1. Vpliv dolžine DNK zaporedij (G4C2), (G4C2)2 in (G4C2)4 na nastanek tekočekristalnih faz : magistrsko deloMelani Potrč, 2023, master's thesis Abstract: V magistrski nalogi obravnavamo vpliv dolžine linearnih agregatov, ki jih tvorijo z gvaninom bogati oligonukleotidi treh različnih DNK zaporedij (G4C2), (G4C2)2 in (G4C2)4 na nastanek tekočekristalnih faz. Omenjena zaporedja imajo sposobnost tvorbe DNK kvadrupleksov in so povezana z nastankom nekaterih nevrodegenerativnih bolezni, kot sta amiotrofična lateralna skleroza in frontotemporalna demenca. Meritve so bile izvedene z eksperimentalnima metodama dinamično sipanje svetlobe in polarizacijska optična mikroskopija. V magistrskem delu predstavimo pripravo vzorcev DNK zaporedij za izvedbo meritev z obema metodama, postavitev eksperimenta in potek meritev. V prvem delu meritev smo z dinamičnim sipanjem merili intenziteto sipane svetlobe v odvisnosti od časa. Opazili smo dva difuzijska načina, hitrega in počasnega. Predpostavljamo, da hitri difuzijski način opisuje dinamiko kvadrupleksnih agregatov in iz izračunanih difuzijskih koeficientov določimo dolžine agregatov posameznih raztopin DNK zaporedij. Difuzijski koeficient za zaporedje (G4C2) je 0,2∙10^(-10) m^2/s, kar pomeni, da zaporedje tvori izjemno dolge agregate, z dolžinami več kot 80 nm. Za zaporedje (G4C2)2 so značilni kratki kvadrupleksi (≈3 nm), saj je difuzijski koeficient bistveno večji in znaša 1,2∙10^(-10) m^2/s. Zaporedje (G4C2)4 tvori srednje dolge agregate, z dolžino približno 10 nm, difuzijski koeficient pa znaša 0,8∙10^(-10) m^2/s. V drugem delu meritev smo se posvetili iskanju ustreznih pogojev za nastanek in opazovanje tekočekristalnih faz zaporedij (G4C2), (G4C2)2 in (G4C2)4. S pomočjo polarizacijske optične mikroskopije smo ugotovili, da vsa tri zaporedja pri dovolj visokih koncentracijah kažejo kromonično tekočekristalno obnašanje z nematsko in kolumnarno heksagonalno fazo. Ugotovili smo, da je za formiranje agregatov in tekočekristalnih faz značilen zapleten strukturni polimorfizem. Kljub podobni kemijski strukturi naših DNK zaporedij smo opazili tvorbo različno dolgih agregatov, kar se opazi tudi pri različnih teksturah nastalih kromoničnih faz. Keywords: DNK, oligonukleotidi, kvadrupleksi, dinamično sipanje svetlobe, difuzijski koeficient, velikost agregatov, polarizacijska optična mikroskopija, tekoči kristali, tekočekristalne faze Published in DKUM: 04.09.2023; Views: 461; Downloads: 84
Full text (5,02 MB) |
2. Prisotnost aktivacijskih mutacij v genu PIK3CA in okužbe s HPV virusom v vzorcih raka ustne votline in ustnega dela žrelaMaja Jančar, 2018, master's thesis Abstract: Izhodišče: Rak ustne votline in ustnega dela žrela je eden izmed najpogostejših rakov na svetu. Tradicionalno je povezan s kajenjem tobaka in pitjem alkohola, vendar se s to vrsto raka vedno bolj povezuje okužba HPV. HPV so zelo razširjeni majhni DNA virusi, ki povzročajo različne novotvorbe. V HPV pozitivnih rakih je najpogosteje mutiran PIK3CA gen, ki je zelo povezan z invazivnostjo raka. Prisotnost aktivacijskih mutacij v genu PIK3CA povzroči okrepitev PIK3K signalne poti v tumorskih tkivih, kar nakazuje, da je PIK3CA vpleten tudi v oblikovanje tumorjev.
Metodologija: Opravili smo analizo DNA 108 tumorjev in 88 vzorcev zdravih tkiv ustne votline in ustnega dela žrela. Za določanje prisotnosti HPV, določitev tipa HPV in določanje najpogostejših aktivacijskih mutacij v genu PIK3CA smo uporabili metodo verižne reakcije s polimerazo (PCR). Dobljene produkte PCR smo analizirali s pomočjo elektroforeze v agaroznem gelu.
Rezultati: Ugotovili smo, da lahko z metodo verižne reakcije s polimerazo določimo prisotnost HPV DNA v vzorcu kakor tudi mutacije v genu PIK3CA.
Sklep: PCR reakcija se je izkazala za uspešno metodo za dokazovanje prisotnosti mutacij v genu PIK3CA kakor tudi za določanje prisotnosti HPV DNA v vzorcu. Za potrditev, da je ta metoda primerna tudi za določitev tipa HPV, pa bi morali celotno analizo opraviti na večjem številu vzorcev. Keywords: DNA, PCR, ORL tumorji, začetni oligonukleotidi, elektroforeza. Published in DKUM: 27.09.2018; Views: 1394; Downloads: 126
Full text (1,06 MB) |
3. |
4. DOLOČANJE PRISOTNOSTI HPV DNA V ORL TUMORJIHSimon Pintarič, 2014, undergraduate thesis Abstract: Humani papiloma virusi predstavljajo družino izredno heterogenih in razširjenih majhnih DNA virusov, ki povzročajo različne novotvorbe pri ljudeh in živalih. So etiološko povezani z različnimi benignimi in malignimi novotvorbami epitelija in kože in so bili zadnjih 30 let predmet obsežnih raziskav po vsem svetu. V tem času so razvili številne metode za dokazovanje HPV.
Namen naloge je bil, na vzorcu 51 tumorjev ORL področja določiti prisotnost HPV DNA. Uporabili smo metodo verižne reakcije s polimerazo ali PCR metodo, ki je trenutno najobčutljivejša metoda za dokazovanje okužb s HPV. Dokazovanje virusov s PCR metodo temelji na in vitro pomnoževanju za virus značilnega majhnega odseka genoma. PCR reakcija je sestavljena iz 25-40 ponovitev temperaturnih ciklov zaporedne denaturacije osamljene DNA, spajanja izbranih začetnih oligonukleotidov s komplementarnimi zaporedji, ter sinteze nove komplementarne DNA v območju med začetnima oligonukleotidoma. Vsaka novo sintetizirana kopija odseka DNA v naslednjem ciklu reakcije služi kot matrica.
Ugotovili smo, da je metoda verižne reakcije s polimerazo ali PCR metoda primerna, hitra in enostavna za določanje prisotnosti HPV DNA v ORL tumorjih. Keywords: HPV, PCR, ORL tumorji, začetni oligonukleotidi. Published in DKUM: 26.09.2014; Views: 2049; Downloads: 167
Full text (1,46 MB) |