| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 10 / 37
First pagePrevious page1234Next pageLast page
1.
2.
Epidemiološki in mikrobiološki pristopi za spremljanje bolnišničnih okužb v UKC Maribor
Božena Kotnik Kevorkijan, 2019, doctoral dissertation

Abstract: Bolnišnične okužbe (BO) so okužbe, povezane z zdravstveno oskrbo (OPZ), ki nastanejo v bolnišnici in predstavljajo najpogostejši zaplet zdravljenja v bolnišnici. Spremljanje njihove pogostosti se lahko uporablja kot kazalnik kakovosti za bolnišnice. K spremljanju spreminjanja pogostosti BO lahko pristopimo tudi s ponavljajočimi se presečnimi raziskavami BO. Evropski center za preprečevanje in obvladovanje bolezni (angl. European Centre for Disease Prevention and Control, ECDC) vsakih pet let koordinira izvedbo evropske presečne raziskave BO. Leta 2011 smo v Sloveniji opravili drugo Slovensko nacionalno presečno raziskavo BO (SNPRBO II), prevalenčno presečno raziskavo na dan (angl. point prevalence survey - PPS) v okviru evropske prevalenčne presečne raziskave BO. V raziskavi je sodeloval tudi Univerzitetni klinični center (UKC) Maribor. Visoko usposobljena zdravnica za obvladovanje in preprečevanje BO (ZOBO) je v UKC Maribor opravila vzporedno validacijo metode zbiranja podatkov, ki so jih zbrali anketarji v skladu s standardizirano metodologijo zbiranja podatkov, ki jo priporoča ECDC. Preverila je pravilnost zabeleženih podatkov za vse bolnike, pri katerih so anketarji prepoznali BO, in za vsakega petega bolnika, pri katerem anketarji niso prepoznali BO. Ob spremljanju širjenja mikroorganizmov znotraj bolnišnice in prepoznavanju izbruhov je pomembna tipizacija mikroorganizmov, ki so povzročili BO. V UKC Maribor smo se odločili za tipizacijo proti meticilinu odpornih zlatih stafilokokov (angl. Methicillin resistant Staphylococcus aureus, MRSA), saj je spremljanje MRSA obvezni kazalnik kakovosti v slovenskih bolnišnicah. Tipizirali smo tudi bakterijo Clostridium difficile (CD), saj marsikje v zdravstveno razvitih državah CD predstavlja kazalnik kakovosti in povzroča klinično pomembne okužbe. Za MRSA smo uporabili spa tipizacijo, za CD pa ribotipizacijo. Cilji doktorske naloge so vključevali: razvoj modificirane, delovno intenzivnejše metode za validacijo uporabljene »običajne ECDC metode« za prepoznavanje BO v presečni raziskavi (»modificirana ECDC metoda«); ocenili smo prevalence BO ob uporabi »običajne ECDC metode« in »modificirane ECDC metode«, razvite v okviru doktorske naloge; občutljivost in specifičnost »običajne ECDC metode« za prepoznavanje BO v primerjavi z »modificirano ECDC metodo« ter potrebo po nadomestitvi »običajne ECDC metodo« z našo »modificirano ECDC metodo«. Opisali smo značilnosti bolnikov, vključenih v presečno raziskavo, izpostavljenost invazivnim postopkom, BO, izolirane mikroorganizme in odpornost nekaterih mikroorganizmov na izbrane antibiotike ali skupine antibiotikov, ter uporabo antibiotikov. Spremljali smo dva izbrana povzročitelja BO, MRSA in CD, v časovnem obdobju enega leta in ocenili pomen molekularnih tipizacij za prepoznavanje in nadzor BO. V PPS smo vključili 991 bolnikov, to je vse bolnike, ki so bili hospitalizirani v UKC Maribor na dan raziskave. O vsakem smo zabeležili številne podatke, tudi o dejavnikih tveganja za BO, zdravljenju s protimikrobnimi sredstvi in BO. Z obema metodama smo prepoznali 52 bolnikov, ki so na dan raziskave imeli vsaj eno BO oziroma so bili na dan raziskave še vedno zdravljeni zaradi BO. Ustrezna ocena prevalence BO je bila 5,2 % (s 95 % intervalom zaupanja 3,9 % - 6,8 %). Največ BO so imeli bolniki v enotah za intenzivno zdravljenje (EIZ) 25,0 %, na kirurških oddelkih je imelo BO 6,2 % bolnikov, na ginekološkem in porodnem oddelku 4,4 %, na internih oddelkih 3,1 % bolnikov. Z univariatnimi in multivariatnimi analizami smo opredelili neodvisne dejavnike tveganja za BO: prisotnost vsadka v zadnjem letu, prisotnost urinskega katetra, operacija v zadnjih 30 dneh in intubacija. Skupno smo prepoznali 66 BO. Najpogostejše so bile okužbe spodnjih dihal (25 %), okužbe kirurške rane in okužbe sečil. 9 % BO je bilo prisotnih že ob sprejemu bolnika v UKC Maribor, 91 % BO pa je bilo pridobljenih v času aktualne hospitalizacije, največ v obdobju 4.–7. dne po sprejemu. V
Keywords: bolnišnične okužbe, presečna raziskava, prevalenca, proti meticilinu odporen Staphylococcus aureus - MRSA, Clostridium difficile, spa tipizacija, ribotipizacija
Published: 14.01.2020; Views: 562; Downloads: 117
.pdf Full text (2,01 MB)

3.
Interakcije različnih sevov bakterije Clostridium difficile s črevesno mikrobioto
Sabina Horvat, 2019, doctoral dissertation

Abstract: Bakterija Clostridium difficile (Clostridioides difficile) povzroča črevesne okužbe, ki se najpogosteje kažejo kot lažja driska ali kolitis, redkeje pa kot pseudomembranozni kolitis. Okužba s C. difficile se najpogosteje razvije pri starejših hospitaliziranih bolnikih zaradi zdravljenja z antibiotiki širokega spektra, saj je predpogoj za uspešno kolonizacijo s C. difficile porušena črevesna mikrobiota. V zadnjem času je opazen porast okužb tudi pri mlajših generacijah, ki niso bile v stiku z bolnišničnim okoljem in niso prejemale antibiotične terapije. Mehanizmi kolonizacijske rezistence (tj. odpornosti), s katerimi funkcionalna črevesna mikrobiota preprečuje kolonizacijo in posledično okužbo s C. difficile, so relativno dobro raziskani. Ni pa znano, ali in kako C. difficile vpliva na črevesno mikrobioto med okužbo. V okviru doktorske naloge smo želeli ugotoviti, ali obstaja vpliv bakterije C. difficile na fekalno mikrobioto, ki je dober približek črevesni mikrobioti. Različne tipe fekalne mikrobiote (nezrelo, zdravo in porušeno) smo gojili in vitro ob prisotnosti vegetativnih celic C. difficile in/ali izrabljenega gojišča C. difficile. Testirali smo različne netoksigene in toksigene seve C. difficile različnih PCR-ribotipov, in sicer 010, 014/020, 027, 078 in 176, ki so v Evropi najbolj razširjeni. Za primerjavo smo fekalno mikrobioto gojili v izrabljenih gojiščih drugih bakterijskih vrst (Escherichia coli, Salmonella enterica serovar Enteritidis in Staphylococcus epidermidis). Spremembam v sestavi in pestrosti fekalne mikrobiote v različnih razmerah smo sledili s sekvenciranjem 16S-metagenoma na platformi MiSeq Illumina. V kokulturah fekalne mikrobiote s C. difficile smo spremljali rast in frekvenco sporulacije (tj. tvorbo spor) C. difficile. V določenem številu vzorcev smo z NMR-spektroskopijo pregledali tudi profile zunajceličnih metabolitov. Z raziskavo smo dokazali neposredni in specifični učinek bakterije C. difficile na pestrost in sestavo fekalne mikrobiote, ki je najverjetneje posledica spremenjene dostopnosti hranil. Fekalna mikrobiota, gojena v izrabljenih gojiščih E. coli, S. enterica serovar Enteritidis in S. epidermidis, je bila statistično značilno drugačna od fekalne mikrobiote, gojene v izrabljenem gojišču C. difficile. Naše ugotovitve so pokazale, da je učinek odvisen od tipa fekalne mikrobiote in ribotipa C. difficile. Nezrela in porušena mikrobiota sta bili in vitro bolj dovzetni za spremembe v pestrosti in sestavi zaradi C. difficile in sta omogočili boljše pogoje za sporulacijo C. difficile. Različni ribotipi C. difficile so podobno učinkovali na mikrobno pestrost, deloma pa se je razlikoval njihov vpliv na mikrobno sestavo, in sicer na nižjih taksonomskih nivojih. Spremembe, ki smo jih opazili, so podobne, kot so bile opisane pri pacientih, okuženih s C. difficile, in vključujejo manjšo mikrobno pestrost, povečan delež oportunističnih patogenov (enterokokov in enterobakterij) in zmanjšan delež bakterijskih skupin, povezanih s kolonizacijsko rezistenco (Lachnospiraceae in Ruminococcaceae). Z analizo metaboloma smo identificirali metabolite, ki bi lahko bili pomembni dejavnik pri okužbi s C. difficile. Predvsem povišane koncentracije tiramina, etanola in fenolnih kislin bi lahko pomembno doprinesle k disbiozi, ki je značilna za okužbo s C. difficile. Naši rezultati so pokazali, da lahko C. difficile aktivno vzdržuje črevesno mikrobioto v stanju neravnovesja. Spremembe v črevesni mikrobioti torej lahko razumemo ne le kot vzrok za okužbo s C. difficile, ampak tudi kot posledico prisotnosti C. difficile v črevesnem okolju.
Keywords: črevesna mikrobiota, Clostridium difficile, 16S-metagenom, sekvenciranje naslednje generacije, in vitro modeli
Published: 14.01.2020; Views: 516; Downloads: 44
.pdf Full text (3,96 MB)

4.
Molekularna karakterizacija proti karpabenemom odpornih sevov bakterije Pseudomonas aeeruginosa iz kužnin in okolja
Andrej Golle, 2019, doctoral dissertation

Abstract: Pseudomonas aeruginosa je vseprisotna okoljska oportunistična bakterija. Občasno jo osamimo kot del človeške mikrobiote. Lahko povzroča okužbe povezane z zdravljenjem in je intrinzično odporna proti številnim antibiotikom. Med maloštevilnimi zdravili, ki so na voljo za zdravljenje psevdomonasnih okužb so karbapenemi, tudi odpornost proti njim narašča. P. aeruginosa iz bolnišnic lahko prehaja v komunalni sistem odpadnih vod in v vode čistilnih naprav. Primerjali smo klinično pomembne proti karbapenemom odporne P. aeruginosa (CRPA) in CRPA iz vod dveh čistilnih naprav, ter ugotavljali prekrivanje genotipov in razlike v genih za odpornost in virulenco. V laboratoriju, kamor pošiljajo na preiskave vzorce iz več zdravstvenih ustanov, smo zbrali seve CRPA iz urina in dihal v obdobju enega leta. V istem obdobju smo mesečno vzorčili vodo iz iztoka dveh čistilnih naprav in na selektivnem gojišču osamili seve CRPA. Občutljivost za protimikrobna zdravila smo določali z disk difuzijsko metodo po EUCASTu. Seve smo tipizirali s PFGE. Za vsak pulzotip smo izbrali enega do devet predstavnikov, pri katerih smo nato določali sekvenco celotnega genoma (WGS). Na osnovi WGS smo izvedli tipizacijo MLST in analizo rezistenčnih ter virulenčnih determinant. Skupaj smo osamili 213 CRPA sevov (65 pulzotipov), 130 iz kliničnih vzorcev (38 poulzotipov) in 83 iz okoljskih vzorcev (31 pulzotipov). Večino kliničnih CRPA sevov (125 od 130 sevov in 37 od 38 pulzotipov) smo izolirali iz kužnin iz večje učne bolnišnice. Ostale klinične seve (5 od 130) smo razvrstili v 3 pulzotipe. Najpogostejšemu kliničnemu pulzotip (Pt1) je pripadalo 57 sevov (45,6 %), našli pa smo ga samo v večji učni bolnišnici. Samo dva pulzotipa (Pt17 in Pt63) sta bila tako v večji učni bolnišnici kot tudi v manjših zdravstvenih organizacijah. Okoljske CRPA seve smo porazdelili v 31 pulzotipov (26 pulzotipov iz večje čistilne naprave, 11 pulzotipov iz manjše čistilne naprave). Podobno kot med kliničnimi sevi je tudi med sevi iz čistilnih naprav prevladoval posamični pulzotip (Pt10 – 21,7 %). Prekrivanje med kliničnimi in okoljskimi pulzotipi in MLST tipi CRPA, je bilo nizko. Le 9 pulzotipov se je pojavljalo v več kot eni inštituciji (zdravstveni inštituciji/čistilni napravi). Z MLST smo med 112 analiziranimi sevi določili 49 ST. Le 10 ST je bilo tako iz kliničnih kot iz okoljskih vzorcev, med njimi po vsem svetu razširjena ST111 in ST235. Klinični in okoljski sevi CRPA so se razlikovali glede odpornosti proti antibiotikom. Večina izolatov je bila odporna samo proti imipenemu in/ali meropenemu. Pri sevih, ki so bili dodatno odporni, smo opisali devet različnih različnih vzorcev odpornosti. Klinične seve smo našli pri vseh vzorcih odpornosti, medtem ko smo okoljske seve našli le pri 4 dodatnih vzorcih odpornosti. Analiza rezistoma je potrdila gene za intrinzične mehanizme odpornosti. Našli smo tudi ene povezane s horizontalnim genskim prenosom, kot so geni za karbapenemaze (16 % sevov) in različne encime, ki modificirajo aminoglikozide. Pri 33 % sevov smo potrdili mutacije v girazi. Vsi sevi z geni za karbapenemaze so bili večkratno odporni. Z WGS smo določili tudi prisotnost virulenčnih genov med analiziranimi sevi. Glede teh se sevi iz okolja in klinični sevi večinoma niso razlikovali. Izjema so bili geni za eksotoksine Y, U, T in S. Pri večini sevov smo našli gene za Y in T, gene za U in S smo našli le pri pri 14 oz. 36 sekvenčnih tipih. Geni za S in U so bili bolj pogosti pri kliničnih sevih, medtem ko so bili geni za T bolj pogosti med okoljskimi sevi. Nizka stopnja prekrivanja med kliničnimi in okoljskimi CRPA sevi kaže, da gre za dva neodvisna rezervoarja. Klinični CRPA sevi imajo nekoliko drugačen set virulenčnih determinant in bolj raznolike vzorce odpornosti.
Keywords: Pseudomonas aeruginosa, okužbe, čistilne naprave, protimikrobna odpornost, virulenca, karbapenemi, beta-laktamaze, čistilne naprave
Published: 12.08.2019; Views: 743; Downloads: 102
.pdf Full text (2,19 MB)
This document has many files! More...

5.
Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridum difficile s površine krompirja
Tamara Simonič, 2018, master's thesis/paper

Abstract: Clostridium difficile je po Gramu pozitivna, anaerobna, sporogena bakterija, ki povzroča črevesne okužbe, najpogosteje po zdravljenju z antibiotiki, kemoterapiji in po kirurških posegih, ki privedejo do porušenja normalne črevesne mikrobiote. Bakterijo lahko najdemo v različnih naravnih okoljih, črevesju živali in tudi hrani. Namen magistrskega dela je bil izolirati in karakterizirati bakterijo C. difficile s površine krompirjev, kupljenih v različnih lokalnih trgovinah ter iz čim več različnih držav. Iz 8 različnih trgovin smo pridobili 23 vzorcev krompirja, ki so izvirali iz 10 različnih držav. Prisotnost C. difficile smo dokazali pri 14 vzorcih (60,9 %). Iz vseh vzorcev smo osamili 162 izolatov C. difficile, katerim smo najprej s PCR-pomnoževanjem potrdili za C. difficile specifični gen cdd3, ter jih opredelili s PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Vseh 162 izolatov smo uvrstili v 9 različnih PCR-ribotipov: 012, 014/020, 023, 027, 053, 126, 150, SLO 129 in SLO187. Najpogostejši PCR-ribotip je bil 014/020, sledila sta ribotipa 053 in 126. Toksigenih je bilo 137 izolatov, kasneje uvrščenih v 5 različnih toksinotipov – toksinotip 0, I, III, IV in V, 26 izolatov pa je bilo netoksigenih (s PCR nismo mogli dokazati prisotnosti toksinskih genov). Naši rezultati kažejo, da je krompir kontaminiran s sporami bakterije C. difficile v visokem deležu in da lahko na krompirju najdemo enake PCR-ribotipe, kot se pojavljajo pri ljudeh, živalih in v okolju.
Keywords: Clostridium difficile, krompir, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Published: 27.09.2018; Views: 685; Downloads: 85
.pdf Full text (1,06 MB)

6.
7.
Clostridium difficile na solatah in kokošjih jajcih
Simon Mesarič, 2018, master's thesis/paper

Abstract: Clostridium difficile je striktno anaerobna, sporogena bakterija, ki je v zadnjem desetletju postala pomemben povzročitelj črevesnih okužb v zdravstvu. Okužbe s C. difficile so vezane predvsem na bolnišnično okolje, vendar je v zadnjem času zaznati tudi porast izvenbolnišničnih okužb. Z bakterijo je pogosto kolonizirana perutnina, predvsem kokoši na večjih farmah. Preko blata kokoši se bakterija lahko izloča v okolje, kar lahko vodi npr. do kontaminacije jajc in posredno tudi zelenjave. V magistrskem delu smo proučevali prisotnost in genotipe bakterije C. difficile na solatah in jajcih, vzorčenih v lokalnem okolju. Bakterijo C. difficile smo osamili na selektivnem gojišču, jo identificirali s komercialnim sistemom MALDI Biotyper (Bruker Daltonics) ter molekularno z dokazovanjem za C. difficile specifičnega gena. Za karakterizacijo C. difficile smo uporabili dve genotipizacijski metodi: PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Analizirali smo 35 vzorcev solat in 35 vzorcev jajc. Osamiti nam je uspelo 2 seva C. difficile iz 1 vzorca regrata, medtem ko so bila vsa testirana jajca negativna. Seva smo uvrstili v dva različna PCR-ribotipa, in sicer PCR-ribotip SLO 204 in SLO 217. Oba seva sta bila netoksigena. Oba PCR-ribotipa sta že bila najdena v Sloveniji, in sicer v prsti, PCR-ribotip SLO 204 pa smo našli tudi pri ljudeh. Delež pozitivnih vzorcev iz naše študije je skladen z rezultati testiranj živil iz drugih evropskih študij (do 7,5 % v zelenjavi) in kaže na to, da bakterijo v Sloveniji lahko najdemo v solatah, vendar zgolj v nizkem deležu.
Keywords: C. difficile, jajca, zelenjava, molekularna tipizacija, osamitev, PCR-ribotipizacija.
Published: 25.05.2018; Views: 679; Downloads: 66
.pdf Full text (1,28 MB)

8.
Evaluating the effect of Clostridium difficile conditioned medium on fecal microbiota community structure
Sabina Horvat, Aleksander Mahnič, Martin Breskvar, Sašo Džeroski, Maja Rupnik, 2017, original scientific article

Abstract: Clostridium difficile infection (CDI) is typically associated with disturbed gut microbiota and changes related to decreased colonization resistance against C. difficile are well described. However, nothing is known about possible effects of C. difficile on gut microbiota restoration during or after CDI. In this study, we have mimicked such a situation by using C. difficile conditioned medium of six different C. difficile strains belonging to PCR ribotypes 027 and 014/020 for cultivation of fecal microbiota. A marked decrease of microbial diversity was observed in conditioned medium of both tested ribotypes. The majority of differences occurred within the phylum Firmicutes, with a general decrease of gut commensals with putative protective functions (i.e. Lactobacillus, Clostridium_XIVa) and an increase in opportunistic pathogens (i.e. Enterococcus). Bacterial populations in conditioned medium differed between the two C. difficile ribotypes, 027 and 014/020 and are likely associated with nutrient availability. Fecal microbiota cultivated in medium conditioned by E. coli, Salmonella Enteritidis or Staphylococcus epidermidis grouped together and was clearly different from microbiota cultivated in C. difficile conditioned medium suggesting that C. difficile effects are specific. Our results show that the changes observed in microbiota of CDI patients are partially directly influenced by C. difficile.
Keywords: Clostridium difficile, infection, gut microbiota
Published: 12.12.2017; Views: 771; Downloads: 296
.pdf Full text (1,82 MB)
This document has many files! More...

9.
Low overlap between carbapenem resistant Pseudomonas aeruginosa genotypes isolated from hospitalized patients and wastewater treatment plants
Andrej Golle, Sandra Janežič, Maja Rupnik, 2017, original scientific article

Abstract: The variability of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa strains (CRPA) isolated from urine and respiratory samples in a large microbiological laboratory, serving several health care settings, and from effluents of two wastewater treatment plants (WWTP) from the same region was assessed by PFGE typing and by resistance to 10 antibiotics. During the 12-month period altogether 213 carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates were cultured and distributed into 65 pulsotypes and ten resistance profiles. For representatives of all 65 pulsotypes 49 different MLSTs were determined. Variability of clinical and environmental strains was comparable, 130 carbapenem-resistant P. aeruginosa obtained from 109 patients were distributed into 38 pulsotypes, while 83 isolates from WWTPs were classified into 31 pulsotypes. Only 9 pulsotypes were shared between two or more settings (hospital or WWTP). Ten MLST were determined for those prevalent pulsotypes, two of them (ST111 and ST235) are among most successful CRPA types worldwide. Clinical and environmental carbapenem-resistant P. aeruginosa strains differed in antibiotic resistance. The highest proportion of clinical isolates was resistant to piperacillin/tazobactam (52.3%) and ceftazidime (42.3%). The highest proportion of environmental isolates was resistant to ceftazidime (37.1%) and ciprofloxacin (35.5%). The majority of isolates was resistant only to imipenem and/or meropenem. Strains with additional resistances were distributed into nine different patterns. All of them included clinically relevant strains, while environmental strains showed only four additional different patterns.
Keywords: carpabenem resistance, antibiotic resistance, Pseudomonas aeruginosa, isolates
Published: 12.12.2017; Views: 766; Downloads: 343
.pdf Full text (2,44 MB)
This document has many files! More...

10.
Clostridium difficile ribotypes in humans and animals in Brazil
Rodrigo Otávio Silveira Silva, Maja Rupnik, Amanda Nádia Diniz, Eduardo Garcia Vilela, Francisco Carlos Faria Lobato, 2015, original scientific article

Abstract: Clostridium difficile is an emerging enteropathogen responsible for pseudomembranous colitis in humans and diarrhoea in several domestic and wild animal species. Despite its known importance, there are few studies aboutC. difficile polymerase chain reaction (PCR) ribotypes in Brazil and the actual knowledge is restricted to studies on human isolates. The aim of the study was therefore to compare C. difficileribotypes isolated from humans and animals in Brazil. Seventy-six C. difficile strains isolated from humans (n = 25), dogs (n = 23), piglets (n = 12), foals (n = 7), calves (n = 7), one cat, and one manned wolf were distributed into 24 different PCR ribotypes. Among toxigenic strains, PCR ribotypes 014/020 and 106 were the most common, accounting for 14 (18.4%) and eight (10.5%) samples, respectively. Fourteen different PCR ribotypes were detected among human isolates, nine of them have also been identified in at least one animal species. PCR ribotype 027 was not detected, whereas 078 were found only in foals. This data suggests a high diversity of PCR ribotypes in humans and animals in Brazil and support the discussion of C. difficile as a zoonotic pathogen.
Keywords: Clostridium difficile, pseudomembranous colitis, zoonosis
Published: 07.08.2017; Views: 809; Downloads: 322
.pdf Full text (185,91 KB)
This document has many files! More...

Search done in 0.33 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica