1.
eQTL ANALIZA KROMOSOMSKIH REGIJ 17q21 IN 2q12 TER NJUN VPLIV NA RAZVOJ IN POTEK ASTME PRI SLOVENSKIH OTROCIHLaura Maksimović, 2016, undergraduate thesis
Abstract: Astma je resna kronična bolezen pljuč, ki povzroča vnetje dihal in je neznane etiologije. Sam razvoj astme je povezan z interakcijo številnih genov in vplivom okolja. V številnih študijah so z astmo povezali več kot 100 genov, ki pa se med različnimi populacijami razlikujejo. Raziskali smo dve kandidatni kromosomski regiji, 17q21 in 2q12. Za analizo 17q21 smo genotipizirali polimorfizem posameznega nukleotida (SNP) rs7216389, ter merili izražanje genov ORMDL3 in GSDMB, za analizo regije 2q12 pa smo genotipizirali SNP rs10206753 in merili izražanje genov IL1RL1 in IL18RAP. S tehniko verižne reakcije s polimerazo (PCR), ki ji je sledila reakcija polimorfizmov dolžin restrikcijskih encimov (RFLP) ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM), smo genotipizirali 384 vzorcev otrok z astmo z atopijskim in neatopijskim fenotipom ter 288 vzorcev zdravih kontrol. Analizirali smo povezavo izbranih SNP-jev z astmo ter vpliv izbranih SNP-jev na klinične parametre in izražanje genov ORMDL3, GSDMB, IL1RL1, ter IL18RAP.
Ugotovili smo, da je SNP rs7216389 povezan s pojavom astme pri slovenskih otrocih (p=0,0031, OR=0,698). Astmatiki, atopijski in neatopijski, imajo višjo frekvenco alela T v primerjavi z zdravimi kontrolami (p=0,0005, OR=0,541). Farmakogenetska analiza SNP-ja rs7216389 je pokazala, da se atopijski in neatopijski astmatiki različno odzivajo na terapijo z inhalacijskimi glukokortikosteroidi. Atopijskim astmatikom z genotipom CC se vrednost dTI po terapiji poviša (p=0,0057, dTICC=7,00 , dTICT+CC=2,00), medtem ko se neatopijskim astmatikom zniža (p=0,0311, dTICC=-2,00 ; dTICT+CC=3,00). Pri vplivu genotipa na klinične parametre smo opazili tudi višjo vrednost eozinofilcev v krvi neatopijskih astmatikov z genotipom TT v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali CC, vendar je bila vrednost p na meji statistične značilnosti (p=0,0558). Ugotovili smo tudi, da SNP rs7216389 regulira izražanje gena ORMDL3, saj imajo astmatiki in atopijski astmatiki z genotipom TT višji nivo izražanja gena ORMDL3 v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali TT (p=0,0038 za astmatike, p=0,0133 za atopijske astmatike). Za območje 2q12 pa smo ugotovili, da SNP rs10206753 ni povezan s pojavom astme pri slovenskih otrocih. Smo pa ugotovili, da se vrednost dFEV1 po terapiji z antilevkotrieni v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali TT zviša pri astmatikih z genotipom CC (p=0,0002, 8,5/-2) in pri atopijskih astmatikih z genotipom CC (p=<0,0001; 11/-2). Pri primerjavi izražanja gena IL18RAP med astmatiki in zdravimi kontrolami smo ugotovili, da imajo astmatiki, tako atopijski kot neatopijski, nižje izražanje gena v primerjavi z zdravimi kontrolami (p<0,0001).
Rezultati nakazujejo na pomembno vlogo obeh regij, 17q21 in 2q12, tako v patogenezi kot tudi farmakogenetiki astme pri slovenskih otrocih. V prihodnosti bi bilo smiselno opraviti farmakogenetske študije za oba lokusa tudi pri drugih populacijah, s čemer bi naredili korak naprej k personalizirani medicini.
Keywords: astma, eQTL, farmakogenetika, ORMDL3, IL1RL1
Published in DKUM: 04.10.2016; Views: 945; Downloads: 77
Full text (2,10 MB)
