| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 2 / 2
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Študij vezave peptidov na Fc regije protiteles : magistrsko delo
Žan Smrekar, 2023, master's thesis

Abstract: Z uporabo računalniških pristopov in simulacij lahko uspešno modeliramo interakcije, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Tekom razvoja se pojavljajo novi razredi peptidnih zdravil. Peptidi so sestavljeni iz verig aminokislinskih preostankov in zajemajo prednosti tako majhnih molekul kot tudi tarčno specifičnost večjih struktur, kot so proteini. Za načrtovanje novih potencialnih struktur peptidov smo tako uporabili računalniške in bioinformacijske pristope, kot je molekulsko sidranje. V magistrski nalogi smo se osredotočili na Fc regijo protiteles kot receptor. Načrtovali in identificirali smo potencialne tetrapeptide s strukturo, ki je podobna eksperimentalnim podatkom. Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezni receptor smo pridobili na prosto dostopnem spletnem mestu https://www.rcsb.org/ (PDB ID: 5U52), za pripravo knjižnice struktur tetrapeptidov in analizo rezultatov smo uporabili analitično platformo KNIME, za molekulsko sidranje smo uporabili programsko opremo CmDock in za grafični vpogled ciljnih struktur računalniški program PyMol.
Keywords: peptidi, Fc regija, molekulsko sidranje, KNIME Analytics Platform, PyMol, peptidno sidranje
Published in DKUM: 25.05.2023; Views: 642; Downloads: 90
.pdf Full text (2,74 MB)

2.
Identifikacija prevladujočih funkcionalnih skupin v protibakterijskih učinkovinah : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Jan Gimpelj, 2021, undergraduate thesis

Abstract: Protibakterijske učinkovine predstavljajo pomembna zdravila, saj uničujejo ali zavirajo rast bakterij. Kljub temu se bakterije nenehno razvijajo, in posledično postajajo odporne na vse več protibakterijskih zdravil. Njihova nepravilna in prepogosta uporaba povzroča bakterijsko rezistenco, ki v današnjem času predstavlja veliko težavo, saj povzroča infekcije, ki so težko ozdravljive. Zato smo se v tej diplomski nalogi odločili raziskati prevladujoče funkcionalne skupine v protibakterijskih učinkovinah. Najprej smo pripravili bazo spojin, protibakterijskih in ostalih učinkovin z uporabo baze podatkov Drug Bank. Tem spojinam smo v računalniškem programu KNIME preračunali število funkcionalnih skupin v posameznih spojinah ter vrednosti kemijskih deskriptorjev. Ugotovili smo, da se protibakterijske učinkovine in ostale učinkovine z biološko aktivnostjo bistveno razlikujejo v prisotnosti pomembnih funkcionalnih skupin kot tudi vrednostih kemijskih deskriptorjev. Posledično je opazna tudi razlika v vsebnosti kislih, bazičnih in nevtralnih molekul ter zwitterionov. Rezultati tudi kažejo na različno molekulsko obliko, saj imajo protibakterijske učinkovine nekoliko bolj paličaste oblike, ostale učinkovine pa nekoliko bolj diskaste. Rezultati diplomske naloge nam lahko pomagajo pri nadaljnjih študijah in načrtovanju novih protibakterijskih učinkovin.
Keywords: protibakterijske učinkovine, funkcionalne skupine, kemoinformatika, kemijski prostor, kemijski deskriptorji, bakterijska rezistenca, KNIME
Published in DKUM: 22.09.2021; Views: 818; Downloads: 111
.pdf Full text (1,98 MB)

Search done in 0.07 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica