1. Insight into tetramolecular DNA G-quadruplexes associated with ALS and FTLD : cation interactions and formation of higher-ordered structureMatja Zalar, Baifan Wang, Janez Plavec, Primož Šket, 2023, original scientific article Keywords: biokemija, tetramolekule, kationi, kvadrupleksi, DNK, amiotrofična lateralna skleroza, ALS, FTLD, DNA, c9orf7, NMR, quadruplex, cations
Published in DKUM: 06.05.2024; Views: 180; Downloads: 12
 Full text (2,67 MB)
This document has many files! More... |
2. |
3. |
4. Vpliv dolžine DNK zaporedij (G4C2), (G4C2)2 in (G4C2)4 na nastanek tekočekristalnih faz : magistrsko deloMelani Potrč, 2023, master's thesis Abstract: V magistrski nalogi obravnavamo vpliv dolžine linearnih agregatov, ki jih tvorijo z gvaninom bogati oligonukleotidi treh različnih DNK zaporedij (G4C2), (G4C2)2 in (G4C2)4 na nastanek tekočekristalnih faz. Omenjena zaporedja imajo sposobnost tvorbe DNK kvadrupleksov in so povezana z nastankom nekaterih nevrodegenerativnih bolezni, kot sta amiotrofična lateralna skleroza in frontotemporalna demenca. Meritve so bile izvedene z eksperimentalnima metodama dinamično sipanje svetlobe in polarizacijska optična mikroskopija. V magistrskem delu predstavimo pripravo vzorcev DNK zaporedij za izvedbo meritev z obema metodama, postavitev eksperimenta in potek meritev. V prvem delu meritev smo z dinamičnim sipanjem merili intenziteto sipane svetlobe v odvisnosti od časa. Opazili smo dva difuzijska načina, hitrega in počasnega. Predpostavljamo, da hitri difuzijski način opisuje dinamiko kvadrupleksnih agregatov in iz izračunanih difuzijskih koeficientov določimo dolžine agregatov posameznih raztopin DNK zaporedij. Difuzijski koeficient za zaporedje (G4C2) je 0,2∙10^(-10) m^2/s, kar pomeni, da zaporedje tvori izjemno dolge agregate, z dolžinami več kot 80 nm. Za zaporedje (G4C2)2 so značilni kratki kvadrupleksi (≈3 nm), saj je difuzijski koeficient bistveno večji in znaša 1,2∙10^(-10) m^2/s. Zaporedje (G4C2)4 tvori srednje dolge agregate, z dolžino približno 10 nm, difuzijski koeficient pa znaša 0,8∙10^(-10) m^2/s. V drugem delu meritev smo se posvetili iskanju ustreznih pogojev za nastanek in opazovanje tekočekristalnih faz zaporedij (G4C2), (G4C2)2 in (G4C2)4. S pomočjo polarizacijske optične mikroskopije smo ugotovili, da vsa tri zaporedja pri dovolj visokih koncentracijah kažejo kromonično tekočekristalno obnašanje z nematsko in kolumnarno heksagonalno fazo. Ugotovili smo, da je za formiranje agregatov in tekočekristalnih faz značilen zapleten strukturni polimorfizem. Kljub podobni kemijski strukturi naših DNK zaporedij smo opazili tvorbo različno dolgih agregatov, kar se opazi tudi pri različnih teksturah nastalih kromoničnih faz.
Keywords: DNK, oligonukleotidi, kvadrupleksi, dinamično sipanje svetlobe, difuzijski koeficient, velikost agregatov, polarizacijska optična mikroskopija, tekoči kristali, tekočekristalne faze
Published in DKUM: 04.09.2023; Views: 461; Downloads: 101
Full text (5,02 MB) |
5. Izolacija in preiskovanje DNK pridobljene iz neprepoznavnih človeških posmrtnih ostankov : diplomsko delo visokošolskega študijskega programa Varnost in policijsko deloMaja Lovko, 2022, undergraduate thesis Abstract: DNK je specifična za vsakega posameznika, zato je pri ugotavljanju identitete zelo uporabna. Uporablja se v civilne in kriminalistične oziroma kazenske namene. Klasični načini prepoznave, kot so obrazna prepoznava svojcev, pregled in primerjava prstnih odtisov in rentgenski posnetki so včasih lahko oteženi oziroma onemogočeni. V teh primerih se forenzični strokovnjaki poslužujejo ugotovitve identitete na podlagi analize DNK. Analiza pa je uspešna le če imamo dovolj kakovostnega vzorca DNK s trupla in primerjalni vzorec (lahko je zobna ščetka, mlečni zobje, histološki preparati ...). A včasih analiza ni uspešna tudi če smo vzorcu s trupla določili profil DNK, kar pomeni, da identitete trupla ne moremo potrditi. Vzorci za pridobitev DNK so lahko različni, to so kosti, zobje, lasje in nohti, na podlagi stanja posmrtnih ostankov pa se forenzični strokovnjaki odločijo za enega izmed njih. Skozi ves proces so pozorni na kontaminacijo vzorcev in način shranjevanja. Kateri vzorec bodo forenzični izvedenci izbrali je ključnega pomena za nadaljno preiskavo. za ekstrakcijo DNK uporabljajo nekaj različnih metod, katero uporabijo pa je odvisno od količine in stanja pridobljenega vzorca. Sledi analiza, ki pa ne bo uspešna če ene bomo imeli dovolj koncentrirane DNK, ki jo dosežemo z metodo PCR. Za analizo se uporablja metoda kapilarne elektroforeze. Ves postopek v napravi je avtomatiziran, končni rezultat pa so elektroferogrami oziroma profili STR, na podlagi katerih forenzični strokovnjaki interpretirajo rezultate.
Keywords: diplomske naloge, DNK, ekstrakcija, preiskovanje, človeški posmrtni ostanki, profiliranje DNK
Published in DKUM: 22.06.2022; Views: 717; Downloads: 79
Full text (1,24 MB) |
6. DNK kot nosilec za trajno shranjevanje podatkov : diplomsko deloBlaž Vidovič, 2021, undergraduate thesis Abstract: V diplomskem delu smo predstavili področje shranjevanja podatkov v DNK. Opisali smo problem, ki se pojavlja pri shranjevanju podatkov na tradicionalne pomnilniške medije in predstavili lastnosti DNK, zaradi katerih se kažejo kot potencialni medij shranjevanja podatkov v prihodnosti. Pregledali smo dosedanje dosežke na tem področju in opisali kodirne sheme, ki so jih raziskovalci razvili za namen shranjevanja digitalnih podatkov v sekvenco nukleotidov DNK. Po pregledu obstoječih kodirnih shem smo načrtovali in implementirali lastno kodirno shemo in razvili namizno aplikacijo s pomočjo katere bomo uporabnikom približali delovanje kodiranja digitalnih podatkov v sekvenco DNK.
Keywords: shranjevanje digitalnih podatkov, shranjevanje podatkov v DNK, sekvenciranje, shema kodiranja
Published in DKUM: 18.10.2021; Views: 873; Downloads: 116
Full text (1,63 MB) |
7. Postopek za ugotovitev očetovstva in vprašanje dolžnosti sodelovanja pri dokazu z izvedencem po ZNP-1Klara Živko, 2021, master's thesis Abstract: Po novem je postopek za ugotovitev očetovstva urejen v Zakonu o nepravdnem postopku in v magistrskem delu bo predstavljen postopek glede procesnih določb.
Postopek ugotovitve očetovstva se rešuje po nepravdnem postopku, saj so pravila v primerjavi s pravdnim postopkom bolj neformalna in tako prožnejša od pravil pravdnega postopka. Gre bolj za ureditev pravic, ki temeljijo na materialnih določbah s področja družinskega prava, interesi udeležencev niso vedno diametralno nasprotni in po navadi gre za oblikovanje pravnih razmerij med ljudmi, ki potem še naprej živijo skupaj. Vseeno pa je treba upoštevati procesna pravila, ki na podlagi temeljnih načel zagotavljajo varstvo človekovih pravic.
Magistrsko delo obravnava splošne in posebne določbe postopka. Splošni del zajema temeljna načela postopka, določbe o stvarni in krajevni pristojnosti, določbe glede predloga, naroka ter vsebuje določila o rednih in izrednih pravnih sredstvih in stroške postopka. V posebnem delu pa najdemo posebne določbe, ki veljajo samo za posebne postopke, urejene po Zakonu o nepravdnem postopku. Ti instituti so v magistrskem delu podrobneje obravnavani.
Pred sprejemom novega Zakona o nepravdnem postopku se je postopek za ugotovitev očetovstva reševal po pravilih pravdnega postopka, kjer je nakazana problematika glede ugotavljanja očetovstva, ko stranka ni privolila v analizo DNK. Prejšnja ureditev v tem primeru ni poznala prisilnih sredstev in je sodišče odločilo na podlagi drugih dokazov. Prav tako pravna ureditev ni poznala sodelovalne dolžnosti z izvedencem, ampak je na podlagi oviranja izvedenca pri delu sodišče odločilo, kakšen ima to pomen v pravdi.
Sedanja ureditev pa v postopku za ugotovitev očetovstva vsebuje na novo dodano določbo o dolžnosti sodelovanja z izvedencem. V magistrskem delu so predstavljene prejšnja ureditev in nove določbe, ki se nanašajo na to sodelovalno dolžnost. Za takšno rešitev pa sta ključni dve pravici. Prva se nanaša na pravico moškega ugotoviti resnico o obstoju biološkega starševstva. Druga pa se nanaša na pravico otroka, da izve svoj izvor ter s tem ugotovi, kdo je njegov oče.
Keywords: nepravdni postopek, neformalna pravila, ureditev družinskih razmerij, splošni instituti, pravdni postopek, analiza DNK, prisilna sredstva, izvedenec, sodelovalna dolžnost, pravica o obstoju biološkega starševstva, pravica otroka, da izve za svoj izvor.
Published in DKUM: 04.03.2021; Views: 1657; Downloads: 258
Full text (1,01 MB) |
8. Evidence policije in varstvo osebnih podatkov : diplomsko delo visokošolskega študijskega programa Informacijska varnostTim Perhaj, 2019, undergraduate thesis Abstract: Povzetek
Z vsesplošnim razvojem informacijsko-komunikacijskih tehnologij postajamo »družba« zbiranja podatkov in informacij. Osebni podatki in z njimi povezane informacije so v današnji družbi iskano tržno blago, saj mnogim multinacionalkam predstavljajo glavni vir prihodka. Osebni podatki so lahko tudi podvrženi raznim manipulacijam in zlorabam, zato mora biti hramba, varstvo in upravljanje z njimi, predvsem zaradi občutljivosti, ustrezno zakonsko zaščitena in zavarovana. Zbiranje podatkov je lahko koristno pri policijskem delu, kjer policisti pri opravljanju vsakodnevnih nalog lažje identificirajo storilca ali prekrškarja. Evidence pri policijskem delu se uporabljajo tudi pri izvajanju policijskih pooblastil ter preiskovanju kaznivih dejanj. Tako uporabljajo, vodijo ter vzdržujejo različne policijske evidence, v katerih zbirajo in obdelujejo osebne podatke. Začetek diplomskega dela se osredotoča predvsem na razne definicije v povezavi z osebnimi podatki in evidencami, opredeljevanje zakonov, ki omejujejo policiste pri njihovem delu, in druge zakone za zaščito osebnih podatkov. Nadaljevanje podaja vpogled v 32 policijskih evidenc, hrambo osebnih podatkov ter pravico do seznanitve z lastnimi osebnimi podatki. Diplomsko delo se zaključi z analizo odločbe Ustavnega sodišča ter ugotovitvami na postavljena raziskovalna vprašanja.
Keywords: diplomske naloge, Informacijska zasebnost, evidenca, DNK, policija in varstvo podatkov
Published in DKUM: 14.10.2019; Views: 1518; Downloads: 251
Full text (926,31 KB) |
9. Optimizacija izolacije DNK iz tkivnih vzorcev ter analiza somatskih mutacij pri bolnicah z rakom dojk : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeJanina Gea Cvikl, 2018, undergraduate thesis Abstract: Rak dojk je biološko in molekularno heterogena bolezen, zato je identifikacija podtipa ključna za pravilno izbiro zdravljenja. Pri tem nam pomagajo tudi somatske mutacije, to so mutacije DNK v somatskih celicah, ki lahko vodijo v razvoj tumorja. Analiza somatskih mutacij v tkivnih vzorcih predstavlja velik izziv. Zato je bil cilj diplomske naloge optimizirati postopek izolacije iz različnih tipov tkivnih vzorcev ter analizirati izbrane somatske mutacije v genih, najpogosteje povezanih z nastankom raka dojk.
V prvem delu diplomske naloge smo se osredotočili na izolacijo DNK iz treh različnih tipov vzorcev in sicer iz krvnih limfocitov s fenol-kloroformno ekstrakcijo, iz sveže zamrznjenih tkiv, shranjenih v raztopini RNAlater s predhodno homogenizacijo tkiva ter nadaljno fenol-kloroformno ekstrakcijo, ter iz tkivnih vzorcev vpetih v parafin z uporabo komercialno dostopnega kompleta reagentov. Pri evalvaciji metod smo upoštevali parametre, kot so koncentracija, izkoristek, čistost in integriteta DNK, metode izolacije pa smo ovrednotili tudi stroškovno in časovno, ter primerjali intenziteto dela. Za določanje koncentracije, izkoristka in čistosti izolirane DNK smo uporabili spektrofotometrične meritve, za določevanje integritete DNK pa metodo gelske elektroforeze. Nadalje smo želeli optimizirati genotipizacijo vzorcev za izbrane somatske mutacije na genih BRCA1 (rs55770810), TP53 (rs587778720) in BRCA2 (rs8035971). Pri genotipizaciji smo uporabljali metodi PCR-RFLP in qPCR-HRM.
V okviru diplomske naloge smo uspešno izolirali DNK iz vseh treh tipov vzorcev, pri čemer smo najvišji izkupiček in integriteto DNK pričakovano dosegli pri DNK, izolirani iz krvnih limfocitov, vendar je bila čistost izolirane DNK najnižja. Stroškovna in časovna analiza je pokazala, da je postopek izolacije DNK iz tkiva vpetega v parafin najdražji, vendar najhitrejši in najmanj zahteven postopek, predvsem v primerjavi z izolacijo DNK iz svežih tkiv. Pri analizi izbranih somatskih mutacij smo za SNP rs587778720 potrdili večjo frekvenco patogenega alela v somatskih celicah kot v DNK, izolirani iz krvnih vzorcev. Genotipizacija SNP-jev rs55770810 in rs8035971 je bila neuspešna. Oba SNP-ja se nahajata na delu DNK, kjer zaradi velike variabilnosti regije prihaja do številnih drugih variacij, ki interferirajo z genotipizacijo izbranega SNP-ja.
Keywords: rak dojk, SNP, genotipizacija, izolacija DNK, somatske mutacije
Published in DKUM: 12.07.2019; Views: 1900; Downloads: 128
Full text (3,12 MB) |
10. Evolucijski algoritem za poravnavo sekvencAdel Bureković, 2018, master's thesis Abstract: Poravnava bioloških sekvenc je računsko kompleksen problem, pri katerem skušamo z različnimi pristopi pridobiti čim bolj optimalno poravnavo. Namen magistrskega dela je bil predstaviti reševanje problema poravnave bioloških sekvenc s pomočjo evolucijskega algoritma. Ker je problem lahko časovno zahteven, smo algoritem implementirali s programskim jezikom C++. Naš algoritem smo primerjali s programskim orodjem Clustal X na skupinah sekvenc DNK in skupinah sekvenc proteinov, ki smo jih pridobili iz podatkovne baze BAliBase. Z našim algoritmom smo se v nekaterih primerih dokaj približali rezultatom programskega orodja Clustal X.
Keywords: evolucijski algoritem, poravnava sekvenc DNK, poravnava sekvenc proteinov
Published in DKUM: 19.10.2018; Views: 1384; Downloads: 360
Full text (1,30 MB) |
