| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 2 / 2
First pagePrevious page1Next pageLast page
1.
Interakcije biotehnološko relevantnih encimov : magistrsko delo
Barbara Grabrovec, 2019, master's thesis

Abstract: Encimi so protein, ki pospešujejo biokemijske in kemijske reakcije. Njihove interakcije z ligandi so ključnega pomena za številne biokemične interakcije, ki uravnavajo življenje. Uporabljajo se v biotehnologiji, pri analitskih procesih, v človeški in živalski terapiji (za zdravila) ter v različnih industrijskih procesih, kamor spadajo tekstilna industrija, usnjarska industrija, farmacija, živilska industrija in druge. Kljub vsem dobrim lastnostim encimov, njihovo široko industrijsko uporabo pogosto ovirajo kratkotrajna stabilnost, rok uporabe ter njihova nepopolna regeneracija in ponovna uporaba. Te pomanjkljivosti lahko na splošno odpravimo z imobilizacijo encimov. V zadnjih letih so se pojavile podatkovne baze, ki vsebujejo podatke o interakcijah protein-ligand, kar je pripomoglo k razumevanju funkcij novo odkritih proteinov. Razvile so se številne nove računalniške metode, ki lahko uporabijo informacije shranjenih interakcij, da napovedo nove neznane interakcije. Najpogosteje uporabljena metoda za modeliranje interakcij je metoda molekulskega sidranja, ki se uporablja za simuliranje interakcije med majhno molekulo in proteinom na atomski ravni in nam opiše obnašanje majhne molekule v vezavnem mestu encima. V magistrskem delu smo s pomočjo programa molekulskega sidranja na encime vezali nizkomolekularne ligande. Strukture encimov smo pridobili v spletni bazi PDB, datoteke ligandov pa v spletni podatkovni bazi ZINC15. Kot rezultat smo dobili strukture ligandov, ki so se najmočneje vezali in njihovo energijo vezave. Rezultate smo pregledali s programoma Excel in Pymol, kjer smo videli 3D slike ligandov, ki so se na naše encime vezali z najnižjo energijo.
Keywords: encim, ligand, imobilizacija, biotehnologija, molekularno modeliranje, molekulsko sidranje
Published in DKUM: 18.10.2019; Views: 984; Downloads: 68
.pdf Full text (2,83 MB)

2.
DOLOČANJE LOKALNE GENSKE EKSPRESIJE V POSTOPKU CELJENJA RAN
Barbara Grabrovec, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Nekatere rane, definirane kot kronične rane, se v daljšem časovnem obdobju ne zacelijo. Njihovo celjenje je ustavljeno v vnetni fazi, na kar vpliva več dejavnikov, na primer slaba cirkulacija krvi, visoka starost, težave s premikanjem, razne bolezni, ki zavirajo delovanjo imunskega sistema. V kroničnih ranah se veliko bolj kot v akutnih izražajo vnetni citokini, ki poskušajo odpraviti intenzivno vnetje v rani. Med temi citokini so: interlevkini (IL), interferoni in tumor zavirajoči faktor (TNF). Vrednotenje celjenja rane je bilo do sedaj omejeno bodisi na presojo zdravnika ali pa na merjenje kvalitativnih podatkov o celjenju, medtem ko so poskusi določanja poteka celjenja na kvantitativen, napovedno veliko boljši, način, še v povojih. V diplomskem delu smo se zato lotili vrednotenja celjenja prav na tej osnovi, torej poiskati kvantitativno merljive količine, ki jih lahko povežemo s celjenjem. Osredotočili smo na analizo izražanja vnetnih in imunskih genov: IL4, IL5, IL8, IL10 in CSF2 v kronični diabetični razjedi, kot modelni rani. Rezultati so pokazali, da se vsi geni najbolj izražajo na robovih rane in vedno manj proti sredini. To nakazuje na smer celjenja rane, in sicer od njenega roba proti sredini, kar je v skladu tudi s siceršnjimi opazovanju celjenja. Rezultati so zelo vzpodbudni in so osnova za nadaljnje preiskovanje omenjenega pristopa kot možnega modernega protokola za oceno celjenja ran.
Keywords: celjenje ran, kronične rane, vnetje, citokini, vnetni in imunski geni
Published in DKUM: 04.10.2016; Views: 1410; Downloads: 117
.pdf Full text (2,83 MB)

Search done in 0.04 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica