| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 10 / 19
First pagePrevious page12Next pageLast page
1.
Medication use in uncontrolled pediatric asthma : results from the SysPharmPediA study
Amir Hossein Alizadeh Bahmani, Elise M. A. Slob, Lizan D. Bloemsma, Susanne Brandstetter, Paula Corcuerea, Mario Gorenjak, Susanne Harner, Simone Hashimoto, Anna M. Hedman, Michael Kabesch, Uroš Potočnik, 2023, original scientific article

Abstract: Background Uncontrolled pediatric asthma has a large impact on patients and their caregivers. More insight into determinants of uncontrolled asthma is needed. We aim to compare treatment regimens, inhaler techniques, medication adherence and other characteristics of children with controlled and uncontrolled asthma in the: Systems Pharmacology approach to uncontrolled Paediatric Asthma (SysPharmPediA) study. Material and methods 145 children with moderate to severe doctor-diagnosed asthma (91 uncontrolled and 54 controlled) aged 6–17 years were enrolled in this multicountry, (Germany, Slovenia, Spain, and the Netherlands) observational, case-control study. The definition of uncontrolled asthma was based on asthma symptoms and/or exacerbations in the past year. Patient-reported adherence and clinician-reported medication use were assessed, as well as lung function and inhalation technique. A logistic regression model was fitted to assess determinants of uncontrolled pediatric asthma. Results Children in higher asthma treatment steps had a higher risk of uncontrolled asthma (OR (95%CI): 3.30 (1.56–7.19)). The risk of uncontrolled asthma was associated with a larger change in FEV1% predicted post and pre-salbutamol (OR (95%CI): 1.08 (1.02–1.15)). Adherence and inhaler techniques were not associated with risk of uncontrolled asthma in this population. Conclusion This study showed that children with uncontrolled moderate-to-severe asthma were treated in higher treatment steps compared to their controlled peers, but still showed a higher reversibility response to salbutamol. Self-reported adherence and inhaler technique scores did not differ between controlled and uncontrolled asthmatic children. Other determinants, such as environmental factors and differences in biological profiles, may influence the risk of uncontrolled asthma in this moderate to severe asthmatic population.
Keywords: pediatric asthma, asthma control, uncontrolled asthma, medication, adherence, inhaler technique
Published in DKUM: 16.08.2023; Views: 278; Downloads: 17
.pdf Full text (639,57 KB)
This document has many files! More...

2.
A system pharmacology multi-omics approach toward uncontrolled pediatric asthma
Mahmoud I. Abdel-Aziz, Mario Gorenjak, Uroš Potočnik, 2021, original scientific article

Abstract: There is a clinical need to identify children with poor asthma control as early as possible, to optimize treatment and/or to find therapeutic alternatives. Here, we present the “Systems Pharmacology Approach to Uncontrolled Pediatric Asthma” (SysPharmPediA) study, which aims to establish a pediatric cohort of moderate-to-severe uncontrolled and controlled patients with asthma, to investigate pathophysiological mechanisms underlying uncontrolled moderate-to-severe asthma in children on maintenance treatment, using a multi-omics systems medicine approach. In this multicenter observational case–control study, moderate-to-severe asthmatic children (age; 6–17 years) were included from four European countries (Netherlands, Germany, Spain, and Slovenia). Subjects were classified based on asthma control and number of exacerbations. Demographics, current and past patient/family history, and clinical characteristics were collected. In addition, systems-wide omics layers, including epi(genomics), transcriptomics, microbiome, proteomics, and metabolomics were evaluated from multiple samples. In all, 145 children were included in this cohort, 91 with uncontrolled (median age = 12 years, 43% females) and 54 with controlled asthma (median age = 11.7 years, 37% females). The two groups did not show statistically significant differences in age, sex, and body mass index z-score distribution. Comprehensive information and diverse noninvasive biosampling procedures for various omics analyses will provide the opportunity to delineate underlying pathophysiological mechanisms of moderate-to-severe uncontrolled pediatric asthma. This eventually might reveal novel biomarkers, which could potentially be used for noninvasive personalized diagnostics and/or treatment.
Keywords: pediatric asthma, uncontrolled asthma, omics, systems medicine
Published in DKUM: 02.08.2023; Views: 210; Downloads: 15
.pdf Full text (1,29 MB)
This document has many files! More...

3.
Primerjava učinkovitosti izvedbe in ponovljivosti rezultatov bioinformatskih analiz RNA sekvenciranja med različnimi posodobitvami programskega okolja R
Veronika Dolšak, 2023, master's thesis

Abstract: Izhodišče: Razvoj tehnologije sekvenciranja naslednje generacije je močno pospešil hitrost pridobivanja velike količine podatkov sekvenciranja, ki potrebujejo nadaljnje bioinformatske analize, posledično pa je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov. Pogosta izbira za analizo podatkov RNA-sekvenciranja (RNA-seq) za odkrivanje genov in poti diferencialnega izražanja genov z zagotavljanjem popolne analize so programski paketi Bioconductor, namenjeni za delo v programskem okolju R. Različice programskega okolja R se pogosto nadgrajujejo, zaradi česar se v praksi opazi različno učinkovitost, kar lahko vpliva na primerljivost rezultatov analiz RNA-seq, analiziranih z več različicami programskega okolja R. Metode: Surove podatke RNA-seq smo analizirali z uporabo programskih orodij Bioconductor: Rsubread, edgeR in limma, in to v več različicah programskega okolja R: R 3.5, R 3.6, R 4.0, R 4.1 in R 4.2. Rezultati: Rezultati primerjav učinkovitosti poravnave s programskim orodjem Rsubred kažejo statistično pomembne razlike med primerjavami R 4.2 z ostalimi različicami programskega okolja R, prav tako se kažejo statistično pomembne razlike v rezultatih primerjav analize diferencialnega izražanja genov, pridobljenih z istim cevovodom ukazov med različico R 4.2 in ostalimi različicami R ter med različico R 3.5 in ostalimi različicami R. Diskusija: Iz rezultatov smo ugotovili, da je treba izvajati analizo podatkov RNA-seq z najnovejšo posodobljeno različico programskega okolja R in najnovejšimi različicami programskih orodij Bioconduktor, kar je še posebnega pomena, kadar izvajamo metaanalizo podatkov RNA-seq iz različnih neodvisnih študij.
Keywords: RNA-sekvenciranje, diferencialno izražanja genov, R, bioinformatika
Published in DKUM: 13.07.2023; Views: 211; Downloads: 33
.pdf Full text (2,09 MB)

4.
Use of peripheral venous blood gas analysis and oximetry to assess respiratory failure in the emergency department
Jerneja Golub, Mario Gorenjak, Eva Žuran Pilinger, Amadeus Lešnik, Andrej Markota, 2021, original scientific article

Keywords: acute respiratory failure, dyspnea, arterial blood gas analysis, hypercapnia, pulse oximetry
Published in DKUM: 22.01.2023; Views: 423; Downloads: 32
.pdf Full text (587,04 KB)
This document has many files! More...
This document is also a collection of 1 document!

5.
Primerjava števila in kvalitete imputacije genotipov polimorfizmov posameznega nukleotida pridobljenih s HRC in TOPMed imputacijskim serverjem
Almir Softić, 2022, master's thesis

Abstract: Uvod: Imputacija genotipskih podatkov je postala že vsakdanje orodje za uporabo na področju človeške genetike, ki predvideva in vstavlja manjkajoče genetske podatke med posameznimi biooznačevalci glede na različice, ki so že določene na referenčnem panelu predhodno sekvenciranih posameznikov. Učinkovitost trenutnih metod imputacije je privedla do pojava brezplačnih spletnih storitev imputacije genotipa, ki bistveno povečajo statistično moč ter so bistvenega pomena pri metaanalizah gensko povezanih študij. Metode: Za pripravo surovih genotipskih podatkov na imputacijo smo uporabili program PLINK, programski jezik R in operacijski sistem Linux. Datoteke smo naložili na Michigan (HRC za ang. Haplotype Reference Consortium) in TOPMed imputacijska strežnika, jih po imputaciji ustrezno združili ter prešteli filtrirane (Rsq > 0,3) in nefiltrirane (Rsq > 0,0) različice. Rezultate smo statistično primerjali in dokazali, kateri imputacijski strežnik je učinkovitejši. Rezultati: Na podlagi Wilcoxonovega testa predznačenih rangov pri številu nefiltriranih različic in statistične primerjave filtriranih različic (Rsq > 0,3) s pomočjo parnega T-testa smo na podlagi obeh testov ugotovili, da lahko s strežnikom TopMED panel statistično značilno imputiramo večje število manjkajočih polimorfizmov kot s strežnikom HRC. Razprava in sklep: Z uporabo dveh imputacijskih strežnikov smo dokazali, da pride do bistvenih razlik pri številu imputiranih različic in je za kvaliteto študije pomembno, katerega se raziskovalec odloči uporabiti v praksi.
Keywords: genotip, imputacija, TOPMed, HRC, imputacijski strežnik
Published in DKUM: 19.12.2022; Views: 414; Downloads: 30
.pdf Full text (794,87 KB)

6.
Primerjava bioinformatskih orodij za anotacijo podatkov eksoma pridobljenih z dna sekvenciranjem naslednje generacije
Miklavž Toplak, 2021, master's thesis

Abstract: Uvod: Genomska anotacija je ključen korak po sekvenciranju DNA, saj nam pomaga identificirati ključne funkcionalne elemente nukleotidnega zaporedja ter nam s tem priskrbi pomen nukleotidnega zaporedja, ki nas zanima. Eksom je definiran kot nukleotidno zaporedje, ki obsega vse eksome vseh genov, ki kodirajo proteine v genomu. Eksom predstavlja med 1 in 2 % celotnega genoma, vsebuje pa kar 85 % znanih različic, ki povzročajo bolezni. Metode: V empiričnem delu naloge smo v začetku zbrali vsa izbrana orodja za anotacijo in jih naložili na naš namizni računalnik, nato pa smo z vsakim od orodij izvedli anotacijo na podatkih pridobljenih v laboratoriju Centra za humano molekularno genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete Univerze v Mariboru s sekvenciranjem naslednje generacije DNA izoliranih iz 24 bolnikov. Podatke sekvenciranja eksoma v VCF formatu smo analiziraliz bioinformatskimi orodji ANNOVAR, Exomiser, VarAFT, SnpEff in Ensembl VEP. Vsa orodja z izjemo VarAFT so orodja, ki se zaganjajo iz ukaznega poziva, medtem ko VafAFT deluje kot samostojna aplikacija. Ko smo zaključili z anotacijo vseh vzorcev, smo v teh anotiranih vzorcih skušali poiskati vzročne mutacije, ki smo jih pridobili predhodno, pri čemer smo uporabili tudi orodje za filtriranje SnpSift. Rezultati: Rezultati anotacije z izbranimi orodji so se med posameznimi orodji nekoliko razlikovali pri vrednostih vmesnih parametrov, ki jih orodja izračunajo na podlagi svojih algoritmov, medtem ko smo pri zaznavanju tipov in lokacij različic ter tega, kaj določena različica povzroči, dobili dokaj podobne rezultate. Rezultati primerjave orodij, ki smo jo izvedli na podlagi tega, ali je orodje zaznalo vzročno mutacijo v vzorcu, pa so nam pokazali, da se orodja med seboj kar precej razlikujejo, saj je orodje ANNOVAR zaznalo 50 % vseh vzročnih mutacij, VarAFT 35,7 %, Exomiser 28,5 %, medtem ko sta orodji SnpEff in VEP zaznali le 21,4 % vseh vzročnih mutacij. Diskusija: Ugotovili smo, da je bilo orodje ANNOVAR najuspešnejše pri zaznavanju vzročnih mutacij. Zaradi majhnega števila vzorcev (14 vzročnih mutacij v 24 vzorcih) bo rezultate naše primerjave učinkovitosti preiskovanih orodij potrebno potrditi še na večjem številu vzorcev.
Keywords: NGS, anotacija, bioinformatika, eksom
Published in DKUM: 10.01.2022; Views: 1033; Downloads: 95
.pdf Full text (7,93 MB)

7.
Kontrola kvalitete podatkov pridobljenih z mikromrežami za genotipizacijo DNA polimorfizmov
Ana Konrad, 2021, master's thesis

Abstract: Uvod: V raziskavah z uporabo mikromrež lahko različni faktorji vodijo do uvedbe sistematičnih pristranskosti in napak v študiji, zato je pomemben korak v vsaki raziskavi kontrola kvalitete podatkov. Z njo se odstranijo napačni ali pomanjkljivi podatki, kot so lažno pozitivne in negativne vrednosti, ki lahko pomembno vplivajo na rezultate analize. S predhodno izvedbo kontrole kvalitete lahko zagotovimo zanesljivejše končne rezultate analiz. V naši nalogi smo želeli dokazati pomembnost kontrole kvalitete pri podatkih za tri različne bolezni, ki smo jih pridobili z mikromrežami za genotipizacijo DNA polimorfizmov, tako da smo primerjali rezultate asociacijskih analiz pred opravljeno kontrolo podatkov in po njej. Metode: Za asociacijsko analizo in kontrolo kvalitete podatkov smo uporabili program PLINK in programski jezik R. Rezultate pred kontrolo kvalitete in po njej smo grafično predstavili ter izračunali genomski inflacijski faktor lambda. Razliko med rezultati asociacijskih analiz smo statistično ovrednotili z Wilcoxonovim testom predznačenih rangov. Rezultati: Z Wilcoxonovim testom predznačenih rangov smo ugotovili, da se rezultati asociacijskih analiz, pridobljeni pred kontrolo kvalitete podatkov in po njej statistično značilno razlikujejo (p-vrednost za bolezen 1 < 2,2 × 10-16, p za bolezen 2 = 0,0003181 in p za bolezen 3 < 2,2 × 10-16). Razliko med podatki asociacijskih analiz, pridobljenimi pred kontrolo podatkov in po njej, smo dokazali tudi z grafičnim prikazom lambda vrednosti, iz katerega je razvidno, da je lambda vrednost po kontroli kvalitete bližje 1, kar pomeni, da smo uspešno odstranili lažno pozitivne in negativne vrednosti. Razprava in sklep: V nalogi smo dokazali, da kontrola kvalitete močno vpliva na končne rezultate analize in je zato zelo pomemben korak v analizi podatkov, pridobljenih z mikromrežami za genotipizacijo DNA polimorfizmov.
Keywords: kontrola kvalitete, mikromreže, asociacijska analiza, PLINK, R
Published in DKUM: 24.12.2021; Views: 574; Downloads: 38
.pdf Full text (1,15 MB)

8.
Integracija genske ontologije, transkriptomike in genomike za identifikacijo genetskih lokusov povezanih s pljučno funkcijo pri otrocih z astmo, ki se zdravijo z inhalacijskimi kortikosteroidi
Martina Krušič, 2021, master's thesis

Abstract: Uvod: Astma je heterogena respiratorna bolezen, ki pogosto prizadene tudi otroško populacijo. Simptomi astme se glede na resnost razlikujejo, zdravljenje pa najpogosteje poteka z inhalacijskimi kortikosteroidi (ICS). Odziv na zdravljenje je heterogen in genetsko pogojen. V okviru naše študije smo z uporabo integracije - omik identificirali nove genetske lokuse, povezane z odzivom na ICS. Metode: Z uporabo različnih podatkovnih baz smo pridobili podatke o genih, ki smo jih analizirali z različnimi pristopi znotraj orodij in aplikacij. Statistično značilne signale smo preverili z RNA-seq analizo, v katero smo vključili šest posameznikov slovenskega porekla. Za tri najbolj statistično značilne gene smo izvedli še asociacijsko analizo in jih funkcijsko ovrednotili. Rezultati: S pojmi genske ontologije smo povezali 47 različnih genov, v nadaljevanju pa smo z RNA-seq analizo potrdili tri gene, GNAS (p = 9,18 × 10^-4), CREBBP (p = 1,28 × 10^-3) in EP300 (p = 2,73 × 10^-3), statistično značilno povezane z odzivom na ICS. Z asociacijsko analizo smo pregledali področje ±100 kbp od predhodno navedenih genov, pri čemer je šest SNP-jev doseglo statistično značilno povezavo z ICS-jem. SNP-ja rs236729 in rs118065748 smo v nadaljevanju tudi ovrednotili z uporabo in silico funkcijske analize. Razprava in sklep: Z integracijo - omik smo uspešno identificirali šest SNP-jev, ki so povezani z odzivom na ICS.
Keywords: otroška astma, FEV1, inhalacijski kortikosteroidi, pljučna funkcija
Published in DKUM: 09.09.2021; Views: 928; Downloads: 112
.pdf Full text (2,78 MB)

9.
Implementacija avtomatiziranega pristopa k analizi podatkov DNA sekvenciranja
Dragana Bjelić, 2020, master's thesis

Abstract: Uvod: Z razvojem tehnologije sekvenciranja DNA in naraščanjem podatkov se povečuje tudi potreba po kvalitetni analizi in interpretaciji podatkov. Prav tako sta pomembna hitrost in zanesljivost klasificiranja posameznikov za določen genotip. Pri metodi sekvenciranja naslednje generacije (NGS) to klasificiranje temelji na klicanju različic, ki je sklepanje, da na določenem mestu obstaja razlika v nukleotidu v primerjavi z referenčnim nukleotidnim zaporedjem. Surovi podatki pridobljeni z NGS analizo so podani v datoteki VCF (ang. variant call format), kjer je v tabeli potencialnih različic oziroma kandidatnih genotipov v spremenljivki Filter pogosto uporabljena oznaka PASS za različice oziroma genotipe za katere je klasifikator nevronske mreže podal višjo verjetnost nereferenčnega klica genotipa kot za referenco, tj. zanesljiv klic različice. V magistrskem delu želimo s primerjavo števila klicanih različic in PASS različic med obstoječim in nadgrajenim pristopom pokazati pomembnost posodobitev programskih orodij. Metode: V empiričnem delu smo implementirali avtomatiziran pristop k analizi podatkov DNA sekvenciranja, ki je nadgradnja obstoječega protokola analize, ki je na razpolago na aparatu Illumina Miseq. V našem nadgrajenem protokolu smo namesto modula GATK Variant Caller iz različice v1.6. obstoječega orodja na aparatu Illumina MiSeq uporabili modul Haplotype Caller pridobljenega iz programskega paketa GATK v3.8. Haplotype Caller je natančnejši, saj zavrne podatke o poravnavi okoli položaja, kjer se sumi na različico in ponovno prebere odčitke v tej regiji. Prav tako smo nadgradili algoritem poravnave nukleotidnih zaporedij iz različice 0.7.9 v obstoječem protokolu na 0.7.12, ki nam z nadgradnjo omogoča HLA tipizacijo. Protokol smo nadgradili tudi s predhodnim obrezovanjem tehničnih nukleotidnih zaporedij. Na koncu smo analizo števila klicanih različic in PASS različic med obema pristopoma ovrednotili v programskem okolju R z Wilcoxon-ovim statističnim testom. Rezultati: Rezultati Wilcoxon-ovega testa so pokazali močno statistično značilno razliko med odkritim številom klicanih različic in PASS različic med nadgrajenim in obstoječim pristopom, pri čemer je nadgrajen pristop v povprečju odkril 26-krat več klicanih različic in 33 krat več PASS različic, od tega 5 pozitivnih PASS različic pomembnih za diagnozo od 12, kar pomeni 41,7 %. Diskusija: Ugotovili smo, da je nadgrajen tekoči trak ukazov za analizo nukleotidnega zaporedja DNA učinkovitejši, saj odkrije več klicanih in PASS različic.
Keywords: NGS, bioinformatika, sekvenciranje, Illumina MiSeq
Published in DKUM: 21.09.2020; Views: 1236; Downloads: 237
.pdf Full text (7,38 MB)

10.
Molekularna patogeneza revmatoidnega artritisa in osteoartritisa z uporabo genske ontologije
Anja Grušovnik, 2019, master's thesis

Abstract: Revmatoidni artritis in osteoartritis sta najpogosteje prisotni vrsti artritisa. Osteoartritis je primarno degenerativna bolezen sklepov, revmatoidni artritis pa je kronična avtoimunska bolezen. Obe bolezni sta z genetskega vidika kompleksni. Z revmatoidnim artritisom je do danes povezanih približno 100 lokusov, z osteoartritisom pa 64. Glavni namen naloge je bil s pomočjo uporabe asociacijskih študij, genske ontologije in bioinformatskih orodij odkriti molekularne biološke poti in procese, ki so odgovorni za nastanek in razvoj obeh bolezni ter jih med seboj primerjati. Dve izmed glavnih metod raziskovanja patofizologije sta genska ontologija in asociacijske študije celotnega genoma. Izvedena je bila meta-statistična analiza več polimorfizmov za obe bolezni. Uporabili smo različna bioinformatska orodja. Izdelana je bila tudi vizualizacija omrežij molekularnih interakcij in bioloških poti. Pri meta-statistični analizi izbranih polimorfizmov za osteoartritis je bil DVWA edini signifikanten gen, pri revmatoidnem artritisu pa PTPN22, CTLA4, STAT4, AFF3, CD40 in KIF5A. Rezultati programa DAVID so podali 2 signifikantna klastra za osteoartritis ter 13 signifikantnih klastrov za revmatoidni artritis. Bolezni si delita 260 skupnih ključev genske ontologije in 31 genov. Pri vizualiziranih mrežah bioloških poti smo lahko našli nekatere podobnosti, zlasti pri pozitivnih in negativnih regulacijah bioloških procesov; zanimive so bile tudi podobnosti znotraj imunskega sistema in ubikvitinacije. Naše domneve so tako bile utemeljene: z GWA študijami in pristopom genske ontologije smo lahko zbrali podatke in izpostavili pomembne biološke procese obeh bolezni ter jih med seboj primerjali. Izkazalo se je tudi, da so nekatere molekularne interakcije in biološke poti primerljive.
Keywords: GWAS, meta-statistična analiza, DAVID, Cytoscape, vizualizacija
Published in DKUM: 11.11.2019; Views: 1572; Downloads: 145  (1 vote)
.pdf Full text (4,85 MB)

Search done in 0.76 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica