| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 1 / 1
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Proteomska analiza mononuklearnih celic periferne krvi pri raku dojk : magistrsko delo
Dea Simonič, 2023, master's thesis

Abstract: Rak dojk je najpogostejši rak pri ženskah in obenem najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženski populaciji. Rak te vrste za uspešno napredovanje in metastaziranje preoblikuje okoliško tkivo in ustvari lastno tumorsko mikrookolje. Slednje med drugim vključuje spremembe v celicah imunskega sistema, katerega ključna komponenta za boj proti infekcijam in prilagajanje patogenom so mononuklearne celice periferne krvi (MCPK). Posledično proteini MCPK lahko predstavljajo pomembne biomarkerje imunskih bolezni, med drugim tudi rakavih obolenj, saj je znano, da se ob nastanku raka spremeni proteom MCPK. Med naborom tehnik, s katerimi je mogoče v velikem obsegu raziskovati proteine, je zaradi svoje sposobnosti obvladovanja proteomske kompleksnosti postala razširjena tekočinska kromatografija, sklopljena s tandemsko masno spektrometrijo (LC MS/MS). V magistrski nalogi smo optimizirali metodo izolacije in priprave proteinskih vzorcev iz MCPK, ki je preprosta, učinkovita in neposredno združljiva s sistemom LC-MS/MS. Učinek optimizacije smo ocenili na podlagi števila identificiranih peptidov in proteinskih skupin v vsakem vzorcu ter na podlagi ponovljivosti metode. Najprej smo preizkusili različne sestave liznih pufrov za izolacijo proteinov in ugotovili, da je najbolj obetaven lizni pufer MSC RIPA na osnovi natrijevega deoksiholata in etilen glikola. Ker sprememba koncentracij površinsko aktivnih snovi v MSC-RIPA pufru ni pokazala izboljšanja pri identifikaciji proteinov z masnim spektrometrom, smo v protokol dodali korak frakcionacije peptidov z močno kationsko izmenjavo na različno število frakcij. Za možnost analize večjega števila vzorcev v istem času smo optimizirali tudi trajanje kromatografske metode na LC MS/MS instrumentu. Končna optimizirana metoda obsega lizo MCPK z MSC-RIPA pufrom, SCX frakcionacijo vzorcev na tri frakcije ter analizo na LC-MS/MS z 75-minutnim kromatografskim gradientom. Z optimizirano metodo smo dosegli povprečno 3 373 (s.d. ± 52) identificiranih proteinskih skupin na vzorec MCPK z metodo, ki omogoča analizo 21 vzorcev na teden. Optimizirana metoda nam je omogočila izvedbo preliminarne proteomske študije na šestih vzorcih MCPK bolnic z rakom dojk – dosegli smo povprečno 3 370 (s.d. ± 99) identificiranih proteinskih skupin na vzorec. Te smo primerjali s tremi vzorci MCPK zdravih posameznikov in izvedli analizo diferencialne ekspresije. Na podlagi opravljane analize diferencialne ekspresije na vzorcih treh kontrol, treh vzorcih bolnic z luminalnim podtipom A ter treh vzorcih bolnic z luminalnim podtipom B, smo identificirali tri proteine, ki so bolj izraženi v vzorcih MCPK bolnic z rakom dojk in bi lahko bili potencialni biomarkerji raka dojk iz periferne venske krvi. Tako optimizirana metoda bo uporabljena za študijo proteoma MCPK na večji kohorti bolnic z rakom dojk, seveda pa jo je mogoče uporabiti tudi za preučevanje drugih bolezni.
Keywords: proteomska analiza, MCPK, masna spektrometrija, rak dojk
Published in DKUM: 25.09.2023; Views: 212; Downloads: 39
.pdf Full text (23,88 MB)

Search done in 0.04 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica