno, ker pa včasih dolg ne uspe biti poravnan ustrezno med strankama samima, vskoči v zadevo država. Država je praktične naloge izvršbe zaupala izvršiteljem, ki so samozaposleni in delujejo pod nadzorom Zbornice izvršiteljev Slovenije in Ministrstva za pravosodje.
Slovenski Zakon o izvršbi in zavarovanju je bil večkrat noveliran, saj je bodisi varoval dolžnika in je izvršilni postopek veljal za neučinkovitega, bodisi pa privilegiral upnika ter hitrost postopka. Zato je za vse novele zakona veljalo: dva koraka naprej, eden nazaj. Zakonodajalec mora biti pozoren tako na pravice upnika kot dolžnika ter urediti zakon tako, da nobena izmed strank ne zavlačuje postopka brez razloga ter nikogaršnje človekove pravice niso kršene.
Izvršba, ki temelji na verodostojni listini, ki jo prejme Centralni oddelek za verodostojno listino, je vložena elektronsko preko spletnega portala in prispeva k razbremenitvi sodišča, saj je ni potrebno vložiti pisno. Čeprav je naš zakon napisan po vzoru avstrijskega zakona o izvršbi, je še vedno opaziti razlike med zakonodajama Avstrije in Slovenije zaradi zgodovinskih in ostalih razlogov.
Primerjal pa bom tudi slovenski zakon z ureditvijo izvršilnega področja v Nemčiji. V diplomskem delu sem raziskal največje razlike med državami ter kako poteka čezmejna izvršba v Evropski uniji. S pomočjo pravnih metod sem področje izvršilnega prava raziskal takšnega, kot je zapisan v zakonih, kot tudi s pomočjo strokovnih člankov pregledal, kako naj bi bil zakon v prihodnosti urejen (lat.: de lege ferenda). Na koncu dela pa sem predstavil predloge za izboljšavo in pregledal trenutno stanje v Sloveniji.
Ključne besede: diplomske naloge, izvršba, izvršitelj, izvršba v Nemčiji in Avstriji, Zakon o izvršbi in zavarovanju, Centralni oddelek za verodostojno listino
Objavljeno v DKUM: 14.04.2020; Ogledov: 1292; Prenosov: 166
Celotno besedilo (504,93 KB) |
3. Računalniško načrtovanje terapevtskih proteinov : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeŽan Smrekar, 2019, diplomsko delo Opis: Z uporabo računalniških programov in simulacij lahko predvidimo in predstavimo situacijo iz resničnega sveta oziroma se ji precej približamo. Kompleksnejše simulacije modelirajo potek interakcij, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Pri zdravljenju rakavih bolezni postaja vse pomembnejša uporaba imunoterapije, kjer gre za pristop k zdravljenju raka z uporabo terapevtskih proteinov oziroma bioloških zdravil, ki izboljšajo in obnovijo človeški imunski sistem. Med biološka telesa spadajo tudi monoklonska protitelesa (rituksimab, pembrolizumab, obinutuzumab ...), ki lahko delujejo na različne načine. Pogosto se uporabljajo kot inhibitorji rakastih celic, agonisti ali signalne molekule. Protitelesa delujejo v zdravstvu popolnoma zadovoljivo, vendar obstajajo primeri, ko ne dosežejo želenega učinka in imajo negativne stranske učinke. Zaradi takšnih primerov se v uporabo vključujejo novi terapevtski proteini afimeri. V primerjavi s protitelesi gre za manjše proteine, ki se vežejo na tarčne molekule s podobno afiniteto in jih generirajo ter proizvajajo s procesi, za katere ne potrebujejo živih organizmov.
V diplomski nalogi smo se osredotočili na protitelesa, ki tarčno delujejo na receptor CD20, izražen na površini limfocitov B. Naša naloga je bila računalniško načrtovati terapevtski protein afimer s podobno vezavo in afiniteto.
Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezna monoklonska protitelesa smo poiskali z uporabo spletnega strežnika ProBiS. Za analizo in grafični pregled vezavnih mest smo uporabili računalniški program PyMol in za modeliranje končne konformacije afimera vključili vtičnik PyMod 2.0.
V diplomskem delu je prikazano računalniško modeliranje afimera, ki se veže na epitop človeškega receptorja CD20 s podobno afiniteto, kot je vezava med receptorjem in protitelesi.
Ključne besede: imunoterapija, monoklonska protitelesa, afimer, receptor CD20, PyMol, ProBiS
Objavljeno v DKUM: 10.10.2019; Ogledov: 1654; Prenosov: 213
Celotno besedilo (5,92 MB) |
