| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 1 / 1
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Optimizacija izolacije DNK iz tkivnih vzorcev ter analiza somatskih mutacij pri bolnicah z rakom dojk
Janina Gea Cvikl, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Rak dojk je biološko in molekularno heterogena bolezen, zato je identifikacija podtipa ključna za pravilno izbiro zdravljenja. Pri tem nam pomagajo tudi somatske mutacije, to so mutacije DNK v somatskih celicah, ki lahko vodijo v razvoj tumorja. Analiza somatskih mutacij v tkivnih vzorcih predstavlja velik izziv. Zato je bil cilj diplomske naloge optimizirati postopek izolacije iz različnih tipov tkivnih vzorcev ter analizirati izbrane somatske mutacije v genih, najpogosteje povezanih z nastankom raka dojk. V prvem delu diplomske naloge smo se osredotočili na izolacijo DNK iz treh različnih tipov vzorcev in sicer iz krvnih limfocitov s fenol-kloroformno ekstrakcijo, iz sveže zamrznjenih tkiv, shranjenih v raztopini RNAlater s predhodno homogenizacijo tkiva ter nadaljno fenol-kloroformno ekstrakcijo, ter iz tkivnih vzorcev vpetih v parafin z uporabo komercialno dostopnega kompleta reagentov. Pri evalvaciji metod smo upoštevali parametre, kot so koncentracija, izkoristek, čistost in integriteta DNK, metode izolacije pa smo ovrednotili tudi stroškovno in časovno, ter primerjali intenziteto dela. Za določanje koncentracije, izkoristka in čistosti izolirane DNK smo uporabili spektrofotometrične meritve, za določevanje integritete DNK pa metodo gelske elektroforeze. Nadalje smo želeli optimizirati genotipizacijo vzorcev za izbrane somatske mutacije na genih BRCA1 (rs55770810), TP53 (rs587778720) in BRCA2 (rs8035971). Pri genotipizaciji smo uporabljali metodi PCR-RFLP in qPCR-HRM. V okviru diplomske naloge smo uspešno izolirali DNK iz vseh treh tipov vzorcev, pri čemer smo najvišji izkupiček in integriteto DNK pričakovano dosegli pri DNK, izolirani iz krvnih limfocitov, vendar je bila čistost izolirane DNK najnižja. Stroškovna in časovna analiza je pokazala, da je postopek izolacije DNK iz tkiva vpetega v parafin najdražji, vendar najhitrejši in najmanj zahteven postopek, predvsem v primerjavi z izolacijo DNK iz svežih tkiv. Pri analizi izbranih somatskih mutacij smo za SNP rs587778720 potrdili večjo frekvenco patogenega alela v somatskih celicah kot v DNK, izolirani iz krvnih vzorcev. Genotipizacija SNP-jev rs55770810 in rs8035971 je bila neuspešna. Oba SNP-ja se nahajata na delu DNK, kjer zaradi velike variabilnosti regije prihaja do številnih drugih variacij, ki interferirajo z genotipizacijo izbranega SNP-ja.
Keywords: rak dojk, SNP, genotipizacija, izolacija DNK, somatske mutacije
Published: 12.07.2019; Views: 808; Downloads: 74
.pdf Full text (3,12 MB)

Search done in 0.07 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica