| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 4 / 4
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Primerjava med porazdelitvijo izbranih genetskih profilov pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo in pri kontrolni skupini zdravih posameznikov
Igor Sovec, 2013, master's thesis

Abstract: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna avtoimunska bolezen, na razvoj katere vplivajo številni dejavniki, med njimi tudi polimorfizmi v številnih genih. Namen magistrskega dela je bil na temeljih znanih rizičnih genotipov za polimorfizme posameznega nukleotida (SNP-jev) v oz. bližini kandidatnih genov, ki smo jih povezali s slovenskimi bolniki s KVČB, CB, CBr in UC, izdelati genetske profile pri bolnih in zdravih posameznikih ter na podlagi analize razlik v porazdelitvah ugotoviti, pri katerih pragih, številu oz. deležu genotipov z rizičnimi aleli, genetski profili najbolje napovejo tveganje za razvoj KVČB, CB, CBr in UC v slovenski populaciji. V ta namen smo pri različnih pragih računali parametre za ugotavljanje napovedne moči diagnostičnega testa. V magistrskem delu smo 16 kandidatnih genov in 2 genetska lokusa od 30 na podlagi 19 kandidatnih SNP-jev od 32 statistično značilno, P ≤ 0,05, povezali s slovenskimi bolniki s KVČB in/ali s CB, CBr in UC. Med njimi tudi gen PTGER4, ki smo ga na podlagi SNP-ja rs10512734, za katerega smo gensko tipizacijo izvedli sami, povezali s CBr in UC. Pri pragih, pri katerih je imelo 16 genetskih profilov največjo napovedno moč, je bila specifičnost visoka, saj se je gibala med 82 % in 98 %, vendar pa je bila takrat občutljivost nizka in se je gibala med 9 % in 38 %. LR+ genetskih profilov pri teh pragih se je gibal med 1,75 in 3,65, razen v primeru genetskega profila za napoved povečanega tveganja za razvoj CBr, kjer je bila pri pragu ³ 5 homozigotnih genotipov z rizičnimi aleli vrednost LR+ 15,10, zaradi česar je to genetski profil z največjo napovedno močjo. Na podlagi genetskih profilov, izdelanih na testni populaciji, smo ugotovili, da se tveganje za razvoj KVČB, CB, CBr in UC poveča pri posameznikih z večjim številom genotipov z rizični aleli, vendar pa je njihova napovedna moč prešibka, Youdenov indeks se je gibal med 0,07 in 0,24, za napoved tveganja v splošni slovenski populaciji, v kateri je prevalenca KVČB in njenih podtipov nizka. Vseeno pa lahko rečemo, da je naša raziskava pomemben korak k razvoju napovednih modelov, ki bi jih z nadaljnjim raziskovanjem in vključitvijo večjega števila vzorcev, dodatnih SNP-jev ter kombinacije biooznačevalcev s kliničnimi lastnostmi v prihodnosti lahko uporabili za napovedovanje tveganja.
Keywords: kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB), Crohnova bolezen (CB), refraktorna oblika Crohnove bolezni (CBr), ulcerozni kolitis (UC), genetski profil, diagnostični test, polimofizem posameznega nukleotida, genotip, homozigot, heterozigot, alel, asociacijska analiza, prag
Published: 16.05.2013; Views: 1364; Downloads: 120
.pdf Full text (9,33 MB)

2.
ASOCIACIJSKA ANALIZA ZA POTRDITEV KANDIDATNIH DNA POLIMORFIZMOV NA KROMOSOMU 13 PREDHODNO POVEZANIH S SLOVENSKIMI BOLNIKI S CROHNOVO BOLEZNIJO Z UPORABO MIKROMREŽE (BIOČIPA)
Urška Gabor, 2012, undergraduate thesis

Abstract: Kronično vnetno črevesno bolezen (KVČB) lahko razdelimo na dva glavna podtipa, in sicer Crohnovo bolezen (CB) ter ulcerozni kolitis (UK). Študije so pokazale, da poleg okoljskih dejavnikov k razvoju bolezni pomemben delež prispevajo genetski dejavniki. Do sedaj je bilo z genetskimi študijami dokazano le približno 20% dednosti. Znano pa je, da je v patogenezo bolezni vpleteno veliko število polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP). V analizi z mikromrežo (»Immunochip«) je bila predhodno izvedena genska tipizacija za približno 200 000 polimorfizmov pri 250 slovenskih bolnikih s KVČB in kontrolno skupino 250 zdravih posameznikov. Rezultat asociacijske analize je na kromosomu 13 prikazal 280 SNP-jev s p vrednostjo p<0,05, katere smo razporedili v 42 neodvisnih lokusov. Pri multiplem testiranju lahko pride do lažno pozitivnih rezultatov. Zato smo za potrditev kandidatnih polimorfizmov v raziskavi izvedli potrditveno asociacijsko analizo na dodatnih bolnikih in zdravih kontrolah. Namen dela je bil ugotoviti ali so izbrani SNP-i povezani s slovensko populacijo bolnikov s kronično vnetnimi črevesnimi boleznimi. V raziskavi smo po analizi rezultatov predhodne analize z mikromrežo izbrali 3 polimorfizme posameznega nukleotida iz neodvisnih lokusov na kromosomu 13 z vrednostmi p<0,02 ter izvedli genotipizacijo s PCR-RFLP metodo na 364 vzorcih bolnikov in 147 vzorcih zdravih kontrol. Rezultate smo skupaj z rezultati analize z mikromrežo preverili z asociacijsko analizo. V študiji smo potrdili asociacije med SNP-jema rs7994531 (p = 0,020) in rs2765724 (p = 0,00042). Alel C za SNP rs7994531 zmanjšuje tveganje za razvoj KVČB, alel C za SNP rs2765724 pa povečuje tveganje za razvoj KVČB. Vpliv obeh je bolj izražen pri bolnikih s CB, statistično najbolj signifikantno povezavo pa smo ugotovili pri skupini bolnikov z refraktorno obliko CB (p = 0,0012 za rs7994531 in p = 0,0000076 za rs2765724). Kljub temu, da imajo posamezni SNP-ji le majhen doprinos k tveganju za KVČB, lahko trdimo, da naši rezultati pomembno prispevajo k razumevanju genetike te bolezni. SNP-ji identificirani in potrjeni v naši študiji bodo morda v prihodnosti služili kot diagnostični ali prognostični biomarkerji in prispevali delček k natančnejši in hitrejši diagnostiki, ter s tem pripomogli k boljši kvaliteti življenja bolnikov.
Keywords: Kronično vnetna črevesna bolezen, polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov, genotipizacija, asociacijska študija
Published: 21.09.2012; Views: 1876; Downloads: 267
.pdf Full text (3,03 MB)

3.
Asociacijska analiza nekaterih genov vključenih v regulacijo aktivacije T celic pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Andrej Sovec, 2011, master's thesis/paper

Abstract: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna genetska bolezen. Dva glavna tipa KVČB sta Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UC). Za Crohnovo bolezen je značilno, da je vnetje razširjeno po celotni prebavni cevi, pri ulceroznem kolitisu pa je omejeno na debelo črevo in danko. Namen magistrskega dela je bil s podatkovnimi zbirkami genske ontologije in ustreznimi bioinformatskimi orodji ugotoviti najpomembnejše biološke procese in poti, v katerih sodelujejo geni, ki so jih v asociacijskih študijah statistično značilno povezali s KVČB; ugotoviti, v katerih molekularnih funkcijah sodelujejo ti geni in katere celične komponente sestavljajo proteini, ki jih kodirajo ti geni; s podatkovnimi zbirkami genske ontologije poiskati gene, ki so vključeni v biološki proces Regulacija aktivacije T celic in jih analizirati kot kandidatne gene za asociacijsko študijo pri slovenskih bolnikih s KVČB. S pomočjo podatkovne zbirke HuGE Navigator smo izdelali seznam 180 genov, ki so jih v asociacijskih študijah na podlagi polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) statistično značilno povezali s KVČB, in ga uporabili za identifikacijo najpomembnejših bioloških procesov, molekularnih funkcij, celičnih komponent in bioloških poti v patogenezi KVČB. S pomočjo podatkovnih zbirk genske ontologije (DAVID 6.7, Gene Ontology, KEGG in BioCarta) in ustreznih bioinformatskih orodij ter seznama KVČB genov smo najprej identificirali 380 bioloških procesov, 18 molekularnih funkcij, 10 celičnih komponent in 15 bioloških poti v KEGG in 12 bioloških poti v BioCarti. Med njimi smo v nadaljnji raziskavi z uporabo istih podatkovnih zbirk in bioinformatskih orodij kot najpomembnejše v patogenezi KVČB identificirali 12 bioloških procesov, 2 molekularni funkciji, 2 celični komponenti in 10 bioloških poti. Z uporabo podatkovnih zbirk Gene Ontology in HuGE Navigator smo v biološkem procesu Regulacija aktivacije T celic izbrali 5 kandidatnih genov in 2 izmed njih, IL10 in IL12A, na podlagi SNP-jev (rs3024505 in rs17810546), statistično značilno povezali, P<0,05, s fenotipskimi podtipi slovenskih bolnikov s KVČB.
Keywords: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB), Gene Ontology (GO), DAVID 6.7, biološki proces, biološka pot, molekularna funkcija, celična komponenta, asociacijska študija, BioCarta, KEGG, HuGE Navigator, ulcerozni kolitis (UC), Crohnova bolezen (CB)
Published: 06.01.2012; Views: 2707; Downloads: 299
.pdf Full text (1,77 MB)

4.
Genetska analiza kandidatnega področja na kromosomu 10 pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Mario Gorenjak, 2010, master's thesis

Abstract: Glavna podtipa kronično vnetne črevesne bolezni (KVČB) sta Crohnova bolezen (CB), za katero so značilna kronična vnetja v celotni prebavni cevi vključno s tankim črevesom in ulcerozni kolitis (UC), kjer je vnetje omejeno pretežno na široko črevo in danko. Primerjalne študije so pokazale, da k razvoju KVČB poleg dejavnikov okolja veliko prispeva tudi genetski faktor. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti povezave polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) na kromosomu 10 s tveganjem za nastanek bolezni pri slovenskih bolnikih s KVČB. Pri raziskavi smo uporabili različne bioinformatske pristope za izbiro potencialnih kandidatnih SNP-jev in genov vključno z analizami asociacijskih študij na celotnem genomu (GWA) ter različne tehnike iz molekularne biologije za laboratorijske analize. Potencialne kandidatne SNP-je smo izbrali iz 16-ih GWA študij, v katerih je bilo potrjenih 13 SNP-jev na kromosomu 10 povezanih s KVČB. Za asociacijsko analizo smo izbrali tri SNP-je iz področja 10p in dva SNP-ja iz področja 10q. Asociacijska analiza, pri kateri smo genotipizacijo izbranih SNP-jev izvedli na 162 zdravih posameznikih in 558 bolnikih s KVČB, je pokazala povezavo med KVČB in SNP-ji rs4934697, rs10509115, rs12777960 in rs2254252. V nadaljnji analizi smo izvedli ekspresijsko študijo izoforme 1 gena CCNY in izoforme 1 gena CREM, ki sta sosednja gena SNP-jev rs12777960 in rs4934697, vendar povezave med geni in izbranima SNP-oma nismo ugotovili. Vsekakor na področju genetike KVČB niso pojasnjeni vsi dejavniki, ki vplivajo na tveganje za razvoj KVČB, vendar pa lahko z odkrivanjem in določanjem novih SNP-jev ter genov, ki povečujejo dovzetnost za razvoj KVČB, omogočimo lažjo napoved bolezni kot tudi lažje načrtovanje diagnostično terapevtskih postopkov in posegov.
Keywords: Ključne besede: Kronično vnetna črevesna bolezen, asociacijska študija, ekspresijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija
Published: 05.10.2010; Views: 3412; Downloads: 581 
(1 vote)
.pdf Full text (2,68 MB)

Search done in 0.11 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica