1. Mesenchymal stem cells isolated from paediatric paravertebral adipose tissue show strong osteogenic potentialJan Rožanc, Lidija Gradišnik, Tomaž Velnar, Minja Gregorič, Marko Milojević, Boštjan Vihar, Boris Gole, Uroš Maver, 2022, original scientific article Abstract: Mesenchymal stem cells (MSCs) represent the basis of novel clinical concepts in cellular therapy and tissue regeneration. Therefore, the isolation of MSCs from various tissues has become an important endeavour for stem cell biobanking and the development of regenerative therapies. Paravertebral adipose tissue is readily exposed during spinal procedures in children and could be a viable source of stem cells for therapeutic applications. Here, we describe the first case of MSCs isolated from paravertebral adipose tissue (PV-ADMSCs), obtained during a routine spinal surgery on a child. Using quantitative real-time PCR and flow cytometry, we show that PV-ADMSCs have different levels of stem marker expression compared to the MSCs from other sources while having the highest proliferation rate. Furthermore, we evaluate the multipotency of PV-ADMSCs by the three-lineage (adipogenic, osteogenic and chondrogenic) differentiation and compare it to the multipotency of MSCs from other sources. It was found that the PV-ADMSCs have a strong osteogenic potential in particular. Taken together, our data indicate that PV-ADMSCs meet the criteria for successful cell therapy, defined by the International Society for Cellular Therapy (ISCT), and thus, could provide a source of MSCs that is relatively easy to isolate and expand in culture. Due to their strong osteogenic potential, these cells provide a promising basis, especially for orthopaedic applications.
Keywords: mesenchymal stem cells, paediatric surgery, paravertebral adipose tissue, regenerative medicine, stem marker expression, osteogenic potential, differentiation
Published in DKUM: 16.12.2024; Views: 0; Downloads: 9
 Full text (3,70 MB)
This document has many files! More... |
2. Single-cell transcriptomic and targeted genomic profiling adjusted for inflammation and therapy bias reveal CRTAM and PLCB1 as novel hub genes for anti-tumor necrosis factor alpha therapy response in Crohn’s diseaseMario Gorenjak, Boris Gole, Larisa Goričan, Gregor Jezernik, Uršula Prosenc Zmrzljak, Cvetka Pernat Drobež, Pavel Skok, Uroš Potočnik, 2024, original scientific article Abstract: The lack of reliable biomarkers in response to anti-TNFα biologicals hinders
personalized therapy for Crohn’s disease (CD) patients. The motivation behind our study is to shift
the paradigm of anti-TNFα biomarker discovery toward specific immune cell sub-populations using
single-cell RNA sequencing and an innovative approach designed to uncover PBMCs gene expression
signals, which may be masked due to the treatment or ongoing inflammation; Methods: The singlecell
RNA sequencing was performed on PBMC samples from CD patients either naïve to biological
therapy, in remission while on adalimumab, or while on ustekinumab but previously non-responsive
to adalimumab. Sieves for stringent downstream gene selection consisted of gene ontology and
independent cohort genomic profiling. Replication and meta-analyses were performed using publicly
available raw RNA sequencing files of sorted immune cells and an association analysis summary.
Machine learning, Mendelian randomization, and oligogenic risk score methods were deployed to
validate DEGs highly relevant to anti-TNFα therapy response; Results: This study found PLCB1 in
CD4+ T cells and CRTAM in double-negative T cells, which met the stringent statistical thresholds
throughout the analyses. An additional assessment proved causal inference of both genes in response
to anti-TNFα therapy; Conclusions: This study, jointly with an innovative design, uncovered
novel candidate genes in the anti-TNFα response landscape of CD, potentially obscured by therapy
or inflammation.
Keywords: inflammatory bowel diseases, Crohn’s disease, tumor necrosis factor alpha, adalimumab, single-cell gene expression analysis
Published in DKUM: 10.12.2024; Views: 0; Downloads: 6
Full text (7,36 MB)
This document has many files! More... |
3. Primerjava proteomov glavnih predstavnikov virusov iz družine Filoviridae in identifikacija potencialnih vezavnih mest za načrtovanje ligandov : magistrsko deloKatja Gole, 2024, master's thesis Abstract: Virus Ebola Zaire (EBOV) in virus Marburg Marburg (MARV) sta glavna predstavnika družine Filoviridae, ki pri ljudeh povzročata hudo virusno hemoragično mrzlico, s stopnjo smrtnosti do 90 %. Kljub temu je zaradi le občasnih izbruhov bolezni, ki jih ni možno predvideti, razvoj zdravil okrnjen in se izvaja predvsem v akademskih krogih. V magistrskem delu smo preverjali podobnost virusnih proteomov in vezavnih mest z namenom, da bi v prihodnje bilo možno načrtovati učinkovine, ki bi se lahko vezale na terapevtske tarče obeh virusov. EBOV in MARV kodirata enakih sedem proteinov, in sicer NP, VP35, VP40, GP, VP30, VP24 in L protein, ki imajo glede na informacije, ki smo jih pridobili s pomočjo podatkovnih zbirk UniProt in PDB, podobne funkcije in zgradbo. Podobnost proteomov smo potrdili še z BLAST analizo aminokislinskih sekvenc med posameznimi proteini obeh virusov, pri čemer se podobnost proteinov giblje med 44 in 55 %, oziroma 68 % v 1. delu sekvence L proteinov. S programom ProBiS smo glede na primerjavo z že znanimi strukturami podobnih proteinov določili potencialna vezavna mesta in pripadajoče potencialne ligande. Vezavna mesta smo opisali in jih primerjali s pomočjo superpozicije proteinov obeh virusov. Kot rezultat smo pridobili tri pare podobnih vezavnih mest, ki se kljub podobnosti razlikujejo v posameznih aminokislinah, kar smo dokazali z BLAST primerjavo. S PLIP analizo smo pokazali, da aminokislinski ostanki v vezavnem mestu posameznega virusa tvorijo podobne interakcije z enakimi ligandi in da s tem obstaja možnost načrtovanja terapevtikov, ki bi se hkrati vezali na tarče EBOV in MARV.
Keywords: Ebola, Marburg, BLAST, vezavna mesta, ProBiS, načrtovanje ligandov
Published in DKUM: 11.07.2024; Views: 104; Downloads: 24
Full text (15,22 MB) |
4. Religioznost in zadovoljstvo mladih z različnimi vidiki življenja : analiza v desetih državah jugovzhodne EvropeAmadeja Gole, 2024, master's thesis Abstract: Temeljni namen magistrskega dela je bil v desetih državah jugovzhodne Evrope podrobneje preučiti odnos med religioznostjo ter zadovoljstvom z različnimi vidiki življenja mladih, pa tudi ugotoviti, kakšne so razlike med državami ter posameznimi religijami. Raziskava je bila izvedena s pomočjo metode sekundarne analize podatkov z uporabo programa SPSS. Uporabili smo podatke iz raziskave FES Youth Studies Southeast Europe 2018/2019, ki je bila izvedena na reprezentativnih vzorcih mladih v desetih državah jugovzhodne Evrope. Za analizo podatkov smo uporabljali korelacijsko analizo, multiplo regresijsko analizo in primerjavo povprečij s pomočjo grafikona napak. Rezultati analiz kažejo, da religioznost v nobeni državi ne korelira negativno z nobeno dimenzijo zadovoljstva. Na ravni celotnega vzorca desetih držav so bile korelacije pri vsaki dimenziji zadovoljstva pozitivne, samo v primeru zadovoljstva s prijatelji pa je bila ta povezava nesignifikantna. Rezultati so pokazali precejšnje razlike glede na dimenzijo zadovoljstva, saj smo na primer pri družini v vseh državah ugotovili statistično značilno pozitivno korelacijo z religioznostjo, v primeru prijateljev pa samo v dveh državah. Prav tako dosega družina, izmed vseh obravnavanih dimenzij, najmočnejšo korelacijo na ravni celotnega vzorca vseh obravnavanih držav. Da sta religioznost ter njen vpliv na zadovoljstvo s posameznimi vidiki življenja odvisna od več dejavnikov, pa med drugim kažejo rezultati, ki so pokazali statistično značilno pozitivno povezanost za vsako od dimenzij zadovoljstva samo pri katolištvu, medtem ko se pri islamu in pravoslavju pri nekaterih dimenzijah zadovoljstva pojavijo tudi nesignifikantne povezave.
Keywords: Religioznost, mladi, zadovoljstvo, jugovzhodna Evropa
Published in DKUM: 09.05.2024; Views: 198; Downloads: 40
Full text (1,16 MB) |
5. Optimizacija in validacija metode za določanje sestave eteričnih olj konoplje : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeKarin Gole, 2023, undergraduate thesis Abstract: Industrijska konoplja (Cannabis sativa L.) je znana predvsem zaradi psihoaktivne spojine delta-9-tetrahidrokanabinola (THC) in kanabidiola (CBD). Poleg omenjenih spojin je konoplja bogata tudi z drugimi zdravilnimi in koristnimi snovmi, ki se nahajajo v eteričnem olju. Med te sodijo terpeni. To so spojine, ki se nahajajo v zeliščih, sadju in zelenjavi in so odgovorni za njihov okus ter vonj. Področje raziskav terpenov je narastlo predvsem v zadnjem času zaradi njihovih pozitivnih učinkov na človeški organizem in njihovo uporabo v agronomiji. Kemotip konoplje opredeljuje sestavo njenih komponent, ki jo ugotovimo preko analize eteričnega olja konoplje. Na Inštitutu za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije smo optimirali in validirali metodo za določanje sestave eteričnih olj konoplje, pri čemer smo uporabili referenčne metode Evropskega pivovarskega združenja (angl. European Brewery Convention, EBC). Eterično olje konoplje smo pridobili z destilacijo z vodno paro po Clevengerju in ga nato analizirali s plinsko kromatografijo, pri kateri smo uporabili plamensko ionizacijski detektor.
Ker se v eteričnem olju konoplje nahaja veliko število komponent, je validacija na vseh nemogoča. Zato smo validacijo metode izvedli na petih izbranih komponentah, ki smo jih izbrali glede na njihovo vsebnost v konoplji. V sklopu validacije smo določili selektivnost in specifičnost, linearnost, natančnost, točnost ter mejo zaznavnosti in mejo določljivosti. Ker smo pri validaciji uporabili starejše vzorce eteričnih olj, smo se dodatno odločili za preizkus stabilnosti eteričnega olja.
Keywords: konoplja, terpeni, eterično olje, plinska kromatografija, validacija
Published in DKUM: 05.10.2023; Views: 581; Downloads: 75
Full text (2,51 MB) |
6. Cleavage-mediated regulation of Myd88 signaling by inflammasome-activated caspase-1Monika Avbelj, Iva Hafner Bratkovič, Duško Lainšček, Mateja Manček Keber, Tina Tinkara Peternelj, Gabriela Panter, Steven P. Treon, Boris Gole, Uroš Potočnik, Roman Jerala, 2022, original scientific article Abstract: Coordination among multiple signaling pathways ensures an appropriate immune response, where a signaling pathway may impair or augment another signaling pathway. Here, we report a negative feedback regulation of signaling through the key innate immune mediator MyD88 by inflammasome-activated caspase-1. NLRP3 inflammasome activation impaired agonist- or infection-induced TLR signaling and cytokine production through the proteolytic cleavage of MyD88 by caspase-1. Site-specific mutagenesis was used to identify caspase-1 cleavage site within MyD88 intermediary segment. Different cleavage site location within MyD88 defined the functional consequences of MyD88 cleavage between mouse and human cells. LPS/monosodium urate–induced mouse inflammation model corroborated the physiological role of this mechanism of regulation, that could be reversed by chemical inhibition of NLRP3. While Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain released by MyD88 cleavage additionally contributed to the inhibition of signaling, Waldenström’s macroglobulinemia associated MyD88L265P mutation is able to evade the caspase-1-mediated inhibition of MyD88 signaling through the ability of its TIRL265P domain to recruit full length MyD88 and facilitate signaling. The characterization of this mechanism reveals an additional layer of innate immunity regulation.
Keywords: Myeloid differentiation factor 88, Myd88, caspase-1, inflammasomes, regulation, innate immunity, inflammation
Published in DKUM: 16.08.2023; Views: 561; Downloads: 49
Full text (12,17 MB)
This document has many files! More... |
7. Vpliv izražanja mmd na odzivnost monocitov in makrofagov na adalimumab in vitro : magistrsko deloAdriana Kralj, 2023, master's thesis Abstract: Parodontoza je pogosta vnetna bolezen, ki lahko vpliva na slabšo odzivanje bolnikov s sistemskimi boleznimi, kot je revmatoidni artritis, na biološko zdravilo adalimumab. Ugotovljeno je bilo, da stopnja revmatoidnega artritisa korelira z ravnijo izražanja MMD gena v makrofagih izoliranih iz sinovialne tekočine vnetih sklepov. Poleg tega stopnja izražanja MMD vpliva na klinični odziv bolnikov s kronično vnetno črevesno boleznijo na adalimumab.
V magistrskem delu smo se odločili preveriti, kako se monociti in iz njih in vitro diferencirani makrofagi bolnikov s parodontozo odzivajo na biološko zdravilo adalimumab ter kakšno vlogo ima pri tem ekspresija MMD.
Pri monocitih in iz njih diferenciranih makrofagih smo simulirali vnetje z dodatkom LPS in zdravljenje vnetja s komercialnim biološkim zdravilom adalimumab, ter preverili izražanje vnetnih genov IL1B, IL6 in TNFα. Adalimumab je učinkovito zavrl izražanje genov IL1B in IL6, ki v signalni kaskadi ležita nižje od TNFα, čeprav v primeru IL6 samo za monocite. Na izražanje TNFα dodatek adalimumaba ni imel vpliva. V magistrskem delu nismo dokazali vpliva MMD na učinkovitost adalimumaba pri zaviranju TNFα. Vendar zaradi teh ugotovitev ne moremo ovreči njegove potencialne vloge pri vplivu na učinkovitost adalimumaba, saj je potrebno izvesti še veliko raziskav s spremenjenimi eksperimentalnimi pogoji in tako potrditi ali ovreči vlogo MMD pri neučinkovitosti adalimumaba in s tem pripomoči k izboljšanju zdravljenja vnetnih bolezni.
Keywords: MMD, parodontoza, vnetni citokini, adalimumab, monociti, makrofagi, in vitro diferenciacija, in vitro vnetje, TNFα
Published in DKUM: 20.04.2023; Views: 588; Downloads: 85
Full text (2,80 MB) |
8. Vloga polisaharidne prevleke adsorbenta pri odstranjevanju težkih kovin iz vode : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeJan Gole, 2022, undergraduate thesis Abstract: Težke kovine so snovi, ki so za industrijo zelo pomembne in so se v zadnjih letih zaradi industrijskega in tehnološkega napredka začele vedno več uporabljati. Te snovi najdemo naravno v Zemljini skorji, vendar se je njihova koncentracija v naravi zaradi človekovih posredovanj v zadnjih letih močno povišala. Posledično je njihova prisotnost tudi v človeški prehrani, zlasti v vodi, vedno pogostejša. V majhnih količinah so nekatere od teh kovin seveda za človeka potrebne, vendar lahko v večjih količinah škodujejo zdravju. Obstaja več različnih metod za odstranjevanje težkih kovin iz vode, kot so kemijsko obarjanje, ionska izmenjava, filtracija in adsorpcija. Slednja je najpogostejša. Kot adsorbent se lahko uporablja več snovi, v diplomskem delu pa smo se osredotočili na magnetne nanodelce (MNPs) prevlečene s polisaharidno prevleko arabinogalaktana (AG).
Namen diplomske naloge je bil uspešno sintetizirati MNPs s polisaharidno prevleko AG in določiti optimalne pogoje za odstranjevanje težkih kovin, zlasti kromovih ionov (Cr(VI)) iz vode. MNPs z AG prevleko smo pripravili z dvema različnima metodama, in sicer z metodo adsorpcije in z metodo zamreževalne tehnike.
Najprej smo uspešno sintetizirali MNPs prevlečene z AG. Le-te smo nato uporabili za odstranjevanje Cr(VI) iz vodne raztopine. Z uporabo funkcionaliziranih MNPs, pridobljenih z metodo adsorpcije smo odstranili največ Cr(VI) iz vodne raztopine pri optimalnem pH reakcijskega medija 4, optimalni masi nanodelcev 50 mg in optimalni koncentraciji raztopine K2Cr2O7 5 g/L. Kadar smo kot adsorbent uporabili MNPs funkcionalizirane s postopkom zamreženja smo ugotovili, da je optimalen pH reakcijskega medija 3, da je optimalna masa magnetnih nanodelcev 30 mg in, da je optimalna koncentracija raztopine K2Cr2O7 0,75 mg/L.
Keywords: težke kovine, krom(VI), magnetni nanodelci, adsorpcija, arabinogalaktan
Published in DKUM: 24.10.2022; Views: 608; Downloads: 104
Full text (11,61 MB) |
9. Domišljijski binom na pisnem in govornem področju učencev 3. razreda : magistrsko deloBarbara Gole, 2021, master's thesis Abstract: V magistrskem delu z naslovom Domišljijski binom na pisnem in govornem področju učencev 3. razreda smo v teoretičnem delu obravnavali govor, pisanje in ustvarjalnost. Pri govoru in pisanju smo se posvetili razvoju obeh in opisali dejavnike, ki vplivajo na njun razvoj. Pri ustvarjalnosti smo si ogledali njena poimenovanja, razvoj ter načine merjenja in spodbujanja. Podrobneje smo se posvetili literarni ustvarjalnosti, in sicer kako jo spodbujati in vrednotiti. Ena izmed številnih vaj za spodbujanje literarne ustvarjalnosti je domišljijski binom, ki ga lahko hkrati uporabimo tudi za merjenje učenčeve ustvarjalnosti. V raziskavi empiričnega dela nas je zanimalo, kakšne zmožnosti imajo učenci tretjega razreda pri ustvarjanju domišljijskega binoma na pisnem in govornem področju ter na katerem področju so uspešnejši. V raziskavo je bilo vključenih 20 tretješolcev osnovne šole v severovzhodni Sloveniji. Najprej je vsak učenec zapisal zgodbo, v katero je vključil dani nepovezani besedi – ovco in torto. Nato smo isti dan izvedli individualne intervjuje, kjer je vsak učenec pripovedoval zgodbo, v katero je vključil besedi jagoda in sladoled. Zgodbe smo pregledali in analizirali. Zanimalo nas je, koliko vseh in koliko različnih besed, enostavčnih in zloženih povedi ter povprečno število besed na enostavčno in zloženo poved bodo vsebovale zgodbe, ter koliko asociativno oddaljenih dogodkov, igrivih elementov in elementov personifikacije bo vključenih v zgodbe.
Keywords: govor, pisanje, zgodba, literarna ustvarjalnost
Published in DKUM: 16.11.2021; Views: 759; Downloads: 103
Full text (1,06 MB) |
10. Funkcionalizacija poroznih polimernih monolitov s cinhonidinom preko tiol/en klik reakcij : magistrsko deloRene Gole, 2021, master's thesis Abstract: Namen tega magistrskega dela je bila sinteza poroznega monolitnega materiala na osnovi divinil benzen/vinilbenzil klorida, ki ga bo odlikovala visoka specifična površina, odprto celična morfologija in hierarhična distrubucija velikosti por, površina pa bo primerna za funkcionalizacijo s cinhonidinom.
Visoko porozen poli(divinil benzen-ko-vinilbenzil klorida) smo pripravili s polimerizacijo kontinuirne faze emulzije z visokim deležem notranje faze (poliHIPE). Za sintezo smo uporabili nizke začetne stopnje zamreženja (3 mol% in 8 mol% divinil benzena). Nadalje smo poliHIPE materiale hiperzamrežili z reakcijo Friedel-Craftsovega alkiliranja in s tem polimerom drastično zvišali specifično površino in kompatibilnost površine s topili. Na klorometilne skupine, ki se tekom hiperzamreženja niso pretvorile v metilenske povezave, smo vezali cisteamin preko nukleofilne substitucije. Vezava cisteamina je nato omogočila vezavo ciljne kiralne molekule – cinhonidina, preko tiol/en klik reakcije dvojne vezi cinhonidina in proste tiolne skupine cisteamina. Rezultati elementne analize so pokazali na uspešnost vezave cinhonidina na predhodno funkcionalizirane poliHIPE materiale in sicer 0,94 mmol/gpolimer v najboljšem primeru. Taki material bi lahko uporabili kot kiralno kolono.
Specifične površine materialov smo določili z adsorpcijo/desorpcijo dušika po B.E.T. metodi, uspešnost funkcionalizacije pa z elementno analizo dušika in žvepla. Morfološke lastnosti polimerov smo okarakterizirali z vrstično elektronsko mikroskopijo.
Keywords: poliHIPE, hiperzamreženje, cisteamin, cinhonidin, kiralne kolone
Published in DKUM: 04.10.2021; Views: 1169; Downloads: 192
Full text (3,34 MB) |
