1. Študij deskriptorjev molekulske oblike protibakterijskih učinkovin : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeDeniz Agačević, 2022, undergraduate thesis Abstract: Pomembnost bakterijske odpornosti iz dneva v dan narašča, opazimo pa tudi razmeroma večje
število mehanizmov antibiotične rezistence, zato je raziskovanje novih protibakterijskih spojin
ključnega pomena. V sklopu tega diplomskega dela smo primerjali kemijski prostor obstoječih
protibakterijskih učinkovin s kemijskim prostorom učinkovin z ostalimi indikacijami.
Rezultati dela lahko tako pomagajo pri razvoju novih antibiotikov in pri razumevanju razlik
med antibiotiki in ostalimi zdravilnimi učinkovinami v kontekstu molekulskih deskriptorjev,
ki opisujejo obliko same molekule.
V okviru diplomske naloge smo, računajoč kemijske parametre in lastnosti, primerjali seta
podatkov o antibiotikih in ostalih zdravilnih učinkovinah. Uporabljali smo PMI (angl.
principal moment of inertia/ glavni vztrajnostni moment) izpeljane lastnosti kot molekulske
deskriptorje, ki matematično opišejo obliko molekule. Primerjali smo tudi izračun PMI
izpeljanih molekulskih deskriptorjev pri uporabi 2D, 3D in geometrijsko optimiziranih
konformacij molekul ter primerjali, kako različni vhodni podatki vplivajo na izračun PMI
izpeljanih lastnosti. Opazovali smo trende oblike molekul antibiotikov in ostalih zdravilnih
učinkovin (lahko so sferične, paličaste oblike ali oblike diska), kjer smo ugotovili, da večina
zdravilnih učinkovin spada med paličasto obliko in obliko diska. Na koncu smo primerjali
kemijska prostora antibiotikov in ostalih učinkovin ter statistično ovrednotili razlike med
izbranima razredoma spojin
Keywords: antibiotik, bakterijska rezistenca, protibakterijske učinkovine, kemijski
prostor, kemijski deskriptorji, PMI deskriptorji
Published in DKUM: 02.11.2022; Views: 626; Downloads: 78
 Full text (2,69 MB) |
2. Identifikacija prevladujočih funkcionalnih skupin v protibakterijskih učinkovinah : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeJan Gimpelj, 2021, undergraduate thesis Abstract: Protibakterijske učinkovine predstavljajo pomembna zdravila, saj uničujejo ali zavirajo rast bakterij. Kljub temu se bakterije nenehno razvijajo, in posledično postajajo odporne na vse več protibakterijskih zdravil. Njihova nepravilna in prepogosta uporaba povzroča bakterijsko rezistenco, ki v današnjem času predstavlja veliko težavo, saj povzroča infekcije, ki so težko ozdravljive. Zato smo se v tej diplomski nalogi odločili raziskati prevladujoče funkcionalne skupine v protibakterijskih učinkovinah. Najprej smo pripravili bazo spojin, protibakterijskih in ostalih učinkovin z uporabo baze podatkov Drug Bank. Tem spojinam smo v računalniškem programu KNIME preračunali število funkcionalnih skupin v posameznih spojinah ter vrednosti kemijskih deskriptorjev. Ugotovili smo, da se protibakterijske učinkovine in ostale učinkovine z biološko aktivnostjo bistveno razlikujejo v prisotnosti pomembnih funkcionalnih skupin kot tudi vrednostih kemijskih deskriptorjev. Posledično je opazna tudi razlika v vsebnosti kislih, bazičnih in nevtralnih molekul ter zwitterionov. Rezultati tudi kažejo na različno molekulsko obliko, saj imajo protibakterijske učinkovine nekoliko bolj paličaste oblike, ostale učinkovine pa nekoliko bolj diskaste. Rezultati diplomske naloge nam lahko pomagajo pri nadaljnjih študijah in načrtovanju novih protibakterijskih učinkovin.
Keywords: protibakterijske učinkovine, funkcionalne skupine, kemoinformatika, kemijski prostor, kemijski deskriptorji, bakterijska rezistenca, KNIME
Published in DKUM: 22.09.2021; Views: 818; Downloads: 111
Full text (1,98 MB) |
3. Analiza kemijskega prostora, ki ga zavzemajo protibakterijske učinkovine : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeStaša Velcl, 2020, undergraduate thesis Abstract: Protibakterijske učinkovine so ena najbolj zastopanih skupin zdravil in predstavljajo enega večjih kliničnih uspehov v moderni medicini. Kljub temu se je zaradi široke in nepravilne klinične prakse pojavlja odpornost na vse skupine protibakterijskih učinkovin. Zaradi tega je ključnega pomena raziskovanje novih protibakterijskih učinkovin, njihovih lastnosti in mehanizmov delovanja. V diplomski nalogi smo s pomočjo molekulskih deskriptorjev opisali kemijski prostor tako protibakterijskih in ostalih učinkovin kot tudi učinkovin, ki delujejo na G+ oz. G- organizme. Problema protibakterijskega prostora smo se lotili z izvedbo bioinformacijske analize spojin s protibakterijskim delovanjem, ki so dosegljive v ChEMBL ter Drugbank bazi podatkov. S programom KNIME smo izračunali vrednosti molekulskih deskriptorjev, ki predstavljajo fizikalno-kemijske lastnosti spojin in jih med seboj primerjali z vrednostmi učinkovin z drugimi terapevtskimi indikacijami. Ugotovili smo, da se kemijski prostor protibakterijskih učinkovin razlikuje od kemijskega prostora drugih učinkovin v večini analiziranih deskriptorjev, prav tako se razlikuje kemijski prostor spojin z delovanjem na G+ organizme od tistega, ki delujejo na G-. Poleg tega smo identificirali točke podobnosti med prostori. Rezultati analize nam lahko pomagajo pri načrtovanju filtrov za načrtovanje novih knjižnic spojin, ki jih uporabljamo za virtualno rešetanje in načrtovanje novih protibakterijskih spojin.
Keywords: bakterijska rezistenca, protibakterijske učinkovine, molekulski deskriptorji, antibiotiki, kemijski prostor, virtualno rešetanje
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 1216; Downloads: 169
Full text (5,42 MB) |
