| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 5 / 5
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Optimizacija slikovnih operatorjev za segmentacijo mikroskopskih slik
Tomaž Avberšek, 2018, master's thesis

Abstract: Delo obravnava obdelavo mikroskopskih slik celic oz. tkiv na podlagi večstopenjske digitalne obdelave slik. Namen je bila optimizacija morfoloških operatorjev za segmentacijo mikroskopskih slik. V delu sta uporabljena Bayesova segmentacija in genetski algoritem pri iskanju dobrega kromosoma za optimiziranje rezultatov slikovne segmentacije. Pri učenju in testiranju smo uporabili slike modro in rjavo obarvanih celic z merilno skalo 50 μm. Učno množico je sestavljalo sedem, testno pa enajst slik velikosti 2088 x 1550 pikslov. Natančnost segmentacije je bila boljša pri rjavih pikslih in je v povprečju dosegla 76 odstotkov pri metriki pravilno pozitivno zaznanih pikslov. Z 51 odstotki pri isti metriki se je segmentacija modrega razreda odrezala precej slabše.
Keywords: genetski algoritem, segmentacija, celice, optimizacija, Bayes
Published in DKUM: 24.08.2018; Views: 1080; Downloads: 89
.pdf Full text (3,38 MB)
This document has many files! More...

2.
TMPRSS2:ERG gene aberrations may provide insight into pT stage in prostate cancer
Zoran Krstanoski, Nadja Kokalj-Vokač, Andreja Zagorac, Boris Pospihalj, Miha Munda, Sašo Džeroski, Rastko Golouh, 2016, original scientific article

Abstract: Background: TMPRSS2:ERG gene aberration may be a novel marker that improves risk stratification of prostate cancer before definitive cancer therapy, but studies have been inconclusive. Methods: The study cohort consisted of 202 operable prostate cancer Slovenian patients who underwent laparoscopic radical prostatectomy. We retrospectively constructed tissue microarrays of their prostatic specimens for fluorescence in situ hybridization, with appropriate signals obtained in 148 patients for subsequent statistical analyses. Results: The following genetic aberrations were found: TMPRSS2:ERG fusion, TMPRSS2 split (a non-ERG translocation) and ERG split (an ERG translocation without involvement of TMPRSS2). TMPRSS2:ERG gene fusion happened in 63 patients (42 %), TMPRSS2 split in 12 patients and ERG split in 8 patients. Association was tested between TMPRSS2:ERG gene fusion and several clinicopathological variables, i.e., pT stage, extended lymph node dissection status, and Gleason score, correcting for multiple comparisons. Only the association with pT stage was significant at p = 0.05: Of 62 patients with pT3 stage, 34 (55 %) had TMPRSS2:ERG gene fusion. In pT3 stage patients, stronger (but not significant) association between eLND status and TMPRSS2:ERG gene fusion was detected. We detected TMPRSS2:ERG gene fusion in 64 % of the pT3 stage patients where we did not perform an extended lymph node dissection. Conclusions: Our results indicate that it is possible to predict pT3 stage at final histology from TMPRSS2:ERG gene fusion at initial core needle biopsy. FISH determination of TMPRSS2:ERG gene fusion may be particularly useful for patients scheduled to undergo a radical prostatectomy in order to improve oncological and functional results.
Keywords: FISH, predicting pT stage, radical prostatectomy, prostate cancer, TMPRSS2:ERG fusion
Published in DKUM: 29.06.2017; Views: 1255; Downloads: 365
.pdf Full text (1,06 MB)
This document has many files! More...

3.
Morphometrical analysis of the p53 tissue marker in prostatic adenocarcinoma and its relationship to Gleason score and PSA level
Miha Munda, Barbara Dariš, Tine Hajdinjak, Rajko Kavalar, Draga Štiblar-Martinčič, 2013, original scientific article

Abstract: Namen: Rak prostate je v svetu zelo pogosta maligna bolezen. K natančnejši oceni bolezni bi lahko pripomogli tkivni označevalci, kot je na primer tudi p53. V vzorcih adenokarcinoma prostate slovenske populacje smo morfometrično analizirali izražanje p53 in njegovo povezavo z oceno po Gleasonu in vrednostjo PSA ter starostjo bolnikov. Metode: V retrospektivno pilotno študijo smo vključili 25 bolnikov z opravljeno radikalno prostatektomijo. Tkivni označevalec p53 smo določili imunohistokemično in ga izrazili kot indeks p53. Statistično smo poiskali povezave indeksa p53 z oceno po Gleasonu pred in po operaciji, vrednostjo PSA in starostjo bolnikov. Rezultati: Tkivni označevalec p53 je v raku prostate neenakomerno porazdeljen neodvisno od lokalnega Gleason vzorca, vendar korelira z oceno po Gleasonu po operaciji in mejno korelira z vrednostjo PSA. Statistično značilno so med seboj povezani tudi ocena po Gleasonu pred in po operaciji, vrednost PSA in starost bolnika. Zaključek: Potrdili smo, da ima p53 lahko napovedno vrednost kljub manjšemu številu primerov, vključenih v to raziskavo. Rezultati pilotne študije kažejo, da je p53 obetajoč tkivni označevalec in bi lahko bil uporaben kot dodatni diagnostični parameter.
Keywords: imunohistokemija, p53, prostata, rak (medicina), tkivni označevalci
Published in DKUM: 30.12.2015; Views: 1245; Downloads: 39
URL Link to full text

4.
5.
Vrednotenje izražanja in napovedna vrednost nekaterih tkivnih molekularnih označevalcev raka prostate
Miha Munda, 2012, doctoral dissertation

Abstract: Rak prostate je med vsemi rakavimi obolenji pri moških v Sloveniji in v svetu na prvem mestu. Kriteriji, ki so trenutno na razpolago za diagnozo raka prostate, pogosto poteka in izida bolezni ne predvidijo zadovoljivo. Pri odkrivanju in zdravljenju raka prostate so potrebni novi označevalci, ki bi omogočali natančnejšo opredelitev posameznikovega tveganja za nastanek in potek bolezni. Tkivni označevalci, še posebej tisti, ki označujejo apoptozo, proliferacijo in gostoto malih žil, so po našem mnenju eni izmed najpomembnejših, ki bi lahko dali večji vpogled in nova spoznanja o biologiji raka prostate. Korak naprej v ovrednotenju in razumevanju izražanja teh tkivnih označevalcev v raku prostate, bi lahko pripomogel k boljšemu razumevanju razvoja oz. patogeneze te bolezni, pomagal pri izbiri zdravljenja s čimmanj stranskimi učinki, lahko pa bi odprl tudi nova izhodišča v iskanju učinkovitejših terapij. Vzorce raka prostate iz prostatektomije, vklopljene v parafin, smo obarvali z imunohistokemično metodo za prikaz tkivnih označevalcev (p53, Caspase 3, bcl-2, CD105) in rezultate primerjali s podatki o starosti bolnika, vrednosti PSA, oceno po Gleasonu pred in po operaciji, stadijem T, oceno po D'Amicu in ponovitvijo bolezni. Ugotoviti smo želeli povezave med proliferacijsko in apoptotsko aktivnostjo, angiogenezo ter morfološkimi značilnostmi oz. s stopnjo razvitosti tumorja po Gleasonu. Razvili smo matematični model, ki upošteva apoptotsko/proliferacijske značilnosti označevalcev. Vrednosti matematičnega modela smo primerjali z enakimi parametri kakor vrednosti posameznih tkivnih označevalcev. Ugotavljali smo tudi, ali se skupini bolnikov z ocenama po Gleasonu 6 in 7 značilno razlikujeta med seboj. Rezultati raziskave so pokazali, da bi tkivna označevalca p53 in bcl-2 lahko imela napovedno vrednost, če ju izrazimo posamič kot indeks ali v matematičnem modelu. Tudi CD105, izražen kot gostota malih žil, je izkazal tendenco napovedne vrednosti, s katero v matematičnem modelu dopolni rezultate indeksa p53 in bcl-2. Caspase 3 se v tkivu raka prostate slabo izraža in ni povezan z nobenimi klinično pomembnimi vrednostmi. Pokazali smo tudi, da so rezultati boljši, če vrednosti posameznih tkivnih označevalcev integriramo v matematični model, kot če uporabimo označevalce posamič. Skupini bolnikov z oceno po Gleasonu 6 in 7 lahko ločimo tudi po izražanju tkivnih označevalcev in še bolj po vrednostih matematičnega modela. S podrobnejšim opisom izražanja nekaterih tkivnih označevalcev v raku prostate smo prispevali k boljšemu razumevanju biološkega poteka te bolezni tudi na slovenski populaciji. Tkivni označevalci p53, bcl-2, CD105 in še posebej na novo razviti matematični model smo dodali k veliki skupini označevalcev, katerih klinična napovedna vrednost potrebuje potrditev z več raziskavami.
Keywords: imunohistokemija, tkivni označevalci, rak prostate, p53, bcl-2, Caspase 3, CD105, matematični model
Published in DKUM: 15.01.2013; Views: 2780; Downloads: 324
.pdf Full text (5,65 MB)

Search done in 0.09 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica