| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 6 / 6
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Peripheral blood transcriptome in breast cancer patients as a source of less invasive immune biomarkers for personalized medicine, and implications for triple negative breast cancer
Helena Sabina Čelešnik, Uroš Potočnik, 2022, review article

Abstract: Transcriptome studies of peripheral blood cells can advance our understanding of the systemic immune response to the presence of cancer and the mechanisms underlying cancer onset and progression. This enables the identification of novel minimally invasive immune biomarkers for early cancer detection and personalized cancer management and may bring forward new immunotherapy options. Recent blood gene expression analyses in breast cancer (BC) identified distinct patient subtypes that differed in the immune reaction to cancer and were distinct from the clinical BC subtypes, which are categorized based on expression of specific receptors on tumor cells. Introducing new BC subtypes based on peripheral blood gene expression profiles may be appropriate, since it may assist in BC prognosis, the identification of patients likely to benefit from immunotherapy, and treatment efficacy monitoring. Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive, heterogeneous, and difficult-to-treat disease, and identification of novel biomarkers for this BC is crucial for clinical decision-making. A few studies have reported TNBC-enriched blood transcriptional signatures, mostly related to strong inflammation and augmentation of altered immune signaling, that can differentiate TNBC from other classical BC subtypes and facilitate diagnosis. Future research is geared toward transitioning from expression signatures in unfractionated blood cells to those in immune cell subpopulations.
Keywords: triple negative breast cancer, transcriptome, peripheral blood, PBMC, gene expression, immune biomarker
Published in DKUM: 23.08.2023; Views: 228; Downloads: 18
.pdf Full text (1,74 MB)
This document has many files! More...

2.
Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke : magistrsko delo
Anja Konajzler, 2022, master's thesis

Abstract: Rak dojke (RD) je najpogostejši rak pri ženskah in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah. Gre za maligno obolenje, ki izvira iz tkiva dojke, najpogosteje iz notranje obloge mlečnih vodov ali režnjev, ki vode oskrbujejo z mlekom. Eden izmed podtipov raka dojke je trojno negativni rak dojke (TNRD), za katerega je značilno, da nima ekspresije ER in PR in nima amplifikacije HER2, ter da je zelo invaziven in povezan s slabo prognozo in visoko umrljivostjo. Spremenjeno izražanje genov CXCR4, THBS1 in miR-137 so predhodno povezali s TNRD. Namen naše študije je bil testirati in validirati njihovo uporabnost kot potencialni krvni biomarkerji za trojno negativni rak dojke. V primerjavi s tkivnimi označevalci imajo krvni biološki označevalci pomembno prednost, da so manj invazivni. Iz 210 vzorcev mononuklearnih celic periferne krvi (PBMC) odvzetih bolnicam z rakom dojke pred zdravljenjem, 28 vzorcev plazme (13 pred zdravljenjem, 15 po zdravljenju) ter 25 vzorcev krvnih PBMC zdravih kontrol smo izolirali RNA za analizo izražanja genov z metodo RT-qPCR. Plazemski vzorci pred in po zdravljenju TNRD so bili zanimivi s stališča spremljanja terapije. Analiza izražanja CXCR4 v imunskih celicah PBMC je pri pacientkah z rakom dojke pred terapijo odkrila zanimive rezultate. Izražanje CXCR4 je bilo značilno povišano pri tistih bolnicah, ki so imele invazivni duktalni karcinom (IDC), v primerjavi s tistimi, ki so imele invazivni lobularni karcinom (ILC). To nakazuje na potencialno uporabnost merjenja izražanja CXCR4 v krvi kot označevalca za IDC. Ugotovili smo tudi, da imajo pacientke, pri katerih rakave celice izražajo PR, značilno povečano izražanje CXCR4 v krvnih imunskih celicah. Teh izsledkov nismo zasledili v objavljeni literaturi in predstavljajo nove ugotovitve pri raku dojke. Analiza THBS1 v frakciji PBMC pacientk z rakom dojke pred terapijo je pokazala povišano izražanje tega gena v skupini TNRD v primerjavi z ostalimi podtipi raka dojke in zdravimi kontrolami, vendar v naši kohorti razlika v izražanju ni dosegla statistične signifikance. Pri analizi prekurzorske oblike miR-137 v plazmi pred in po terapiji smo naleteli na tehnične težave, zato bo za to analizo potrebna dodatna optimizacija postopka.
Keywords: rak dojk, TNRD, PBMC, CXCR4, THBS1, miR-137, genska ekspresija
Published in DKUM: 26.09.2022; Views: 462; Downloads: 45
.pdf Full text (3,60 MB)

3.
Biochemistry and molecular biology : instructions for laboratory exercises
Katja Repnik, Helena Sabina Čelešnik, Staša Jurgec, Uroš Potočnik, 2017, other educational material

Published in DKUM: 02.03.2021; Views: 1148; Downloads: 52
.pdf Full text (2,28 MB)

4.
Povezava epigenetskih in ekspresijskih markerjev pri raku glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Monika Ostroško, 2020, undergraduate thesis

Abstract: Rak glave in vratu predstavlja obsežno skupino bolezni, v katero uvrščamo raka ustnic, ustne in nosne votline, žrela, grla, vratu in nekatere druge. Med temi tumorji opazimo velike razlike, ne le zaradi mesta izvora, marveč prihaja tudi do različnih simptomov bolezni, hitrosti širjenja, različni so načini zdravljenja ter izidi bolezni. V pomoč pri postavljanju diagnoze, spremljanju obnašanja tumorja in pravilnem izboru zdravljenja se uporabljajo biološki označevalci. V telesu prisotnost teh snovi, ki jih ustvari tumor ali zdrave celice kot reakcijo na tumor, odkrijemo s pomočjo laboratorijske preiskave bioloških vzorcev. V diplomskem delu smo želeli izmeriti ekspresijo genov DAPK1 in MMP9 v zdravih in bolnih tkivih ter vzpostaviti protokole za metilacijsko analizo gena DAPK1. Genska ekspresija in metilacija sta povezana biološka procesa, saj metilacija vpliva na vezavo specifičnih transkripcijskih faktorjev na DNA, ti pa uravnavajo izražanje genov. Pri raziskovanju nas je zanimalo, če bi lahko DAPK1 in MMP9 služila kot možna biološka označevalca pri bolnikih z rakom glave in vratu. Za ugotavljalnje izražanja teh genov v zdravih in bolnih tkivih smo uporabili metodo qRT-PCR. Za analizo metilacijskih vzorcev na promotorju gena DAPK1 smo testirali dve občutljivi in specifični tehniki za določanje metilacije DNA, metodo MS-HRM ter metodo COBRA. Za analizo metilacije promotorja DAPK1 pri 15 bolnikih smo nato uporabili metodo COBRA. Rezultati genske ekspresije pri 47 bolnikih z rakom glave in vratu so pokazali statistično signifikantno znižanje DAPK1 v rakavih tkivih v primerjavi z zdravimi tkivi istih pacientov, medtem ko rezultati MMP9 kažejo na statistično signifikantno povečanje ekspresije v rakavih tkivih. Z merjenjem genske ekspresije smo prišli do zaključka, da sta gena DAPK1 in MMP9 zanimiva kot potencialna biološka markerja pri raku glave in vratu. Zaradi majhnega števila bolnikov, ki so bili vključeni v metilacijsko analizo, nismo mogli postaviti zaključkov o metiliranosti promotorja DAPK1. Za jasne zaključke bodo potrebne nadaljne analize.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, DAPK1, MMP9, genska ekspresija, metilacija
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 902; Downloads: 107
.pdf Full text (2,35 MB)

5.
Optimizacija procesiranja vzorcev sline pri raku glave in vratu za študije bioloških označevalcev
Teja Ermenc, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Namen diplomske naloge je bil optimizirati pridobivanje genetskega materiala iz vzorcev sline pri bolnikih z rakom glave in vratu za analizo bioloških označevalcev. Ustna tekočina oz. slina vsebuje genetski material, celice in različne molekule, ki lahko odražajo bolezenske spremembe. Zaradi tega bi lahko ustna tekočina služila kot stroškovno učinkovita in manj invazivna alternativa biopsiji za zgodnje odkrivanje raka. Za izolacijo nukleinskih kislin in proteinov iz krvi obstaja na Centru za humano genomiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru že ustaljen postopek, za izolacijo iz sline pa ta še ni bil vzpostavljen. V nalogi smo želeli pripraviti laboratorijske protokole za učinkovito pridobivanje nukleinskih kislin in proteinov iz izpirkov ustne votline s TRI-reagentom. V ta namen smo na vzorcih moje sline testirali različne izolacijske pogoje, kot so različna količina sline, različne količine reagentov, izolacija iz ustnega izpirka ali iz peleta ustnega izpirka. Ugotovili smo, da je iz peletiranega izpirka možno izolirati tako DNA kot RNA, vendar je RNA slabše kvalitete in vsebuje precej razgradnih produktov, najverjetneje zaradi delovanja ribonukleaz v slini. Vzpostavljen postopek izolacije smo nato uporabili na vzorcih izpirkov ustne votline bolnikov z rakom glave in vratu. Po pričakovanjih so izolati DNA in RNA kazali precejšnjo stopnjo razgradnje, saj so vzorci pred zamrznjenjem nekaj časa čakali na sobni temperaturi v zdravniški ordinaciji. Izolati DNA so bili dovolj kvalitetni za genotipizacijo in metilacijske analize, integriteta RNA pa je bila prenizka za analize genske ekspresije. Predvidevamo, da bi z odvzemanjem izpirkov neposredno v stabilizacijsko raztopino lahko izboljšali kvaliteto izolatov.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, izolacija iz sline, metilacija
Published in DKUM: 05.10.2018; Views: 1216; Downloads: 151
.pdf Full text (1,71 MB)

6.
Ekspresijski in epigenetski vzorci pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Iris Kelc, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je dolgotrajno (kronično) obolenje črevesja, ki je imunsko pogojeno. Med KVČB uvrčamo dve bolezni, ki sta si precej podobni, to sta Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK), v 10-15% pa bolezni ne moremo razvrstiti v prejšnji skupini, zato jo uvrščamo v intermediarni kolitis (KI) [1]. Vzroki za KVČB še niso dodobra pojasnjeni, vendar pa so odvisni od okoljskih in genetskih dejavnikov. KVČB uvrščamo med kompleksne kronične imunske bolezni, med katere sodijo tudi nekatera druga obolenja, kot so revmatoidni artritis, multipla skleroza itd. Bolezen KVČB zdravijo na več načinov, v današnjih časih pa dajejo velik poudarek na biološka zdravila, ki so večinoma zelo učinkovita, vendar pa pri nekaterih pacientih opažamo neodzivnost. V diplomskem delu smo se lotili analize ekspresijskih in epigenetskih profilov pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo na anti-TNF terapiji z adalimumabom (ADA). Cilj je bila identifikacija kandidatnih biooznačevalcev, ki bi predvideli bolnikovo odzivnost na tovrstno biološko zdravljenje. Odločili smo se za testiranje gena AXIN1. V študiji pri bolnikih z revmatoidnim artritisom, ki je tako kot KVČB kronična vnetna avtoimuna bolezen, je bila namreč dokazana različna stopnja metiliranosti tega gena pri odzivnikih in neodzivnikih na adalimumab [2]. Tako kot pri KVČB, tudi pri RA uporabljajo biološke terapije in pri obeh je približno 20-40 % neodzivnikov na tako terapijo [3], [4]. Ugotovili smo, da je pri bolnikih s KVČB statistično značilno povečanje izražanje gena za AXIN1 v primerjavi z zdravimi kontrolami, vendar je razlika zelo majhna, med odzivniki in neodzivnki pa ni bilo opaziti razlik. Za namen epigenetskih študij smo pripravili različne metilacijske kontrole in poskusili optimizirati metilacijske teste. Ker naše epigenetske analize niso dale jasnih končnih rezultatov, bodo potrebne nadaljnje preiskave.
Keywords: KVČB, adalimumab, odzivniki, neodzivniki, AXIN1, genska ekspresija, metilacija
Published in DKUM: 26.04.2018; Views: 2112; Downloads: 127
.pdf Full text (2,21 MB)

Search done in 0.12 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica