1. Meta-analytic comparison of global RNA transcriptomes of acute and chronic myeloid leukemia cells reveals novel gene candidates governing myeloid malignanciesStaša Jurgec, Gregor Jezernik, Mario Gorenjak, Tomaž Büdefeld, Uroš Potočnik, 2022, original scientific article Abstract: Despite advances in the understanding of genetic risk factors and molecular mechanisms underlying acute myeloid leukemia (AML) and chronic myeloid leukemia (CML), clinical outcomes of current therapies in terms of disease relapse and mortality rate pose a great economic and social burden. To overcome this, the identification of new molecular prognostic biomarkers and pharmacological targets is crucial. Recent studies have suggested that AML and CML may share common pathogenic mechanisms and cellular substrates. To this end, in the present study, global transcriptome profiles of AML and CML at the molecular and cellular level were directly compared using a combination of meta-analysis and modern statistics, and novel candidate genes and specific biological processes associated with the pathogenesis of AML and CML were characterized. Our study significantly improves our current understanding of myeloid leukemia and will help develop new therapeutic targets and biomarkers for disease progression, management and treatment response.
Keywords: AML, CML, meta-analysis, lincRNA, spliceosome
Published in DKUM: 05.12.2024; Views: 0; Downloads: 10
 Full text (1,04 MB)
This document has many files! More... |
2. Vloga dolge nekodirajoče rna inc-fanci-2 pri raku glave in vratuJure Šuster, 2023, undergraduate thesis Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne votline in ustnic, nosa in obnosne votline, grla, žrela ter žlez slinavk. Po ocenah iz leta 2016 je bilo na svetu evidentiranih 4,1 miliona vseh primerov HNC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov. Letno zaradi HNC umre okoli 500.000 ljudi. Najpogostejši dejavnik tveganja za nastanek HNC sta kajenje in prekomerno uživanje alkohola. Vse pogosteje pa nastanek HNC, predvsem rake srednjega dela žrela, povezujejo z okužbo z onkogenimi serotipi človeških papilomavirusov (HPV). Nedavno nazaj so ugotovili, da okužba s HPV16 poviša izražanje dolge nekodirajoče RNA (lnc RNA) lnc-FANCI-2 pri raku na materničnem vratu. Da bi ugotovili, ali je mehanizem onkogenega delovanja HPV16 ohranjen med raki materničnega vratu in HNC, smo v diplomski nalogi z metodo RT-qPCR proučili izražanje prepisov lnc-FANCI-2 dA1 in dA2 in lokusa MIR9-3HG, ki zraven izooblik lnc-FANCI-2 kodira še druge nekodirajoče RNA, pri bolnikih s ploščato celičnim karcinomom glave in vratu (angl. Head and Neck Squamous Cell Carcinoma, HNSCC), okuženih s HPV16. Skupno gledano je bilo Izražanje MIR9-3HG višje (p< 0,01) v tumorjih kot zdravem tkivu, razlika pa se je ohranila (p< 0,05) tudi pri rakih žrela. HPV16 (+) tumorji so kazali nižje (p< 0,05) izražanje MIR9-3HG v primerjavi s HPV16 (-) tumorji, kar kaže, da okužba s HPV16 zavira izražanje lokusa MIR9-3HG. Za razliko od okužbe s HPV16 pa vpliva dejavnikov tveganja kajenja in uživanja alkohola na izražanje MIR9-3HG nismo ugotovili. Izražanje MIR9-3HG se ni razlikovalo med tumorji s perivaskularno, perinevralno ali limfovaskularno invazijo in tumorji brez invazije. Razširjeni tumorji z zasevki v lokalnih bezgavkah (cN1+, pN1+) so kazali nižje izražanje MIR9-3HG v primerjavi s tumorji brez zasevkov (cN0, pN0), vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Izražanje MIR9-3HG se ni razlikovalo glede na velikost tumorja (cT1-cT4, pT1-pT4). Izražanja prepisov lnc-FANCI-2 dA1 in dA2 na proučevanem vzorcu bolnikov nismo potrdili.
Rezultati naše naloge kažejo na vlogo lokusa MIR9-3HG pri nastanku HNSCC v prisotnsoti okužbe s HPV16. Ali pri tem sodelujejo tudi izooblike lnc-FANCI-2 ni znano in bo njihovo vlogo v tumorigenezi HNSCC v nadaljevanju potrebno še proučiti.
Keywords: rak glave in vratu, MIR9-3HG, lnc FANCI-2, HPV16, RT-qPCR
Published in DKUM: 09.11.2023; Views: 409; Downloads: 41
Full text (2,17 MB) |
3. Optimizacija protokola za pripravo beljakovin iz celičnih frakcij celične linije FaDu za proteomsko analizo na masnem spektrometru : magistrsko deloJan Polak, 2022, master's thesis Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne in nosne votline, grla in žrela. Kljub napredku pri razumevanju genetskih dejavnikov, dejavnikov okolja, molekularnih in celičnih mehanizmov, ki sodelujejo pri nastanku raka glave in vratu, so rezultati trenutno odobrenih načinov zdravljenja, po stopnji ponovitve bolezni in umrljivosti, zelo zaskrbljujoči. Po številu novih primerov in po številu smrti na letni ravni se rak glave in vratu uvršča na šesto mesto najpogostejših rakov na svetu. Iz tega razloga sta nadaljnja molekularna karakterizacija kancerogeneze in novih molekulskih terapevtskih tarč ključnega pomena. Cilj magistrske naloge je bil določiti proteom posameznih celičnih frakcij ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. Optimizirali smo postopek celične frakcionacije celične linije FaDu na osnovi različno močnih surfaktantov in diferencialnega centrifugiranja, s katerim smo celične beljakovine ločili na citosolne, jedrne in frakcijo, ki je vsebovala beljakovine membranskih organelov vključno s proteini celične membrane. Učinkovitost subcelične frakcionacije smo preverili z metodo western blot z uporabo ustreznih proteinskih označevalcev. Proteomsko analizo posameznih frakcij smo opravili z masno spektrometrijo visoke ločljivosti in načinom za neodvisno pridobivanje spektralnih podatkov. Identificirali smo 5273 beljakovin v treh celičnih frakcijah, od tega smo 2730 beljakovinam določili ustrezno celično lokacijo z nenadzorovanim strojnim učenjem s programom MetaMass.
V nalogi smo kot prvi na celičnem modelu celične linije FaDu določili proteom jedrne in citosolne frakcije ter frakcije membranskih organelov ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. V nadaljevanju bo potrebno klinično in terapevtsko uporabnost okarakteriziranih beljakovin še potrditi.
Keywords: rak glave in vratu, subcelična frakcionacija, masna spektrometrija, FaDu celice, terapevtska tarča, nHPLC-HRMS
Published in DKUM: 06.10.2022; Views: 522; Downloads: 48
Full text (5,01 MB) |
4. Izražanja skupine genov DNA-metiltransferaz (DNMT1, DNMT3A in DNMT3B), DNA-demetilaz (TET1, TET2, TET3 in TDG) ter gena RNA-metiltransferaza TRDMT1 v tumorjih bolnic z rakom dojk : magistrsko deloNastja Šadl, 2022, master's thesis Abstract: DNA-metiltransferaze DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaze TET1, TET2, TET3 in TDG ter RNA-metiltransferaza TRDMT1 imajo pomembno vlogo pri uravnavanju metilacije genoma in genskih prepisov, s čimer uravnavajo izražanje genov. Spremenjeno izražanje omenjenih encimov povezujemo z nastankom in razvojem različnih vrst rakov, med drugim tudi raka dojk. Mehanizmi njihovega delovanja so v literaturi dobro opisani, medtem ko njihova patofiziološka vloga pri nastanku in razvoju raka dojk ni povsem znana. Namen magistrskega dela je bil raziskati izražanje DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3, TGD in TRDMT1 na parnih vzorcih zdravega in bolnega tkiva 17 bolnic z rakom dojk ter v povezavi z gradusom in izražanostjo progesteronskih receptorjev pri raku dojk. Povišano izražanje v tumorskem tkivu v primerjavi z zdravim okolnim tkivom smo ugotovili pri DNMT1 (p<0,01), DNMT3A (p<0,05), DNMT3B (p<0,01), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,01), medtem kot se izražaje TET1 ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom. Izražanje TDG in TRDMT1 je bilo višje v tumorskem kot zdravem tkivu, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Za tumorsko tkivo je bilo statistično značilno višje izražanje DNMT1 (p<0,001) in DNMT3A (p<0,001) v primerjavi z DNMT3B in statistično značilno višje izražanje TDG v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TET3 (p<0,01). Razlik v izražanji med DNMT1 in DNMT3A ter TET1, TET2 in TET3 v tumorskem tkivu nismo ugotovili. Primerjava izražanja vseh genov med seboj je v tumorskem tkivu pokazala na statistično značilno i) višje izražanje TDG v primerjavi z ostalimi proučevanimi geni, ii) višje izražanje DNMT1 v primerjavi s TET1 (p<0,01) in TRDMT1 (p<0,05), iii) nižje izražanje DNMT3B v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05) in iv) nižje izražanje TET3 od TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05). Omenjenih razlik v zdravem tkivu nismo ugotovili. Izraženost progesteronskih receptorjev in gradus tumorja nista vplivala na izražanje proučevaih genov. Post hoc analiza je pokazala na statistično značilno i) višje (p<0,05) izražanje DNMT1 v bolnem tkivu pri rakih tretjega gradusa v primerjavi z izražanjem DNMT1 v zdravem tkivu pri rakih drugega gradusa, ii) višje (p<0,05) izražanje TDG pri rakih dojk drugega kot tretjega gradusa in iii) višje izražanje TDG v tumorskem tkivu v primerjavi z izražanjem TET1 (p<0,05), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,05) v zdravem tkivu ter TET3 v tumorskem tkivu (p<0,05) pri rakih drugega gradusa.
Naša raziskava kaže na specifično povišano izražanje DNA-metiltransferaz DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaz TET1, TET2, TET3 in TDG in RNA-metiltransferaze TRDMT1 pri raku dojk. V nadaljevanju bo za boljše razumevanje vloge metilacije pri tumorigenezi raka dojk potrebno rezultate izražanja posameznih metiltransferaz in demetilaz povezati z globalnimi študijami metiloma.
Keywords: DNA-metiltransferza, DNA-demetilaza, TRDMT1, rak dojk, RT-qPCR
Published in DKUM: 27.09.2022; Views: 579; Downloads: 59
Full text (3,63 MB) |
5. Celični odziv na oksidativni stres, povzročen z vodikovim peroksidom, pri celičnih linijah akutne limfoblastne levkemije in limfoblastnega limfoma celic T : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeDoroteja Golob, 2022, undergraduate thesis Abstract: Akutna limfoblastna levkemija celic T (T-ALL) in limfoblastni limfom celic T (T-LBL) sta vrsti krvnih rakov, ki nastanejo iz timocitov v timusu. Pomemben dejavnik pri razvoju rakavih celic je uspešno spopadanje celice z oksidativnim stresom, ki ga izzovejo reaktivne kisikove spojine. Reaktivne kisikove spojine (RKS) so heterogena skupina majhnih molekul, ionov in radikalov, za katere je značilna visoka reaktivnost; oksidativni stres pa lahko opredelimo kot stanje znotraj celice, ki je rezultat prekomerne tvorbe RKS ob oviranih ali odsotnih mehanizmih, ki bi vzdrževali redoks homeostazo. Ker še vedno ni povsem jasno, ali sta T ALL in T-LBL ena bolezen z različnimi bolezenskimi znaki, ali predstavljata dve različni bolezni, ki prizadeneta limfocite T, smo se v diplomskem delu odločili proučiti morebitne razlike v celičnem odzivu celičnih linij T-ALL, Jurkat, in T-LBL, SUP-T1, na oksidativni stres. Celični odziv smo spremljali skozi kvantifikacijo živih in mrtvih celic, viabilnost, celični metabolizem ter s kvantifikacijo reaktivnih kisikovih spojin. Primerjava rasti celičnih linij Jurkat in SUP T1 v normoksičnih pogojih in v prisotnosti oksidativnega stresa, je pokazala na negativen vpliv oksidativnega stresa na rast celic, ni pa pokazala razlik med celičnima linijama Jurkat in SUP T1 v številu živih celic. Delež mrtvih celic se ni razlikoval niti med celičnima linijama Jurkat in SUP-T1, niti glede na izpostavljenost oksidativnemu stresu. Edina statistično značilna razlika se je pokazala v viabilnosti, kjer je izpostavljenost celic Jurkat oksidativnemu stresu privedla do znižane viabilnosti, le-ta je bila, 72 ur po nasaditvi, statistično značilno nižja, v primerjavi z viabilnostjo tretiranih celic SUP-T1 (F(3, 10) = 26.11, p < 0,001; post hoc: p < 0,05). Tudi rezultati metabolnega testa in testa za kvantifikacijo reaktivnih kisikovih spojin niso pokazali razlik med celičnima linijama Jurkat in SUP-T1.
Naši rezultati torej kažejo na veliko podobnost celičnih linij Jurkat in SUP-T1, v spopadanju z oksidativnim stresom, in podpirajo trenutno klasifikacijo Svetovne zdravstvene organizacije WHO in Mednarodnega panela za proučevanje limfomov, ki smatra T-ALL in T-LBL kot eno bolezen z različnimi bolezenskimi znaki.
Keywords: akutna limfoblastna levkemija celic T, limfoblastni limfom celic T, reaktivne kisikove spojine, oksidativni stres
Published in DKUM: 22.09.2022; Views: 698; Downloads: 69
Full text (2,54 MB) |
6. Vpliv retinojske kisline atra na izražanje gena HER3 pri celični liniji raka glave in vratu FaDu : magistrsko deloDavor Babič, 2022, master's thesis Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, v katere sodijo raki iz različnih predelov glave in vratu. Več kot 90 % rakov glave in vratu se razvije iz enostavnega enoskladnega epitela (angl. squamous epithelium, SE), ki tvori sluznico ustne in nosne votline ter grla in žrela, zato takšne rake imenujemo ploščatocelični raki glave in vratu (angl. Head and Neck Squamos Cell Carcinoma, HNSCC). Število obolelih s HNSCC vsako leto narašča. V letu 2020 je bilo 931.000 ljudem diagnosticiran HNSCC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu.
Molekularna patogeneza HNSCC je zapleten proces, ki obsega genetske, epigenetske in okoljske dejavnike ter številne signalne poti. Pomembno vlogo pri razvoju HNSCC imajo receptorji tirozinskih kinaz, med katere spada tudi receptor ERBB3/HER3. HER3 vpliva na celično proliferacijo, diferenciacijo in preživetje. HER3 je povišano izražen pri večini HNSCC bolnikov in pri bolnikih s ponovljenim rakom po zdravljenju. Povišano izražanje HER3 pa zmanjšuje tudi učinkovitost zdravljenja s kemoterapijo. Aktivni metabolit ATRA uravnava celično diferenciacijo in apoptozo ter zavira rast rakavih celic. ATRA se uporablja za zdravljenje akutne promielocitne levkemije (angl. Acute Promyelocytic Leukemia, APL) pri odraslih in nevroblastomov pri otrocih. Pri raku dojk ATRA zavira izražanje HER3, medtem ko njen vpliv na izražanje HER3 pri HNSCC ni poznan. V magistrski nalogi smo proučili vpliv matabolita ATRA na izražanje mRNA za receptor HER3 in alternativnega prepisa za topno beljakovino p22-sERBB3 ter na celično rast, metabolizem in smrt pri celični liniji HNSCC FaDu. Celice FaDu smo izpostavili 2,5 M raztopini ATRA in spremljali celično rast/proliferacijo in preživetje v obdobju od 24 ur do 96 ur po nasaditvi. Metabolno aktivnost smo izmerili z uporabo reagenta MTT 72 ur po tretiranju. Izražanje HER3 smo izmerili z RT-qPCR 72 ur po tretiranju. Tretiranje z metabolitom ATRA je statistično značilno zmanjšalo rast/proliferacijo (p< 0,001) celic FaDu in njihovo metabolno aktivnost (p< 0,01), ni pa imelo vpliva na viabilnost in preživetje celic. Celice, ki so bile izpostavljene metabolitu ATRA 72 ur so imeli statistično značilno (p<0,001) znižano izražanje receptorja HER3 in krajšega prepisa p22-sERBB3.
Naši rezultati potrjujejo protitumorske učinke metabolita retinojske kisline ATRA na celično rast in metabolizem in kažejo, da znižuje izražanje receptorja HER3 pri HNSCC. Metabolit retinojske kisline ATRA bi v prihodnje lahko vključili v protokole zdravljenja rakov glave in vratu, vendar je njegove učinke potrebno preveriti še in vivo v kliničnih študijah.
Keywords: rak glave in vratu, FaDu, HER3, ATRA, RT-qPCR
Published in DKUM: 09.09.2022; Views: 661; Downloads: 56
Full text (2,63 MB) |
7. Izražanje izooblik mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeAnja Vrbek, 2022, undergraduate thesis Abstract: Receptor ERBB3 (angl. erb-b2 receptor tyrosine kinase 3) uravnava rast, proliferacijo, preživetje celic in angiogenezo. Njegovo spremenjeno aktivnost povezujejo z nastankom in razvojem raka glave in vratu (angl. head and neck cancer - HNC). Gen ERBB3 zraven receptorja ERBB3 kodira še manjše topne, sekretorne beljakovine (sERBB3), katerih vloga v patogenezi HNC ni povsem pojasnjena. Za boljšo pojasnitev vloge ERBB3 in sERBB3 pri HNC, smo v diplomski nalogi na vzorcu 34 bolnikov z RT-qPCR proučili izražanje mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino velikosti 22 kDa p22-sERBB3 ter njuno izražanje opisali iz stališča klinično-patoloških značilnosti HNC. Tako ERBB3 kot p22-sERBB3 sta bila izražena v tumorskem in zdravem tkivu, pri čemer je bilo za tumorsko tkivo značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,001) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom. Prav tako je bilo izražanje ERBB3 višje (p < 0,001) od izražanja p22-sERBB3. Ugotovili smo tudi pozitivno korelacijo med izražanjem ERBB3 in p22-sERBB3 tako v tumorskem (p = 0,001) kot zdravem (p = 0,001) tkivu. Izražanje p22-sERBB3 je bilo višje (p < 0,05) pri rakih ustne votline z ustnicami v primerjavi z raki grla in žrela. Za razliko od p22-ERBB3 pa vpliva mesta nastanka tumorja na izražanje ERBB3 nismo ugotovili. Parcialna analiza izražanja ERBB3 je pokazala na višje izražanje ERBB3 v zdravem kot tumorskem tkivu pri rakih grla (p < 0,05) in žrela (p < 0,001), ne pa pri rakih ustne votline z ustnicami. Tumorji z limfovaskularno invazijo so imeli statistično značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,05) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v tumorskem kot zdravem tkivu, medtem ko pri tumorjih brez limfovakularne invazije omenjenih razlik nismo ugotovili zaradi povišanega izražanja ERBB3 oziroma p22-sERBB3 v tumorskem tkivu. Pri tumorjih brez HPV-16 je bilo izražanje ERBB3 nižje (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom, ta razlika pa pri tumorjih, okuženih s HPV-16, ni bila prisotna zaradi povišanega izražanja ERBB3 v tumorskem tkivu. Analiza izražanja ERBB3 in p22-sERBB3 po stadijih tumorjev je pokazala, da so bolj razviti raki imeli višje izražanje ERBB3 (cT3: p < 0,01; cT4: p < 0,05; pT2: p < 0,05; pT3: p < 0,01; pT4: p < 0,05) in p22-sERBB3 (cT4 in pT4, oba p < 0,05) v zdravem kot tumorskem tkivu. Vpliva kajenja in uživanja alkohola na izražanje ERBB3 in p22-sERBB3 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili.
Naši rezultati kažejo na vlogo mRNA za topno, sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri patogenezi raka glave in vratu. Izražanje ERBB3 je bilo pri tumorjih raka glave in vratu znižano v primerjavi z zdravim tkivom, na njegovo izražanje pa so vplivali prisotnost limfovaskularne invazije, gradus tumorja in okužba s HPV-16.
Keywords: ERBB3, p22-sERBB3, rak glave in vratu, HPV-16, invazija, RT-qPCR
Published in DKUM: 05.04.2022; Views: 873; Downloads: 74
Full text (5,65 MB) |
8. Izražanje dolge nekodirajoče RNA CCAT1 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeDavor Babič, 2020, undergraduate thesis Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) je heterogena skupina rakov, ki nastanejo v ustni votlini, žrelu, grlu, nosni in obnosni votlini ter na ustnicah, žlezah slinavkah in vratnih bezgavkah. Letno za rakom glave in vratu zboli 600.000 ljudi in umre jih 300.000, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Pri razvoju raka glave in vratu sodeluje dolga nekodirajoča RNA (lncRNA) CCAT1 (angl. Colon Cancer Associated Transcript 1), katere vloga in molekulerni mehanizmi delovanja so slabo okarakterizirani. V diplomski nalogi smo na vzorcu 34 bolnikov z RT-PCR proučili izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu pri rakih grla, žrela, ustne votline in ustnic. Izražanje lncRNA CCAT1 se ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom in med proučevanimi skupinami rakov. Vpliva stadija in okoljskih dejavnikov tveganja (kajenje, uživanje alkohola, okuženosti s HPV16), na izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Za rake glave in vratu s perivaskularno, perinevralno in limfovaskularno invazijo je bilo značilno nižje izražanje lncRNA CCAT1 kot za neinvazivne oblike, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti (p=0,08).
Naši rezultati kažejo, da kajenje, uživanje alkohola in okuženost s HPV16 ne vplivajo na izražanje lncRNA CCAT1 pri rakih glave in vratu. Za potrditev vloge lncRNA CCAT1 pri patogenezi raka glave in vratu bo potrebno izražanje lncRNA CCAT1 proučiti na večjem vzorcu bolnikov.
Keywords: rak glave in vratu, lncRNA, CCAT1, invazija, RT-PCR
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 1323; Downloads: 105
Full text (1,54 MB) |
9. Novel insights into the downstream pathways and targets controlled by transcription factors CREM in the testisRok Košir, Peter Juvan, Martina Perše, Tomaž Büdefeld, Gregor Majdič, Martina Fink, Paolo Sassone-Corsi, Damjana Rozman, 2012, original scientific article Abstract: The essential role of the Crem gene in normal sperm development is widely accepted and is confirmed by azoospermia in male mice lacking the Crem gene. The exact number of genes affected by Crem absence is not known, however a large difference has been observed recently between the estimated number of differentially expressed genes found in Crem knock-out (KO) mice compared to the number of gene loci bound by CREM. We therefore re-examined global gene expression in male mice lacking the Crem gene using whole genome transcriptomeanalysis with Affymetrix microarrays and compared the lists of differentially expressed genes from Crem-/- mice to a dataset of genes where binding of CREM was determined by Chip-seq. We determined the global effect ofCREM on spermatogenesis as well as distinguished between primary and secondary effects of the CREM absence. We demonstrated that the absence of Crem deregulates over 4700 genes in KO testis. Among them are 101 genes associated with spermatogenesis 41 of which are bound by CREM and are deregulated in Crem KO testis. Absence of several of these genes in mouse models has proven their importance for normal spermatogenesis and male fertility. Our study showed that the absence of Crem plays a more important role on different aspects of spermatogenesis as estimated previously, with itsimpact ranging from apoptosis induction to deregulation of major circadian clock genes, steroidogenesis and the cell-cell junction dynamics. Several new genes important for normal spermatogenesis and fertility are down-regulated inKO testis and are therefore possible novel targets of CREM.
Keywords: spermatogenesis, genetics, Crem, mice
Published in DKUM: 19.06.2017; Views: 1138; Downloads: 397
Full text (1,77 MB)
This document has many files! More... |
