Search the digital library catalog

Query:	search in
	search in
	search in
	search in
Work type:	* old and bologna study programme
Language:
Search in:
Options:	Show only hits with full text
	Reset

1 - 2 / 2

Mehanizem stabilizacije humanega transportnega proteina transtiretina z rožmarinsko kislino
Meta Kočevar, 2024, master's thesis

Abstract: Dedna transtiretinska amiloidoza je avtosomno dominantna bolezen. Nastane kot posledica mutacije v proteinu transtiretinu. Mutacije povzročajo strukturne spremembe proteina, ki jim sledi disociacija v monomere in kasneje agregacija monomerov ter tvorba amiloidnih vlakenc. Vlakenca se nalagajo v tkivih kot so živčevje, srce in ledvice. Nestabilno strukturo proteina, ki jo povzročajo mutacije, je možno stabilizirati z vezavo majhnih molekul na protein. Ena izmed takšnih molekul je rožmarinska kislina. V magistrskem delu smo z uporabo računalniških simulacij molekulske dinamike ugotavljali, kako mutacija V30M vpliva na stabilnost strukture proteina transtiretina. Na protein smo vezali tudi rožmarinsko kislino in opazovali, ali se z vezavo stabilnost proteina spremeni. Pri tem smo uporabili dva različna načina parametrizacije polja sil za rožmarinsko kislino. Za pripravo 6 simulacij molekulske dinamike smo uporabili program CHARMM-GUI, za samo izvedbo simulacij pa program NAMD. Rezultate smo vizualno pregledali in analizirali s programoma Chimera in Cytoscape. Analiza trajektorij molekulskih dinamik je obsegala izračun srednjega kvadrata odstopanja, analizo vodikovih vezi in analizo vseh nekovalentnih kontaktov. Rezultati, ki smo jih pri tem dobili, kažejo, da mutacija V30M povzroči manj stabilno strukturo transtiretina. Avtomatsko parametrizirana rožmarinska kislina na stabilnost kompleksa protein-ligand za nemutirani protein ni imela velikega vpliva, medtem ko je ročno parametrizirana rožmarinska kislina zmanjšala število kontaktov med nemutiranim proteinom in ligandom. V primeru vezave ročno parametrizirane rožmarinske kisline pa smo zaznali veliko število kontaktov med proteinom in ligandom. Ob vezavi rožmarinske kisline na nemutirani protein smo zaznali manjšo stabilnost proteina. Vezava rožmarinske kisline na mutirani protein pa izboljša stabilnost proteina.
Keywords: transtiretin, transtiretinska amiloidoza, rožmarinska kislina, simulacije molekulske dinamike, polje sil, stabilnost proteina
Published in DKUM: 10.10.2024; Views: 0; Downloads: 25
Full text (4,82 MB)

Sinteza funkcionaliziranih magnetnih nanodelcev z mikrovalovno pečico za uporabo v procesu napredne osmoze : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Meta Kočevar, 2022, undergraduate thesis

Abstract: Konvencionalne tehnologije čiščenja vode so v preteklih letih zelo pripomogle k čiščenju odpadnih voda, vendar so vedno večje potrebe po čisti pitni vodi te tehnologije potisnile do njihovih skrajnih meja. Ena izmed rešitev problema čiščenja vode je proces napredne osmoze, ki za svoje delovanje potrebuje gonilno raztopino, ki ustvarja ustrezen osmotski tlak. V sklopu diplomske naloge smo sintetizirali magnetne nanodelce (MND) v mikrovalovni pečici in jih uspešno funkcionalizirali s (poli)akrilno kislino. Preučevali smo, kako vplivata čas in temperatura sinteze na končni osmotski tlak pripravljenih raztopin. Potrdili smo, da tako daljši čas kot tudi višja temperatura pri sintezi pripomoreta k višjemu osmotskemu tlaku raztopine MND. Visoki osmotski tlaki sintetiziranih magentnih nanodelcev nakazujejo, da bi takšne raztopine lahko uporabili kot gonilne raztopine v procesu napredne osmoze. MND smo karakterizirali s Fourierovo transformacijsko infrardečo spektroskopijo (FTIR), termogravimetrično analizo (TGA), dinamičnim sipanjem svetlobe (DLS), rentgensko praškovno difrakcijo (RTG) ter z merjenjem osmotskega tlaka. S pomočjo karakterizacije smo ugotovili, da so sintetizirani nanodelci mešanica goetita in maghemita. V diplomski nalogi so predstavljeni rezultati in meritve vseh opravljenih sintez, kot tudi diskusija rezultatov.
Keywords: magnetni nanodelci, poli(akrilna kislina), mikrovalovna sinteza, napredna osmoza, osmotski tlak
Published in DKUM: 14.09.2022; Views: 745; Downloads: 121
Full text (2,88 MB)

Search done in 0.08 sec.