1. Recent developments in electrochemical-impedimetric biosensors for virus detectionZala Štukovnik, Urban Bren, 2022, review article Abstract: Viruses, including influenza viruses, MERS-CoV (Middle East respiratory syndrome coronavirus), SARS-CoV (severe acute respiratory syndrome coronavirus), HAV (Hepatitis A virus), HBV (Hepatitis B virus), HCV (Hepatitis C virus), HIV (human immunodeficiency virus), EBOV (Ebola virus), ZIKV (Zika virus), and most recently SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), are responsible for many diseases that result in hundreds of thousands of deaths yearly. The ongoing outbreak of the COVID-19 disease has raised a global concern and intensified research on the detection of viruses and virus-related diseases. Novel methods for the sensitive, rapid, and on-site detection of pathogens, such as the recent SARS-CoV-2, are critical for diagnosing and treating infectious diseases before they spread and affect human health worldwide. In this sense, electrochemical impedimetric biosensors could be applied for virus detection on a large scale. This review focuses on the recent developments in electrochemical-impedimetric biosensors for the detection of viruses.
Keywords: electrochemical impedance spectroscopy, impedimetric biosensor, genosensor, aptasensor, immunosensor, virus detection, SARS-CoV-2, HIV, influenza virus, hepatitis virus
Published in DKUM: 05.12.2024; Views: 0; Downloads: 12
 Full text (1,56 MB)
This document has many files! More... |
2. Razvoj au nanodelcev z metodo ultrazvočne razpršilne pirolize za detekcijo protiteles proti SARS-CoV-2 : doktorska disertacijaŽiga Jelen, 2023, doctoral dissertation Abstract: V doktorskem delu so predstavljene študije, eksperimentalno delo, tehnike karakterizacije, rezultati in analize, s pomočjo katerih smo potrdili hipotezo, da je možno Au nanodelce (AuND) pripravljene z metodo ultrazvočne razpršilne pirolize (USP), konjugirati s ciljnimi antigeni SARS-CoV-2 in rekombinantnim IgG, da bodo delovali v imunoserološkem hitrem testu na lateralni tok (LFIA), za potrditev potencialne prisotnosti protiteles proti virusu SARS-CoV-2. S ciljno izbranimi parametri (0,5 g/l Au, 5 l/min N2, 2,5 l/min H2) smo z USP sintetizirali AuND iz prekurzorja na osnovi zlatovega (III) klorida. AuND smo zbirali v steklenicah z demineralizirano vodo. Določili smo optimalne stabilizatorje in njihove koncentracije: 2,5 g/L PVP 40K ((C6H9NO)n) ter naknadno dodani 1 g/L trinatrijevega citrata (Na3C6H5O7) in saharoze (C12H22O11), da bi preprečili AuND aglomeracijo. Presevna elektronska mikroskopija AuND je pokazala, da so okrogli, s povprečno velikostjo okoli 50 nm in ozko velikostno porazdelitvijo, brez defektov in nizkim ZETA potencialom, 2,4 mV, pri pH 7,5. Za odstranitev vode iz suspenzije z AuND in stabilizatorji je bila uporabljena liofiliazcija, ki je bila izvedena pri naslednjih pogojih: zamrzovanje pri –40 °C, 4 h, atmosferski tlak; primarno sušenje pri +20 °C, 12 h, 1–4 Pa; sekundarno sušenje pri +30 °C, 33 h, 1–4 Pa. Nastali posušeni AuND so ohranili vse lastnosti, ki so potrebne za funkcijo oznak v hitrih LFIA testih: visoka površinska energija, površinska plazmonska resonanca in proste karboksilne skupine za konjugacijo.
V nadaljevanju izvajanja eksperimentov smo, da bi potrdili doktorske hipoteze, izvedli raziskavo in optimizacijo konjugacije AuND z antigenom SARS-CoV-2, ki je bodičasti protein S1 (ak 1-681), in s protitelesi na zajčji IgG (RMG03). Za določitev poteka konjugacije AuND smo uporabili posredne (gelske elektroforeze, UV-Vis, preizkus delovanja) in direktne (XPS, SIMS) metode. Rezultati so pokazali, da se med našim postopkom konjugacije, v fazah čiščenja odstranimo večinski delež PVP in saharoze, ter s tem sprostimo proste karboksilne funkcionalne skupine citratnih ionov, ki so vezani na povšini AuND. Na teh prostih mestih lahko poteče konjugacija prek prostih -NH2 skupin na proteinih. Njihovo funkcionalnost smo ovrednotili z eksperimentalnimi testiranji lastno razvitega LFIA testa. Na osnovi tega smo postavili model in mehanizem konjugacije AuND, ki predpostavlja, da poteka konjugacija z antigeni oziroma protitelesi prek tvorbe peptidnih vezi med N-koncem proteina in prostimi karboksilnimi skupinami citratnega iona, ki je vezan na površino AuND prek svojih karboksilnih skupin.
Za dodatno potrditev funkcionalizacije AuND z izbranimi biomolekulami smo v sklepnem delu doktorskega dela izvedli klinično študijo na pacientih UKC MB, ki je bila odobrena s sklepom KME RS št. 0120-148/2021/3. Rezultati študije so pokazali, da testi dosegajo visoko občutljivost (83 %) tako na vzorcih nosnega sluza kot na vzorcih seruma, slabšo specifičnost (66 % sluz, 74 % serum), visoko negativno napovedno vrednost (94 %) in slabšo pozitivno napovedno vrednost (38 % sluz, 45 % serum). S študijo smo potrdili delovanje AuND v funkciji oznak, saj so se testne in kontrolne linije v lastno razvitem LFIA hitrem testu obarvale.
Keywords: Nanodelci zlata, SARS-CoV-2 virus, stabilizacija, konjugacija, LFIA testi, karakterizacija
Published in DKUM: 28.03.2024; Views: 347; Downloads: 58
Full text (5,61 MB) |
3. Vpliv epidemije SARS-CoV-2 na organizacijsko klimo in motivacijo zaposlenihKaja Širovnik, 2023, master's thesis Abstract: Uvod: V tako razvitem svetu so ljudje le stežka predstavljali, da bi lahko prišlo do izbruha epidemije, kaj šele pandemije in da se lahko ob tem ves poznan svet in vse naše vsakodnevne navade spremenijo in tudi zaključijo. Ob prihodu odmevnega nevarnega virusa SARS-CoV-2 so v prvi bojni liniji seveda zaposleni v zdravstvenih ustanovah, kjer se jim je njihovo vsakodnevne delo spremenilo na čisto nekaj novega in neznanega. Pri teh spremembah je zelo pomembna podpora višjih kadrov, vodstvu ter celotne organizacije. Organizacija je zadolžena za ohranjanje dobre organizacijske klime in s tem tudi spodbujanje pri motiviranosti ljudi za delo in podajanje v neznano.
Namen: Namen raziskave je ocena mnenja zaposlenih zdravstvenih delavcev, iz kliničnega oddelka za endokrinologijo, diabetes in presnovne bolezni v UKC Ljubljana, glede organizacijske klime v času pred epidemijo in v času epidemije SARS-CoV-2 in tudi evalvacija mnenj o motivaciji zaposlenih s strani vodstva. Temeljno vprašanje, ki smo ga zastavili in nas najbolj zanima je, ali se organizacija trudi, da je organizacijska klima in motivacija zaposlenih v času epidemije na podobnem nivoju kot pred epidemijo SARS-CoV-2.
Metode dela: S pomočjo anonimnega spletnega anketnega vprašalnika (1KA) je bila izvedena raziskava. Anketni vprašalnik je v obliki presečne študije, uporabili smo kvantitativno raziskovalno metodologijo. Vprašalniki so bili razdeljeni med zaposlene v diabetološki ambulanti na kliničnem oddelku za endokrinologijo, diabetes in presnovne bolezni v UKC Ljubljana. Raziskava je potekala 3 mesece, in sicer od 30. 6. 2021 do 30. 9. 2021. Od 24 zaposlenih je anketo ustrezno izpolnilo 17 anketirancev. V teoretičnem delu smo uporabili deskriptivno metodo dela na podlagi pregleda strokovne literature, znanstvenih člankov s pomočjo podatkovnih baz Google učenjak, PubMed, Cinahl in COBISS ter preučili tudi obstoječo tujo literaturo.
Rezultati: Anketni vprašalnik nam je podal odgovore na vsa naša raziskovalna vprašanja. Ugotovili smo, da je stopnja zadovoljstva z organizacijsko klimo in samim delom boljša v času pred izbruhom epidemije z virusom SARS-CoV-2, kot v času med epidemijo. Prav tako smo prišli do ugotovitev, da je stopnja motivacije v času med epidemijo upadla. Anketiranci so odgovarjali, da se jim zdi, da je organizacija v času med epidemijo neustrezno poskrbela za ohranjanje in dvig motivacije zaposlenih. Na podlagi pridobljenih odgovorov na raziskovalna vprašanja, smo dve od zastavljenih hipotez potrdili in dve hipotezi ovrgli.
Razprava in zaključek: Odgovori na podana raziskovalna vprašanja nam podajo uvid v samo stanje organizacije v času pred in med izbruhom epidemije z virusom. Poda nam odgovor, da bi lahko organizacija v času med epidemijo bolje poskrbela za ohranjanje in izboljšanje stopnje organizacijske klime in motivacije zaposlenih. Ugotovitve naše raziskave in drugih raziskovalcev so bile podobne. Glede na situacijo z virusom, ki se ne umirja, vendar je ves čas nekonstantna, bi lahko organizacije poskrbele za boljše motiviranje zaposlenih in ohranjanje ustrezne organizacijske klime.
Keywords: virus SARS-CoV-2, zadovoljstvo zaposlenih, delovno vzdušje zaposlenih
Published in DKUM: 02.08.2023; Views: 407; Downloads: 60
Full text (1,20 MB) |
4. POZITIVNI IN NEGATIVNI VPLIVI PANDEMIJE COVID-19 NA PODJETJAMitja Potisk, 2022, undergraduate thesis Abstract: V zaključkih leta 2020 se je v kitajskem mestu Wuhan začel širiti virus imenovan SARS-CoV2. Po skoraj dveh mesecih je svetovna organizacija za zdravje proglasila virus za svetovno pandemijo. Virus je med ljudmi povročal strah, izoliranost, bolezni in v nekaterih primerih tudi smrt. Posledično je imel velik vpliv na gospodarstvo tako v svetu kot tudi v Sloveniji. Zlasti so bili prizadeti turizem, gostinstvo, prehrambena panoga, a najbolj avtomobilska industrija. Pandemija je številnim gospodarstvenim panogam povzročila veliko negativnih posledic, a za nekatera tudi pozitivne. Podjetja, ki so doživela pozitivne vplive, so bila v veliki meri tista, ki so se ukvarjala s spletno prodajo, dostavo in zdravstvom. Veliko podjetij je na tržišču zaznalo tudi priložnosti, kako prilagoditi svoje dejavnosti pandemiji. Mnogo podjetij je začelo uporabljati priporočeno zaščito zaposlenih s šiviljskimi maskami, varnostno razdaljo ter drugimi dejavniki. V delu diplomske naloge sem se osredotočil na okolje podjetij, saj se je to med pandemijo zelo hitro spreminjalo, in na to, kako so vodje svoja podjetja prilagajali spremembam. S strani vlade so tedensko prihajala nova pravila in novi zakoni, ki so vplivali na podjetja in zahtevali spremembe v njihovem delovanju. V delu sem se osredotočil na negativne vplive pandemije na gostinstvo in pozitivne vplive na podjetja v povezavi s spletno prodajo v okviru prehrambene trgovine. Podjetja sem analiziral na podlagi PEST analize in z njo preučil dejavnike, ki so vplivali nanje.
Keywords: pandemija, virus, SARS-CoV, PEST analiza, dejavnost gostinstva in prehrambene trgovine.
Published in DKUM: 15.03.2023; Views: 701; Downloads: 113
Full text (2,35 MB) |
5. COVID.si - Skupnostna znanost za boj proti korona virusuČrtomir Podlipnik, Marko Jukič, Natalia Nikitina, Sebastian Pleško, Lorenzo Gilardoni, Gašper Tomšič, Žan Pevec, Boštjan Laba, 2020, complete scientific database of research data Abstract: Projekt “SKUPNOSTNA ZNANOST IN BOJ PROTI KORONA VIRUSU” je odprt projekt skupnosti dobromislečih raziskovalcev in prostovoljcev, ki želijo s svojim delom, znanjem in izkušnjami, prispevati kamenček v mozaiku poznavanja novega korona virusa in bolezni COVID-19, ki jo ta virus povzroča. Skupino vodita strokovnjaka dr. Črtomir Podlipnik in dr. Marko Jukić, z dolgoletnimi izkušnjami s področja računalniško podprtega načrtovanja molekul, farmacevtske kemije in kemo/bioinformatike.
S somišljeniki ter prostovoljci so v zelo kratkem času razvili lastno tehnologijo, ki omogoča porazdeljeno računanje molekulskega sidranja. Tehnologija je osnovana na programčku, ki omogoča povezavo uporabnikovega računalnika s strežnikom, ki porazdeli del knjižnice molekul pripravljenih za molekulsko sidranje (trenutno 10 000 000 spojin). Po končanem sidranju (s programom RxDock), programček pošlje izračunane podatke nazaj na zbirno mesto na strežniku. Po analizi sidranih spojin je končni rezultat seznam molekul s potencialno vezavo na terapevtsko tarčo (v našem primeru so to virusni proteini). Nato lahko preverimo ali so te spojine dobavljive in organiziramo biološko testiranje v sodelovanju z ostalimi raziskovalnimi skupinami. Podatke o nedobavljivih spojinah lahko v nasprotnem primeru posredujemo raziskovalnim skupinam za izvedbo sinteze. V optimalnem scenariju bi lahko identificirali spojine zanimive za farmacevtsko industrijo. Rešitev, ki temelji na porazdeljenem računanju je osnovana na odprtokodnih rešitvah.
Keywords: COVID-19, virus CoV SARS-2, ligandi, proteini, virusna biokemija, računalniško podprto načrtovanje molekul, molekulsko sidranje, porazdeljeno računanje
Published in DKUM: 22.11.2020; Views: 3443; Downloads: 109
 Link to research data
This document has many files! More... |
