Search the digital library catalog

Abstract: Uvod: Astma je heterogena respiratorna bolezen, ki pogosto prizadene tudi otroško populacijo. Simptomi astme se glede na resnost razlikujejo, zdravljenje pa najpogosteje poteka z inhalacijskimi kortikosteroidi (ICS). Odziv na zdravljenje je heterogen in genetsko pogojen. V okviru naše študije smo z uporabo integracije - omik identificirali nove genetske lokuse, povezane z odzivom na ICS. Metode: Z uporabo različnih podatkovnih baz smo pridobili podatke o genih, ki smo jih analizirali z različnimi pristopi znotraj orodij in aplikacij. Statistično značilne signale smo preverili z RNA-seq analizo, v katero smo vključili šest posameznikov slovenskega porekla. Za tri najbolj statistično značilne gene smo izvedli še asociacijsko analizo in jih funkcijsko ovrednotili. Rezultati: S pojmi genske ontologije smo povezali 47 različnih genov, v nadaljevanju pa smo z RNA-seq analizo potrdili tri gene, GNAS (p = 9,18 × 10^-4), CREBBP (p = 1,28 × 10^-3) in EP300 (p = 2,73 × 10^-3), statistično značilno povezane z odzivom na ICS. Z asociacijsko analizo smo pregledali področje ±100 kbp od predhodno navedenih genov, pri čemer je šest SNP-jev doseglo statistično značilno povezavo z ICS-jem. SNP-ja rs236729 in rs118065748 smo v nadaljevanju tudi ovrednotili z uporabo in silico funkcijske analize. Razprava in sklep: Z integracijo - omik smo uspešno identificirali šest SNP-jev, ki so povezani z odzivom na ICS.
Keywords: otroška astma, FEV1, inhalacijski kortikosteroidi, pljučna funkcija
Published in DKUM: 09.09.2021; Views: 1182; Downloads: 123
Full text (2,78 MB)

Abstract: Astma je kompleksna poligenska bolezen dihal. Številne študije so v povezavi z astmo, njenimi značilnostmi ali odzivom na terapijo analizirale že mnogo genov, a se rezultati raziskav med sabo močno razlikujejo, prav tako pa mnogi kandidatni geni identificirani v nedavnih študijah na celotnem genomu (GWA študije) še niso bili potrjeni v neodvisnih replikacijih študijah. Večina GWA študij pri astmi ni analiziralo morebitnih povezav med genotipi in kliničnimi podatki ter odzivom na zdravljenje. Le malo je znanega o funkciji z astmo ali njenimi značilnostmi povezanih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki se nahajajo v nekodirajočih področjih genoma. Namen naše raziskave je bil identificirati nove genetske markerje, ki opredeljujejo resnost astme oz. katerega od njenih podtipov ter vplivajo na odziv na terapije. Nadalje smo v raziskavi želeli ugotoviti, kakšen je vpliv kandidatnih SNP-jev povezanih z astmo in njenimi značilnostmi na ekspresijo bližnjih genov. Prav tako je bil namen študije tudi napoved tveganja za razvoj astme in odziva na terapijo. V študijo smo zajeli 340 otrok z astmo in 276 zdravih posameznikov. Genotipizacijo smo izvedli z verižno reakcijo s polimerazo (PCR), ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti. Rezultate smo statistično analizirali z uporabo programskega paketa SPSS. Z izdelavo profilov tveganja, izračuna tveganja iz razmerja obetov ter logistično regresijo smo skušali napovedati tveganje za razvoj bolezni ali odziva na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Izbranim genom, ki se nahajajo v bližini nekodirajočih SNP-jev, ki kažejo na pomembno vlogo pri astmi, smo z uporabo kvantitativnega PCR izmerili gensko ekspresijo in analizirali morebitne razlike v ekspresiji med posameznimi fenotipskimi in genotipskimi skupinami. Identificirali smo nove genetske markerje ki imajo pomemben doprinos k dovzetnosti za razvoj astme, vplivajo na njeno težo in fenotip oz. pogojujejo odgovor na različne proti-astmatične terapije. Najpomembnejša odkritja so nove povezave med SNP-ji na oz. v bližini genov SFXN1, SLC22A4 in SLC22A5 ter odgovorom na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Kot prvi smo ugotovili, da delecija na genu CCR5 ter SNP-ja na genih IL4 in GLCCI1 pogojujejo odziv na proti-astmatično terapijo z anti-levkotrieni pri posameznih pod-tipih astme. Identificirali smo nove povezave med SNP-ji na genih CA10, CTNNA3 in SFXN1 in njenimi fenotipskimi značilnostmi. Prav tako je naša raziskava prva neodvisna replikacijska študija nekaterih v nedavnih GWA študijah identificiranih astma SNP-jev; potrdili smo povezavo med SNP-jema na genih CA10 in SGK493 in tveganjem za astmo. Kot prvi smo s povečanim tveganjem za astmo povezali alel C za SNP rs10496195 v intronu gena HK2. Nadaljnja ekspresijska študija je pokazala povečano izražanje izoforme tega gena pri bolnikih z astmo oz. pri osebah z rizičnim alelom C za omenjen SNP. Ugotovili smo da alel C vpliva na spremenjeno razmerje med izoformama transkripta gena HK2 v limfocitih periferne krvi. Nadalje, naši rezultati potrjujejo hipotezo, da gre pri astmi za heterogeno bolezen pri kateri se genetski markerji lahko razlikujejo glede na podtip bolezni, saj mnoge povezave v skupini ne-atopijskih astmatikov niso bile potrjene v skupini atopikov in obratno. Na podlagi rezultatov izračunov napovedi tveganja lahko zaključimo, da zaenkrat genetski testi pri astmi žal še niso dovolj zanesljivi za prenos v klinično prakso. Najvišjo specifičnost (77,7 %) in občutljivost (63,0 %) smo dosegli pri genetskem profilu za napoved tveganja za ne-atopijsko obliko astme, ki vključuje 9 SNP-jev. Vsekakor bo v prihodnje potrebnih še mnogo nadaljnjih raziskav, funkcijskih študij in meta-statističnih analiz, kakorkoli pa lahko rečemo, da pomemben delček pri razumevanju genetskih mehanizmov pri astmi in korak k individualizirani obravnavi bolnikov predstavlja tudi naša študija.
Keywords: astma, polimorfizem enega nukleotida, asociacijska študija, genska ekspresija, napoved tveganja
Published in DKUM: 22.01.2018; Views: 1755; Downloads: 199
Full text (4,05 MB)

Abstract: Povzetek Astma je kronična bolezen, pri kateri ima bolnik stalno prisotno vnetje dihalnih poti. To vnetje je povezano predvsem s preobčutljivostjo in preodzivnostjo dihal na različne dražljaje ali sprožilce v okolju, k nastanku bolezni pa prispeva tudi genetski zapis posameznika. Bolezen je vse pogostejša v razvitem svetu. Kljub temu da obstoječa terapija zagotavja uspešen nadzor nad boleznijo, delež bolnikov, ki se na zdravila ne odzivajo, ostaja razmeroma velik. Zato je nujen nadaljnji razvoj v smeri odkrivanja novih načinov zdravljenja. Velik napredek na področju genetike astme so prinesle asociacijske študije na celotnem genomu (GWAs, ang. za genome wide association studies), saj so odkrile več novih potencialnih genov, ki vplivajo na pojav astme. V diplomskem delu smo naredili obsežen pregled literature, s pomočjo katere smo iz GWA študij izpisali potencialne gene in polimorfizme posameznega nukleotida (SNP, ang. za single nucleotide polymorphism), ki so pokazali povezavo z razvojem astme. Nato smo z orodji genske ontologije prišli do ožjega izbora SNP-jev, iz katerega smo izbrali najprimernejši SNP za analizo pri slovenskih bolnikih z astmo in zdravih posameznikih. Pri eksperimentalnem delu smo uporabili metodo PCR-HRM, s katero smo genotipizirali izbran SNP. Na podlagi asociacijske študije smo ugotovili, da izbran SNP na genu IL33 ni povezan z astmo pri slovenskih otrocih. Glede na te rezultate bi bilo smiselno, da se seznam genov, ki smo ga po uporabi orodij genske ontologije dobili, uporabili za nadaljnje analize v tej smeri tako, da se analizira tudi druge gene in njihove SNP-je. Tako bi dobili širšo sliko o tem, kako se razvije astma in kakšni dejavniki na to najbolj vplivajo. Glede na ta spoznanja bi lahko nadgradili in razvili nova zdravila in načine zdravljenja, ki bi vse več bolnikom omogočili boljše in kvalitetnejše življenje kljub obolelosti za astmo.
Keywords: astma, GWA študije, HRM metoda, IL33, orodja genske ontologije
Published in DKUM: 26.07.2017; Views: 2601; Downloads: 104
Full text (3,39 MB)

Abstract: Izhodišča. Astma je pogosta bolezen, ki je razširjena med ljudmi različnih starostnih skupin. Je spremenljiva bolezen, ki lahko ogroža življenje. Zaradi astme morajo pacienti spremeniti svoj način življenja, saj vpliva na fizično ter psihično počutje. Namen. Namen diplomskega dela je predstaviti astmo kot bolezen, ki se v današnjem času vedno pogosteje pojavlja. S pomočjo študije primera želimo ugotoviti negovalne diagnoze pacientke z astmo, ter ugotoviti kako bolezen vpliva na njene življenjske aktivnosti. Namen je tudi ugotoviti kakšno znanje ima pacientka o svoji bolezni, ter kako se z njo spopada. Raziskovalna metodologija. Podatke za izdelavo diplomske naloge smo pridobili iz domače in tuje strokovne literature ter elektronskih virov. Izvedli smo študijo primera pacientke z astmo, v kateri smo ugotavljali vpliv astme na življenjske aktivnosti in kvaliteto življenja. S pomočjo vprašalnika in njene medicinske dokumentacije smo si pridobili vse potrebne podatke. Rezultati. S pomočjo študije primera pacientke z astmo smo ugotovili, da ima astma velik vpliv na življenjske aktivnosti pacientke, saj je potrebno veliko stvari spremeniti, da se doseže želena kvaliteta življenja. Astma ima največji vpliv na dihanje ter rekreacijo pacientke, prav tako pa se mora pacientka izogibati škodljivim vplivom okolja. Pacientka je zadovoljivo poučena o zdravljenju astme. Pozna veliko informacij o astmi in je zelo odprta za nasvete. Družina ima veliko vlogo pri premagovanju pacientkine bolezni, saj jo spodbuja in spremlja na poti zdravega življenjskega sloga. Sklep. Astma ima velik vpliv na kvaliteto pacientkinega življenja. Pacienti z astmo morajo biti poučeni o škodljivih zunanjih vplivih na bolezen, da se jim sami skušajo izogibati ter o zdravljenju. Veliko vlogo imata zdravnik in medicinska sestra, ki morata pacientom svetovati glede zdravljenja bolezni, ter pomagati doseči čim boljšo kvaliteto življenja. Pacienti z astmo potrebujejo podporo družine, saj se tako lažje spopadajo z boleznijo.
Keywords: astma, dihanje, zdravljenje, življenjske aktivnosti, medicinska sestra.
Published in DKUM: 04.07.2017; Views: 2040; Downloads: 236
Full text (690,92 KB)

Abstract: Astma je resna kronična bolezen pljuč, ki povzroča vnetje dihal in je neznane etiologije. Sam razvoj astme je povezan z interakcijo številnih genov in vplivom okolja. V številnih študijah so z astmo povezali več kot 100 genov, ki pa se med različnimi populacijami razlikujejo. Raziskali smo dve kandidatni kromosomski regiji, 17q21 in 2q12. Za analizo 17q21 smo genotipizirali polimorfizem posameznega nukleotida (SNP) rs7216389, ter merili izražanje genov ORMDL3 in GSDMB, za analizo regije 2q12 pa smo genotipizirali SNP rs10206753 in merili izražanje genov IL1RL1 in IL18RAP. S tehniko verižne reakcije s polimerazo (PCR), ki ji je sledila reakcija polimorfizmov dolžin restrikcijskih encimov (RFLP) ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM), smo genotipizirali 384 vzorcev otrok z astmo z atopijskim in neatopijskim fenotipom ter 288 vzorcev zdravih kontrol. Analizirali smo povezavo izbranih SNP-jev z astmo ter vpliv izbranih SNP-jev na klinične parametre in izražanje genov ORMDL3, GSDMB, IL1RL1, ter IL18RAP. Ugotovili smo, da je SNP rs7216389 povezan s pojavom astme pri slovenskih otrocih (p=0,0031, OR=0,698). Astmatiki, atopijski in neatopijski, imajo višjo frekvenco alela T v primerjavi z zdravimi kontrolami (p=0,0005, OR=0,541). Farmakogenetska analiza SNP-ja rs7216389 je pokazala, da se atopijski in neatopijski astmatiki različno odzivajo na terapijo z inhalacijskimi glukokortikosteroidi. Atopijskim astmatikom z genotipom CC se vrednost dTI po terapiji poviša (p=0,0057, dTICC=7,00 , dTICT+CC=2,00), medtem ko se neatopijskim astmatikom zniža (p=0,0311, dTICC=-2,00 ; dTICT+CC=3,00). Pri vplivu genotipa na klinične parametre smo opazili tudi višjo vrednost eozinofilcev v krvi neatopijskih astmatikov z genotipom TT v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali CC, vendar je bila vrednost p na meji statistične značilnosti (p=0,0558). Ugotovili smo tudi, da SNP rs7216389 regulira izražanje gena ORMDL3, saj imajo astmatiki in atopijski astmatiki z genotipom TT višji nivo izražanja gena ORMDL3 v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali TT (p=0,0038 za astmatike, p=0,0133 za atopijske astmatike). Za območje 2q12 pa smo ugotovili, da SNP rs10206753 ni povezan s pojavom astme pri slovenskih otrocih. Smo pa ugotovili, da se vrednost dFEV1 po terapiji z antilevkotrieni v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali TT zviša pri astmatikih z genotipom CC (p=0,0002, 8,5/-2) in pri atopijskih astmatikih z genotipom CC (p=<0,0001; 11/-2). Pri primerjavi izražanja gena IL18RAP med astmatiki in zdravimi kontrolami smo ugotovili, da imajo astmatiki, tako atopijski kot neatopijski, nižje izražanje gena v primerjavi z zdravimi kontrolami (p<0,0001). Rezultati nakazujejo na pomembno vlogo obeh regij, 17q21 in 2q12, tako v patogenezi kot tudi farmakogenetiki astme pri slovenskih otrocih. V prihodnosti bi bilo smiselno opraviti farmakogenetske študije za oba lokusa tudi pri drugih populacijah, s čemer bi naredili korak naprej k personalizirani medicini.
Keywords: astma, eQTL, farmakogenetika, ORMDL3, IL1RL1
Published in DKUM: 04.10.2016; Views: 1432; Downloads: 93
Full text (2,10 MB)