1. Genetski dejavniki tveganja za razvoj miomov materniceJovan Krsteski, 2022, doctoral dissertation Abstract: Miomi maternice so pogosti trdi tumorji, ki nastanejo v sloju gladkih mišic maternične stene. Njihov nastanek je povezan z motnjami v regulaciji hormonov, vendar je točna etiologija miomov maternice še precej nejasna. Znano je, da na biologijo tumorjev, kot so miomi maternice, pomembno vplivajo interlevkini in interlevkinski receptorji. Dosedanje genetske raziskave miomov maternice so odkrile gene, povezane z etiologijo miomov maternice, vendar so novejši pristopi dodatno izpostavili tudi vlogo patogenih epigenetskih sprememb kot pomemben dejavnik pri napačni regulaciji genskega izražanja v miomih maternice.
Na začetku doktorskega dela smo izvedli tarčno analizo izbranih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) v genih, ki zapisujejo interlevkine in interlevkinske receptorje. Kohorta za tarčno genetsko analizo obsega 181 žensk z miomi maternice in 133 zdravih kontrol. Pri navedeni analizi smo dodatno želeli odkriti razlike med bolnicami s solitarnimi in multiplimi miomi maternice.
V nadaljevanju doktorske disertacije smo ponovno analizirali javno dostopne surove podatke določevanja zaporedja RNA (RNA-Seq) iz dveh raziskav miomov maternice, ki so analizirale parne vzorce fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Ta združena podatkovna zbirka je služila za odkritje diferencialnega izražanja in za kasnejše vrednotenje rezultatov. Značilne rezultate te in silico analize smo nato neodvisno potrdili na lastni kohorti, ki je obsegala 58 bolnic z neparnimi vzorci fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Nato smo značilne rezultate še dodatno analizirali na integrirani zbirki podatkov asociacijskih študij celotnega genoma (GWAS) bolnic z miomi maternice za odkritje epigenetskih označevalcev.
Rezultati tarčne analize izbranih SNP-jev kažejo na vlogo rs20541 (v genu IL13) pri nastanku miomov maternice. Napovedni model na osnovi logistične regresije je pokazal, da so adenomioza, višja starost ob diagnozi, družinska anamneza, nižja starost ob menarhi in nižja starost pri prvem spolnem odnosu ter SNP rs1801275 (v genu IL4R) povezani s tveganjem za nastanek multiplih miomov maternice. V raziskavi smo prav tako pokazali povezavo med SNP rs20541 (v genu IL13) in ravnjo 17β-estradiola v serumu pri bolnicah z multiplimi miomi maternice.
Ponovna in silico analiza podatkov določevanja zaporedja RNA je pokazala značilno diferencialno izražanje genov med zdravim tkivom miometrija in fibroidnim tumorskim tkivom. Izmed teh ima pet genov (NPTX1, NPTX2, CHRM2, DRD2 in CACNA1A) več skupnih značilnih povezav s termini genske ontologije (GO), kar kaže na podobno delovanje teh petih diferencialno izraženih genov. Naštete statistično značilne gene smo tudi potrdili v kohorti slovenskih bolnic. Kasnejša integracija podatkov asociacijskih analiz celotnega genoma in funkcijska analiza naštetih petih genetskih regij je pokazala več pomembnih razlik v vezani kromatinskih struktur, delovanju promotorjev in občutljivosti DNaz ter spremenjenih vezavnih mest transkripcijskih dejavnikov.
S tem smo odkrili edinstveno podskupino spremenjenega izražanja genov sinaptične signalizacije v miomih maternice, kar kaže na kompleksnost biologije tumorjev in obsežnost procesov, povezanih s patogenezo miomov maternice.
Keywords: miomi maternice, genotipizacija, izražanje genov, IL13, sinaptično signaliziranje
Published in DKUM: 16.11.2022; Views: 794; Downloads: 91
 Full text (9,85 MB) |
2. Razporeditev genotipov človeških papilomavirusov v različnih oblikah kožnih bradavicVesna Breznik, 2020, doctoral dissertation Abstract: Poznavanje razporeditve vzročnih genotipov HPV v najpogostejših kliničnih tipih kožnih bradavic (KB) je izjemno pomembno za razvoj preventivnih cepiv proti kožnim genotipom HPV. V tej raziskavi so bili na osnovi ocenjenih virusnih bremen opredeljeni vzročni genotipi HPV v 203 sveže zamrznjenih tkivnih vzorcih histopatološko potrjenih KB - 185 navadnih (NB) in 18 plantarnih bradavicah (PB), ki so bile odvzete skupno 138 imunsko-kompetentnim bolnikom. Vsi tkivni vzorci so bili s tipsko specifično kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (PCR) testirani na najpogostejše Alphapapillomaviruse (Alpha-PV) ki so potencialni povzročitelji KB (HPV-2/-27/-57) in Mu-PV (HPV-1/-63/-204) ter s konvencionalnim širokospektralnim PCR-jem za opredeljevanje prisotnosti 23 nizkorizičnih HPV. Deoksiribonukleinska kislina HPV je bila identificirana v 176/185 (95 %) NB in v vseh PB. Na podlagi ocenjenih virusnih bremen večine opredeljenih genotipov HPV in določene mejne vrednosti pri eni virusni kopiji/celico so bili v tej raziskavi kot potencialni povzročitelji kožnih sprememb (vzročni genotipi HPV) opredeljeni HPV-2/-27/-57 (v približno treh četrtinah NB in v dveh tretjinah PB) ter HPV-1 (v 4 % NB in v eni tretjini PB). Čeprav so bile sočasne okužbe z več genotipi HPV identificirane v približno eni tretjini NB in PB, so bile potencialne vzročne so-okužbe opredeljene v samo 2 % NB, medtem ko jih v vzorcih PB nismo zaznali. Naše ugotovitve nakazujejo na nekoliko različno razporeditev potencialnih vzročnih genotipov HPV-2/-27-/57 in HPV-1 v NB in PB, s predominanco genotipa HPV1 za plantarno lokacijo, kar potrjuje potrebo po vključitvi virusom podobnih delcev genotipov HPV-2/-27-/57/-1 v bodoče cepivo proti kožnim genotipom HPV.
Keywords: človeški papilomavirusi, HPV, genotip, rod, kožne bradavice, navadne bradavice, plantarne bradavice, virusno breme, citopatogeni učinek, histopatologija, PCR, genotipizacija, inkluzije
Published in DKUM: 05.02.2021; Views: 1020; Downloads: 97
Full text (2,31 MB) |
3. Vloga polimorfizmov v genih matriksnih metaloproteinaz pri raku dojk : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjePetra Berlak, 2019, undergraduate thesis Abstract: Rak dojke je kompleksna, delno dedna bolezen, ki je v razvitem svetu še vedno najpogostejši rak pri ženskah. Medtem ko se je zunanjim dejavnikom, ki vplivajo na nastanek raka dojke mogoče do neke mere izogniti, pa se genetskim dejavnikom žal ni. Ker je genov, katerih okvara je kriva za nastanek bolezni veliko, je potrebno tudi veliko število študij in raziskav, saj je še veliko informacij neodkritih. Ključnega pomena je, da se izboljša dosedanja baza podatkov, saj to vodi k boljšemu razumevanju poteka same bolezni in posledično k bolj učinkovitemu zdravljenju, prilagojenemu samemu bolniku. Veliko vlogo pri samem poteku raka dojke imajo tudi polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP), ki so variacija zaporedja DNK, ki se pojavi, ko se en sam nukleotid v genomu razlikuje med osebki iste biološke vrste. Pri preiskovanju teh polimorfizmov je zelo uspešna metoda asociacijske študije. V diplomski nalogi smo se osredotočili na polimorfizme SNP v genih matriksnih metaloproteinaz, ki so se izkazale kot pomembne pri raku dojk. Naš cilj je bil najti in razumeti vpliv polimorfizmov na nastanek same bolezni in njihovo vlogo v celotnem procesu zdravljenja.
V študijo je bilo vključenih 77 slovenskih bolnic z rakom dojke in 123 zdravih posameznikov kot kontrolna skupina. Iz krvnih limfocitov bolnic z rakom dojke ter iz kontrol smo izolirali DNK na katerih smo genotipizirali izbrane polimorfizme na genih MMP1 (rs1799750 ter rs498186), MMP2 (rs243865), MMP3 (rs650108), MMP7 (rs11568818) ter MMP9 (rs3918242 ter rs17577). Genotipizacijo izbranih polimorfizmov smo izvedli z metodama PCR-RFLP ter qPCR-HRM. Nadalje smo izvedli statistično analizo podatkov s programom SPSS, kjer smo iskali povezavo med polimorfizmi in boleznijo s primerjavo frekvence genotipov in alelov bolnic in zdravih kontrolnih posameznikov.
Ugotovili smo, da sta pri slovenskih bolnicah z rakom dojk povezana polimorfizma na genih MMP1 in MMP9. V primeru SNP-ja rs1799750 na genu MMP1 smo iz rezultatov ugotovili, da je delecija alela C pri tem polimorfizmu povezana z boleznijo, v primeru SNP-ja rs17577 na genu MMP9 pa smo ugotovili, da je bolezenski alel A.
Keywords: rak dojke, SNP, genotipizacija, asociacijska študija
Published in DKUM: 10.10.2019; Views: 1495; Downloads: 160
Full text (1,80 MB) |
4. Optimizacija izolacije DNK iz tkivnih vzorcev ter analiza somatskih mutacij pri bolnicah z rakom dojk : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeJanina Gea Cvikl, 2018, undergraduate thesis Abstract: Rak dojk je biološko in molekularno heterogena bolezen, zato je identifikacija podtipa ključna za pravilno izbiro zdravljenja. Pri tem nam pomagajo tudi somatske mutacije, to so mutacije DNK v somatskih celicah, ki lahko vodijo v razvoj tumorja. Analiza somatskih mutacij v tkivnih vzorcih predstavlja velik izziv. Zato je bil cilj diplomske naloge optimizirati postopek izolacije iz različnih tipov tkivnih vzorcev ter analizirati izbrane somatske mutacije v genih, najpogosteje povezanih z nastankom raka dojk.
V prvem delu diplomske naloge smo se osredotočili na izolacijo DNK iz treh različnih tipov vzorcev in sicer iz krvnih limfocitov s fenol-kloroformno ekstrakcijo, iz sveže zamrznjenih tkiv, shranjenih v raztopini RNAlater s predhodno homogenizacijo tkiva ter nadaljno fenol-kloroformno ekstrakcijo, ter iz tkivnih vzorcev vpetih v parafin z uporabo komercialno dostopnega kompleta reagentov. Pri evalvaciji metod smo upoštevali parametre, kot so koncentracija, izkoristek, čistost in integriteta DNK, metode izolacije pa smo ovrednotili tudi stroškovno in časovno, ter primerjali intenziteto dela. Za določanje koncentracije, izkoristka in čistosti izolirane DNK smo uporabili spektrofotometrične meritve, za določevanje integritete DNK pa metodo gelske elektroforeze. Nadalje smo želeli optimizirati genotipizacijo vzorcev za izbrane somatske mutacije na genih BRCA1 (rs55770810), TP53 (rs587778720) in BRCA2 (rs8035971). Pri genotipizaciji smo uporabljali metodi PCR-RFLP in qPCR-HRM.
V okviru diplomske naloge smo uspešno izolirali DNK iz vseh treh tipov vzorcev, pri čemer smo najvišji izkupiček in integriteto DNK pričakovano dosegli pri DNK, izolirani iz krvnih limfocitov, vendar je bila čistost izolirane DNK najnižja. Stroškovna in časovna analiza je pokazala, da je postopek izolacije DNK iz tkiva vpetega v parafin najdražji, vendar najhitrejši in najmanj zahteven postopek, predvsem v primerjavi z izolacijo DNK iz svežih tkiv. Pri analizi izbranih somatskih mutacij smo za SNP rs587778720 potrdili večjo frekvenco patogenega alela v somatskih celicah kot v DNK, izolirani iz krvnih vzorcev. Genotipizacija SNP-jev rs55770810 in rs8035971 je bila neuspešna. Oba SNP-ja se nahajata na delu DNK, kjer zaradi velike variabilnosti regije prihaja do številnih drugih variacij, ki interferirajo z genotipizacijo izbranega SNP-ja.
Keywords: rak dojk, SNP, genotipizacija, izolacija DNK, somatske mutacije
Published in DKUM: 12.07.2019; Views: 1900; Downloads: 127
Full text (3,12 MB) |
5. Povezava genov odgovornih za delovanje hormonov in hormonskih receptorjev, z odzivom na hormonsko uravnavanje folikulogenezeMaruška Čuš, 2019, doctoral dissertation Abstract: Cilj študije je bil raziskati, ali so posamezni polimorfizmi (SNP) v izbranih genih, ki so
odgovorni za hormonsko uravnavanje folikulogeneze, povezani z odzivom na nadzorovano
prekomerno spodbujanje ovulacije in kliničnimi značilnostmi žensk, vključenih v postopek
oploditve z biomedicinsko pomočjo (OBMP).
V raziskavo smo vključili šestdeset preiskovank, ki so bile vključene v postopek zdravljenja
neplodnosti s postopkoma IVF (zunajtelesna oploditev) ter ICSI (neposredni vnos
semenčice v citoplazmo jajčne celice). Pred postopkom OBMP smo preiskovankam določili
serumske vrednosti hormonov FSH, LH in AMH. Kri za določitev vrednosti serumskega LH
in FSH je bila odvzeta drugi oziroma tretji dan menstruacijskega ciklusa. Vrednosti E2 smo
določali na dan aplikacije hCG. Preiskovanke smo razvrstili v tri skupine glede na odziv
hormonskega spodbujanja ovulacije; slabo odzivne (glede na bolonjska merila), normalno
odzivne (≤ 15 jajčnih celic) in prekomerno odzivne preiskovanke (> 15 jajčnih
celic). Gensko izražanje smo izmerili genom FSHR, AMH, LHCGR, AR in BMP6.
Genotipizacijo smo izvedli za polimorfizme rs10407022 v genu AMH; rs1394205 in rs6166
v genu FSHR; rs3741664 v genu AMH in rs2234693 v genu ESR1. Bazalni FSH (bFSH),
estradiol (E2) in anti-Müllerjev hormon (AMH) so bili izmerjeni z encimsko povezanim
imunosorbentnim testom (ELISA).
Preiskovanke z genotipom GG polimorfizma rs1394205 so imele značilno nižjo raven AMH
(P = 0,016) in so tako zahtevale višji odmerek rFSH v jajčni celici v primerjavi s
preiskovankami z AA- ali AG-genotipom (P = 0,036). Ugotovili smo tudi večjo pogostnost
genotipa GG rs1394205 pri preiskovankah s slabim odzivom (76,5 %) v primerjavi s tistimi,
ki so se odzvale prekomerno (37,5 %; P = 0,002). Preiskovanke z genotipom AA
polimorfizma rs6166 so imele višjo raven izmerjenega bFSH v primerjavi s tistimi z genotipi
AG ali GG (P = 0,043). Preiskovanke z genotipom GG polimorfizma rs3741664 so
potrebovale višji odmerek rFSH v primerjavi s preiskovankami, ki so imele genotip AA ali
AG (P = 0,028).
Genotip GG polimorfizma rs1394205 je povezan z napovedano vrednostjo za slabo
odzivnost jajčnikov na KOH. Pacientke s tem genotipom potrebujejo višje odmerke rFSH za
indukcijo ovulacije.
Keywords: hormonsko spodbujanje ovulacije, polimorfizem posameznega nukleotida, FSHR, AMHR, genotipizacija
Published in DKUM: 07.06.2019; Views: 1677; Downloads: 110
Full text (1,61 MB) |
6. VLOGA RECEPTORJEV ENDOKANABINOIDNEGA SISTEMA CB1 IN CB2 PRI INHIBICIJI CITOKINA TNF-e1 V MONONUKLEARNIH LIMFOIDNIH CELICAH BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJOŽan Hribar, 2016, undergraduate thesis Abstract: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je avtoimunska kompleksna bolezen, ki lahko prizadene celoten prebavni trakt pri človeku. Pojavlja se v obliki Crohnove bolezni (CD), ulceroznega kolitisa (UC) ter intermedialnega kolitisa (IK). Sama patogeneza bolezni še ni povsem pojasnjena, so pa različne študije že identificirale kar nekaj potencialnih genov, ki bi lahko sodelovali pri tej bolezni. Velik problem te bolezni se kaže predvsem v tem, da še ni zdravila, ki bi absolutno odpravilo vzroke bolezni, pa tudi simptomatsko zdravljenje je pogosto neučinkovito, z mnogimi stranskimi učinki. Zadnje čase je za zdravljenje KVČB v uporabi humanizirano monoklonsko protitelo adalimumab (ADA), ki specifično in z visoko afiniteto veže dejavnik tumorske nekroze-α (TNF). TNF je osrednji citokin vnetnega in imunskega odziva, torej ADA deluje protivnetno in zmanjšuje imunski odziv telesa. Vendar je već kliničnih študij pokazalo, da je zdravljenje z ADA uspešno le pri približno dveh tretjinah bolnikov. O genetskih in biokemijskih razlogih za neodziv na zdravljenje z ADA je znanega zelo malo, se pa v tem pogledu zdi endokanabinoidni sistem (EKS) kot zelo verjeten vzročni dejavnik, saj je njegovo sodelovanje pri vnetnih in imunskih procesih dobro poznano.
Glavna cilja naše raziskave sta bila proučiti povezanost polimorfizmov enega nukleotida (SNP) ter gensko ekspresijo endokanabinoidnih receptorjev (CB) 1 in 2, na eni strani z dovzetnostjo za posamezen podtip KVČB, in na drugi strani z odzivom bolnikov s CD na zdravljenje z ADA. V ta namen smo v mononuklearnih celicah periferne krvi iz 276 zdravih posameznikov, 61 bolnikov z ulcerativnim kolitisom, 113 bolnikov s Crohnovo boleznijo na standardni terapiji (CB) in iz 119 bolnikov s Crohnovo boleznijo, zdravljenih z ADA genotipizirali 6 SNP v CNR1 in CNR2 ter izmerili njuno gensko ekspresijo. Na osnovi rezultatov smo naredili dva tipa asociacijskih analiz, ti. "case-control" in farmakogenomsko asociacijsko študijo. Za potrditev ekspresije CNR1 in CNR2 na proteinskem nivoju smo v vzorcih najbolj očitnih odzivnikov in neodzivnikov na zdravljenje z ADA izvedli analizo s prenosom western.
"Case-control" študija je pokazala signifikantne razlike v frekvencah genotipov med kontrolami in posameznimi kohortomi bolnikov. Genotipa CT in TT rs4237 (PITHD1) sta bila povezana z večjo dovzetnostjo za razvoj hujših oblik CD, katere je potrebno zdraviti z biološkimi zdravili, medtem ko je bil genotip CC rs13197090 (RARS2) povezan z večjo dovzetnostjo za pojav oblik CD in UC, za zdravljenje katerih zadostuje klasična terapija. Starost ob diagnozi ni bila povezano z nobeno od genskih ekspresij CNR1 in CNR2, sta pa obe bili v signifikantni medsebojni korelaciji v vseh kohortah, z izjemo bolnikov z UC.
Farmakogenomska študija je pokazala signifikantne razlike med frekvencami alelov in genotipov odzivnikov in neodzivnikov v 4. tednu zdravljenja z ADA. Bolniki z genotipom GG rs1049353 (CNR1) oz. genotipoma CCTT in TTTT rs35761398 (CNR2) so se v večjem deležu odzvali na zdravljenje z ADA. V 30. tednu zdravljenja je bila genska ekspresija CNR2 signifikantno nižja pri odzivnikih na zdravljenje z ADA v primerjavi z neodzivniki.
Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, kanabinoidi, adalimumab, genotipizacija, genska ekspresija, asociacijska analiza
Published in DKUM: 16.09.2016; Views: 1876; Downloads: 163
Full text (2,76 MB) |
7. GENOTIPIZACIJA SLOVENSKIH BOLNIKOV Z REVMATOIDNIM ARTRITISOM ZA DNA POLIMORFIZME PREDHODNO POVEZANE Z BOLEZNIJO V ASOCIACIJSKIH ŠTUDIJAH V CELOTNEM GENOMUDoroteja Gselman, 2016, master's thesis Abstract: Revmatoidni artritis je kronična avtoimunska bolezen s kompleksno genetsko etiolologijo. Prizadene vse sklepne dele telesa. Študije so pokazale da poleg okoljskih dejavnikov k razvoju bolezni pomemben delež prispevajo tudi genetski dejavniki. Ocenjen prispevek dednega dejavnika je 60 %. V patogenezo bolezni je vpleteno veliko število polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP).
Namen magistrskega dela je ugotoviti ali so SNP-ji, ki so bili najbolj statistično značilni v GWA študijah statistično značilni tudi za slovenske bolnike z RA. V raziskavi smo izbrali rs1571878 (CCR6), rs7574865 (STAT4), rs909685 (SYNGR1), rs2476601 (PTPN22) in rs3087243 (CTLA4). Izvedli smo genotipizacijo s PCR-RFLP metodo in HRM metodo na 276 vzorcih bolnikov in 276 vzorcih zdravih kontrol. Rezultate smo analizirali s statistično analizo.
Statistična analiza je pokazala povezavo med RA in SNP-jema rs2476601 (PTPN22) (p=0,000013) in rs3087243 (CTLA4) (p=0,002). Alel A za SNP rs2476601 zvišuje tveganje za nastanek RA. Za SNP rs3087243 ima alel G zaščitno vlogo proti nastanku RA.
Keywords: revmatoidni artritis, asociacijske študije na celotnem genomu, verižna reakcija s polimerazo, polimorfizem dolžin celotnega genoma, genotipizacija
Published in DKUM: 06.09.2016; Views: 1793; Downloads: 162
Full text (2,29 MB) |
8. GENOTIPIZACIJA IN EKSPRESIJA KANABINOIDNIH RECEPTORJEV CNR1 IN CNR2 PRI BOLNIKIH Z ASTMOTjaša Brenčič, 2015, undergraduate thesis Abstract: Astma je kompleksna genetska bolezen s heterogenim fenotipom, ki ni posledica samo posameznih genetskih ali samo okoljskih dejavnikov, ampak prihaja do nje z mešanjem obeh. V diplomski nalogi smo se osredotočili na vlogo endokanabinoidnega sistema v imunskem sistemu, ki sodeluje pri regulaciji številnih fizioloških in patoloških funkcij, prav tako pa je prisoten pri protivnetnem odgovoru imunskega sistema ob različnih boleznih, zato bi lahko bil potencialna tarča za zdravljenje astme. V diplomski nalogi smo primerjali gensko ekspresijo kanabinoidnih receptorjev CNR1 in CNR2 med skupino bolnikov z astmo in kontrolno skupino ter genotipizirali štiri polimorfizme posameznega nukleotida (SNP), za katere smo predvidevali, da bodo povezani z izbranima genoma. Ugotavljali smo, kakšen vpliv imajo izbrani polimorfizmi na klinične parametre pred zdravljenjem z glukokortikoidi in antilevkotrieni in po njem, ter jih primerjali z gensko ekspresijo le-teh. Ekspresijo genov CNR1 in CNR2 smo merili z reakcijo PCR v realnem času v krvnih limfocitih 340 otrok, obolelih za astmo, in 257 zdravih otrok, starih med 5 in 18 let. Bolnike smo razdelili v dve skupini glede na fenotip (alergijsko in nealergijsko obliko). Za genotipizacijo smo uporabili tehniko analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Rezultate smo statistično obdelali s programskim paketom GraphPad Prism 6. Ugotovili smo kar nekaj povezav med polimorfizmi SNP rs4237, rs2229579 in rs2501432 ter genom CNR2, tako s kliničnimi parametri kot z gensko ekspresijo. Polimorfizma SNP rs13197090 nismo povezali z genom CNR1, smo pa ugotovili, da je pri bolnikih z astmo izražanje tega gena izrazito povečano. Tako smo prvi, ki smo ugotovili, da je ekspresija obeh genov izrazito povečana pri bolnikih z astmo in da izbrani polimorfizmi za gen CNR2 vplivajo na delovanje le-tega. Iz dobljenih rezultatov je mogoče sklepati, da imata gena CNR1 in CNR2 pomembno vlogo pri patogenezi astme zato bi lahko v bodoče služila kot biomarkerja v medicinski diagnostiki ter pripomogla h kvalitetnejšemu zdravljenju bolnikov z astmo.
Keywords: astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija, kanabinoidni receptor
Published in DKUM: 07.09.2015; Views: 2433; Downloads: 219
Full text (2,34 MB) |
9. GENOTIPIZACIJA POLIMORFIZMOV V KANDIDATNIH GENIH PRI SLOVENSKIH BOLNIKIH Z MULTIPLO SKLEROZONatalija Kremzer, 2014, undergraduate thesis Abstract: Multipla skleroza (MS, poznana tudi kot diseminirana skleroza ali encephalomyelitis disseminata) je kronična avtoimunska vnetna in demielinizirajoča bolezen centralnega živčnega sistema, na nastanek katere ima velik vpliv genetska zasnova. Pomembno vlogo pri tej bolezni imajo geni, ki vplivajo na imunski sistem posameznika.
Namen diplomske naloge je narediti asociacijsko analizo polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki so jih kot faktor tveganja za nastanek MS identificirale nedavne GWA študije, ter kandidatnih SNP-jev, ki so z le-temi v visokem vezavnem neravnovesju (LD). Pri diplomski nalogi smo za 179 vzorcev bolnikov in 276 zdravih posameznikov analizirali 5 SNP-jev, ki ležijo na različnih kandidatnih genih oz. področjih. Za genotipizacijo smo uporabili verižno reakcijo s polimerazo (PCR) in tudi restrikcijo fragmentov dolžin polimorfizmov (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP). Rezultate smo primerjali med obema skupinama s programskim paketom GraphPad Prism 6. Raziskovali smo vpliv določenih genotipov na sam razvoj MS pri bolnikih, na razvoj RRMS pri bolnikih, vpliv teh genotipov na odziv bolnikov na zdravljenje ter na število zagonov. Med predhodno izbranimi SNP-i so pri določenih kriterijih vsi pokazali statistično značilne povezave (p<0,05) in za njih lahko sklepamo, da imajo pomembno vlogo pri MS. Ti SNP-i ležijo na genih IL12A (rs17810546), IL12B (rs6887695), IL23R (rs7517847), IL10 (rs3024505) ter CCR5 (rs 333-del32). Ugotovili smo, da imajo posamezniki na Rebif terapiji z wt/wt genotipom na rs 333-del32 (CCR5) več zagonov kot nosilci mutiranega alela z delecijo del32 (p = 0,0354). Ugotovili smo tudi, da se nosilcem alela G na rs6887695 (IL12B) ob uporabi Tysabri terapije zdravstveno stanje izboljša bolj kot nosilcem C alela (p = 0,0364), ob uporabi Rebif terapije pa se zdravstveno stanje bolj izboljša nosilcem alela C pri genu IL10 (rs3024505) kot nosilcem T alela (p = 0,0156). Ugotovili smo, da je pogostnost alela G na rs17810546 (IL12A) nižja pri bolnikih z MS v primerjavi s kontrolami (p = 0,0356), posamezniki z genotipom GG za SNP rs7517847 (IL23R) pa imajo večjo verjetnost za pojavitev RRMS v primerjavi s heterozigoti in homozigoti za alel T in kontrolami (p = 0,0470). Dobljeni rezultati kažejo, da lahko identificiramo polimorfizme, ki so povezani z nastankom MS, RRMS, z odzivom bolnikov na zdravljenje ter s številom zagonov. To bi nam v prihodnosti omogočilo individualizirano obravnavo in s tem bolnikom omogočilo kakovostnejše življenje.
Keywords: Multipla skleroza, genotipizacija, zdravstveno stanje, nastanek MS.
Published in DKUM: 26.09.2014; Views: 2414; Downloads: 171
Full text (2,58 MB) |
10. GENETSKI DEJAVNIKI TVEGANJA ZA PONOVITEV PRIMARNEGA ČREVESNEGA RAKAAlja Gabor, 2014, undergraduate thesis Abstract: Rak debelega črevesa in danke (RDČD) je maligno tumorsko obolenje z visoko pojavnostjo in umrljivostjo. V Sloveniji ima ob postavitvi diagnoze kar 60 % bolnikov že napredovano bolezen, pri skoraj tretjini le-teh pa pride do ponovitve bolezni. K razvoju bolezni pomembno vplivajo dedni polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP) v genih povezanih z nastankom RDČD, kot tudi SNP – ji v genih, ki prispevajo k nastanku oddaljenih zasevkov oz. metastaz.
V diplomskem delu smo ugotavljali vlogo izbranih SNP – jev v genih MMP7 (rs11568818) in MACC1 (rs1990172) pri razsoju v bezgavke ter ponovitvi RDČD.
DNA smo izolirali iz tkivnih vzorcev črevesne sluznice, vpetih v parafin in izvedli gensko tipizacijo za izbrane polimorfizme s pomočjo tehnik HRM (analiza talilne krivulje visoke ločljivosti) in PCR – RFLP. Primerjali smo frekvence genotipov in alelov za izbrane polimorfizme pri bolnikih in zdravih posameznikih. Nato smo primerjali še alelne in genotipske frekvence med bolniki z RDČD glede na stadij po TNM klasifikaciji, ponovitev RDČD in nekatere druge klinične podatke.
V primeru obeh polimorfizmov smo zaznali povečano frekvenco genotipa GG pri bolnikih v primerjavi z zdravimi kontrolami. Za SNP rs11568818 v genu MMP7 smo med bolniki z RDČD v primeru genotipa AA in alela A ugotovili signifikantno povezavo s povečanim tveganjem za širjenje in ponovitev bolezni (p = 0,03 in p = 0,009).
Naša raziskava lahko skupaj z mnogimi drugimi pomembno vpliva na opredelitev SNP – jev za povečano tveganje za ponovitev RDČD in omogoči ustreznejšo prilagoditev zdravljenja za vsakega posameznika.
Keywords: rak debelega črevesa in danke, jetrne metastaze, ponovitev RDČD, genetski dejavniki tveganja, genotipizacija, FFPE tkiva
Published in DKUM: 11.09.2014; Views: 1902; Downloads: 278
Full text (2,39 MB) |
