| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 10 / 10
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Vloga dolge nekodirajoče rna inc-fanci-2 pri raku glave in vratu
Jure Šuster, 2023, undergraduate thesis

Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne votline in ustnic, nosa in obnosne votline, grla, žrela ter žlez slinavk. Po ocenah iz leta 2016 je bilo na svetu evidentiranih 4,1 miliona vseh primerov HNC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov. Letno zaradi HNC umre okoli 500.000 ljudi. Najpogostejši dejavnik tveganja za nastanek HNC sta kajenje in prekomerno uživanje alkohola. Vse pogosteje pa nastanek HNC, predvsem rake srednjega dela žrela, povezujejo z okužbo z onkogenimi serotipi človeških papilomavirusov (HPV). Nedavno nazaj so ugotovili, da okužba s HPV16 poviša izražanje dolge nekodirajoče RNA (lnc RNA) lnc-FANCI-2 pri raku na materničnem vratu. Da bi ugotovili, ali je mehanizem onkogenega delovanja HPV16 ohranjen med raki materničnega vratu in HNC, smo v diplomski nalogi z metodo RT-qPCR proučili izražanje prepisov lnc-FANCI-2 dA1 in dA2 in lokusa MIR9-3HG, ki zraven izooblik lnc-FANCI-2 kodira še druge nekodirajoče RNA, pri bolnikih s ploščato celičnim karcinomom glave in vratu (angl. Head and Neck Squamous Cell Carcinoma, HNSCC), okuženih s HPV16. Skupno gledano je bilo Izražanje MIR9-3HG višje (p< 0,01) v tumorjih kot zdravem tkivu, razlika pa se je ohranila (p< 0,05) tudi pri rakih žrela. HPV16 (+) tumorji so kazali nižje (p< 0,05) izražanje MIR9-3HG v primerjavi s HPV16 (-) tumorji, kar kaže, da okužba s HPV16 zavira izražanje lokusa MIR9-3HG. Za razliko od okužbe s HPV16 pa vpliva dejavnikov tveganja kajenja in uživanja alkohola na izražanje MIR9-3HG nismo ugotovili. Izražanje MIR9-3HG se ni razlikovalo med tumorji s perivaskularno, perinevralno ali limfovaskularno invazijo in tumorji brez invazije. Razširjeni tumorji z zasevki v lokalnih bezgavkah (cN1+, pN1+) so kazali nižje izražanje MIR9-3HG v primerjavi s tumorji brez zasevkov (cN0, pN0), vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Izražanje MIR9-3HG se ni razlikovalo glede na velikost tumorja (cT1-cT4, pT1-pT4). Izražanja prepisov lnc-FANCI-2 dA1 in dA2 na proučevanem vzorcu bolnikov nismo potrdili. Rezultati naše naloge kažejo na vlogo lokusa MIR9-3HG pri nastanku HNSCC v prisotnsoti okužbe s HPV16. Ali pri tem sodelujejo tudi izooblike lnc-FANCI-2 ni znano in bo njihovo vlogo v tumorigenezi HNSCC v nadaljevanju potrebno še proučiti.
Keywords: rak glave in vratu, MIR9-3HG, lnc FANCI-2, HPV16, RT-qPCR
Published in DKUM: 09.11.2023; Views: 154; Downloads: 17
.pdf Full text (2,17 MB)

2.
Optimizacija protokola za pripravo beljakovin iz celičnih frakcij celične linije FaDu za proteomsko analizo na masnem spektrometru : magistrsko delo
Jan Polak, 2022, master's thesis

Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne in nosne votline, grla in žrela. Kljub napredku pri razumevanju genetskih dejavnikov, dejavnikov okolja, molekularnih in celičnih mehanizmov, ki sodelujejo pri nastanku raka glave in vratu, so rezultati trenutno odobrenih načinov zdravljenja, po stopnji ponovitve bolezni in umrljivosti, zelo zaskrbljujoči. Po številu novih primerov in po številu smrti na letni ravni se rak glave in vratu uvršča na šesto mesto najpogostejših rakov na svetu. Iz tega razloga sta nadaljnja molekularna karakterizacija kancerogeneze in novih molekulskih terapevtskih tarč ključnega pomena. Cilj magistrske naloge je bil določiti proteom posameznih celičnih frakcij ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. Optimizirali smo postopek celične frakcionacije celične linije FaDu na osnovi različno močnih surfaktantov in diferencialnega centrifugiranja, s katerim smo celične beljakovine ločili na citosolne, jedrne in frakcijo, ki je vsebovala beljakovine membranskih organelov vključno s proteini celične membrane. Učinkovitost subcelične frakcionacije smo preverili z metodo western blot z uporabo ustreznih proteinskih označevalcev. Proteomsko analizo posameznih frakcij smo opravili z masno spektrometrijo visoke ločljivosti in načinom za neodvisno pridobivanje spektralnih podatkov. Identificirali smo 5273 beljakovin v treh celičnih frakcijah, od tega smo 2730 beljakovinam določili ustrezno celično lokacijo z nenadzorovanim strojnim učenjem s programom MetaMass. V nalogi smo kot prvi na celičnem modelu celične linije FaDu določili proteom jedrne in citosolne frakcije ter frakcije membranskih organelov ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. V nadaljevanju bo potrebno klinično in terapevtsko uporabnost okarakteriziranih beljakovin še potrditi.
Keywords: rak glave in vratu, subcelična frakcionacija, masna spektrometrija, FaDu celice, terapevtska tarča, nHPLC-HRMS
Published in DKUM: 06.10.2022; Views: 378; Downloads: 35
.pdf Full text (5,01 MB)

3.
Izražanje genov za DNA in RNA metilaze in demetilaze pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Karmen Zorič, 2022, undergraduate thesis

Abstract: Letna incidenca raka glave in vratu (RGV, angl. Head and Neck cancer, HNC) znaša okoli 700 000 novo odkritih primerov po celotnem svetu, kar ga izmed vseh bolezni uvršča na šesto mesto. Najpogostejša oblika RGV je ploščatocelični karcinom, ki predstavlja 85 % vseh primerov RGV. Za RGV so značilni različni simptomi, ki tudi pomagajo pri odkrivanju bolezni. Zdravljenje temelji na določitvi stopnje napredovanja bolezni. Epigenetske spremembe, kot sta DNA in RNA metilacija, spadajo med značilne spremembe karcinoma. Ker je ekspresija genov metilaz in demetilaz v tkivih RGV še vedno slabo raziskana, smo v sklopu diplomskega dela v tkivih bolnikov RGV dodatno proučili gensko ekspresijo nabora DNA in RNA metilaz in demetilaz ter njihovo ekspresijo povezali s klinično patološkimi značilnostmi tumorjev glave in vratu ter jih izkoristili za napoved razvoja, zdravljenja in ponovitve bolezni. Tako smo v zdravem in tumorskem tkivu 34 bolnikov z rakom glave in vratu, s pomočjo metode RT-qPCR, proučili izražanje genov DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3 in TRDMT1. Ugotovili smo povezavo med izražanjem TRDMT1, kliničnimi parametri in dejavniki tveganja, vključno z mestom nastanka tumorja, kadilskim statusom, uživanjem alkohola ter HPV okužbo. Stopnja izražanja TRDMT1 je bila povezana z napredovanjem/agresivnostjo bolezni, in sicer se z znižanjem TRDMT1 stopnja napredovanja agresivnosti viša. Pri analizi izražanja DNA metilaz in demetilaz v odvisnosti od prisotnosti ali odsotnosti zasevkov v področnih bezgavkah v tumorskem tkivu smo ugotovili trend povišanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v zgodnjih stadijih ter trend znižanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v poznih stadijih. V ta namen bi bilo smiselno raziskavo razširiti na večje število vzorcev, s čimer bi se posledično povečala statistična moč analize, ki bi lahko prispevala k razjasnitvi vloge izražanja DNA in RNA metilaz ter demetilaz kot potencialnih kazalcev za klasifikacijo bolnikov in določitev ocene napredovanja bolezni.
Keywords: rak glave in vratu, metilaze, demetilaze, relativna genska ekspresija, tumorsko tkivo
Published in DKUM: 13.09.2022; Views: 413; Downloads: 57
.pdf Full text (3,48 MB)

4.
Vpliv retinojske kisline atra na izražanje gena HER3 pri celični liniji raka glave in vratu FaDu : magistrsko delo
Davor Babič, 2022, master's thesis

Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, v katere sodijo raki iz različnih predelov glave in vratu. Več kot 90 % rakov glave in vratu se razvije iz enostavnega enoskladnega epitela (angl. squamous epithelium, SE), ki tvori sluznico ustne in nosne votline ter grla in žrela, zato takšne rake imenujemo ploščatocelični raki glave in vratu (angl. Head and Neck Squamos Cell Carcinoma, HNSCC). Število obolelih s HNSCC vsako leto narašča. V letu 2020 je bilo 931.000 ljudem diagnosticiran HNSCC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Molekularna patogeneza HNSCC je zapleten proces, ki obsega genetske, epigenetske in okoljske dejavnike ter številne signalne poti. Pomembno vlogo pri razvoju HNSCC imajo receptorji tirozinskih kinaz, med katere spada tudi receptor ERBB3/HER3. HER3 vpliva na celično proliferacijo, diferenciacijo in preživetje. HER3 je povišano izražen pri večini HNSCC bolnikov in pri bolnikih s ponovljenim rakom po zdravljenju. Povišano izražanje HER3 pa zmanjšuje tudi učinkovitost zdravljenja s kemoterapijo. Aktivni metabolit ATRA uravnava celično diferenciacijo in apoptozo ter zavira rast rakavih celic. ATRA se uporablja za zdravljenje akutne promielocitne levkemije (angl. Acute Promyelocytic Leukemia, APL) pri odraslih in nevroblastomov pri otrocih. Pri raku dojk ATRA zavira izražanje HER3, medtem ko njen vpliv na izražanje HER3 pri HNSCC ni poznan. V magistrski nalogi smo proučili vpliv matabolita ATRA na izražanje mRNA za receptor HER3 in alternativnega prepisa za topno beljakovino p22-sERBB3 ter na celično rast, metabolizem in smrt pri celični liniji HNSCC FaDu. Celice FaDu smo izpostavili 2,5 M raztopini ATRA in spremljali celično rast/proliferacijo in preživetje v obdobju od 24 ur do 96 ur po nasaditvi. Metabolno aktivnost smo izmerili z uporabo reagenta MTT 72 ur po tretiranju. Izražanje HER3 smo izmerili z RT-qPCR 72 ur po tretiranju. Tretiranje z metabolitom ATRA je statistično značilno zmanjšalo rast/proliferacijo (p< 0,001) celic FaDu in njihovo metabolno aktivnost (p< 0,01), ni pa imelo vpliva na viabilnost in preživetje celic. Celice, ki so bile izpostavljene metabolitu ATRA 72 ur so imeli statistično značilno (p<0,001) znižano izražanje receptorja HER3 in krajšega prepisa p22-sERBB3. Naši rezultati potrjujejo protitumorske učinke metabolita retinojske kisline ATRA na celično rast in metabolizem in kažejo, da znižuje izražanje receptorja HER3 pri HNSCC. Metabolit retinojske kisline ATRA bi v prihodnje lahko vključili v protokole zdravljenja rakov glave in vratu, vendar je njegove učinke potrebno preveriti še in vivo v kliničnih študijah.
Keywords: rak glave in vratu, FaDu, HER3, ATRA, RT-qPCR
Published in DKUM: 09.09.2022; Views: 498; Downloads: 34
.pdf Full text (2,63 MB)

5.
Izražanje izooblik mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Anja Vrbek, 2022, undergraduate thesis

Abstract: Receptor ERBB3 (angl. erb-b2 receptor tyrosine kinase 3) uravnava rast, proliferacijo, preživetje celic in angiogenezo. Njegovo spremenjeno aktivnost povezujejo z nastankom in razvojem raka glave in vratu (angl. head and neck cancer - HNC). Gen ERBB3 zraven receptorja ERBB3 kodira še manjše topne, sekretorne beljakovine (sERBB3), katerih vloga v patogenezi HNC ni povsem pojasnjena. Za boljšo pojasnitev vloge ERBB3 in sERBB3 pri HNC, smo v diplomski nalogi na vzorcu 34 bolnikov z RT-qPCR proučili izražanje mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino velikosti 22 kDa p22-sERBB3 ter njuno izražanje opisali iz stališča klinično-patoloških značilnosti HNC. Tako ERBB3 kot p22-sERBB3 sta bila izražena v tumorskem in zdravem tkivu, pri čemer je bilo za tumorsko tkivo značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,001) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom. Prav tako je bilo izražanje ERBB3 višje (p < 0,001) od izražanja p22-sERBB3. Ugotovili smo tudi pozitivno korelacijo med izražanjem ERBB3 in p22-sERBB3 tako v tumorskem (p = 0,001) kot zdravem (p = 0,001) tkivu. Izražanje p22-sERBB3 je bilo višje (p < 0,05) pri rakih ustne votline z ustnicami v primerjavi z raki grla in žrela. Za razliko od p22-ERBB3 pa vpliva mesta nastanka tumorja na izražanje ERBB3 nismo ugotovili. Parcialna analiza izražanja ERBB3 je pokazala na višje izražanje ERBB3 v zdravem kot tumorskem tkivu pri rakih grla (p < 0,05) in žrela (p < 0,001), ne pa pri rakih ustne votline z ustnicami. Tumorji z limfovaskularno invazijo so imeli statistično značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,05) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v tumorskem kot zdravem tkivu, medtem ko pri tumorjih brez limfovakularne invazije omenjenih razlik nismo ugotovili zaradi povišanega izražanja ERBB3 oziroma p22-sERBB3 v tumorskem tkivu. Pri tumorjih brez HPV-16 je bilo izražanje ERBB3 nižje (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom, ta razlika pa pri tumorjih, okuženih s HPV-16, ni bila prisotna zaradi povišanega izražanja ERBB3 v tumorskem tkivu. Analiza izražanja ERBB3 in p22-sERBB3 po stadijih tumorjev je pokazala, da so bolj razviti raki imeli višje izražanje ERBB3 (cT3: p < 0,01; cT4: p < 0,05; pT2: p < 0,05; pT3: p < 0,01; pT4: p < 0,05) in p22-sERBB3 (cT4 in pT4, oba p < 0,05) v zdravem kot tumorskem tkivu. Vpliva kajenja in uživanja alkohola na izražanje ERBB3 in p22-sERBB3 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Naši rezultati kažejo na vlogo mRNA za topno, sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri patogenezi raka glave in vratu. Izražanje ERBB3 je bilo pri tumorjih raka glave in vratu znižano v primerjavi z zdravim tkivom, na njegovo izražanje pa so vplivali prisotnost limfovaskularne invazije, gradus tumorja in okužba s HPV-16.
Keywords: ERBB3, p22-sERBB3, rak glave in vratu, HPV-16, invazija, RT-qPCR
Published in DKUM: 05.04.2022; Views: 679; Downloads: 63
.pdf Full text (5,65 MB)

6.
Razvoj humanega sferoidnega 3-dimenzionalnega celičnega modela za testiranje učinkovin za zdravljenje raka glave in vratu na principu zaviranja matičnih celic raka
Larisa Goričan, 2020, doctoral dissertation

Abstract: Za ponovitve tumorjev in razvoj oddaljenih metastaz so odgovorne na primarno zdravljenje odporne celice raka z izvornimi lastnostmi, ti. matične celice raka (MCR). MCR predstavljajo kritično podskupino rakastih celic, ki imajo sposobnost samoobnavljanja in diferenciacije ter ohranjajo tumor tudi po tem, ko primarno zdravljenje uniči večino preostalih celic tumorja. Omenjena spoznanja so vodila v iskanje terapij, ciljanih na MCR. Zaradi potrebe po terapijah ciljanih na MCR in njihove redkosti v primarnih tkivih je narasla potreba po modelu za obogatitev MCR, ki bi omogočil obogatitev MCR ter hkrati dopuščal proučevanje učinkovin z aktivnostjo usmerjeno proti MCR z analizami visokozmogljivih presejalnih testov (VPT). V ta namen smo v sklopu doktorske naloge iz komercialne epitelne celične linije PCKGV razvili humani sferoidni tri-dimenzionalni (3D) celični model (SM) obogaten za MCR, primeren za testiranje aktivnih učinkovin za zdravljenje PCKGV. Omenjeni sferoidni model združuje prednosti in zaobide omejitve dveh trenutno najpogosteje uporabljanih tehnik nasajanja sferoidov, kulture prosto-plavajočih sfer (oz. model tumorske sfere) in modela večceličnega tumorskega sferoida (MVTS). Podobno kot v modelu prostoplavajočih sfer, smo v SM uporabili medij za spodbujanje in ohranjanje matičnosti. Slednji za razliko od običajnega medija ne vsebuje seruma ploda goveda (»fetal bovine serum« - FBS), znanega sprožilca diferenciacije, ter je dopolnjen z več dejavniki, ki spodbujajo rast matičnih celic (osnovni fibroblastni rastni faktor, epidermalni rastni faktor, sestavljen komercialni pripravek, im. B-27). Za razvoj SM smo uporabili komercialno dostopno, stabilno celično linijo, ki za razliko od primarnih celičnih kultur, omogoča izvedbo dalj časa trajajočih eksperimentov, ponovitve posameznih eksperimentov, ne zahteva invazivnih metod pridobivanja, prav tako pa omogoča uporaba takšnih linij večjo primerljivost rezultatov med različnimi raziskovalnimi skupinami / eksperimenti. Podobno kot v MVTS smo za nasaditev SM uporabili mikrotitrsko ploščico z zaobljenim dnom in neoprijemljivo podlago, ter večjo koncentracijo celic nasadili na posamezno jamico in ploščico po nasaditvi zavrteli. Omenjeno je omogočilo generacijo celične mase in kasneje kompaktnega sferoida. Razviti SM smo primerjali z adherentno celično kulturo in MVTS, pri čemer je SM pokazal večjo obogatitev markerjev matičnosti, tako na transkripcijskem, kot proteinskem nivoju. Nadalje smo s pomočjo tretiranja sferoidov z diferenciacijskim medijem z dodano retinojsko kislino (»all-trans retionic acid« - ATRA) uspeli izbrati nabor specifičnih kazalcev za zaznavo MCR-diferenciacijskega učinka. Eksperiment z ATRA potrjuje občutljivost SM na delovanje učinkovin in njegovo uporabnost za detekcijo aktivnosti učinkovin z delovanjem proti MCR na treh različnih nivojih, tj. transkripcijskem, proteinskem in na nivoju celičnega cikla. V končnem eksperimentu s peptidnimi frakcijami kostnega mozga smo na SM uspeli identificirati šest frakcij s statističnim trendom zvišanja/ znižanja ekspresije enega ali več markerjev matičnosti. V doktorski nalogi razviti SM za obogatitev matičnih celic raka predstavlja kompromis med kompleksnostjo tumorja in preprostostjo protokola. Je primer preprostega modela sferoidov, ki ga tvori samo ena vrsta celic. Čeprav ne zajame kompleksnosti pravega tumorja, zagotavlja visoko obogatitev MCR ter zaradi enostavne vzpostavitve modela, uniformnosti, kratkega časa gojenja in prostorske ločitve sferoidov, ki omogoča dodajanje ene same aktivne sestavine posameznemu sferoidu, omogoča identifikacijo učinkovin z aktivnostjo proti MCR v analizah VPT. Takšen preprost model omogoča cenejšo identifikacijo prvih spojin in zožitev izbora učinkovin za nadaljnjo validacijo v bolj kompleksnih in dragih sferoidnih ali živalskih modelih.
Keywords: Ploščatocelični karcinom glave in vratu, matične celice raka, 3D / sferoidna kultura / model, visokozmogljivi presejalni testi, učinkovine z delovanjem proti matičnim celicam raka, retinojska kislina, markerji matičnosti
Published in DKUM: 27.11.2020; Views: 1171; Downloads: 125
.pdf Full text (3,81 MB)

7.
Povezava epigenetskih in ekspresijskih markerjev pri raku glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Monika Ostroško, 2020, undergraduate thesis

Abstract: Rak glave in vratu predstavlja obsežno skupino bolezni, v katero uvrščamo raka ustnic, ustne in nosne votline, žrela, grla, vratu in nekatere druge. Med temi tumorji opazimo velike razlike, ne le zaradi mesta izvora, marveč prihaja tudi do različnih simptomov bolezni, hitrosti širjenja, različni so načini zdravljenja ter izidi bolezni. V pomoč pri postavljanju diagnoze, spremljanju obnašanja tumorja in pravilnem izboru zdravljenja se uporabljajo biološki označevalci. V telesu prisotnost teh snovi, ki jih ustvari tumor ali zdrave celice kot reakcijo na tumor, odkrijemo s pomočjo laboratorijske preiskave bioloških vzorcev. V diplomskem delu smo želeli izmeriti ekspresijo genov DAPK1 in MMP9 v zdravih in bolnih tkivih ter vzpostaviti protokole za metilacijsko analizo gena DAPK1. Genska ekspresija in metilacija sta povezana biološka procesa, saj metilacija vpliva na vezavo specifičnih transkripcijskih faktorjev na DNA, ti pa uravnavajo izražanje genov. Pri raziskovanju nas je zanimalo, če bi lahko DAPK1 in MMP9 služila kot možna biološka označevalca pri bolnikih z rakom glave in vratu. Za ugotavljalnje izražanja teh genov v zdravih in bolnih tkivih smo uporabili metodo qRT-PCR. Za analizo metilacijskih vzorcev na promotorju gena DAPK1 smo testirali dve občutljivi in specifični tehniki za določanje metilacije DNA, metodo MS-HRM ter metodo COBRA. Za analizo metilacije promotorja DAPK1 pri 15 bolnikih smo nato uporabili metodo COBRA. Rezultati genske ekspresije pri 47 bolnikih z rakom glave in vratu so pokazali statistično signifikantno znižanje DAPK1 v rakavih tkivih v primerjavi z zdravimi tkivi istih pacientov, medtem ko rezultati MMP9 kažejo na statistično signifikantno povečanje ekspresije v rakavih tkivih. Z merjenjem genske ekspresije smo prišli do zaključka, da sta gena DAPK1 in MMP9 zanimiva kot potencialna biološka markerja pri raku glave in vratu. Zaradi majhnega števila bolnikov, ki so bili vključeni v metilacijsko analizo, nismo mogli postaviti zaključkov o metiliranosti promotorja DAPK1. Za jasne zaključke bodo potrebne nadaljne analize.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, DAPK1, MMP9, genska ekspresija, metilacija
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 901; Downloads: 107
.pdf Full text (2,35 MB)

8.
Izražanje dolge nekodirajoče RNA CCAT1 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Davor Babič, 2020, undergraduate thesis

Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) je heterogena skupina rakov, ki nastanejo v ustni votlini, žrelu, grlu, nosni in obnosni votlini ter na ustnicah, žlezah slinavkah in vratnih bezgavkah. Letno za rakom glave in vratu zboli 600.000 ljudi in umre jih 300.000, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Pri razvoju raka glave in vratu sodeluje dolga nekodirajoča RNA (lncRNA) CCAT1 (angl. Colon Cancer Associated Transcript 1), katere vloga in molekulerni mehanizmi delovanja so slabo okarakterizirani. V diplomski nalogi smo na vzorcu 34 bolnikov z RT-PCR proučili izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu pri rakih grla, žrela, ustne votline in ustnic. Izražanje lncRNA CCAT1 se ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom in med proučevanimi skupinami rakov. Vpliva stadija in okoljskih dejavnikov tveganja (kajenje, uživanje alkohola, okuženosti s HPV16), na izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Za rake glave in vratu s perivaskularno, perinevralno in limfovaskularno invazijo je bilo značilno nižje izražanje lncRNA CCAT1 kot za neinvazivne oblike, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti (p=0,08). Naši rezultati kažejo, da kajenje, uživanje alkohola in okuženost s HPV16 ne vplivajo na izražanje lncRNA CCAT1 pri rakih glave in vratu. Za potrditev vloge lncRNA CCAT1 pri patogenezi raka glave in vratu bo potrebno izražanje lncRNA CCAT1 proučiti na večjem vzorcu bolnikov.
Keywords: rak glave in vratu, lncRNA, CCAT1, invazija, RT-PCR
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 1057; Downloads: 87
.pdf Full text (1,54 MB)

9.
Optimizacija procesiranja vzorcev sline pri raku glave in vratu za študije bioloških označevalcev
Teja Ermenc, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Namen diplomske naloge je bil optimizirati pridobivanje genetskega materiala iz vzorcev sline pri bolnikih z rakom glave in vratu za analizo bioloških označevalcev. Ustna tekočina oz. slina vsebuje genetski material, celice in različne molekule, ki lahko odražajo bolezenske spremembe. Zaradi tega bi lahko ustna tekočina služila kot stroškovno učinkovita in manj invazivna alternativa biopsiji za zgodnje odkrivanje raka. Za izolacijo nukleinskih kislin in proteinov iz krvi obstaja na Centru za humano genomiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru že ustaljen postopek, za izolacijo iz sline pa ta še ni bil vzpostavljen. V nalogi smo želeli pripraviti laboratorijske protokole za učinkovito pridobivanje nukleinskih kislin in proteinov iz izpirkov ustne votline s TRI-reagentom. V ta namen smo na vzorcih moje sline testirali različne izolacijske pogoje, kot so različna količina sline, različne količine reagentov, izolacija iz ustnega izpirka ali iz peleta ustnega izpirka. Ugotovili smo, da je iz peletiranega izpirka možno izolirati tako DNA kot RNA, vendar je RNA slabše kvalitete in vsebuje precej razgradnih produktov, najverjetneje zaradi delovanja ribonukleaz v slini. Vzpostavljen postopek izolacije smo nato uporabili na vzorcih izpirkov ustne votline bolnikov z rakom glave in vratu. Po pričakovanjih so izolati DNA in RNA kazali precejšnjo stopnjo razgradnje, saj so vzorci pred zamrznjenjem nekaj časa čakali na sobni temperaturi v zdravniški ordinaciji. Izolati DNA so bili dovolj kvalitetni za genotipizacijo in metilacijske analize, integriteta RNA pa je bila prenizka za analize genske ekspresije. Predvidevamo, da bi z odvzemanjem izpirkov neposredno v stabilizacijsko raztopino lahko izboljšali kvaliteto izolatov.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, izolacija iz sline, metilacija
Published in DKUM: 05.10.2018; Views: 1215; Downloads: 151
.pdf Full text (1,71 MB)

10.
ANALIZA METILACIJE TUMOR SUPRESORSKIH GENOV PRI RAKU GLAVE IN VRATU
Staša Hamzić Gregorčič, 2015, master's thesis

Abstract: Rak glave in vratu predstavlja heterogeno skupino malignih tumorjev. Mednje uvrščamo malignome nosu, obnosnih votlin, ustne votline, žrela, grla in žlez slinavk. Ti tumorji se med seboj razlikujejo ne le po mestu, od koder izvirajo, temveč tudi po bolezenskih znakih, histološki sliki, načinu in pogostosti metastaziranja, hitrosti napredovanja ter ne nazadanje tudi po načinu zdravljenja in izidu bolezni. Resno ogrožajo bolnikovo življenje, hkrati pa prizadenejo del telesa z izredno pomembnimi fiziološkimi funkcijami, ki so bistvenega pomena v človekovem psihičnem, emocionalnem in socialnem življenju. V nastanek raka sta vpleteni predvsem dve skupini genov, in sicer protoonkogeni in tumor supresorski geni. Prvi so med procesom karcenogeneze spodbujeni k čim večjemu izražanju, medtem ko so drugi spremenjeni tako, da je njihovo izražanje zmanjšano ali da je njihov produkt funkcionalno neaktiven. Na sam proces karcenogeneze vplivajo tudi drugi dejavniki, ki ne povzročajo sprememb v nukleotidnem zaporedju DNA in jih imenujemo epigenetski dejavniki. Epigenetski dejavniki se izražajo predvsem tako, da celico vzpodbujajo in jo stalno silijo v izražanje določenih genov. Med karcenogenezo se spremeni metilacija protoonkogenov, tumor supresorskih genov ter genov, ki so odgovorni za popravljalne mehanizme DNA v celici. Hipermetilirajo in s tem se utišajo tumor supresorski geni ter geni, odgovorni za popravljanje nastalih napak na DNA. Hipometilirajo in s tem se aktivirajo protoonkogeni in geni, odgovorni za tumorsko metastaziranje. Namen magistrske naloge je analiza mutacij in metilacije tumor supresorskih genov pri raku glave in vratu. Določali smo tudi prisotnost humanih papiloma virusov (HPV) v tumorskih vzorcih, saj je predvideno, da je status metilacije povezan s HPV povezanimi tumorji raka glave in vratu. Uporabili smo referenčne vzorce zdravega tkiva in testne vzorce tumorskega tkiva. V študijo je bilo vključenih 59 bolnikov, starih med 46 in 80 let. Okužbo s HPV smo odkrili pri petih bolnikih. Mutacije v tumor supresorskem genu predstavljajo povečano verjetnost za nastanek raka v ORL področju. Za testiranje prisotnosti mutacij v tumor supresorskem genu smo uporabili metodo metilacije specifičnega hkratnega pomnoževanja od ligacije odvisnih prob, MS – MLPA. Pri 49 bolnikih je bila ugotovoljena prisotnost metilacije v več kot enem genu. Najpogosteje hipermetilirani geni so RARB, TIMP3, DAPK1 in CDH13, in jih lahko povežemo z razvojem raka glave in vratu. Pravočasno odkrivanje mutacij v genih, povezanih z nastankom raka, je za nosilce mutacij pomembno, saj je dokazana mutacija razlog za prilagojeno klinično spremljanje in preventivne ukrepe pri nosilcih mutacije.
Keywords: Rak glave in vratu, ORL področje, protoonkogeni, tumor supresorski geni, metilacija, hipermetilacija, HPV, MS – MLPA.
Published in DKUM: 24.12.2015; Views: 2166; Downloads: 274
.pdf Full text (2,88 MB)

Search done in 0.2 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica