1.
Primerjava proteomov glavnih predstavnikov virusov iz družine Filoviridae in identifikacija potencialnih vezavnih mest za načrtovanje ligandov : magistrsko deloKatja Gole, 2024, master's thesis
Abstract: Virus Ebola Zaire (EBOV) in virus Marburg Marburg (MARV) sta glavna predstavnika družine Filoviridae, ki pri ljudeh povzročata hudo virusno hemoragično mrzlico, s stopnjo smrtnosti do 90 %. Kljub temu je zaradi le občasnih izbruhov bolezni, ki jih ni možno predvideti, razvoj zdravil okrnjen in se izvaja predvsem v akademskih krogih. V magistrskem delu smo preverjali podobnost virusnih proteomov in vezavnih mest z namenom, da bi v prihodnje bilo možno načrtovati učinkovine, ki bi se lahko vezale na terapevtske tarče obeh virusov. EBOV in MARV kodirata enakih sedem proteinov, in sicer NP, VP35, VP40, GP, VP30, VP24 in L protein, ki imajo glede na informacije, ki smo jih pridobili s pomočjo podatkovnih zbirk UniProt in PDB, podobne funkcije in zgradbo. Podobnost proteomov smo potrdili še z BLAST analizo aminokislinskih sekvenc med posameznimi proteini obeh virusov, pri čemer se podobnost proteinov giblje med 44 in 55 %, oziroma 68 % v 1. delu sekvence L proteinov. S programom ProBiS smo glede na primerjavo z že znanimi strukturami podobnih proteinov določili potencialna vezavna mesta in pripadajoče potencialne ligande. Vezavna mesta smo opisali in jih primerjali s pomočjo superpozicije proteinov obeh virusov. Kot rezultat smo pridobili tri pare podobnih vezavnih mest, ki se kljub podobnosti razlikujejo v posameznih aminokislinah, kar smo dokazali z BLAST primerjavo. S PLIP analizo smo pokazali, da aminokislinski ostanki v vezavnem mestu posameznega virusa tvorijo podobne interakcije z enakimi ligandi in da s tem obstaja možnost načrtovanja terapevtikov, ki bi se hkrati vezali na tarče EBOV in MARV.
Keywords: Ebola, Marburg, BLAST, vezavna mesta, ProBiS, načrtovanje ligandov
Published in DKUM: 11.07.2024; Views: 104; Downloads: 32
Full text (15,22 MB)
