1. Analiza uporabnosti medgenske regije 16S-23S rDNA za neposredno identifikacijo vrst ocetnokislinskih bakterij iz mikrobiot kisa in kombuče s tehnologijo sekvenciranja Illumina : magistrsko deloAlja Ribič, 2024, master's thesis Abstract: V magistrskem delu smo razvili metodološki pristop za neposredno identifikacijo vrst ocetnokislinskih bakterij iz kisa in kombuče na osnovi sekvenciranja odseka medgenske regije 16S-23S rDNA s tehnologijo Illumina. Do sedaj uporabljena tarčna molekula, to je gen za 16S rRNA, je namreč v primeru ocetnokislinskih bakterij evolucijsko zelo ohranjena, zato zagotavlja zanesljivo identifikacijo le do nivoja rodu. S tem namenom smo konstruirali dva para začetnih oligonukleotidov za pomnoževanje polovice medgenske regije 16S-23S rDNA, in ju uporabili za konstrukcijo knjižnic in sekvenciranje s tehnologijo Illumina. Z obema paroma začetnih oligonukleotidov smo najprej analizirali relativno abundanco vrst ocetnokislinskih bakterij v laboratorijsko pripravljenih bakterijskih združbah. Par začetnih oligonukleotidov, ki je omogočil boljšo oceno vrstne sestave bakterijske združbe, smo nadalje uporabili za analizo mikrobiot jabolčnega, bezgovega in vinskega kisa ter napitka kombuča. Preiskani vzorci so bili proizvedeni s tradicionalnim statičnim in submerznim postopkom. Postavljena metoda je uporabna za hitro identifikacijo vrst ocetnokislinskih bakterij iz substratov, kjer te bakterije predstavljajo prevladujoči del bakterijske združbe.
Keywords: ocetnokislinske bakterije, medgenska regija 16S-23S rDNA, Illumina, kis, kombuča
Published in DKUM: 08.10.2024; Views: 0; Downloads: 8
 Full text (912,66 KB) |
2. Opis fenotipskih lastnosti in primerjalna analiza genomov bakterije Gluconacetobacter entanii : magistrsko deloKarin Jelenko, 2024, master's thesis Abstract: Gluconacetobacter entanii je vrsta iz skupine ocetnokislinskih bakterij in taksonomsko spada v družino Acetobacteraceae. Opisana je bila leta 2000 po izolaciji, fenotipski karakterizaciji in analizi osnovnih DNA-taksonomskih markerjev sevov iz industrijskih bioreaktorjev za proizvodnjo alkoholnega kisa v južni Nemčiji. Vsi opisani sevi so tolerirali visoke odstotke ocetne kisline (do 14,6 %). Od vseh sevov je bil le tipski sev LTH 4560T shranjen v mednarodne zbirke mikroorganizmov, a se je kasneje pokazalo, da ni preživel dolgotrajnega shranjevanja v liofilizirani obliki. Taksonomija ocetnokislinskih bakterij je bila v zadnjih letih deležna več sprememb. Med drugim je bila skupina filogenetsko bližnjih sevov znotraj rodu Gluconacetobacter leta 2013 reklasificirana v rod Komagataeibacter, znotraj tega rodu pa je bil leta 2022 osnovan nov rod Novacetimonas. Vrsta G. entanii bi tej reklasifikaciji morala slediti, a zaradi pravil bakterijske taksonomije, ki dovoljuje spremembe samo za kultivabilne vrste, njeno ime ostaja nespremenjeno. V magistrskem delu smo preučili več sevov vrste G. entanii iz zbirke mikroorganizmov Laboratorija za mikrobiologijo, Oddelka za biologijo, na Fakulteti za naravo-slovje in matematiko, Univerze v Mariboru. Sevi so bili pridobljeni v predhodnih raziskavah iz bioreaktorjev za industrijsko proizvodnjo jabolčnega kisa iz različnih kisarn v Sloveniji. Sevom smo sistematično pregledali fenotipske lastnosti in s primerjalno genomiko preiskali podobnost njihovih genomov z genomom tipskega seva G. entanii. Na podlagi funkcijske anotacije genomov smo identificirani gena gmhB in psp, specifična za vrsto G. entanii. S tedenskim precepljanjem seva AV429 na gojišču RAE v prisotnosti 1 vol % ocetne kisline in 1 vol % etanola v obdobju 43 mesecev smo preiskali njegovo genomsko stabilnost. Rezultati so odkrili le točkovne mutacije, ne pa insercij in delecij. Opravljena karakterizacija novih kultivabilnih sevov bakterije G. entanii je odkrila slabo ujemanje fenotipskih lastnostih s tipskim sevom G. entanii, zaradi česar ti sevi ne morejo nadomestiti obstoječega tipskega seva kot neotipska vrsta. V želji poenotenja nadaljnjih raziskav na področju taksonomije rodu Novacetimonas predlagamo, da se sev G. entanii AV429 uporablja kot referenčni sev za bakterijsko vrsto G. entanii.
Keywords: Gluconacetobacter entanii, Novacetimonas, ocetnokislinske bakterije, taksonomija
Published in DKUM: 23.09.2024; Views: 0; Downloads: 4
Full text (1,81 MB) |
3. Hruškov in jabolčno-grozdni kis: vira novih bakterijskih vrst iz rodov Acetobacter, Novacetimonas in Komagataeibacter : magistrsko deloBernarda Karničnik, 2024, master's thesis Abstract: Bakterijske vrste iz rodov Acetobacter, Novacetimonas, Gluconacetobacter in Komagataeibacter imajo številne industrijsko zanimive lastnosti, npr. učinkovito proizvajajo nanocelulozo, vodotopne zunajcelične heteropolisaharide iz skupine acetanov ter različne kisline. Bakterijska nanoceluloza je biomaterial s široko uporabno vrednostjo v medicini, kozmetiki, živilstvu in okoljevarstvu. Acetani so zaradi svojih edinstvenih viskoelastičnih lastnosti uporabni kot zgoščevalci in emulgatorji v živilstvu in farmaciji. Prisotnost ustreznih kislin je v živilski industriji pomembna za proizvodnjo kombuče, kisa in določenih vrst piva. Industrija se vedno bolj zateka k naravnim virom ter išče nove seve z optimalnimi lastnostmi za posamezne proizvode. Vsled temu so izolacija, karakterizacija in ohranjanje novih sevov ocetnokislinskih bakterij pomembni za oblikovanje ustreznih zbirk tovrstnih industrijsko zanimivih bakterij. V tej raziskavi smo z metagenomsko analizo pomnožkov medgenskih regij 16S‒23S rDNA preiskali ocetnokislinsko bakterijsko združbo iz dveh do sedaj še neraziskanih vrst kisa, t. j. hruškov in jabolčno-grozdni kis. Poleg že znanih vrst ocetnokislinskih bakterij, kot so Komagataeibacter sucrofermentans, Acetobacter lovaniensis, Acetobacter syzygii, Gluconacetobacter liquefaciens, Gluconobacter albidus in Komagataeibacter europaeus, ki so bile zastopane v več kot 0,1 % deležu, smo v obeh vrstah odkrili več potencialno novih vrst, večino iz rodu Acetobacter. Zastopanost posamezne potencialno nove vrste je bila do 28,9 %. Da bi nove vrste izolirali, smo pripravili redčine kisa, jih nacepili na kompleksno gojišče RAE ter iz morfološko različnih kolonij pridobili več izolatov. V nadaljevanju smo se osredotočili na karakterizacijo štirih izoliranih sevov: Komagataeibacter sp. nov. Hr1, Acetobacter sp. nov. Hr2, Gluconacetobacter sp. nov. Hr-1-5 in Novacetimonas sp. nov. Jurk4. Sevom smo preiskali genome s tehnologijo Illumina in Nanopore ter okarakterizirali njihov potencial za sintezo celuloze in acetanov, ketoglukonskih kislin, rastne karakteristike v kompleksnih gojiščih ter ugotavljali rezistenco proti klinično relevantnim antibiotikom.
Keywords: Hruškov kis, jabolčno-grozdni kis, nove vrste ocetnokislinskih bakterij, ocetnokislinske bakterije.
Published in DKUM: 08.07.2024; Views: 137; Downloads: 28
Full text (3,41 MB) |
4. |
5. |
6. Zmanjšana občutljivost bakterij izoliranih iz terapevtskih pripomočkov za večkratno uporabo proti razkužilomBarbara Turković, 2022, master's thesis Abstract: V zadnjih letih se je povečalo število okužb, povezanih z zdravstvom, katerih glavni vir so bolniki in površine ter različni pripomočki. Glede na problem odpornosti bakterij proti antibiotikom in potencialni odpornosti proti razkužilom je potrebnih več raziskav, s katerimi bi lahko izdelali ustrezne protokole za uporabo biocidnih proizvodov. Namen zaključnega dela je bil določiti, ali je prisotna zmanjšana občutljivost bakterij, izoliranih iz terapevtskih pripomočkov za večkratno uporabo proti razkužilom.
Podatke smo pridobili s pomočjo eksperimenta, ki je potekal v laboratoriju. Z eksperimentom smo določili občutljivost bakterij na razkužila. Občutljivost je količinsko opredeljena z MIC, ki ga lahko definiramo kot najmanjšo koncentracijo razkužila, ki je potrebna za preprečevanje rasti kulture.Bakterije, ki smo jih analizirali, niso kazale na zvišano raven odpornosti oziroma zmanjšano občutljivost. Koncentracija, ki je zavirala rast bakterij, je znašala med 6,25 % in 12,5 %. Ker se razkužila, ki smo jih testirali, uporabljajo v koncentracijah, v katerih so, torej brez redčenja, sklepamo, da že nižje koncentracije zadostujejo za zaviranje in uničenje bakterij. Lahko sklepamo, da so pri Incidin Liquidu potrebne manjše doze učinkovine kot pri Sani Cloth. Neustrezno razkuženi pripomočki so zlahka vir okužbe. Potrebno je standardizirati protokole razkuževanja in redno spremljati odpornost bakterij na sredstva, ki se uporabljajo.
Keywords: občutljivost, razkužila, alkohol, MIC, bakterije
Published in DKUM: 17.06.2022; Views: 766; Downloads: 64
Full text (1,73 MB) |
7. Vpliv sestave gojišča na odpornost ocetnokislinskih bakterij proti antibiotikom : magistrsko deloEva Cepec, 2021, master's thesis Abstract: Zaradi vse večje ozaveščenosti potrošnikov o pomenu uživanja naravnih živil se povečuje tudi povpraševanje po jabolčnem nefiltriranem kisu, tako imenovanem motnem jabolčnem kisu. Motni jabočlni kis poleg ostalih sestavin vsebuje tudi ocetnokislinske bakterije. Povečan trend uporabe takšnega kisa pa pred proizvajalca in potrošnika postavlja vprašanje o potencialni odpornosti ocetnokislinskih bakterij proti antibiotikom. V tem delu smo zato preiskali odpornost različnih vrst in rodov ocetnokislinskih bakterij proti klinično pomembnim antibiotikom (ampicilinu, kloramfenikolu, ciprofloksacinu, trimetoprimu, eritromicinu in gentamicinu) na treh rastnih gojiščih (RAE, MA in GY). Odpornost smo analizirali z disk-difuzijsko metodo glede na prisotnost/odsotnost cone inhibicije okoli diskov z antibiotiki. Preiskali smo 12 sevov iz rodu Acetobacter in 22 predstavnikov iz rodu Komagateibacter. Delež odpornih sevov proti posameznemu antibiotiku se je med rastnimi gojišči razlikoval, na vseh gojiščih pa so bili preiskani sevi v visokem deležu odporni proti trimetoprimu (97,1 %), eritromicinu (73,5 %), ciprofloksacinu (50,0 %) in kloramfenikolu (32,4 %). Rezistenco proti štirim antibiotikom smo ugotovili pri kar 17,6 % sevov, 29,4 % testiranih sevov pa je bilo odpornih proti trem antibiotikom. Ker ocetnokislinske bakterije ali pa njihova DNA po zaužitju kisa, kefirja in drugih živilskih proizvodov, pri katerih sodelujejo ocetnokislinske bakterije, lahko pride v kontakt z mikrobioto prebavil človeka, bi bilo v nadaljevanju potrebno preučiti možnost horizontalnega prenosa genov za odpornost proti antibiotikom iz ocetnokislinskih bakterij v bakterije, ki sestavljajo mikrobioto prebavil človeka.
Keywords: ocetnokislinske bakterije, odpornost proti antibiotikom
Published in DKUM: 20.12.2021; Views: 1572; Downloads: 118
Full text (1,32 MB) |
8. Iskanje mesta začetka podvajanja ter vezavnih mest proteina dnaa pri izbranih probiotičnih bakterijah z uporabo algoritmovLarisa Anžel, 2021, master's thesis Abstract: Uvod: Človeško telo je naseljeno s številnimi bakterijami, arhejami, virusi in enoceličnimi evkariotskimi organizmi, ki na različne načine vplivajo na naše zdravje. Probiotične bakterije so tiste, ki v zadostnih količinah pozitivno vplivajo na zdravje gostitelja. Slednje se morajo razmnoževati, da so pozitivni učinki vidni. Bakterije se razmnožujejo s procesom podvajanja, pri čemer je v začetnih fazah vključeno podvajanje DNK.
Metode: S pomočjo grafa odklona števila gvaninov in citozinov (GC), ki ga pridobimo iz DNK zaporedja, smo ocenili položaj mesta začetka podvajanja za vsak izbran bakterijski sev. V okolici mesta začetka podvajanja se nahajajo posebna zaporedja, na katera se vežejo DnaA proteini. Z iskanjem najpogostejših motivov v okolici nukleotida z najnižjo vrednostjo na grafu GC smo pridobili možno sekvenco vezavnih mest DnaA, kar omogoča vpogled v sekvenco, ki igra pomembno vlogo pri podvajanju bakterijske DNK.
Rezultati: Konsenzna sekvenca vseh izbranih bakterijskih sevov je 5'-TTATCCACA-3', kar sovpada s podatki iz literature, kjer je sekvenca DnaA škatle opredeljena kot 5’-TT(A/T)TNCACA-3'.
Razprava in sklep: Izbrane metode se lahko uporablja za določevanje približnega mesta začetka replikacije, vendar so za dokazovanje le-tega potrebni še dodatni laboratorijski poizkusi.
Keywords: probiotične bakterije, mesto začetka replikacije, GC odkon, najpogostejši motivi
Published in DKUM: 23.09.2021; Views: 837; Downloads: 69
Full text (1,10 MB) |
9. Vpliv transglutaminaze na organoleptične in druge lastnosti jogurta : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeAndreja Bežan, 2021, undergraduate thesis Abstract: Diplomsko delo prikazuje študijo vpliva mikrobne transglutaminaze (MTGaze) na organoleptične in druge lastnosti jogurta pri različnih koncentracijah dodane MTGaze in različnih časih staranja vzorcev ter vpliv prisotnosti laktoze v mleku. Živilsko-predelovalna industrija se namreč v zadnjih desetletjih močno razvija. Povečuje se povpraševanje potrošnikov po mlečnih proizvodih. Njihove teksturne lastnosti so eden glavnih vidikov, ali potrošniki želijo kupiti izdelek ali ne. Prav to je glavni razlog naše študije. V diplomski nalogi smo ocenili učinek dodajanja MTGaze na nekatere lastnosti jogurta, kot so pH, koncentracija mlečnokislinskih bakterij, sinereza, viskoznost in gostota. To smo proučili s šestimi različnimi laboratorijskimi metodami. Ugotovili smo, da dodajanje MTGaze v jogurt izboljšala določene fizikalne lastnosti jogurta, zlasti teksturo, ki je bila bolj čvrsta in mehka. Vpliva na konsistenco jogurta. Jogurt z MTGaze ima manj intenziven vonj po sirotki, kar pritegne več kupcev v nakup izdelka. Rezultati kažejo, da prisotnost encima poveča tudi viskoznost vzorca jogurta in vpliva na sposobnost zadrževanja vode ter na celotno količino mlečnokislinskih bakterij. Pri določenih lastnostih, zlasti viskoznosti in količini mlečnokislinskih bakterij, ima velik vpliv vsebnost laktoze. Prav tako ne smemo zanemariti, da se lastnosti jogurta s staranjem spreminjajo.
Keywords: Mikrobna transglutaminaza, jogurt, tekstura, mlečnokislinske bakterije, sinereza, laktoza
Published in DKUM: 08.09.2021; Views: 1155; Downloads: 104
Full text (4,93 MB) |
10. Osamitev in identifikacija psihrofilnih in psihrotolerantnih bakterij in gliv iz Triglavskega ledenika in ledenika pod SkutoMaša Jarčič, 2021, master's thesis Abstract: Ledeniki so dolgo veljali za abiotska okolja. Novejše raziskave pa kažejo, da so ledeniki posebni in dinamični mikrobni habitati, kjer uspevajo različni psihrofilni in psihotolerantni mikroorganizmi. Zaradi globalnega segrevanja se visokogorski ledeniki pospešeno talijo. S tem izginjajo okolja, v katerih so se preko tisočletij uspešno razvijale mikrobne združbe v relativno stabilnih pogojih. Mikroorganizmi, ki naseljujejo ledenike, so razvili vrsto prilagoditev na življenje pri nizkih temperaturah in na ciklična zamrzovanja in odtaljevanja. V Sloveniji trenutno obstajata dva ledenika. Triglavski ledenik leži v Julijskih Alpah, na severovzhodnem pobočju najvišjega vrha v državi, Triglava. Ledenik pod Skuto leži dobrih petdeset kilometrov vzhodneje ter nekaj 100 m južneje od Triglavskega ledenika. Vzorčenje na obeh ledenikih je potekalo v septembru 2018. Iz obeh ledenikov smo aseptično odvzeli tri vzorce ledu iz treh različnih lokacij, jih stalili in filtrirali ter filtre inkubirali na štirih različnih gojiščih primernih za rast gliv ter na enem gojišču za bakterije pri temperaturi 15 °C. Skupno smo osamili 181 glivnih izolatov, ki se uvrščajo v 19 rodov ter 66 bakterijskih izolatov, ki se uvrščajo v 22 rodov.
Keywords: Triglavski ledenik, ledenik pod Skuto, ledeniki, psihrofili, psihrotoleranti, mikroorganizmi, bakterije, glive, izolacija, identifikacija, PCR, ITS.
Published in DKUM: 23.03.2021; Views: 1527; Downloads: 100
Full text (3,15 MB) |
