1. Anemia in children and adolescents with inflammatory bowel disease at the time of diagnosis and after 1 year of treatmentŽan Ferant, Maja Šikić Pogačar, Jernej Dolinšek, Dušanka Mičetić-Turk, 2015, original scientific article Keywords: anemija, kronična vnetna črevesna bolezen, otroci, adolescenti, prevalence Published in DKUM: 11.04.2024; Views: 208; Downloads: 11 Full text (203,64 KB) This document has many files! More... This document is also a collection of 1 document! |
2. Biooznačevalci za napoved odziva na vedolizumab pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeLara Metlika, 2020, undergraduate thesis Abstract: Eno izmed obetavnejših bioloških zdravil za zdravljenje kronične vnetne bolezni je biološko zdravilo vedolizumab. Na žalost je neodziv na terapijo še vedno prisoten pri 1/3 bolnikov. Natančna napoved odzivnosti pred začetkom terapije bi bila zato zelo pomembna. V diplomskem delu je prikazan sistematski pregled literature. Iskanje PubMed je bilo izvedeno z vnaprej določenimi ključnimi besedami in izrazi, da se ugotovijo ustrezne študije o napovedovalcih odziva. V rezultatih so prikazani dobljeni tipi markerjev; proteinski, klinični, v povezavi z koncentracijo ter na ravni mRNA, ter medsebojne primerjave različnih vrednosti.
Bolniki s hudo boleznijo ali predhodno izpostavljenostjo anti-TNF terapiji se manj verjetno odzovejo na vedolizumab. Prav tako so zanimivi proteinski markerji C-reaktiven protein, raven albumina ter fekalnega kalprotektina. Zaključimo, da je v prihodnje potrebnih še več študij ter bolj sistematičen pristop k iskanju biomarkerjev. Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, ulcerozni kolitis, vedolizumab, odziv, in napovedovalci odziva Published in DKUM: 13.10.2020; Views: 1784; Downloads: 94 Full text (1,20 MB) |
3. Povezava med polimorfizmi in geni oksidativnega stresa pri bolnikih s pogostimi kompleksnimi boleznimiMatic Broz, 2017, undergraduate thesis Abstract: Avtoimune kompleksne bolezni, kot so kronična vnetna črevesna bolezen, multipla skleroza in astma, nastanejo kot posledica delovanja genetskih in okoljskih dejavnikov. Pomembno vlogo pri nastanku teh bolezni ima oksidativni stres, saj poveča vnetje, sproži apoptozo celic ter zniža imunsko odpornost. Diplomsko delo prikazuje vpliv sprememb v genih oksidativnega stresa na razvoj astme, multiple skleroze in kronične vnetne črevesne bolezni v slovenski populaciji.
V diplomskem delu smo pri slovenskih bolnikih z astmo, multiplo sklerozo in kronično vnetno črevesno bolezenijo ter pri kontrolni skupini zdravih posameznikov s tehniko talilne krivulje visoke ločljivosti genotipizirali polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) v genih oksidativnega stresa, in sicer SNP rs4880 na genu SOD2 in SNP rs2107538 na genu CCL5.
Ugotovili smo statistično značilno povezavo med polimorfizmom SNP rs4880 na genu SOD2 in multiplo sklerozo. Pri bolnikih z multiplo sklerozo je bila frekvenca alela C višja (0,559) v primerjavi s kontrolno skupino (0,471, p=0,019). To pripišemo izgubi funkcije MnSOD, do katere pride zaradi zamenjave timina s citozinom na 47. mestu. Povezave med rs2107538 na genu CCL5 in analizirami boleznimi nismo potrdili.
Ugotovili smo, da SNP rs4880 na genu oksidativnega stresa SOD2 prispeva k patogenezi multiple skleroze in prav tako nakazuje na povezavo z razvojem astme. Rezultati diplomskega dela nakazujejo na vlogo genov oksidativnega stresa pri nastanku kompleksnih bolezni. Keywords: oksidativni stres, multipla skleroza, astma, kronična vnetna črevesna bolezen, HRM Published in DKUM: 14.09.2017; Views: 2185; Downloads: 217 Full text (1,61 MB) |
4. DIDAKTIČNA IGRA KOT UČILO PRI ŽIVLJENJU S KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZNIJOKristina Martinović, 2016, undergraduate thesis Abstract: Trideset odstotkov bolnikov s kronično vnetno črevesno boleznijo zboli že v otroštvu. Kronična vnetna črevesna bolezen je ena izmed najtežjih kroničnih bolezni v obdobju otroštva in adolescence, ki vpliva na kakovost življenja bolnikov. Zdravstvena vzgoja kroničnega pediatričnega bolnika je zelo pomembna, saj ga želimo usposobiti, da bo znal preprečevati povrnitev bolezni oz. z boleznijo kakovostno živeti. Zdravstvene vzgoje brez učnih sredstev ni oziroma je ne more biti. Z diplomskim delom smo želeli ustvariti učno sredstvo, didaktično igro, ki bo kot učilo otrokom, obolelim s kronično vnetno črevesno boleznijo, približala pomembne informacije o življenju z omenjeno boleznijo.Pri izdelavi diplomskega dela smo uporabili deskriptivno metodo dela, metodo analize in sinteze strokovne literature ter pri odgovorih na raziskovalna vprašanja metodo komparacije.Ključna ugotovitev je, da didaktične igre pozitivno vplivajo na učenje otroka. Skozi igro podano znanje je trajnejše in hitreje pridobljeno. S pomočjo didaktične igre se otrokom poveča delovna motivacija, aktivnost poslušanja in sodelovanja. Didaktično igro lahko uporabimo tudi pri zdravstveni vzgoji. Ugotovili smo, da spodbuja komunikacijo, omogoča lažje deljenje izkušenj tekmovalcev in na splošno jo otroci dobro sprejemajo. S strani strokovnjakov je pogosto svetovan učni pripomoček. Z gotovostjo lahko trdimo, da je igra osnovno delo otrokovega življenja. Skozi njo se otrok uči, razvija, prevzema različne vloge in krepi socialne veščine. Opažamo pa, da je njena raba v učnih procesih v času šolanja ali pri zdravstveni vzgoji majhna. Menimo, da bi bilo potrebno pogosteje podajati znanje s pomočjo iger. Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, didaktična igra, zdravstvena vzgoja, otrok, izobraževanje. Published in DKUM: 29.06.2017; Views: 2394; Downloads: 180 Full text (1,40 MB) |
5. Uporaba bioloških zdravil v Univerzitetnem kliničnem centru MariborAndrej Bavec, Ivan Krajnc, 2008, original scientific article Abstract: Izhodišča: Posamezna biološka zdravila, kljub specifičnemu delovanju na določene tarče, pokrivajo zelo širok spekter možnosti uporabe pri zdravljenju različnih bolezni, a se klinična uporaba omejuje na ozke, točno določene indikacije. Najbolj pogosto se uporabljajo po standardnem zdravljenju, ki ni bilo uspešno.
Metode: Z raziskavo je bila analizirana uporaba bioloških zdravil v klinični praksi predvsem po indikacijskih področjih na Oddelku za revmatologijo, Oddelku za hematologijo, Oddelku za gastroenterologijo in endoskopijo Klinike za interno medicino, Oddelku za kožne in spolne bolezni ter na Oddelku za ginekološko onkologijo in onkologijo dojk Klinike za ginekologijo in perinatologijo Univerzitetnega kliničnega centra Maribor.
Rezultati: V proučevanem obdobju so se biološka zdravila uporabljala pri zdravljenju 195 bolnikov, in sicer vsa trenutno registrirana biološka zdravila, razen abatacepta, anakinre in bevacizumaba. Največ (86) bolnikov se je zdravilo z infliximabom, etanerceptom in adalimumabom na Oddelku za revmatologijo, najpogosteje zaradi revmatoidnega artritisa in ankilozirajočega spondilitisa. 69 bolnic se je s trastuzumabom zdravilo zaradi raka dojke. Na Oddelku za hematologijo so z rituximabom, ibritumomab tiukseatanom, alemtuzumabom in bortezomibom skupaj zdravili 14 bolnikov z ne-Hodgkinovimi limfomi, B-celično kronično limfocitno levkemijo ter plazmocitomom. Z infliximabom je bilo zdravljenih 13 bolnikov s Crohnovo boleznijo ali ulceroznim kolitisom. Zaradi psoriaze s plaki se je z efalizumabom zdravilo 11 in z infliximabom 2 bolnika.
Zaključki: S pogostejšo uporabo bioloških zdravil pri bolnikih z različnimi pridruženimi boleznimi lahko pričakujemo razširitev indikacij za zdravljenje. Na osnovi novejših raziskav lahko v klinični praksi pričakujemo uporabo bioloških zdravil v zgodnejšem obdobju bolezni in razvoj novih bioloških zdravil, ki bodo delovala na nove tarče v patogenezi bolezni. Keywords: biološka zdravila, zdravljenje, revmatoidni artritis, psoriaza, kronična črevesna vnetna bolezen, ne-Hodgkinov limfom, plazmocitom, rak dojke Published in DKUM: 28.03.2017; Views: 2118; Downloads: 168 Full text (124,03 KB) This document has many files! More... |
6. VLOGA RECEPTORJEV ENDOKANABINOIDNEGA SISTEMA CB1 IN CB2 PRI INHIBICIJI CITOKINA TNF-e1 V MONONUKLEARNIH LIMFOIDNIH CELICAH BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJOŽan Hribar, 2016, undergraduate thesis Abstract: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je avtoimunska kompleksna bolezen, ki lahko prizadene celoten prebavni trakt pri človeku. Pojavlja se v obliki Crohnove bolezni (CD), ulceroznega kolitisa (UC) ter intermedialnega kolitisa (IK). Sama patogeneza bolezni še ni povsem pojasnjena, so pa različne študije že identificirale kar nekaj potencialnih genov, ki bi lahko sodelovali pri tej bolezni. Velik problem te bolezni se kaže predvsem v tem, da še ni zdravila, ki bi absolutno odpravilo vzroke bolezni, pa tudi simptomatsko zdravljenje je pogosto neučinkovito, z mnogimi stranskimi učinki. Zadnje čase je za zdravljenje KVČB v uporabi humanizirano monoklonsko protitelo adalimumab (ADA), ki specifično in z visoko afiniteto veže dejavnik tumorske nekroze-α (TNF). TNF je osrednji citokin vnetnega in imunskega odziva, torej ADA deluje protivnetno in zmanjšuje imunski odziv telesa. Vendar je već kliničnih študij pokazalo, da je zdravljenje z ADA uspešno le pri približno dveh tretjinah bolnikov. O genetskih in biokemijskih razlogih za neodziv na zdravljenje z ADA je znanega zelo malo, se pa v tem pogledu zdi endokanabinoidni sistem (EKS) kot zelo verjeten vzročni dejavnik, saj je njegovo sodelovanje pri vnetnih in imunskih procesih dobro poznano.
Glavna cilja naše raziskave sta bila proučiti povezanost polimorfizmov enega nukleotida (SNP) ter gensko ekspresijo endokanabinoidnih receptorjev (CB) 1 in 2, na eni strani z dovzetnostjo za posamezen podtip KVČB, in na drugi strani z odzivom bolnikov s CD na zdravljenje z ADA. V ta namen smo v mononuklearnih celicah periferne krvi iz 276 zdravih posameznikov, 61 bolnikov z ulcerativnim kolitisom, 113 bolnikov s Crohnovo boleznijo na standardni terapiji (CB) in iz 119 bolnikov s Crohnovo boleznijo, zdravljenih z ADA genotipizirali 6 SNP v CNR1 in CNR2 ter izmerili njuno gensko ekspresijo. Na osnovi rezultatov smo naredili dva tipa asociacijskih analiz, ti. "case-control" in farmakogenomsko asociacijsko študijo. Za potrditev ekspresije CNR1 in CNR2 na proteinskem nivoju smo v vzorcih najbolj očitnih odzivnikov in neodzivnikov na zdravljenje z ADA izvedli analizo s prenosom western.
"Case-control" študija je pokazala signifikantne razlike v frekvencah genotipov med kontrolami in posameznimi kohortomi bolnikov. Genotipa CT in TT rs4237 (PITHD1) sta bila povezana z večjo dovzetnostjo za razvoj hujših oblik CD, katere je potrebno zdraviti z biološkimi zdravili, medtem ko je bil genotip CC rs13197090 (RARS2) povezan z večjo dovzetnostjo za pojav oblik CD in UC, za zdravljenje katerih zadostuje klasična terapija. Starost ob diagnozi ni bila povezano z nobeno od genskih ekspresij CNR1 in CNR2, sta pa obe bili v signifikantni medsebojni korelaciji v vseh kohortah, z izjemo bolnikov z UC.
Farmakogenomska študija je pokazala signifikantne razlike med frekvencami alelov in genotipov odzivnikov in neodzivnikov v 4. tednu zdravljenja z ADA. Bolniki z genotipom GG rs1049353 (CNR1) oz. genotipoma CCTT in TTTT rs35761398 (CNR2) so se v večjem deležu odzvali na zdravljenje z ADA. V 30. tednu zdravljenja je bila genska ekspresija CNR2 signifikantno nižja pri odzivnikih na zdravljenje z ADA v primerjavi z neodzivniki. Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, kanabinoidi, adalimumab, genotipizacija, genska ekspresija, asociacijska analiza Published in DKUM: 16.09.2016; Views: 1876; Downloads: 161 Full text (2,76 MB) |
7. VPLIV POLIMORFIZMOV V CELOTNEM GENOMU NA PROFILE MAŠČOBNIH KISLIN PRI BOLNIKIH S KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZNIJOGregor Jezernik, 2016, master's thesis Abstract: V magistrskem delu smo s intenzivno bioinformacijsko analizo preučevali povezave med profili maščobnih kislin in polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP-ji), ki so bili genotipizirani na SNP mikromreži, ki obsega več kot 200.000 SNP-jev celotnega genoma. Namen tega dela je bil najti genetske regije, ki vplivajo na deleže maščobnih kislin v membranah rdečih krvnih celic bolnikov s kronično vnetno črevesno boleznijo (KVČB) in razložiti, kako s tem prispevajo k patogenezi bolezni ali njenemu poteku. Pri bioinformacijski analizi smo uporabili več programskih orodij, med njimi PLINK, R in Haploview.
Bioinformacijska analiza je pokazala močan statistično značilen signal v FADS regiji, ki vpliva na delež dihomo-γ-linolenske kisline (p = 6.84 × 10-7). Signal je del večjega haplotipskega bloka, katerega vpliv na kinetiko metabolizma maščobnih kislin in eikozanoidov je že dobro opisan. Haplotip D namreč poveča sintezo daljših maščobnih kislin. V prisotnosti moderne zahodnjaške diete bogate s krajšimi ω-6 maščobnimi kislinami vodi do proizvodnje velikih količin arahidonske kisline, katere derivati delujejo vnetno. Ta mehanizem je lahko patogen za kronično vnetno črevesno bolezen. Haplotip D v KVČB deluje negativno tudi s porabo esencialnih maščobnih kislin v času hudega vnetja in s tem vpliva na potek bolezni.
Rezultati te asociacijske študije kažejo na vlogo maščobnih kislin v poteku KVČB. Nadaljnje raziskave na tem področju bi prispevale k napovedovanju poteka bolezni in uspešnosti terapij ter odkrivanju novih terapevtskih tarč. Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, profil maščobnih kislin, asociacijska študija, študija celotnega genoma Published in DKUM: 05.09.2016; Views: 2268; Downloads: 142 Full text (2,10 MB) |
8. Novejša spoznanja o etiologiji kronične vnetne črevesne bolezniDušanka Mičetić-Turk, 2000, review article Abstract: V prispevku so prikazana novejša spoznanja o etiologiji kronične vnetne črevesne bolezni, ki ostaja nejasna, kljub intenzivnim raziskavam. Vloga sluzničnega imunskega sistema je v zadnjih letih nesporno dokazana v mehanizmukronične vnetne črevesne bolezni, čeprav efektorni mehanizmi bolezni,kot tudi ciljne celice še niso popolnoma prepoznani. Raziskave so v zadnjem desetletju usmerjene predvsem na imunologijo, genetiko in infektologijo. Kot možne povzročitelje navajajo številne mikrobe, med katerimi so najpogostejši Mycobacterium paratuberculosis, virus ošpic in Listeria monocytogenes. Vse te raziskave lahko bistveno vplivajo na diagnostiko in zdravljenje klasičnih oblik kroničnih vnetnih črevesnih bolezni in njihovih različic. Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, etiologija Published in DKUM: 30.12.2015; Views: 1763; Downloads: 39 Link to full text |
9. MOLEKULARNE SPREMEMBE IN FARMAKOGENOMSKI OZNAČEVALCI ZA ZDRAVLJENJE CROHNOVE BOLEZNI Z MONOKLONSKIMI PROTITELESI ZA INHIBICIJO TNF-α2015 Abstract: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen in se pojavlja v dveh podtipih, kot Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK). CB lahko prizadene celoten prebavni trakt, medtem ko UC prizadene skoraj izključno danko in debelo črevo. Na potek in razvoj bolezni pomembno vplivajo tako okoljski dejavniki kot tudi genetska zasnova posameznika. Asociacijske študije na celotnem genomu (GWA študije) so do danes identificirale 163 lokusov na človeškem genomu, ki so povezani z nastankom KVČB.
Zdravljenje KVČB poteka v več stopnjah. Navadno začnemo z aminosalicilati, nadaljujemo s kortikosteroidi in imunosupresivi. Če zdravljenje s standardno terapijo ni uspešno, pa si v zadnjem času pomagamo z biološkimi zdravili in sicer zaviralci provnetnega citokina TNF-α, katerih prva predstavnika sta infliksimab (IFX) in adalimumab (ADA). Terapija z zaviralci TNF-α je naredila izjemen napredek v zdravljenju ne samo CB, ampak tudi ostalih oblik KVČB. V naši študiji smo se osredotočili na zdravljenje bolnikov s CB z adalimumabom (ADA). ADA je humano monoklonsko protitelo. Z odmerjanjem vsaki drugi teden dosegamo zelo dober odziv, v indukcijski kot tudi vzdrževalni terapiji, z zelo solidnim procentom bolnikov v remisiji, vendar se kljub temu približno tretjina bolnikov ne odziva na terapijo z zaviralci TNF-α. Cilj naloge je bil izvesti prospektivno farmakogenetsko raziskavo, pri čemer bi odkrili genetske biooznačevalce, s katerimi bi lahko vnaprej napovedali, kakšen bo izid zdravljenja z ADA pri posameznem bolniku. Dodatno smo želeli ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na terapijo z ADA in izražanjem genov pri bolnikih s CB, pri čemer smo ugotovili, da prav tako izstopa gen ATG16L1, pri katerem se je izražanje statistično značilno spreminjalo skozi celotno obdobje zdravljenja. Prav tako smo v nalogi analizirali potencialne povezave med imunološkimi, biokemijskimi in hematološkimi parametri.
V študijo smo zajeli 102 bolnika s CB. Bolnike smo spremljali tako, da smo jim pred terapijo ter po 4., 12., 20., in 30. tednu odvzeli kri, izmerili vrednost C-reaktivnega proteina (CRP) kot pokazatelja vnetja ter ovrednotili uspešnost zdravljenja z IBDQ vprašalnikom, ki poleg vprašanj kliničnega značaja zelo dobro odraža psihološko stanje in počutje bolnika. Glede na število točk IBDQ vprašalnika smo ovrednotili uspešnost terapije, tako da je število nad 170 ali relativni dvig IBDQ za 22 točk pomenilo remisijo. Uspešnost terapije smo ovrednotili tudi z vrednostjo CRP in sicer smo menili, da je terapija uspešna, v kolikor se je CRP zmanjšal za 25% glede na začetno stanje pred zdravljenjem oz. je CRP dosegel normalne vrednosti. DNA polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) in kandidatne gene smo izbrali po sledečih kriterijih: SNP-ji, močno povezani s KVČB v posameznih kandidatnih študijah, SNP-ji, ki so jih potrdile GWA študije za KVČB, ter SNP-ji, ki so bili v predhodnih študijah povezani z odzivom na IFX. Skupno smo genotipizirali 33 izbranih SNP-jev in izmerili izražanje 5 genov, predhodno povezanih s KVČB ter primerjali genotipe izbranih SNP-jev in nivo izražanja genov z odzivom na zdravljenje z ADA. Gensko tipizacijo polimorfizmov SNP v izbranih genih/lokusih smo izvajali z metodo analize talilnih krivulj visoke ločljivosti (HRM, ang. high resolution melting) in tehniko polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP, ang. restriction fragment length polymorphism).
Ugotovili smo, da je bil pozitivni odziv na zdravljenje z ADA merjen z IBDQ po 4 tednih pri 62.9% bolnikov, po 12 tednih 68%, po 20 tednih 66% in po 30 tednih 71%. V primeru merjenja odziva z CRP pa je imelo po 4 tednih pozitivni odziv 82,6% bolnikov, po 12 tednih 71,9% , po 20 tednih 72,7% in po 30 tednih 72,5% bolnikov.
Najmočnejšo povezavo smo našli med polimorfizmom SNP rs10210302 v genu ATG16L1 in biološkim odgovorom na terapijo z ADA, merjenim s CRP, pri čemer so imeli bolniki z genotipom TT boljši odgovor po 12, 20 in 30 tednih zdravljenja v primerjavi z bolniki z genotipom CC (p=8.11E-04, p (po korekciji za multiplo testiranje = 0,027)). Nadalje smo močno povezavo odkrili med polimorfizmom SNP rs10512734, ki je lociran v genski puščavi na kromosomu 5p13.1 in za katerega je bilo dokazano, da vpliva na izražanje gena PTGER4 ter odgovorom na ADA, pri čemer so imeli bolniki z genotipom GG boljši odgovor v primerjavi z bolniki z genotipom AA po 12 tednih zdravljenja (p=4.62E-03). Ostale statistično najbolj značilne povezave smo ugotovili med SNP-ji v genih CASP9, IL27, CCNY, C11orf30, NR1I2 in IL13 ter odzivom na zdravljenje z ADA.
V skladu s predhodnimi kliničnimi študijami smo tudi v naši študiji potrdili povezavo med nekaterimi kliničnimi značilnostmi bolnikov in odzivom na zdravljenje. Bolniki, ki predhodno še niso bili zdravljeni z IFX, so se signifikantno boljše odzvali na terapijo. Glede vzporedne terapije s standardnimi zdravili nismo našli značilnih povezav z odzivom na zdravljenje. Boljši odziv na zdravljenje smo opazili pri bolnikih, ki so bili predhodno kirurško zdravljeni. In boljši odziv na terapijo je bil opažen tudi pri nekadilcih. Bolniki, ki so bili ob postavitvi diagnoze mlajši, so se na terapijo boljše odzivali.
Rezultati naše študije kažejo, da je odziv na zdravljenje z ADA deloma genetsko pogojen s polimorfizmi SNP, povezanimi z nastankom CB, pri čemer se je kot najbolj obetaven kandidatni gen za odgovor na zdravljenje z ADA izkazal gen ATG16L1. Glede na to, da smo našli številne povezave z drugimi polimorfizmi SNP ter odgovorom na ADA, bodo v prihodnje potrebne nadaljnje farmakogenetske študije, ki bi te povezave potrdile na večjem številu bolnikov s CB s ciljem razviti molekularne biološke označevalce in napovedne modele, s katerimi bi lahko načrtovali individualizirano zdravljenje bolnikov.
Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, adalimumab, farmakogenomika, biooznačevalci Published in DKUM: 16.07.2015; Views: 2677; Downloads: 348 Full text (4,76 MB) |
10. PRIMERJAVA RAZLIČNIH PRISTOPOV ZA IZRAČUN TVEGANJA ZA KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZEN NA OSNOVI ANALIZE PROFILOV GENETSKIH POLIMORFIZMOVKristjan Gabor, 2013, master's thesis Abstract: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je bolezen prebavil. Delimo jo na dva glavna podtipa, ulcerozni kolitis (UK) in Crohnovo bolezen (CB). Za KVČB je značilen kroničen, običajno vseživljenjski potek z aktualnimi zagoni ter vmesnimi krajšimi ali daljšimi obdobji odsotnosti kliničnih znakov. Vzrok za nastanek bolezni še ni poznan. Predvidevajo, da je KVČB posledica pretiranega imunskega odziva črevesne sluznice na dejavnike okolja. Pomembno vlogo pri njenem razvoju imajo genetski dejavniki. Je kompleksna bolezen, saj jo povzročajo genske okvare na več mestih, vendar ima vsak gen zelo majhen doprinos k razvoju bolezni. Namen magistrskega dela je izračunati statistične povezave in primerjati različne pristope napovednih modelov na osnovi analize genetskega zapisa, kot so napovedni model s kombinacijo polimorfizmov SNP (angl. single nucleotide polymorphism), napoved tveganja po multiplikativnem modelu in napovedni model, zgrajen s pomočjo strojnega učenja. Napovedni modeli so zgrajeni na modelu bolezni KVČB za posamezen SNP na osnovi rezultatov genotipizacije 33 različnih polimorfizmov SNP oziroma 30 genov pri slovenskih bolnikih s KVČB. Ti napovedni modeli nam omogočajo, da na osnovi genske analize napovemo tveganje bolezni za posameznika. Ugotovili smo, kateri SNP-ji predstavljajo najpomembnejši dejavnik tveganja v slovenski populaciji. Z metodo primerjave kombinacije SNP-jev med dvema skupinama smo najboljšo napoved dosegli pri primerjanju bolnikov z UK s kontrolno skupino zdravih posameznikov. Občutljivost testa je bila 64,9-odstotna in specifičnost 72,13-odstotna. Z napovednim modelom, zgrajenim s pomočjo strojnega učenja v odprtokodnem statističnem programu R, smo pri razlikovanju med skupino bolnikov s CB in kontrolno skupino zdravih posameznikov dosegli 76,38-odstotno občutljivost in 54,55-odstotno specifičnost. Prav tako smo poiskali najbolj informativne kombinacije genov in genetskih profilov, ki z optimalnim razmerjem med občutljivostjo in specifičnostjo napovedujejo tveganje za KVČB. Tako smo s pomočjo strojnega učenja ugotovili, da so za nastanek bolezni najbolj vplivni geni SLC22A5, FCGR3A, NR1/2 in SLC22A4. Ob primerjavi relativnega tveganja (RR) po standardni enačbi in po sistemu podjetja deCODEme, ki ima nekoliko drugačen pristop izračuna RR, smo dobili 12-odstotno neujemanje rezultatov oziroma napovedi relativnega tveganja za določene posamezne genotipske kombinacije. Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, genetika, DNA, polimorfizmi SNP, napovedni modeli, strojno učenje, bioinformatika Published in DKUM: 12.07.2013; Views: 3054; Downloads: 224 Full text (3,15 MB) |