1. MFUM-BrTNBC-1, a newly established patient-derived triple-negative breast cancer cell line : molecular characterisation, genetic stability, and comprehensive comparison with commercial breast cancer cell linesKristijan Skok, Lidija Gradišnik, Helena Sabina Čelešnik, Marko Milojević, Uroš Potočnik, Gregor Jezernik, Mario Gorenjak, Monika Sobočan, Iztok Takač, Rajko Kavalar, Uroš Maver, 2022, original scientific article Abstract: Triple-negative breast cancer (TNBC) is a breast cancer (BC) subtype that accounts for
approximately 15–20% of all BC cases. Cancer cell lines (CLs) provide an efficient way to model the
disease. We have recently isolated a patient-derived triple-negative BC CL MFUM-BrTNBC-1 and
performed a detailed morphological and molecular characterisation and a comprehensive comparison
with three commercial BC CLs (MCF-7, MDA-MB-231, MDA-MB-453). Light and fluorescence
microscopy were used for morphological studies; immunocytochemical staining for hormone receptor,
p53 and Ki67 status; RNA sequencing, qRT-PCR and STR analysis for molecular characterisation; and
biomedical image analysis for comparative phenotypical analysis. The patient tissue-derived MFUMBrTNBC-1 maintained the primary triple-negative receptor status. STR analysis showed a stable and
unique STR profile up to the 6th passage. MFUM-BrTNBC-1 expressed EMT transition markers and
displayed changes in several cancer-related pathways (MAPK, Wnt and PI3K signalling; nucleotide
excision repair; and SWI/SNF chromatin remodelling). Morphologically, MFUM-BrTNBC-1 differed
from the commercial TNBC CL MDA-MB-231. The advantages of MFUM-BrTNBC-1 are its isolation
from a primary tumour, rather than a metastatic site; good growth characteristics; phenotype identical
to primary tissue; complete records of origin; a unique identifier; complete, unique STR profile;
quantifiable morphological properties; and genetic stability up to (at least) the 6th passage.
Keywords: hormonal receptors, MFUM-BrTNBC-1, MCF-7, MDA-MB-231, MDA-MB-453
Published in DKUM: 10.04.2025; Views: 0; Downloads: 3
 Full text (5,33 MB)
This document has many files! More... |
2. Isoform-level transcriptome analysis of peripheral blood mononuclear cells from breast cancer patients identifies a disease-associated RASGEF1A isoformHelena Sabina Čelešnik, Mario Gorenjak, Martina Krušič, Bojana Crnobrnja, Monika Sobočan, Iztok Takač, Darja Arko, Uroš Potočnik, 2024, original scientific article Abstract: Breast cancer (BC) comprises multiple subtypes with distinct molecular features, which differ in their interplay with host immunity, prognosis, and treatment. Non-invasive blood analyses can provide valuable insights into systemic immunity during cancer. The aim of this study was to analyze the expression of transcriptional isoforms in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from BC patients and healthy women to identify potential BC immune biomarkers. Methods: RNA sequencing and isoform-level bioinformatics were performed on PBMCs from 12 triple-negative and 13 luminal A patients. Isoform expression validation by qRT-PCR and clinicopathological correlations were performed in a larger cohort (156 BC patients and 32 healthy women). Results: Transcriptional analyses showed a significant (p < 0.001) decrease in the ENST00000374459 RASGEF1A isoform in PBMCs of BC compared to healthy subjects, indicating disease-related expression changes. The decrease was associated with higher ctDNA and Ki-67 values. Conclusions: The levels of the RASGEF1A transcriptional isoform ENST00000374459 may have the potential to distinguish between BC and healthy subjects. The downregulation of ENST00000374459 in breast cancer is associated with higher proliferation and ctDNA shedding. Specialized bioinformatics analyses such as isoform analyses hold significant promise in the detection of biomarkers, since standard RNA sequencing analyses may overlook specific transcriptional changes that may be disease-associated and biologically important.
Keywords: breast cancer, peripheral blood, isoform-level RNA-seq, RASGEF1A ENST00000374459, ctDNA, Ki-67
Published in DKUM: 26.11.2024; Views: 0; Downloads: 5
Full text (1,52 MB)
This document has many files! More... |
3. Izražanje izoform gena DDB2 v mononuklearnih celicah periferne krvi pri različnih podtipih raka dojke : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeKarin Rajh, 2024, undergraduate thesis Abstract: Rak dojke (RD) je najpogosteje diagnosticiran rak pri ženskah in je glavni vzrok smrti zaradi raka pri ženskah po vsem svetu. Gre za heterogeno bolezen, ki se razlikuje na molekularni, histološki in klinični ravni. Ločimo več podtipov RD, ki jih delimo na podlagi histopatoloških in molekularnih značilnosti. Podtipa trojno negativni RD in HER2-pozitivni RD (TNRD in HER2+) sta na splošno bolj imunogena in povezana z boljšo odzivnostjo na imunoterapijo kot luminalna podtipa (luminalni A in B).
Analize krvi omogočajo vpogled v sistemski imunski odziv na tumorske celice. Odvzem krvi je lahko dostopna metoda pridobivanja bioloških vzorcev, ki lahko pripomore k zgodnjemu odkrivanju RD. V Centru za humano genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru so z metodo RNA-seq opravili sekvenciranje transkriptoma imunskih celic iz periferne krvi (mononuklearnih celic periferne krvi, PBMC) pri 25 bolnicah z RD, od tega 13 s podtipom luminalni A in 12 s podtipom TNRD. Z bioinformatsko analizo transkripcijskih izoform so identificirali izoformo ENST00000378603 gena DDB2 kot potencialno pomembno, saj je pokazala značilno diferencialno izražanje med tema dvema podtipoma RD. V nasprotju z omenjeno izoformo pa so se druge izoforme gena DDB2, na primer izoforma ENST00000256996, enako izražale pri podtipih TNRD in luminalni A.
Namen te diplomske naloge je bila validacija ter razširitev teh ugotovitev z analizo izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR na večjem številu vzorcev, ki so vključevali 182 vzorcev bolnic z RD vseh podtipov in 37 vzorcev zdravih oseb. Da bi lahko ovrednotili izražanje izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR, je bilo najprej potrebno optimizirati reakcijske pogoje s specifičnimi oligonukleotidnimi začetniki za obe izoformi. Po optimizaciji reakcijskih pogojev smo z RT-qPCR izmerili izražanje izoforme ENST00000256996 pri bolnicah z RD in zdravih osebah. V nasprotju pa je bila optimizacija reakcijskih pogojev za izoformo ENST00000378603 neuspešna.
Ugotovili smo, da se izoforma ENST00000256996 statistično značilno bolj izraža v vzorcih zdravih oseb kot v vzorcih pacientk z RD, kar je v skladu z našo hipotezo, saj je produkt gena DDB2 udeležen pri popravljanju poškodb DNA, njegova odsotnost pa je povezana s kopičenjem DNA-napak in kancerogenezo. Rezultati so potrdili tudi, da se analizirana izoforma enako izraža v podtipih RD TNRD in luminalni A.
Keywords: Rak dojke, TNRD, PBMC, DDB2, transkripcijske izoforme, biooznačevalci
Published in DKUM: 20.09.2024; Views: 0; Downloads: 33
Full text (2,34 MB) |
4. |
5. Peripheral blood transcriptome in breast cancer patients as a source of less invasive immune biomarkers for personalized medicine, and implications for triple negative breast cancerHelena Sabina Čelešnik, Uroš Potočnik, 2022, review article Abstract: Transcriptome studies of peripheral blood cells can advance our understanding of the systemic immune response to the presence of cancer and the mechanisms underlying cancer onset and progression. This enables the identification of novel minimally invasive immune biomarkers for early cancer detection and personalized cancer management and may bring forward new immunotherapy options. Recent blood gene expression analyses in breast cancer (BC) identified distinct patient subtypes that differed in the immune reaction to cancer and were distinct from the clinical BC subtypes, which are categorized based on expression of specific receptors on tumor cells. Introducing new BC subtypes based on peripheral blood gene expression profiles may be appropriate, since it may assist in BC prognosis, the identification of patients likely to benefit from immunotherapy, and treatment efficacy monitoring. Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive, heterogeneous, and difficult-to-treat disease, and identification of novel biomarkers for this BC is crucial for clinical decision-making. A few studies have reported TNBC-enriched blood transcriptional signatures, mostly related to strong inflammation and augmentation of altered immune signaling, that can differentiate TNBC from other classical BC subtypes and facilitate diagnosis. Future research is geared toward transitioning from expression signatures in unfractionated blood cells to those in immune cell subpopulations.
Keywords: triple negative breast cancer, transcriptome, peripheral blood, PBMC, gene expression, immune biomarker
Published in DKUM: 23.08.2023; Views: 398; Downloads: 53
Full text (1,74 MB)
This document has many files! More... |
6. Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke : magistrsko deloAnja Konajzler, 2022, master's thesis Abstract: Rak dojke (RD) je najpogostejši rak pri ženskah in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah. Gre za maligno obolenje, ki izvira iz tkiva dojke, najpogosteje iz notranje obloge mlečnih vodov ali režnjev, ki vode oskrbujejo z mlekom. Eden izmed podtipov raka dojke je trojno negativni rak dojke (TNRD), za katerega je značilno, da nima ekspresije ER in PR in nima amplifikacije HER2, ter da je zelo invaziven in povezan s slabo prognozo in visoko umrljivostjo. Spremenjeno izražanje genov CXCR4, THBS1 in miR-137 so predhodno povezali s TNRD. Namen naše študije je bil testirati in validirati njihovo uporabnost kot potencialni krvni biomarkerji za trojno negativni rak dojke. V primerjavi s tkivnimi označevalci imajo krvni biološki označevalci pomembno prednost, da so manj invazivni. Iz 210 vzorcev mononuklearnih celic periferne krvi (PBMC) odvzetih bolnicam z rakom dojke pred zdravljenjem, 28 vzorcev plazme (13 pred zdravljenjem, 15 po zdravljenju) ter 25 vzorcev krvnih PBMC zdravih kontrol smo izolirali RNA za analizo izražanja genov z metodo RT-qPCR. Plazemski vzorci pred in po zdravljenju TNRD so bili zanimivi s stališča spremljanja terapije.
Analiza izražanja CXCR4 v imunskih celicah PBMC je pri pacientkah z rakom dojke pred terapijo odkrila zanimive rezultate. Izražanje CXCR4 je bilo značilno povišano pri tistih bolnicah, ki so imele invazivni duktalni karcinom (IDC), v primerjavi s tistimi, ki so imele invazivni lobularni karcinom (ILC). To nakazuje na potencialno uporabnost merjenja izražanja CXCR4 v krvi kot označevalca za IDC. Ugotovili smo tudi, da imajo pacientke, pri katerih rakave celice izražajo PR, značilno povečano izražanje CXCR4 v krvnih imunskih celicah. Teh izsledkov nismo zasledili v objavljeni literaturi in predstavljajo nove ugotovitve pri raku dojke. Analiza THBS1 v frakciji PBMC pacientk z rakom dojke pred terapijo je pokazala povišano izražanje tega gena v skupini TNRD v primerjavi z ostalimi podtipi raka dojke in zdravimi kontrolami, vendar v naši kohorti razlika v izražanju ni dosegla statistične signifikance. Pri analizi prekurzorske oblike miR-137 v plazmi pred in po terapiji smo naleteli na tehnične težave, zato bo za to analizo potrebna dodatna optimizacija postopka.
Keywords: rak dojk, TNRD, PBMC, CXCR4, THBS1, miR-137, genska ekspresija
Published in DKUM: 26.09.2022; Views: 641; Downloads: 61
Full text (3,60 MB) |
7. |
8. Povezava epigenetskih in ekspresijskih markerjev pri raku glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeMonika Ostroško, 2020, undergraduate thesis Abstract: Rak glave in vratu predstavlja obsežno skupino bolezni, v katero uvrščamo raka ustnic, ustne in nosne votline, žrela, grla, vratu in nekatere druge. Med temi tumorji opazimo velike razlike, ne le zaradi mesta izvora, marveč prihaja tudi do različnih simptomov bolezni, hitrosti širjenja, različni so načini zdravljenja ter izidi bolezni. V pomoč pri postavljanju diagnoze, spremljanju obnašanja tumorja in pravilnem izboru zdravljenja se uporabljajo biološki označevalci. V telesu prisotnost teh snovi, ki jih ustvari tumor ali zdrave celice kot reakcijo na tumor, odkrijemo s pomočjo laboratorijske preiskave bioloških vzorcev.
V diplomskem delu smo želeli izmeriti ekspresijo genov DAPK1 in MMP9 v zdravih in bolnih tkivih ter vzpostaviti protokole za metilacijsko analizo gena DAPK1. Genska ekspresija in metilacija sta povezana biološka procesa, saj metilacija vpliva na vezavo specifičnih transkripcijskih faktorjev na DNA, ti pa uravnavajo izražanje genov. Pri raziskovanju nas je zanimalo, če bi lahko DAPK1 in MMP9 služila kot možna biološka označevalca pri bolnikih z rakom glave in vratu. Za ugotavljalnje izražanja teh genov v zdravih in bolnih tkivih smo uporabili metodo qRT-PCR. Za analizo metilacijskih vzorcev na promotorju gena DAPK1 smo testirali dve občutljivi in specifični tehniki za določanje metilacije DNA, metodo MS-HRM ter metodo COBRA. Za analizo metilacije promotorja DAPK1 pri 15 bolnikih smo nato uporabili metodo COBRA.
Rezultati genske ekspresije pri 47 bolnikih z rakom glave in vratu so pokazali statistično signifikantno znižanje DAPK1 v rakavih tkivih v primerjavi z zdravimi tkivi istih pacientov, medtem ko rezultati MMP9 kažejo na statistično signifikantno povečanje ekspresije v rakavih tkivih. Z merjenjem genske ekspresije smo prišli do zaključka, da sta gena DAPK1 in MMP9 zanimiva kot potencialna biološka markerja pri raku glave in vratu. Zaradi majhnega števila bolnikov, ki so bili vključeni v metilacijsko analizo, nismo mogli postaviti zaključkov o metiliranosti promotorja DAPK1. Za jasne zaključke bodo potrebne nadaljne analize.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, DAPK1, MMP9, genska ekspresija, metilacija
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 1109; Downloads: 125
Full text (2,35 MB) |
9. Optimizacija procesiranja vzorcev sline pri raku glave in vratu za študije bioloških označevalcevTeja Ermenc, 2018, undergraduate thesis Abstract: Namen diplomske naloge je bil optimizirati pridobivanje genetskega materiala iz vzorcev sline pri bolnikih z rakom glave in vratu za analizo bioloških označevalcev. Ustna tekočina oz. slina vsebuje genetski material, celice in različne molekule, ki lahko odražajo bolezenske spremembe. Zaradi tega bi lahko ustna tekočina služila kot stroškovno učinkovita in manj invazivna alternativa biopsiji za zgodnje odkrivanje raka.
Za izolacijo nukleinskih kislin in proteinov iz krvi obstaja na Centru za humano genomiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru že ustaljen postopek, za izolacijo iz sline pa ta še ni bil vzpostavljen. V nalogi smo želeli pripraviti laboratorijske protokole za učinkovito pridobivanje nukleinskih kislin in proteinov iz izpirkov ustne votline s TRI-reagentom. V ta namen smo na vzorcih moje sline testirali različne izolacijske pogoje, kot so različna količina sline, različne količine reagentov, izolacija iz ustnega izpirka ali iz peleta ustnega izpirka. Ugotovili smo, da je iz peletiranega izpirka možno izolirati tako DNA kot RNA, vendar je RNA slabše kvalitete in vsebuje precej razgradnih produktov, najverjetneje zaradi delovanja ribonukleaz v slini. Vzpostavljen postopek izolacije smo nato uporabili na vzorcih izpirkov ustne votline bolnikov z rakom glave in vratu. Po pričakovanjih so izolati DNA in RNA kazali precejšnjo stopnjo razgradnje, saj so vzorci pred zamrznjenjem nekaj časa čakali na sobni temperaturi v zdravniški ordinaciji. Izolati DNA so bili dovolj kvalitetni za genotipizacijo in metilacijske analize, integriteta RNA pa je bila prenizka za analize genske ekspresije. Predvidevamo, da bi z odvzemanjem izpirkov neposredno v stabilizacijsko raztopino lahko izboljšali kvaliteto izolatov.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, izolacija iz sline, metilacija
Published in DKUM: 05.10.2018; Views: 1430; Downloads: 166
Full text (1,71 MB) |
10. Ekspresijski in epigenetski vzorci pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijoIris Kelc, 2018, undergraduate thesis Abstract: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je dolgotrajno (kronično) obolenje črevesja, ki je imunsko pogojeno. Med KVČB uvrčamo dve bolezni, ki sta si precej podobni, to sta Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK), v 10-15% pa bolezni ne moremo razvrstiti v prejšnji skupini, zato jo uvrščamo v intermediarni kolitis (KI) [1]. Vzroki za KVČB še niso dodobra pojasnjeni, vendar pa so odvisni od okoljskih in genetskih dejavnikov. KVČB uvrščamo med kompleksne kronične imunske bolezni, med katere sodijo tudi nekatera druga obolenja, kot so revmatoidni artritis, multipla skleroza itd. Bolezen KVČB zdravijo na več načinov, v današnjih časih pa dajejo velik poudarek na biološka zdravila, ki so večinoma zelo učinkovita, vendar pa pri nekaterih pacientih opažamo neodzivnost.
V diplomskem delu smo se lotili analize ekspresijskih in epigenetskih profilov pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo na anti-TNF terapiji z adalimumabom (ADA). Cilj je bila identifikacija kandidatnih biooznačevalcev, ki bi predvideli bolnikovo odzivnost na tovrstno biološko zdravljenje. Odločili smo se za testiranje gena AXIN1. V študiji pri bolnikih z revmatoidnim artritisom, ki je tako kot KVČB kronična vnetna avtoimuna bolezen, je bila namreč dokazana različna stopnja metiliranosti tega gena pri odzivnikih in neodzivnikih na adalimumab [2]. Tako kot pri KVČB, tudi pri RA uporabljajo biološke terapije in pri obeh je približno 20-40 % neodzivnikov na tako terapijo [3], [4].
Ugotovili smo, da je pri bolnikih s KVČB statistično značilno povečanje izražanje gena za AXIN1 v primerjavi z zdravimi kontrolami, vendar je razlika zelo majhna, med odzivniki in neodzivnki pa ni bilo opaziti razlik. Za namen epigenetskih študij smo pripravili različne metilacijske kontrole in poskusili optimizirati metilacijske teste. Ker naše epigenetske analize niso dale jasnih končnih rezultatov, bodo potrebne nadaljnje preiskave.
Keywords: KVČB, adalimumab, odzivniki, neodzivniki, AXIN1, genska ekspresija, metilacija
Published in DKUM: 26.04.2018; Views: 2466; Downloads: 137
Full text (2,21 MB) |
