| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 5 / 5
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Meta-analytic comparison of global RNA transcriptomes of acute and chronic myeloid leukemia cells reveals novel gene candidates governing myeloid malignancies
Staša Jurgec, Gregor Jezernik, Mario Gorenjak, Tomaž Büdefeld, Uroš Potočnik, 2022, original scientific article

Abstract: Despite advances in the understanding of genetic risk factors and molecular mechanisms underlying acute myeloid leukemia (AML) and chronic myeloid leukemia (CML), clinical outcomes of current therapies in terms of disease relapse and mortality rate pose a great economic and social burden. To overcome this, the identification of new molecular prognostic biomarkers and pharmacological targets is crucial. Recent studies have suggested that AML and CML may share common pathogenic mechanisms and cellular substrates. To this end, in the present study, global transcriptome profiles of AML and CML at the molecular and cellular level were directly compared using a combination of meta-analysis and modern statistics, and novel candidate genes and specific biological processes associated with the pathogenesis of AML and CML were characterized. Our study significantly improves our current understanding of myeloid leukemia and will help develop new therapeutic targets and biomarkers for disease progression, management and treatment response.
Keywords: AML, CML, meta-analysis, lincRNA, spliceosome
Published in DKUM: 05.12.2024; Views: 0; Downloads: 5
.pdf Full text (1,04 MB)
This document has many files! More...

2.
Molekularni in celični odziv na oksidativni stres, hipoksijo in naravne antioksidante, pridobljene s konvencionalno in superkritično ekstrakcijo, pri akutni in kronični mieloični levkemiji in vitro : doktorska disertacija
Staša Jurgec, 2023, doctoral dissertation

Abstract: Akutna mieloična levkemija (angl. Acute Myeloid Leukemia, AML) in kronična mieloična levkemija (angl. Chronic Myeloid Leukemia, CML) sta skupini hematoloških rakov, za kateri je značilna nekontrolirana delitev krvnih celic mieloične linije. Kljub napredku v poznavanju genetskih dejavnikov in molekularnih mehanizmov, ki lahko privedejo do AML in CML, so trenutno razpoložljivi načini zdravljenja nezadostni. Za boljše razumevanje patofiziologije nastanka in razvoja AML in CML smo v doktorski nalogi proučili uravnavanje celične redoks homeostaze pri tej skupini rakov. V prvem delu doktorske naloge izvedli meta-analizo transkriptomskih podatkov iz 4 študij CML in 1 študije AML. V drugem delu smo na celičnih linijah AML HL-60 in KASUMI1 in celičnih linijah CML K562 in Ku812F natančneje proučili vpliv oksidativnega stresa, povzročenega z vodikovim peroksidom, hipoksije in naravnih ekstraktov origana, konoplje in brusnice, pridobljenih s hladno maceracijo, ekstrakcijo z ultrazvokom in superkritično tekočinsko ekstrakcijo, na molekularnem in celičnem nivoju. Z meta-analizo transkriptomskih podatkov smo med prvimi 100 najbolj diferencialno izraženimi geni identificirali gen za nekodirajočo RNA LINC01554 in dva pseudogene RPS27AP20 in FAM133CP, ki predhodno še niso bili povezani z AML in CML, in potrdili, da se AML in CML razlikujeta v izražanju genov, poveznih z uravnavanjem redoks homeostaze. Izpostavitev oksidativnemu stresu je znižala celično rast/proliferacijo pri proučevanih celičnih linijah, pri tem pa je bil vpliv večji pri celičnih linijah AML kot CML. Oksidativni stres je še znižal metabolno aktivnost celice pri celičnih linijah AML in jo povišal pri celičnih linijah CML. Ugotovljene razlike v celični rasti/proliferaciji in metabolizmu med AML in CML v pogojih oksidativnega stresa so bile posledica zmanjšanega preživetja celičnih linij AML v primerjavi s celičnimi linijami CML in ne spremenjenega celičnega cikla. Na molekularnem nivoju so se proučevane celične linije razlikovale v izražanju AQP1, 3, 8, 9 in 11, SOD1, CAT in AATF. Tretiranje z ekstrakti je v pogojih oksidativnega stresa znižalo celično rast/proliferacijo pri celičnih linijah HL-60, KASUMI1 in K562 in povišalo količino reaktivnih kisikovih in dušikovih spojin (ROS/RNS) pri celični liniji HL-60 oziroma znižalo njihovo količino pri celični liniji KASUMI1. Ekstrakti niso vplivali na celično rast/proliferacijo pri celični linji Ku812F in na količino ROS/RNS pri celičnih linijah K562 in Ku812F. Znižana celična rast v prisotnosti oksidativnega stresa in ekstraktov je bila posledica zmanjšanega preživetja celic in ne spremenjenega celičnega cikla. Tretiranje z ekstrakti brusnice je povišalo izražanje SOD1 pri celični liniji Ku812F, v prisotnosti oksidativnega stresa in specifičnih ekstraktov pa smo ugotovili še razlike v izražanju SOD1, NQO1 in PRDX1 med proučevanimi celičnimi linijami. Hipoksija je znižala celično rast/proliferacijo pri vseh proučevanih celičnih linijah, pri tem pa so bile celične linije AML bolj dovzetne za vplive hipoksije kot celične linije CML. Še več, hipoksija je specifično znižala metabolizem celice pri celičnih linijah AML. Znižana rast/proliferacija in metabolizem celičnih linij AML v primerjavi s celičnmi linijami CML v hipoksiji sta bila posledica zmanjšanega preživetja in ne spremenjenega celičnega cikla. Rezultati doktorske naloge kažejo, da se AML in CML razlikujeta v molekularnem in celičnem odzivu na dejavnike, ki vplivajo na celično redoks homeostazo. Molekularni mehanizmi, ki omogočajo večjo dovzetnost AML za ROS/RNS, ki vodijo v znižanje celične rasti/proliferacije in preživetja celic, bi lahko v prihodnje predstavljali potencialne klinične tarče za nadzorovanje in zdravljenje te bolezni.
Keywords: AML, CML, oksidativni stres, hipoksija, naravni ekstrakt, RT-qPCR
Published in DKUM: 19.07.2023; Views: 662; Downloads: 72
.pdf Full text (3,23 MB)

3.
Biochemistry and molecular biology : instructions for laboratory exercises
Katja Repnik, Helena Sabina Čelešnik, Staša Jurgec, Uroš Potočnik, 2017, other educational material

Published in DKUM: 02.03.2021; Views: 1337; Downloads: 58
.pdf Full text (2,28 MB)

4.
Polymorphism of the IL13 gene may be associated with uterine leiomyomas in Slovenian women
Jovan Krsteski, Staša Jurgec, Maja Pakiž, Igor But, Uroš Potočnik, 2016, original scientific article

Abstract: Uterine leiomyomas (ULM) are a common cause of solid pelvic tumors in women. Their etiopathogenesis remains unclear. Interleukins (ILs) and their receptors can influence tumor biology of ULM. The aim of this study was to evaluate single nucleotide polymorphisms (SNPs) exhibited in the genes IL4 (rs2070874), IL4R (rs1801275), IL12RB1 (rs11575934), IL12B (rs6887695), IL13 (rs20541) and IL23R (rs7517847) as risk factors for ULM in Slovenian women and to identify associations between corresponding clinical parameters and the analyzed SNPs. In addition, solitary and multiple ULM were compared to identify clinical and/or genetic parameters influencing their occurrence. We conducted a case-control study that included 181 women with leiomyomas and 133 control subjects. Genotyping of selected SNPs was performed using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and high resolution melting (HRM) techniques. The TT genotype of rs20541 (IL13) was significantly associated with decreased risk of ULM compared to both the CC and CT genotypes [p = 0.018; odds ratio (OR) = 0.184; 95% confidence interval (95% CI) = 0.048-0.7121. Using genetic and clinical data to develop a predictive model with logistic regression, we found that adenomyosis, higher age at diagnosis, family history of ULM occurrence, earlier menarche, lower number of pregnancies and lower age at first sexual intercourse, the G allele and genotypes AG and GG of rs1801275 (IL4R) were associated with an increased risk of multiple ULM occurrence. We also found an association between rs20541 (IL13) and 17ß-estradiol serum levels in patients with multiple ULM (p 0.003). Our study showed, for the first time, that rs20541 (IL13) may contribute to susceptibility of ULM development and that rs1801275 (IL4R) can predispose patients to develop multiple ULM.
Keywords: genetic risk, uterine leiomyomas, ULM, single nucleotide polymorphism (SNP), IL13 gene
Published in DKUM: 30.03.2017; Views: 1661; Downloads: 357
.pdf Full text (478,01 KB)
This document has many files! More...

5.
ANALIZA POLIMORFIZMOV V IZBRANIH GENIH PRI BOLNICAH Z MIOMI MATERNICE
Staša Jurgec, 2011, undergraduate thesis

Abstract: Miomi so benigni tumorji maternice in so najpogostejši tumorji ženskih spolnih organov. So hormonsko odvisni tumorji, saj se pojavljajo le v rodnem obdobju, po menopavzi pa se njihova velikost zmanjša. Vzroki za nastanek in rast miomov so številni, vendar še ne popolnoma dokazani. Njihov pojav je odvisen od številnih interakcij med geni ter okoljem, raziskave pa so ugotovile tudi vpliv družinske predispozicije za nastanek miomov. Namen našega dela je bil ugotoviti ali so izbrani polimorfizmi v genih CYP17A1, ESR1, IL12B, IL12RB1, IL23R in PTPN22 povezani z nastankom miomov in raziskati razlike med epidemiološkimi in genetskimi dejavniki med skupinama bolnic in kontrol. Prav tako smo tudi poskušali ugotoviti ali obstajajo genetske razlike med skupinama bolnic s solitarnimi miomi ter multiplimi miomi. V študijo smo vključili 169 slovenskih bolnic z miomi in 133 zdravih posameznikov iz kontrolne skupine. Iz vzorcev krvi bolnic in zdravih kontrol, smo izolirali DNK ter izvedli genotipizacijo izbranih polimorfizmov z metodo PCR – RFLP in analizo fragmentov na agaroznem gelu. Pri primerjavi epidemioloških faktorjev med bolnicami in kontrolno skupino smo ugotovili, da lahko tveganje za nastanek multiplih miomov poveča zgodnja menarha, manjše število porodov, kajenje in pozitivna družinska anamneza. Z asociacijsko študijo smo ugotovili povezavo dveh polimorfizmov v genih CYP17A1 in IL12RB1 z boleznijo. Bolnice z multiplimi miomi so imele značilno nižji delež genotipa AA genskega polimorfizma rs743572 na genu CYP17A1 v primerjavi z zdravimi kontrolami. Genotip GG (oziroma alel G) tako predstavlja dejavnik tveganja za nastanek miomov, genotip AA pa zaščitni faktor. Pri analizi genskega polimorfizma rs11575934 na genu IL12RB1 smo prav tako ugotovili zaščitno delovanje genotipa AA pred pojavom te bolezni. Pri vseh drugih izbranih polimorfizmih značilne razlike med skupinami nismo našli. Naš rezultat nakazuje na potrebo po dodatnih raziskavah, s katerimi bi lahko polimorfizma na genih CYP17A1 in IL12RB1 potrdili kot genska označevalca za miome maternice. Analiza epidemioloških dejavnikov je pokazala na možne preventivne ukrepe, ki bi lahko ščitili pred nastankom oziroma ponovitvijo miomov maternice. S podobnimi raziskavami kot je bila naša, lahko tako prispevamo k boljšemu razumevanju te bolezni.
Keywords: Miomi maternice, polimorfizem posameznega nukleotida, polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov, asociacijska študija
Published in DKUM: 18.07.2011; Views: 4145; Downloads: 342
.pdf Full text (1,54 MB)

Search done in 0.15 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica