1. Mehanizem stabilizacije humanega transportnega proteina transtiretina z rožmarinsko kislinoMeta Kočevar, 2024, master's thesis Abstract: Dedna transtiretinska amiloidoza je avtosomno dominantna bolezen. Nastane kot posledica mutacije v proteinu transtiretinu. Mutacije povzročajo strukturne spremembe proteina, ki jim sledi disociacija v monomere in kasneje agregacija monomerov ter tvorba amiloidnih vlakenc. Vlakenca se nalagajo v tkivih kot so živčevje, srce in ledvice. Nestabilno strukturo proteina, ki jo povzročajo mutacije, je možno stabilizirati z vezavo majhnih molekul na protein. Ena izmed takšnih molekul je rožmarinska kislina.
V magistrskem delu smo z uporabo računalniških simulacij molekulske dinamike ugotavljali, kako mutacija V30M vpliva na stabilnost strukture proteina transtiretina. Na protein smo vezali tudi rožmarinsko kislino in opazovali, ali se z vezavo stabilnost proteina spremeni. Pri tem smo uporabili dva različna načina parametrizacije polja sil za rožmarinsko kislino.
Za pripravo 6 simulacij molekulske dinamike smo uporabili program CHARMM-GUI, za samo izvedbo simulacij pa program NAMD. Rezultate smo vizualno pregledali in analizirali s programoma Chimera in Cytoscape. Analiza trajektorij molekulskih dinamik je obsegala izračun srednjega kvadrata odstopanja, analizo vodikovih vezi in analizo vseh nekovalentnih kontaktov.
Rezultati, ki smo jih pri tem dobili, kažejo, da mutacija V30M povzroči manj stabilno strukturo transtiretina. Avtomatsko parametrizirana rožmarinska kislina na stabilnost kompleksa protein-ligand za nemutirani protein ni imela velikega vpliva, medtem ko je ročno parametrizirana rožmarinska kislina zmanjšala število kontaktov med nemutiranim proteinom in ligandom. V primeru vezave ročno parametrizirane rožmarinske kisline pa smo zaznali veliko število kontaktov med proteinom in ligandom. Ob vezavi rožmarinske kisline na nemutirani protein smo zaznali manjšo stabilnost proteina. Vezava rožmarinske kisline na mutirani protein pa izboljša stabilnost proteina.
Keywords: transtiretin, transtiretinska amiloidoza, rožmarinska kislina, simulacije molekulske dinamike, polje sil, stabilnost proteina
Published in DKUM: 10.10.2024; Views: 0; Downloads: 24
 Full text (4,82 MB) |
2. Antigenotoksični potencial rožmarinskih ekstraktov : magistrsko deloKatja Lečnik, 2022, master's thesis Abstract: V magistrski nalogi smo preučevali delovanje rožmarinskih ekstraktov (1 % in 2 %) na človeške celice in poskušali pokazati, da rožmarin deluje antigenotoksično in antioksidativno. V raziskavi smo uporabili celice človeškega hepatocelularnega hepatoma (HepG2). S pomočjo testa MTT smo preučevali citotoksičnost samih ekstraktov, s testom komet pa morebitne poškodbe DNK po izpostavitvi celic proučevanim spojinam v kombinaciji s tert-butil hidroksidom (t-BHP) in aflatoksinom B1 (AFB1).
Keywords: rožmarinski ekstrakt, rožmarinska kislina, AFB1, t-BHP, antioksidant, antigenotoksičen, test MTT, test komet, HepG2
Published in DKUM: 03.05.2022; Views: 644; Downloads: 66
Full text (2,10 MB) |
3. Postopek za pripravo koncentriranih ekstraktov na osnovi rožmarinske kisline in njihova uporaba : številka patenta SI 21460 A, datum objave: 31.10.2004; št. prijave P-200300106 z dne 23.04.2003Davorin Bauman, Majda Hadolin Kolar, Matevž Kmet, Andreja Rižner Hraš, Željko Knez, 2004, patent Keywords: kemijska procesna tehnika, visokotlačna tehnologija, ekstrakcija, rožmarinska kislina
Published in DKUM: 01.06.2012; Views: 3103; Downloads: 76
 Link to full text |
4. |
